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基于高通量催化剂评价装置分析方法的改进
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作者 杨帆 孟繁磊 +1 位作者 阮迟 何杉 《石油化工》 北大核心 2025年第8期1147-1152,共6页
精确检测高通量催化剂评价装置数据的平行性问题,是确保高通量装置正常运行的重要工作。针对传统高通量数据平行性检验方法的滞后性和片面性,提出一种基于Welch’s ANOVA检验的数据平行性分析方法。首先,通过改进传统Welch’s ANOVA检验... 精确检测高通量催化剂评价装置数据的平行性问题,是确保高通量装置正常运行的重要工作。针对传统高通量数据平行性检验方法的滞后性和片面性,提出一种基于Welch’s ANOVA检验的数据平行性分析方法。首先,通过改进传统Welch’s ANOVA检验,可有效提高数据分布假设的适用范围和参数估算的稳健性。其次,通过主成分分析提取特征变量,结合改进的Welch’s ANOVA检验和Kruskal-Wallis检验考察某芳烃转化催化剂高通量评价数据的平行性。最后,根据检验结果对装置的分析方法进行改进。实验结果表明,改进后催化剂评价数据平行性得到显著提高。 展开更多
关键词 高通量催化剂评价装置 分析方法 数据平行性分析 主成分分析 Welch’s ANOVA检验
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复旦大学附属儿科医院高通量测序数据分析流程(第二版)对遗传疾病候选变异基因筛选用时和准确性分析 被引量:28
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作者 杨琳 董欣然 +5 位作者 彭小敏 陈乡 吴冰冰 王慧君 卢宇蓝 周文浩 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2018年第2期118-123,共6页
目的本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院(我院)分子诊断中心(本中心)2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程(复旦流程1.0)及其升级后的流程(复旦流程2.0)的临床应用效果。方法以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护... 目的本研究旨在比较和分析复旦大学附属儿科医院(我院)分子诊断中心(本中心)2015年建立的高通量测序数据分析和临床诊断流程(复旦流程1.0)及其升级后的流程(复旦流程2.0)的临床应用效果。方法以复旦流程1.0和2.0对本中心新生儿重症监护病房送检行二代测序分子诊断的连续样本,进行初步数据分析结果、流程用时和准确性的比较和分析,并以典型病例具体说明复旦流程2.0的主要特点。结果 2017年11月7~14日取得家属的知情同意的、行临床外显子检测的112例进入本文分析,初步数据分析结果的比较,进入人工数据审核的变异数量,复旦流程1.0平均210个,复旦流程2.0平均25个;完成112例从样本送达测序完成到初步报告形成时间,复旦流程1.0为78.8 h,复旦流程2.0为19.8 h;与人工审核后阳性结果判读符合率为63.6%(7/11),阴性结果判读符合率为84.2%(85/101)。结论复旦流程2.0可以更加快速、准确和自动地进行大样本量的数据分析,可以用于临床大样本量的高通量数据分析及解读。 展开更多
关键词 高通量数据分析及解读 全外显子组序列分析 临床外显子组序列分析 表型基因型关联性
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新一代高通量RNA测序数据的处理与分析 被引量:65
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作者 王曦 汪小我 +2 位作者 王立坤 冯智星 张学工 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期834-846,共13页
随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术... 随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展,RNA测序(RNA-seq)已成为基因表达和转录组分析新的重要手段.RNA-seq技术产生的海量数据为生物信息学带来了新的机遇和挑战.有效地对测序数据进行针对性的生物信息学处理和分析,成为RNA-seq技术能否在科学探索中发挥重大作用的关键.以新一代Illumina/Solexa测序平台所产生的数据为例,在扼要介绍高通量RNA-seq测序流程的基础上,对RNA-seq数据处理和分析的方法和现有软件做一个较为全面的综述,并对其中有待进一步研究的问题进行展望。 展开更多
关键词 高通量RNA测序 转录组 基因表达 数据处理与分析 生物信息学
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基于无人机高通量植物表型大数据分析及应用研究综述 被引量:6
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作者 袁培森 薛铭家 +2 位作者 熊迎军 翟肇裕 徐焕良 《农业大数据学报》 2021年第3期62-75,共14页
植物表型是指基因和环境因素决定或影响的作物物理、生理、生化特征和性状。准确和快速的获取植物在各种不同环境条件下的表型信息,从而挖掘其基因组的遗传和表现规律,可有效推动有关基因组与表型信息关联性研究。无人机高通量植物表型... 植物表型是指基因和环境因素决定或影响的作物物理、生理、生化特征和性状。准确和快速的获取植物在各种不同环境条件下的表型信息,从而挖掘其基因组的遗传和表现规律,可有效推动有关基因组与表型信息关联性研究。无人机高通量植物表型平台凭借无人机机动灵活的特点,适合于农作物田间环境中的植物表型数据获取,具有数据获取效率高和成本低等优势,借助于图像、高光谱、激光雷达等先进传感器技术,为高效获取各类植物表型数据提供了可行的途径;与此同时,快速发展的大数据技术和智能数据分析技术为无人机所获取的植物表型图像提供有效的分析处理方法和技术。在此背景下,基于无人机平台的高通量植物表型分析,为研究田间作物表型信息提供了重要的方法和工具。本文综述了国内外无人机高通量作物表型大数据分析的最新研究成果,就其研究原理、相关算法、过程、关键技术及应用等进行总结与分析,重点讨论了应用于无人机高通量植物表型大数据分析相关的大数据处理与智能分析技术,重点分析了植物株高获取、叶面积指数、植物病害等典型的表型分析需求,并就其应用前景进行了总结和展望。 展开更多
关键词 表型大数据 无人机 高通量 植物表型分析
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基于高通量测序技术的微生物检测数据分析方法 被引量:23
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作者 周子寒 彭绍亮 +1 位作者 伯晓晨 李非 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第1期58-69,共12页
高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随之... 高通量测序技术的发展正在逐渐改变诸多生物学领域的研究方法.为应对突发疫情以及新发未知微生物威胁的需求,微生物鉴定技术逐渐从传统的物理化学方法及核酸杂交等分子水平方法进一步走向利用无需培养的测序数据进行快速分析检测.随之而来的是对高通量数据分析在精度及速度的要求.基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法在近些年得到了快速的发展.本文分析了目前基于高通量测序数据的微生物检测数据分析方法,对其数据分析的处理流程和计算方法进行了研究,比较了各个微生物检测数据分析方法的特点及适用场景.最后结合本实验室工作总结微生物检测数据分析方法在实际应用中可能遇到的问题,希望对该应用领域的研究有一定的参考意义. 展开更多
关键词 高通量测序 微生物检测 数据分析方法 性能评测
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地、空尺度的农作物高通量表型分析的应用与挑战
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作者 陈龙跃 段丹丹 +5 位作者 徐卫兵 李作麟 赵冲 姜毅 高永钢 左文庆 《广东农业科学》 2024年第11期149-162,共14页
农作物高通量表型分析作为一种新兴的技术手段,旨在通过分析大量的表型数据,快速、准确地揭示农作物性状与基因和环境之间的关系,进而优化育种效率和准确性、提升作物产量和品质、解决全球人口增加及环境恶化趋势下对粮食需求提升的问... 农作物高通量表型分析作为一种新兴的技术手段,旨在通过分析大量的表型数据,快速、准确地揭示农作物性状与基因和环境之间的关系,进而优化育种效率和准确性、提升作物产量和品质、解决全球人口增加及环境恶化趋势下对粮食需求提升的问题。该文对农作物高通量表型分析的关键技术架构进行剖析后,从传感器、多尺度观测和大数据挖掘层面阐述收集、整理和分析农作物表型信息的手段及其不足。在此基础上综述了近年来农作物表型分析的主要应用领域,研究证实农作物高通量表型分析是量化作物性状、监测作物长势、优化田间管理、提升育种效率的有效工具,但其应用性能仍具有提升潜力。最后,探讨农作物高通量表型分析面临的挑战、优化方案、广阔前景及未来发展趋势。表明其在数据处理和解析、跨品种、跨组织、跨环境的应用等方面还存在着挑战,但随着对大体量、高复杂度数据处理有着巨大优势的云端大数据处理平台和人工智能等前沿技术的日益发展,同时结合生物技术和基因组学研究方法,农作物高通量表型分析将在对抗全球环境变化和人口增加所带来的粮食短缺隐患中发挥举足轻重的作用。 展开更多
关键词 农业 地、空尺度 高通量表型分析 数据挖掘 传感器 遥感
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田间作物高通量表型信息获取与分析技术研究进展 被引量:29
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作者 程曼 袁洪波 +1 位作者 蔡振江 WANG Ning 《农业机械学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第S01期314-324,共11页
田间作物表型信息获取种类、数量以及信息处理与分析方法对于发现有价值的表型特性并确定其遗传因素有着重要影响,而传统的田间表型信息获取方法依赖于研究人员的人工采样测量,不但费时费力,还存在效率低和主观性强等缺点。为解决这一问... 田间作物表型信息获取种类、数量以及信息处理与分析方法对于发现有价值的表型特性并确定其遗传因素有着重要影响,而传统的田间表型信息获取方法依赖于研究人员的人工采样测量,不但费时费力,还存在效率低和主观性强等缺点。为解决这一问题,田间作物高通量表型信息获取及分析技术成为了当前植物表型领域的一个研究热点。目前,表型研究主要集中在3个方面:传感器、平台和信息分析。本文从这3个方面阐述国内外田间作物高通量表型信息获取及分析技术的最新研究成果,分析表型信息获取技术中常用传感器的应用范围和使用限制条件以及不同表型信息获取平台的优缺点,总结表型信息分析的方法,提出使用时需要根据具体情况,综合考虑实际需求以及经济合理性选择和设计。最后展望田间作物表型研究未来的发展方向,将集中在多类型数据融合、数据标准化管理、多学科知识整合等方面。该项研究成果对推广田间表型信息获取技术和分析方法、促进表型研究和遗传育种研究的深入融合提供了理论参考和技术支撑。 展开更多
关键词 田间作物 高通量表型 信息获取 数据分析
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2017年蛋鸡养殖数据解读及2018年趋势分析
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作者 徐桂云 《北方牧业》 2018年第4期14-14,共1页
一、蛋鸡养殖大数据分析(一)品种目前,我国蛋鸡良种化已经达到了各个畜种最高水平之一,从近几年品种来源的变化来看,从之前的以引进为主发展到目前国内自主培育的品种已经达到了65%左右的水平,另外,类型也从过去的比较单一的几种类型... 一、蛋鸡养殖大数据分析(一)品种目前,我国蛋鸡良种化已经达到了各个畜种最高水平之一,从近几年品种来源的变化来看,从之前的以引进为主发展到目前国内自主培育的品种已经达到了65%左右的水平,另外,类型也从过去的比较单一的几种类型向更加多元化的方向改变。高产、特色的品种增多,其中国内第一个特色品种就是北农大3号。引进品种在我们国家蛋鸡品种发展过程中起到了很大的作用,近几年,我国自主培育品种的作用已经超过了引进品种的作用。 展开更多
关键词 蛋鸡养殖 品种来源 解读 引进品种 培育品种 数据分析 特色品种 蛋鸡品种
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《时间-事件( 生存分析) 结局的证据质量评价:干预性研究中数据缺失导致的偏倚》文献解读 被引量:3
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作者 马燕 王小钦 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2021年第6期455-457,共3页
原文出处GOLDKUHLE M,BENDER R,AKL E A,et al.GRADE guidelines:29.Rating the certainty in time-to-event outcomes-Study limitations due to censoring of participants with missing data in intervention studies.J Clin Epidemi... 原文出处GOLDKUHLE M,BENDER R,AKL E A,et al.GRADE guidelines:29.Rating the certainty in time-to-event outcomes-Study limitations due to censoring of participants with missing data in intervention studies.J Clin Epidemiol,2021,129:126-137.原文通讯作者GOLDKUHLE M,email:marius.goldkuhle@uk-koeln.de说明本文解读者根据对原文理解做解读,可能不完全反映原文的思想。本文图2为原文图的翻译,已通过Copyright Clearance Center's RightsLink服务购买了使用权。 展开更多
关键词 原文理解 文献解读 解读 生存分析 数据缺失 证据质量 干预性研究
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临床基因组测序解读与报告专家共识
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作者 卢宇蓝 李国壮 +31 位作者 王雅琼 徐可欣 董欣然 蔡继昊 吴冰冰 王慧君 方萍 王剑 王华 孙路明 叶勇裕 李晴 刘雅萍 刘丽 刘宁 刘嘉琦 宋昉 杨琳 邱正庆 陈泽夫 罗华夏 郭丹 郝婵娟 赵森 黄尚志 彭镜 蔡小强 睢瑞芳 李林康 吴南 周文浩 张抒扬 《遗传》 北大核心 2025年第3期314-328,共15页
基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术,旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用。作为一种应用越来越广泛的检测技术,GS凭借高通量、高准确性和... 基因组测序(genome sequencing,GS)是一种全面且系统地检测个体核基因组和线粒体基因组DNA序列的技术,旨在识别遗传变异并研究这些变异在人类健康和疾病发生发展中的作用。作为一种应用越来越广泛的检测技术,GS凭借高通量、高准确性和全面性的优势,为临床诊断提供了重要支持。然而,其复杂的数据分析与解读对专业知识和经验提出了较高要求,也带来了诸多挑战。运用GS技术进行遗传病分子诊断会涉及临床应用的伦理与技术问题,包括知情同意、诊断性数据解读、报告范围和内容等。本专家共识总结了临床基因组测序(clinical GS,c GS)的核心流程,明确了检测范围与技术局限性,提供了数据质控、分析、注释及变异解读的关键步骤,并对报告内容和知情同意的争议性问题展开讨论。本共识旨在帮助相关从业人员正确理解和规范使用临床基因组测序技术,提升遗传病诊断的准确性,优化技术的临床效用,推动医学科学研究的进步。 展开更多
关键词 遗传罕见病 基因组测序 高通量测序数据分析 变异解读 遗传检测报告
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用因子分析解读影响净水处理效果因素探讨 被引量:1
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作者 谢迪华 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2007年第2期216-217,共2页
关键词 因子分析方法 净水处理 解读 水源水质 水净化处理 水源防护 检测数据 自来水厂
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2021全球农业研究热点前沿分析解读 被引量:1
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作者 孙巍 +1 位作者 李周晶 张学福 《农学学报》 2021年第12期7-9,共3页
以文献计量学中的共被引理论为基础,基于科睿唯安Essential Science Indicators;(ESI)数据库中1469个热点前沿基础数据,遴选获得2021农业8个学科54个研究热点(详见表1),其中有10个热点最具前瞻性,被确定为农业研究前沿;总体分析了农业8... 以文献计量学中的共被引理论为基础,基于科睿唯安Essential Science Indicators;(ESI)数据库中1469个热点前沿基础数据,遴选获得2021农业8个学科54个研究热点(详见表1),其中有10个热点最具前瞻性,被确定为农业研究前沿;总体分析了农业8个学科的研究热点前沿发展趋势;对9个重点热点前沿的发展态势进行了详细的内容解读与分析;运用研究热点前沿国家表现力指数。 展开更多
关键词 文献计量学 共被引 热点前沿 总体分析 分析解读 解读分析 发展态势 数据
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纵向组学数据统计分析方法和研究策略
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作者 吕嘉丽 范冰冰 +1 位作者 魏梦珂 张涛 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2022年第3期474-476,480,共4页
近年来,随着高通量检测技术与机器学习方法的发展,以前瞻性队列设计为基础的纵向组学研究已经成为系统生物学研究新趋势。统计学上,纵向数据统计分析方法已经形成了系统的统计分析框架,但这些方法主要集中于变量数目小于观察单位数的低... 近年来,随着高通量检测技术与机器学习方法的发展,以前瞻性队列设计为基础的纵向组学研究已经成为系统生物学研究新趋势。统计学上,纵向数据统计分析方法已经形成了系统的统计分析框架,但这些方法主要集中于变量数目小于观察单位数的低维医学纵向数据。而针对纵向组学数据,目前仍缺乏成熟的统计分析策略。本文拟对近年来国内外研究者提出的纵向组学数据统计分析方法进行介绍,并系统地总结各个方法的核心思想及优缺点,给出纵向组学数据统计分析策略。 展开更多
关键词 高通量检测 纵向数据 统计分析方法 系统生物学 组学数据 变量数目 机器学习方法 组学研究
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2020全球农业研究热点前沿分析解读 被引量:2
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作者 《农学学报》 2020年第12期4-6,共3页
以文献计量学中的共被引理论为基础,基于科睿唯安Essential Science Indicators SM(ESI)数据库中17561个热点前沿基础数据,遴选获得2020年农业8大学科50个研究热点(详见表1~2),其中有8个热点最具前瞻性,被确定为农业研究前沿;总体分析... 以文献计量学中的共被引理论为基础,基于科睿唯安Essential Science Indicators SM(ESI)数据库中17561个热点前沿基础数据,遴选获得2020年农业8大学科50个研究热点(详见表1~2),其中有8个热点最具前瞻性,被确定为农业研究前沿;总体分析了农业8大学科的研究热点前沿发展趋势,并有重点地进行了内容解读与分析,全面评估了中国、美国、澳大利亚、加拿大、英国、意大利等10个世界主要国家在农业领域、农业各学科领域以及各热点前沿中的研究活跃程度及表现力,为推动我国科技创新战略发展提供决策支撑。 展开更多
关键词 科技创新战略 文献计量学 热点前沿 活跃程度 总体分析 基础数据 澳大利亚 解读分析
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赛默飞发布专为高通量检测、科研实验室量身定制的ICP-MS
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《理化检验(化学分册)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期540-540,共1页
科学服务领域的世界领导者赛默飞世尔科技(以下简称:赛默飞)近日在京隆重推出新产品Thermo Scientific iCAP RQ ICP-MS,为客户带来全新ICP-MS解决方案。iCAP RQ ICP-MS不仅具有可靠的分析性能和数据保障,而且还能够提供智能的操作、... 科学服务领域的世界领导者赛默飞世尔科技(以下简称:赛默飞)近日在京隆重推出新产品Thermo Scientific iCAP RQ ICP-MS,为客户带来全新ICP-MS解决方案。iCAP RQ ICP-MS不仅具有可靠的分析性能和数据保障,而且还能够提供智能的操作、简便的方法开发和高效的分析效率。Thermo Scientific iCAP RQ ICP-MS提供多元素检测的完整解决方案。 展开更多
关键词 赛默 ICP-MS 高通量检测 科研实验室 数据保障 直观清晰 元素检测 飞世尔 分析效率 分析仪器
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基于气相/液相色谱-高分辨率质谱联用技术的非目标化合物分析方法研究进展 被引量:16
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作者 林必桂 于云江 +4 位作者 向明灯 余乐洹 李良忠 鞠勇明 玉琳 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期466-476,共11页
近10多年来随着色谱(气相色谱和液相色谱)和高分辨率质谱联用技术以及相关数据处理软件和数据库的发展,使得高通量的非目标化合物分析方法得以实现,并在环境研究、食品监管、药物研发以及生物代谢物研究等领域得到日益广泛的应用.本文... 近10多年来随着色谱(气相色谱和液相色谱)和高分辨率质谱联用技术以及相关数据处理软件和数据库的发展,使得高通量的非目标化合物分析方法得以实现,并在环境研究、食品监管、药物研发以及生物代谢物研究等领域得到日益广泛的应用.本文综述了基于气相/液相色谱-高分辨率质谱联用技术的非目标化合物分析方法的研究进展,包括其分析方法策略、流程及其在环境研究领域的实际应用情况,并探讨了该方法所存在的问题和发展前景,为环境中的新兴污染物及其代谢转化产物、关键致毒物的甄别、环境健康风险评估等提供一种新兴的高通量分析鉴别技术. 展开更多
关键词 非目标化合物分析 目标化合物分析 高分辨率质谱 解卷积软件 数据 高通量筛选
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微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析 被引量:2
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作者 林瑶 林春霖 +3 位作者 王琴 张彬 王少瑜 朱广伟 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期430-437,共8页
目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选... 目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子。方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行基因本体论(GO)的功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。使用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,筛选枢纽基因,并结合临床数据进行生存分析。结果果:2个数据库共有的DEGs为226个,其中上调的为170个,下调的为56个。GO富集分析,上述DEGs主要与细胞核分裂、细胞器分裂、有丝分裂和DNA酶活性催化等有关联。KEGG通路分析,这些DEGs主要富集在细胞周期、DNA复制和p53信号通路等。生存分析,微小染色体蛋白(MCMs)家族基因中MCM2、MCM5和MCM6与染色体结构维持蛋白4 (SMC4)基因均在肿瘤组织中高表达,且与宫颈鳞癌患者预后有关联(P <0.05),其中表达上调的MCM2、MCM5和MCM6基因可延长宫颈鳞癌患者的生存时间,属于抑癌基因;而SMC4则缩短患者的生存时间,为促癌基因。结论:MCM2、MCM5和MCM6作为抑癌基因抑制宫颈癌的进展,而SMC4作为促癌基因促进宫颈鳞癌的进展。 展开更多
关键词 宫颈鳞状细胞癌 癌症基因组图谱数据 高通量基因表达数据 生物信息学分析
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小学英语文本解读工具的开发和应用 被引量:3
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作者 陈雅静 康彩虹 《中小学英语教学与研究》 北大核心 2020年第2期7-10,共4页
一、开发小学英语文本解读工具的出发点。文本解读是教师的必备能力,英语教师在教学分析时应对英语文本进行主动、自觉的理解和分析。然而,说起来容易做起来难,到了真正操作时,许多教师依然无从下手。中国知网数据显示,有关“文本解读... 一、开发小学英语文本解读工具的出发点。文本解读是教师的必备能力,英语教师在教学分析时应对英语文本进行主动、自觉的理解和分析。然而,说起来容易做起来难,到了真正操作时,许多教师依然无从下手。中国知网数据显示,有关“文本解读”和“工具”两大关键词的文献数量为零。 展开更多
关键词 小学英语 中国知网 文本解读 数据显示 文献数量 教学分析 关键词 必备能力
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高维中介分析方法及其在组学研究中的应用
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作者 魏梦珂 周广帅 +2 位作者 范冰冰 吕嘉丽 张涛 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2021年第5期783-787,共5页
中介分析在生物医学、行为和社会科学研究中扮演着重要的角色,主要用来研究自变量和因变量之间的内部作用机制。经典的中介分析是针对单个中介变量的研究,近年来,对于多元中介模型的研究也有一定的发展。随着高通量检测仪器和技术的发展... 中介分析在生物医学、行为和社会科学研究中扮演着重要的角色,主要用来研究自变量和因变量之间的内部作用机制。经典的中介分析是针对单个中介变量的研究,近年来,对于多元中介模型的研究也有一定的发展。随着高通量检测仪器和技术的发展,高维数据在许多科学领域变得越来越普遍。 展开更多
关键词 高通量检测 中介分析 高维数据 生物医学 组学研究 中介模型 社会科学研究 中介变量
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基于加权基因共表达网络分析构建胃癌转移预测模型
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作者 龚超 陈魁 +5 位作者 章德昆 谢径峰 吴芳华 黄玉钿 薛玉钦 王力群 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期746-753,共8页
背景与目的:通过对高通量功能基因组数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中一组含有转移和非转移性胃癌以及癌旁组织的基因芯片进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与胃癌发生和... 背景与目的:通过对高通量功能基因组数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中一组含有转移和非转移性胃癌以及癌旁组织的基因芯片进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与胃癌发生和转移显著相关的分子,为胃癌的治疗和生存期延长的研究提供参考。方法:采用WGCNA方法对19例胃癌患者基因表达进行差异分析;结合临床数据,选取与临床信息高度相关的基因模块构建网络。结果:利用WGCNA我们筛选出了Lightsteelblue模块与胃癌转移明确相关,同时对模块中的基因进一步进行分析,筛选出4个基因:C5AR1、AP3M2、TYMP、ANXA2P1作为核心靶基因。通过表达分析和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线分析验证上述基因与胃癌发生、转移明确相关。同时,通过外部ONCOMINE和Kaplan-Meier plot数据库验证上述基因在胃癌中高表达,高表达这些基因的患者有着更差的预后。并利用GSE14210数据集构建基于这些基因的预测患者预后和疾病进展模型。结果提示我们所筛选的4个基因具有成为潜在胃癌转移和治疗生物标志物的可能。结论:鉴定筛选出与胃癌发生和转移相关的4个基因,可为胃癌发生、转移和治疗的研究提供参考。 展开更多
关键词 胃癌 高通量功能基因组数据 转移 加权基因共表达网络分析
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