UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾...UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾病相关通路进行分析。提取UHRF1敲低细胞(MCF-7/shRNA-UHRF1)和对照组细胞(MCF-7/shRNA-Scramble)的RNA进行RNA-Seq测序,利用DESeq2软件对差异表达基因进行鉴定,并通过qRTPCR对部分基因进行验证。利用Gene ontology(GO)功能聚类、Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路富集分析、Disease ontology(DO)疾病聚类分析等方法分析差异基因的潜在功能。研究共鉴定出2926个受UHRF1调控的差异表达基因,与对照组相比,shRNA-UHRF1细胞中有1453个基因下调表达,1473个基因上调表达。GO和KEGG分析显示,差异表达基因主要参与细胞代谢、免疫调节、信号传导、心血管疾病和肿瘤发生等。DO功能富集分析显示这些基因参与癌症和神经性疾病。研究结果表明,表观遗传调控因子UHRF1介导的DNA甲基化可在转录水平上调控基因的差异表达,为UHRF1参与调控相关信号通路提供数据支持。展开更多
文摘UHRF1(ubiquitin-like with PHD and Ring finger domains 1)是一种维持DNA甲基化修饰的表观遗传调控因子,在胚胎发育和肿瘤发生发展及预后中发挥重要作用。研究鉴定了受UHRF1调控的差异表达基因,并对基因参与的细胞功能、代谢途径和疾病相关通路进行分析。提取UHRF1敲低细胞(MCF-7/shRNA-UHRF1)和对照组细胞(MCF-7/shRNA-Scramble)的RNA进行RNA-Seq测序,利用DESeq2软件对差异表达基因进行鉴定,并通过qRTPCR对部分基因进行验证。利用Gene ontology(GO)功能聚类、Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes(KEGG)代谢通路富集分析、Disease ontology(DO)疾病聚类分析等方法分析差异基因的潜在功能。研究共鉴定出2926个受UHRF1调控的差异表达基因,与对照组相比,shRNA-UHRF1细胞中有1453个基因下调表达,1473个基因上调表达。GO和KEGG分析显示,差异表达基因主要参与细胞代谢、免疫调节、信号传导、心血管疾病和肿瘤发生等。DO功能富集分析显示这些基因参与癌症和神经性疾病。研究结果表明,表观遗传调控因子UHRF1介导的DNA甲基化可在转录水平上调控基因的差异表达,为UHRF1参与调控相关信号通路提供数据支持。
