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tRF Prospect:基于神经网络学习的tRNA衍生片段靶标预测算法
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作者 任黛西 易健勇 +4 位作者 莫勇真 杨梅 熊炜 曾朝阳 石磊 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第9期2428-2438,共11页
目的转运核糖核酸衍生片段(transfer RNA derived fragment,tRF)是一种新型的长度介于13~50 nt的非编码RNA,最近被发现可能通过靶向结合mRNA,促进mRNA降解,抑制蛋白质翻译,从而在细胞中发挥特定的生物学功能,但预测其靶基因的生物信息... 目的转运核糖核酸衍生片段(transfer RNA derived fragment,tRF)是一种新型的长度介于13~50 nt的非编码RNA,最近被发现可能通过靶向结合mRNA,促进mRNA降解,抑制蛋白质翻译,从而在细胞中发挥特定的生物学功能,但预测其靶基因的生物信息学方法尚且有限。为了研究这一种新型分子在基因网络调控中发挥的作用,开发一种更全面地预测tRF靶标的算法具有重要意义。方法使用多层感知机神经网络深度学习算法,以确认结合的38687对tRF∶mRNA为训练数据,将已知的tRF和靶标结合的特征用于模型学习,并扩大收录的tRF和靶标的范围。结果将该基于神经网络学习的tRF靶标预测算法命名为tRF Prospect,算法AUC达93.4%,经与过表达tRF后的转录组高通量测序数据进行比对,具有良好的预测性能,证实该算法具有较高准确度。结论tRF Prospect主要预测tRF发挥生物学功能可能作用的靶向mRNA,对现有的tRF靶标预测平台在收录tRF种类、靶标范围和预测模型上进行了补充,为研究tRF在生物中的新作用提供了基础。 展开更多
关键词 转运核糖核酸衍生片段 数据库 神经网络学习
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转运RNA衍生片段在甲状腺癌发病机制中的作用
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作者 彭妙官 赖英荣 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期437-448,共12页
【目的】探讨tRNA衍生片段(tRFs)3'tiR_026_GlnCTG(n)在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达及其致癌机制。【方法】首先取2对PTC和邻近正常甲状腺组织用于高通量芯片检测,筛选差异tRFs。在芯片结果基础上,我们在10对PTC和邻近正常甲状腺... 【目的】探讨tRNA衍生片段(tRFs)3'tiR_026_GlnCTG(n)在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达及其致癌机制。【方法】首先取2对PTC和邻近正常甲状腺组织用于高通量芯片检测,筛选差异tRFs。在芯片结果基础上,我们在10对PTC和邻近正常甲状腺组织中验证了差异明显的tRNA衍生片段的表达。接着扩大样本量,继续收集共46例患者的PTC和邻近正常甲状腺组织,通过定量聚合酶链反应(qPCR)验证3'tiR_026_GlnCTG(n)的表达量。将3'tiR_026_GlnCTG(n)的mimic转染到PTC细胞系中,通过定量反转录聚合酶链反应(qRT-PCR)检测表达水平,证实成功转染。同时,裂解转染的细胞系,提取蛋白,用包括MEK/ERK/p90RSK信号通路在内的相关抗体进行孵育,并进行蛋白免疫印迹(WB)。【结果】3'tiR_026_GlnCTG(n)是PTC组织与相邻正常甲状腺组织中表达水平差异最显著的tRFs之一(P<0.05)。过表达3'tiR_026_GlnCTG(n)促进KTC1细胞及BCPAP细胞的迁移、侵袭和增殖能力,用MEK/ERK通路抑制剂处理后降低KTC1细胞及BCPAP细胞迁移、侵袭和增殖能力。在3'tiR_026_GlnCTG(n)过表达的细胞中,MEK、ERK及其下游靶点p90RSK的磷酸化水平显著升高。【结论】3'tiR_026_GlnCTG(n)可能通过激活MEK/ERK/p90RSK通路参与PTC的发生、发展。这将对PTC的发病机制提供新的认识,并为其治疗策略提供新思路。 展开更多
关键词 甲状腺乳头状癌 tRNA衍生片段 致癌
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tRNA衍生片段和tRNA半分子的生物学功能及其在疾病发生中的作用 被引量:6
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作者 朱林文 谢依 郭俊明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第7期565-572,共8页
tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragment,t RF)和tRNA半分子(tRNA halves,ti RNA)由成熟tRNA或其前体tRNA在不同位点特异性剪切产生,它们是一类广泛存在于原核生物和真核生物转录组中的非编码小RNA分子.t RF主要有tRF-5、tRF-3和tRF-1... tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragment,t RF)和tRNA半分子(tRNA halves,ti RNA)由成熟tRNA或其前体tRNA在不同位点特异性剪切产生,它们是一类广泛存在于原核生物和真核生物转录组中的非编码小RNA分子.t RF主要有tRF-5、tRF-3和tRF-1等3亚类,分别来自成熟tRNA的D环至反密码环茎区间切割至5′端、T环开始至3′端和前体tRNA的3′端尾部,其长度为14~30个核苷酸(nucleotide,nt).ti RNA主要有5′ti RNA和3′ti RNA等2亚类,是在成熟tRNA反密码子环处切割分别产生,其长度为29~50 nt.t RF和ti RNA具有多种生物学功能,既可以在应激反应中作为信号分子,又可以作为基因表达的调节者.它们与人类多种疾病(如肿瘤、神经退行性疾病、代谢性疾病和传染病等)的发生密切相关,有希望成为疾病诊断的新型标志物.本文就t RF和ti RNA的分类、生物学功能以及与人类疾病的关系作一综述. 展开更多
关键词 tRNA衍生片段 tRNA半分子 基因表达调控 疾病发生
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转运RNA衍生片段在心血管疾病中的研究进展 被引量:2
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作者 崔楠 张俊哲 +2 位作者 马群 Muisha B MBIKYO 李昭 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第9期843-846,共4页
心血管疾病是影响人类健康、导致死亡的重要原因之一。转运RNA衍生片段(tRFs)在心血管疾病的发生、发展中起重要作用,包括参与心肌肥厚的代际遗传,调节血管平滑肌的增殖、迁移和表型转换等。但tRFs的很多作用机制仍不明确,需要大量的研... 心血管疾病是影响人类健康、导致死亡的重要原因之一。转运RNA衍生片段(tRFs)在心血管疾病的发生、发展中起重要作用,包括参与心肌肥厚的代际遗传,调节血管平滑肌的增殖、迁移和表型转换等。但tRFs的很多作用机制仍不明确,需要大量的研究验证。本文主要概述了tRFs的分类、生物学功能,并对tRFs在心肌肥厚、主动脉夹层、血管平滑肌细胞表型转换中的研究进展进行总结、分析。 展开更多
关键词 转运RNA衍生片段 生物学功能 心血管疾病
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tRNA衍生片段在肿瘤中的研究进展
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作者 周永强 吴永娜 李汛 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2019年第14期745-749,共5页
tRNA衍生片段(tRNA-derived fragments,tRF&tiRNA)为近年来新发现的一类非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),其在外周血循环中表达稳定.tRF&tiRNA通过调控基因表达与基因沉默、调节细胞增殖与凋亡、调节翻译等方式在人类肿瘤中发... tRNA衍生片段(tRNA-derived fragments,tRF&tiRNA)为近年来新发现的一类非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA),其在外周血循环中表达稳定.tRF&tiRNA通过调控基因表达与基因沉默、调节细胞增殖与凋亡、调节翻译等方式在人类肿瘤中发挥重要作用.tRF&tiRNA组织特异性、高度丰富且稳定、广泛存在的特征使其在肿瘤领域的研究中具有明显优势.tRF&tiRNA的异常表达可能为肿瘤中潜在的诊断、预后判断的生物标志物或治疗靶点.本文通过总结tRF&tiRNA不同亚型的来源、结构、生物学特征及功能,探讨其与肿瘤的潜在关系及作用机制,以期为肿瘤的早期诊断及靶向治疗提供新思路. 展开更多
关键词 tRNA衍生片段 TRF tiRNA 肿瘤
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tRNA衍生片段的鉴定及对靶分子的调节机制 被引量:1
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作者 黄炯杰 陈乐意 廖奇 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期438-451,共14页
随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-deriv... 随着测序技术的发展和对tRNA衍生小分子(tRNA-derived small RNA,tsRNAs)的深入研究,越来越多的tsRNAs及其功能在各物种中被鉴定。tsRNAs根据切割位点的不同可分为tRNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)和tRNA应激诱导RNA(tRNA-derived stress-induced RNA,tiRNA),其中tRF是一类具有调节功能的非编码RNA。为了加深对tRF的研究,近年来一些基于测序数据的tRF鉴定方法和相关数据库不断涌现,前者主要包括Telonis等人的算法和tDRmapper方法,后者主要有tRFdb、tRF2Cancer和MINTbase等。同时这两者为tRF的深入研究提供了更有效的工具。大量的研究表明,tRF主要以类似miRNA的方式对RNA、DNA及蛋白质进行调节,但也存在特异的作用方式。随着对这三者的深入研究,研究人员发现tRF在人类疾病的各种生物过程中也扮演着重要的角色,例如可以作为生物标志物。因此本文主要对tRF的鉴定方法、数据库、对靶分子的调节机制及其与人类疾病的关系作一综述。 展开更多
关键词 tRNA衍生小分子 tRNA衍生片段 数据库 生物信息学鉴定
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转运RNA衍生的小RNA研究概述
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作者 骆雅鑫 胡雪峰 《生物学教学》 北大核心 2024年第1期2-5,共4页
转运RNA(tRNA)衍生的小RNA(tsRNAs)是由成熟tRNA或前体tRNA在应激条件下经特定核酸酶切割后所产生的一类小非编码RNA,具有高保守性、组织特异性和疾病相关性等特点,可作为生物标志物及治疗靶点。本文从tsRNAs的发现、分类、生物学功能... 转运RNA(tRNA)衍生的小RNA(tsRNAs)是由成熟tRNA或前体tRNA在应激条件下经特定核酸酶切割后所产生的一类小非编码RNA,具有高保守性、组织特异性和疾病相关性等特点,可作为生物标志物及治疗靶点。本文从tsRNAs的发现、分类、生物学功能及其在疾病中的作用等方面对其研究现状进行综述,以期为表观遗传学相关内容的教学提供参考信息。 展开更多
关键词 非编码RNA 转运RNA 衍生片段 转运RNA半分子
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tRNA来源的小RNA在神经精神疾病中的作用研究进展
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作者 初帅 吴婷婷 +4 位作者 洪青晓 陈为升 周文华 刘惠芬 禹海航 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第2期219-225,共7页
转运核糖核酸(tRNA)衍生的小分子RNA(transfer-RNA derived small RNA,tsRNA)是近年来新发现的一类由成熟tRNA或其前体通过特殊的内切酶介导产生的非编码RNA。已有的研究揭示,tsRNA能够在转录及转录后水平上调控基因表达,能以表观遗传... 转运核糖核酸(tRNA)衍生的小分子RNA(transfer-RNA derived small RNA,tsRNA)是近年来新发现的一类由成熟tRNA或其前体通过特殊的内切酶介导产生的非编码RNA。已有的研究揭示,tsRNA能够在转录及转录后水平上调控基因表达,能以表观遗传调控因子方式,在多种生物体的生理和病理过程中发挥重要作用,因此,其逐渐成为生物医学的研究热点而引起广泛关注。而且越来越多的证据显示,tsRNA通过对应激反应、细胞增殖与凋亡、神经发育、突触可塑性、神经炎症与免疫调节、表观遗传、RNA加工和蛋白质翻译调控等参与许多神经精神疾病的发生和发展过程。该文主要就tsRNA的生成和分类及其生物学功能,阐述tsRNA在神经发育和神经精神疾病中的作用和可能作用机制,从而进一步揭示tsRNA作为神经精神疾病可靠生物标志物和治疗靶点的潜力。 展开更多
关键词 tRNA来源的小RNA tRNA衍生的应激诱导的RNA tRNA衍生片段 神经精神疾病 基因调控 生物标志物
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胶原诱导性关节炎大鼠血浆tRF和tiRNA的差异表达及功能分析
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作者 陈代奕 文宇琪 +4 位作者 何彩林 胡恩 杨曌宇 熊新贵 杨波 《中国免疫学杂志》 北大核心 2025年第5期1041-1047,共7页
目的:探究胶原诱导性关节炎(CIA)大鼠血浆转运RNA衍生片段(tRF)和转运RNA半分子(tiRNA)的差异表达,并对其靶基因进行生物学功能及通路的富集分析,为类风湿关节炎(RA)的诊断和治疗寻找新的靶点。方法:皮下注射Ⅱ型胶原建立RA大鼠模型,通... 目的:探究胶原诱导性关节炎(CIA)大鼠血浆转运RNA衍生片段(tRF)和转运RNA半分子(tiRNA)的差异表达,并对其靶基因进行生物学功能及通路的富集分析,为类风湿关节炎(RA)的诊断和治疗寻找新的靶点。方法:皮下注射Ⅱ型胶原建立RA大鼠模型,通过关节炎指数(AI)积分、HE染色评价疾病模型;利用Illumina平台测序获取tRF和tiRNA表达谱,RT-qPCR用于tRF和tiRNA表达量的验证;结合miRanda和TargetScan数据库预测差异表达tRF和tiRNA的靶基因;GO和KEGG富集分析对靶基因功能进行注释。结果:CIA模型大鼠血浆共有25个差异表达的tRFs和tiRNAs,其中23个上调,2个下调;筛选出6个CIA大鼠特异性表达tRFs和tiRNAs,分别为Other-36:73-tRNA-Arg-CCT-4、Other-57:70-tRNA-Glu-CTC-1-M3、tRF-1:32-Gly-CCC-1-M2、tRF-1:31-Gly-CCC-1-M2、tRF-1:32-Pro-AGG-1-M4和tRF-1:32-Glu-TTC-2-M2,其靶基因GO分析主要涉及细胞器相关条目,KEGG分析富集到多条与RA相关的经典信号通路。结论:差异表达tRFs和tiRNAs的靶基因可能参与调控RA的重要病理生理过程及药物治疗的作用靶点。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 胶原诱导性关节炎 转运RNA衍生片段 转运RNA半分子
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转运RNA的表观遗传修饰及其异常对神经退行性变性疾病的影响
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作者 唐明敏 毕洪运 +1 位作者 董子敬 曾玲晖 《浙江大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第1期58-69,共12页
神经退行性变性疾病是一组以中枢或周围神经系统神经元的功能和结构完整性逐渐丧失为特征的神经系统疾病。这类疾病的病因复杂,致病机制及药物靶点的研究仍面临诸多难题。转运RNA(tRNA)修饰在调节密码子识别、维持分子结构稳定性以及影... 神经退行性变性疾病是一组以中枢或周围神经系统神经元的功能和结构完整性逐渐丧失为特征的神经系统疾病。这类疾病的病因复杂,致病机制及药物靶点的研究仍面临诸多难题。转运RNA(tRNA)修饰在调节密码子识别、维持分子结构稳定性以及影响tRNA衍生片段(tRF)产生等方面发挥着关键作用,对神经发育和神经系统的生理功能具有重要作用。异常的tRNA修饰与多种神经退行性变性疾病的发病机制密切相关,特别是延伸因子复合物依赖的tRNA修饰和甲基化修饰异常能导致翻译过程和tRF水平变化,进而干扰蛋白质稳态和细胞应激反应,影响神经元存活。此外,神经退行性变性疾病患者体内tRF水平也显示出显著变化,特定tRF对神经退行性变性疾病有着不同的影响。本文从tRNA表观遗传修饰的生物学功能出发,深入探讨其异常在神经退行性变性疾病中的作用,包括经典的密码子识别功能和非经典的tRF生成机制,最后讨论了tRNA修饰可以作为治疗神经退行性变性疾病的潜在靶点。 展开更多
关键词 神经退行性变性疾病 转运RNA 表观遗传修饰 转运RNA衍生片段 综述
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转运RNA衍生的小RNA功能及其研究方法 被引量:2
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作者 马剑峰 甘麦邻 +1 位作者 朱砺 沈林園 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1107-1120,共14页
转运RNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNA)是近年来发现的一类由成熟tRNA或tRNA前体通过特殊的作用机制加工产生的非编码RNA。根据其产生方式的不同,主要分为tRNA半分子(tRNA halves)和tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragmen... 转运RNA衍生的小RNA(tRNA-derived small RNAs,tsRNA)是近年来发现的一类由成熟tRNA或tRNA前体通过特殊的作用机制加工产生的非编码RNA。根据其产生方式的不同,主要分为tRNA半分子(tRNA halves)和tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragments,tRFs)两种类型。tsRNA广泛存在于各种生物体中,具有高度保守、结构稳定和组织表达特异性等特点。大量研究表明,多种细胞应激反应中tsRNA的表达显著上升,其参与应激反应的调控是一种保守的生物现象。tsRNA可通过调控转录本稳定性、调节翻译和作为表观遗传调控因子等方式在多种生物学过程中发挥重要作用,此外,tsRNA具有作为疾病生物标志物和治疗靶点的潜力,逐渐成为生物医学领域中的研究热点。本文从tsRNA的生物发生、功能和研究方法3个方面,对其研究现状进行了综述,以期为后续研究提供参考。 展开更多
关键词 非编码RNA 转运RNA衍生片段 tsRNA tRFs
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tRNA修饰在胶质瘤中的研究进展
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作者 翟贝 魏灯 王萍 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期567-571,共5页
转运RNA(transfer RNA,tRNA)是哺乳动物细胞中修饰程度最高的RNA,其修饰不仅高度动态,并且易受环境条件的影响。肿瘤发生常伴有tRNA修饰异常。研究发现tRNA修饰酶在多种肿瘤组织中异常表达,与发病机制密切相关。胶质瘤是最常见的原发性... 转运RNA(transfer RNA,tRNA)是哺乳动物细胞中修饰程度最高的RNA,其修饰不仅高度动态,并且易受环境条件的影响。肿瘤发生常伴有tRNA修饰异常。研究发现tRNA修饰酶在多种肿瘤组织中异常表达,与发病机制密切相关。胶质瘤是最常见的原发性中枢神经系统肿瘤,恶性程度最高,预后极差。本文主要针对胶质瘤相关的几种t RNA修饰予以综述,描述其在胶质瘤发生发展中的功能和机制,为探索tRNA异常修饰生成的衍生片段作为胶质瘤诊断的生物标志物,以及设计靶向表观遗传调控因子的小分子抑制剂作为胶质瘤的治疗靶点提供新思路。 展开更多
关键词 胶质瘤 tRNA修饰 甲基化 tRNA衍生片段
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甜瓜化感自毒作用响应基因的cDNA-AFLP分析 被引量:11
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作者 张志忠 孙志浩 +1 位作者 陈文辉 林文雄 《中国生态农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第11期1514-1520,共7页
本研究以甜瓜种质"新银辉"为试验材料,利用浓度为0.03 g.mL 1的新鲜甜瓜植株水浸提液处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜化感自毒作用相关基因及其表达情况。试验中利用82对引物进行扩增,共获得3 600多条差异表达转录衍生片段(T... 本研究以甜瓜种质"新银辉"为试验材料,利用浓度为0.03 g.mL 1的新鲜甜瓜植株水浸提液处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜化感自毒作用相关基因及其表达情况。试验中利用82对引物进行扩增,共获得3 600多条差异表达转录衍生片段(TDFs),平均每个引物组合可扩增出30~50条条带,片段大小集中在50~800 bp之间,根据条带强弱和有无的变化,其表达模式可以分为持续表达、瞬时表达、上调表达和下调表达4种情况。选取其中103条TDFs进行回收、测序,共获得75条有效序列,其中上调表达39条,下调表达21条,瞬时表达15条。BLAST结果分析显示其中55条与已知功能基因具有较高的同源性,选取其中10条TDFs,以甜瓜Actin基因为内参照,对其在不同胁迫处理时间的表达情况进行半定量RT-PCR验证,分析结果与cDNA-AFLP结果基本吻合,表明cDNA-AFLP技术是研究甜瓜化感自毒作用相关基因差异表达的有效方法。55条TDFs的BLAST结果显示,甜瓜自毒作用涉及到的基因表达情况较为复杂,与信号转导、能量代谢、蛋白合成、离子运输、逆境响应和转录调控等过程均有关系,这一结果为探讨甜瓜化感自毒作用的分子机理和相关基因的克隆提供了理论依据。 展开更多
关键词 甜瓜 化感自毒作用 CDNA-AFLP 差异表达转录衍生片段 半定量RT-PCR 化感基因
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干旱胁迫下割手密基因cDNA-SCoT差异表达分析(英文) 被引量:1
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作者 吴凯朝 韦莉萍 +8 位作者 徐林 唐仕云 魏源文 黄诚梅 曹辉庆 罗海斌 蒋胜理 邓智年 李杨瑞 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期201-207,共7页
【目的】通过分析割手密叶片在干旱胁迫下的基因表达谱,筛选获得抗旱相关基因,为开展甘蔗抗旱性遗传改良研究提供候选基因。【方法】以割手密GX83-10为材料,构建正常浇灌(对照)及两个干旱处理叶片总RNA混合池,使用cDNA-SCoT构建割手密GX... 【目的】通过分析割手密叶片在干旱胁迫下的基因表达谱,筛选获得抗旱相关基因,为开展甘蔗抗旱性遗传改良研究提供候选基因。【方法】以割手密GX83-10为材料,构建正常浇灌(对照)及两个干旱处理叶片总RNA混合池,使用cDNA-SCoT构建割手密GX83-10伸长期应答干旱胁迫的基因表达谱,筛选、分离转录衍生片段(TDFs)并进行测序,根据NCBI数据库BLAST同源性检索结果推测基因功能,并使用qRT-PCR对抗旱相关TDFs进行表达验证分析。【结果】成功获得120个上调表达TDFs序列,其中53个TDFs序列与NCBI数据库中已录入的基因具有较高相似性,根据同源基因功能可分为10个类群:结合功能蛋白相关基因(20.75%)、新陈代谢相关基因(13.21%)、通信及信号转导相关基因(13.21%)、转录调控因子相关基因(13.21%)、运输途径相关基因(11.32%)、环境互作相关基因(9.43%)、能量代谢相关基因(7.55%)、蛋白质合成相关基因(3.77%)、防御相关基因(3.77%)及细胞成分生物合成相关基因(3.77%)。通过对运输因子家族蛋白、RING/U-box超家族蛋白、22 kD干旱诱导蛋白、微管蛋白alpha-3链和质膜H+-ATPase进行qRT-PCR分析,结果表明,这些基因在干旱胁迫下均呈不同程度的上调表达。【结论】干旱胁迫下,应用cDNA-SCoT构建割手密叶片基因表达谱筛选抗旱相关基因具有可行性。从割手密叶片中挖掘获得的抗旱及水分有效利用相关基因,可为利用野生种质资源开展甘蔗育种研究提供候选基因,改良甘蔗抗旱性,拓宽甘蔗育种基因库。 展开更多
关键词 割手密 cDNA-SCoT 转录衍生片段(TDFs) 基因 干旱胁迫
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甜瓜根分泌物介导自毒作用差异基因表达分析 被引量:1
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作者 谢新蕊 高强 +1 位作者 奚玉培 张志忠 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 2013年第4期332-335,共4页
以甜瓜品种"新银辉"为试验材料,利用甜瓜根系分泌物胁迫处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜自毒作用相关基因及其表达情况。结果表明,利用63对引物组合获得约1200条TDFs(Transcription-derived fragments),平均每对引物... 以甜瓜品种"新银辉"为试验材料,利用甜瓜根系分泌物胁迫处理甜瓜幼苗,通过cDNA-AFLP技术分析甜瓜自毒作用相关基因及其表达情况。结果表明,利用63对引物组合获得约1200条TDFs(Transcription-derived fragments),平均每对引物组合扩增出15-30条TDF,长度在50-700bp之间。相关基因的表达模式可分为上调、下调、瞬时和持续表达4类。选取表达差异明显片段进行回收、测序、比对,获得42条同源性高的TDFs序列。甜瓜根系分泌物介导的自毒作用相关差异表达基因涉及能量代谢、物质合成与运输、逆境诱导和基因调控及信号传导等过程,分子调控机制较为复杂。 展开更多
关键词 甜瓜 根系分泌物 自毒作用 差异表达转录衍生片段(TDFs) cDNA—AFLP
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基于cDNA-AFLP分析桂花开花进程中差异表达基因 被引量:2
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作者 曾祥玲 章晓琴 +1 位作者 邹晶晶 王彩云 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期940-950,共11页
桂花是我国重要的传统名花香花植物,花色与花香是桂花两个重要的观赏品质,受开花进程的影响。为了解其开花进程中色与香的合成过程及相关分子基础,该研究利用不同花期的桂花花瓣和幼叶建立了适用于多个样本的cDNA-AFLP体系,并分析开花... 桂花是我国重要的传统名花香花植物,花色与花香是桂花两个重要的观赏品质,受开花进程的影响。为了解其开花进程中色与香的合成过程及相关分子基础,该研究利用不同花期的桂花花瓣和幼叶建立了适用于多个样本的cDNA-AFLP体系,并分析开花进程中基因的表达差异。结果表明:共获得了283个在花瓣中特异且差异表达的转录衍生片段(transcript-derivedfragments,TDFs)。其中,120个TDFs在数据库中无同源序列;12个有同源序列,但功能未知;150个已知生物学功能的序列,其主要功能包括次级代谢、初级代谢和发育过程等。对其中已知功能的6个TDFs进行qRT-PCR验证,4个转录水平较高的TDFs表达模式与AFLP分析结果基本一致。这对了解开花进程中桂花色与香的合成过程相关基因的表达奠定了基础,也为进一步研究桂花色香形成的分子机制提供了参考。 展开更多
关键词 桂花 CDNA-AFLP 转录衍生片段 花色 花香
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tsRNAs与肿瘤关系的研究进展 被引量:1
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作者 何小雪 樊希蕊 +1 位作者 黄芸 王辉 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期85-88,共4页
转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生的小RNAs(transfer RNA-derived small RNAs,tsRNAs)是来源于成熟tRNA或tRNA前体的一类新兴的非编码单链RNAs,主要包括tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragments,tRFs)和tRNA半分子(tRNA halves,tiRNAs)... 转运RNA(transfer RNA,tRNA)衍生的小RNAs(transfer RNA-derived small RNAs,tsRNAs)是来源于成熟tRNA或tRNA前体的一类新兴的非编码单链RNAs,主要包括tRNA衍生片段(tRNA-derived RNA fragments,tRFs)和tRNA半分子(tRNA halves,tiRNAs)两类。tsRNAs在多种肿瘤中存在差异性表达,并且影响肿瘤的增殖、侵袭或转移过程,尽管其背后的机制尚未完全阐明,但有成为肿瘤新的生物标志物及治疗靶点的潜力。本文对tsRNAs与常见肿瘤的关系进行综述,以期为肿瘤的诊断、治疗及预防提供新思路。 展开更多
关键词 tsRNAs tRNA衍生片段 tRNA半分子 肿瘤
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陆地棉苗期低温胁迫下cDNA-AFLP差异表达分析
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作者 卫珺 王旺华 +3 位作者 樊洪泓 李廷春 蔡永萍 林毅 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期386-392,共7页
以陆地棉品系棕彩选1号为材料,利用cDNA-AFLP技术研究棉花低温处理前后基因表达的差异。试验采用64对引物组合进行扩增,共获得2321个条带,从中得到34条表达存在差异的条带。根据表达模式的不同,对其中表达存在差异的22个转录衍生片段(Tr... 以陆地棉品系棕彩选1号为材料,利用cDNA-AFLP技术研究棉花低温处理前后基因表达的差异。试验采用64对引物组合进行扩增,共获得2321个条带,从中得到34条表达存在差异的条带。根据表达模式的不同,对其中表达存在差异的22个转录衍生片段(Transcripts derived fragments,TDFs)进行了克隆、测序和序列分析。结果表明:在低温胁迫条件下获得的18条TDFs中,上调表达2条(11%),下调表达9条(50%),另外7条(39%)为瞬时表达;而在恢复2 d后得到了4条特异表达的TDFs。22个TDFs中,21个TDFs与NCBI中已知功能基因存在同源性,这些基因包括假定蛋白、转座子、线粒体、过氧化物酶体增殖物激活受体和逆境胁迫反应关键基因等。另有1个TDFs无同源序列。 展开更多
关键词 陆地棉 低温胁迫 cDNA—AFLP 基因差异表达 转录衍生片段
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tRF和tiRNA在疾病中的研究进展 被引量:1
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作者 谢玉鑫 王晚璞 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1173-1176,共4页
对下一代测序数据的深入分析,揭示了许多具有不同功能的小分子非编码RNA。近年来,来源于tRNA衍生的小分子RNA(transfer-RNA derived small RNAs,tsRNAs)引起了广泛关注。tsRNAs主要有2种类型,即tRNA半分子(tRNA-derived stress-induced ... 对下一代测序数据的深入分析,揭示了许多具有不同功能的小分子非编码RNA。近年来,来源于tRNA衍生的小分子RNA(transfer-RNA derived small RNAs,tsRNAs)引起了广泛关注。tsRNAs主要有2种类型,即tRNA半分子(tRNA-derived stress-induced RNA,tiRNA)和t RNA衍生片段(tRNA-derived fragment,tRF)。它们根据在前体或成熟tRNA转录物的切割位置不同而产生。这些tRF和tiRNA的核苷酸组成、生物发生和功能具有异质性。新的研究表明,tRF和tiRNA不仅是tRNA降解的碎片,而且在许多特定的生理和病理过程中起调节作用。本文综述tRF和tiRNA的类型,提出tRF和tiRNA的生物学功能和作用机制的新概念,重点介绍tRF和tiRNA在人类疾病中的潜在应用,并提出目前存在的问题和未来的研究方向。 展开更多
关键词 tRNA衍生片段和tRNA半分子 生物学功能 疾病
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tRF-Pro-CGG对小鼠胰腺癌细胞生物学行为的影响及其分子机制 被引量:1
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作者 符庆胜 金雷 +4 位作者 张旭东 徐荧晨 朱春富 秦锡虎 吴宝强 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期241-249,共9页
背景与目的:tRNA衍生的片段(tRNA-derived fragments,tRF)是一类长度为14~30 nt的小分子非编码RNA,其影响着恶性肿瘤的发展进程。本研究旨在探讨tRF-Pro-CGG对小鼠胰腺癌细胞生物学行为的影响及其可能的分子机制。方法:采用实时荧光定... 背景与目的:tRNA衍生的片段(tRNA-derived fragments,tRF)是一类长度为14~30 nt的小分子非编码RNA,其影响着恶性肿瘤的发展进程。本研究旨在探讨tRF-Pro-CGG对小鼠胰腺癌细胞生物学行为的影响及其可能的分子机制。方法:采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)检测tRFPro-CGG在小鼠胰腺癌细胞系pan02、LTPA,人胰腺癌细胞系Capan-2和正常胰腺细胞HPDE6-C7中的表达水平。通过慢病毒转染技术过表达pan02细胞及敲低LTPA细胞中tRF-Pro-CGG的表达,采用RTFQ-PCR和蛋白质印迹法(Western blot)检测过表达和敲低效果。采用细胞计数试剂盒-8(cell counting kit-8,CCK-8)检测细胞增殖情况。采用transwell实验检测细胞迁移和侵袭能力。采用动物模型检测tRF-Pro-CGG对胰腺癌裸鼠移植瘤生长和转移的影响。采用H-E染色观察移植瘤的组织病理学结构。采用Western blot检测移植瘤组织中Ki-67增殖指数、转移相关蛋白E-钙黏蛋白(E-cadherin)、波形蛋白(vimentin)的表达及磷脂酰肌醇3-激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)信号转导通路蛋白的表达及磷酸化情况。结果:小鼠胰腺癌细胞系pan02中tRF-Pro-CGG表达最低,在pan02细胞中转染tRF-Pro-CGG mimics后,tRF-Pro-CGG的mRNA和蛋白表达水平均显著升高(P<0.01),细胞增殖能力显著降低(P<0.01),细胞迁移(P<0.001)和侵袭能力(P<0.001)显著降低,裸鼠移植瘤体积(P<0.01)和重量(P<0.001)均显著降低,裸鼠移植瘤组织中出现明显坏死和凋亡细胞;裸鼠移植瘤组织中Ki-67增殖指数和vimentin的表达显著降低(P<0.001),而E-cadherin的表达显著升高(P<0.001),PI3K、P-PI3K、AKT和P-AKT的表达显著降低(P<0.001),胰腺癌肝转移例数差异无统计学意义(P>0.05)。小鼠胰腺癌细胞系LTPA中tRF-Pro-CGG表达最高,在LTPA细胞中转染tRF-Pro-CGG inhibitor后,tRF-Pro-CGG的mRNA和蛋白表达水平显著降低(P<0.01),细胞增殖能力显著升高(P<0.01),细胞迁移(P<0.001)和侵袭能力(P<0.001)显著升高,裸鼠移植瘤体积(P<0.01)和重量(P<0.01)均显著升高,裸鼠移植瘤组织中出现少量的坏死及凋亡细胞;裸鼠移植瘤组织中Ki-67和vimentin的表达显著升高(P<0.001),而E-cadherin的表达显著降低(P<0.001),PI3K、P-PI3K、AKT和P-AKT的表达显著升高(P<0.001),胰腺癌肝转移例数差异无统计学意义(P>0.05)。结论:过表达tRF-Pro-CGG可以抑制小鼠胰腺癌细胞增殖、迁移和侵袭,抑制胰腺癌裸鼠移植瘤的生长,下调Ki-67增殖指数、vimentin的表达水平和PI3K/AKT磷酸化水平。tRF-Pro-CGG可能通过调节PI3K/AKT信号转导通路抑制胰腺癌的发生、发展。 展开更多
关键词 胰腺癌 tRNA衍生片段-Pro-CGG 增殖 迁移 侵袭 裸鼠移植瘤模型
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