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蓖麻蚕线粒体基因组中nd1及其侧翼tRNA基因的克隆与结构分析 被引量：11
1
作者 沈兴家 赵巧玲 +3 位作者 张志芳 李奕仁 何家禄 韦波 《蚕业科学》 CAS CSCD 2002年第4期289-293,共5页
按KoichiroTamura等 (1988)的方法制备出蓖麻蚕线粒体DNA ,用EcoRⅠ和XbaⅠ双酶解后 ,以pSK(+)(Ampr)为载体进行克隆 ,获得 1个 3 3kb的克隆片段。测序结果表明 ,所测序列包括部分 16SrRNA、完整的tRNA Leu ,nd1和tRNA Ser基因。其中 16... 按KoichiroTamura等 (1988)的方法制备出蓖麻蚕线粒体DNA ,用EcoRⅠ和XbaⅠ双酶解后 ,以pSK(+)(Ampr)为载体进行克隆 ,获得 1个 3 3kb的克隆片段。测序结果表明 ,所测序列包括部分 16SrRNA、完整的tRNA Leu ,nd1和tRNA Ser基因。其中 16SrRNA(3’端部分 )、nd1基因与家蚕具有很高的同源性。同时以nd1基因为依据构建了 17种动物的分子进化树 ,显示出蓖麻蚕与家蚕、野蚕有最近的演化关系。根据tRNA Leu和tRNA Ser基因的一级结构 ,推定了可能的二级结构 ,并与家蚕进行了比较。 展开更多
关键词 基因组 蓖麻蚕 线粒体DNA nd1基因 侧翼trna基因 基因克隆 基因结构
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12SrRNA基因及其二级结构在系统学研究中的应用 被引量：8
2
作者 郑冬 刘学东 马建章 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第3期59-61,共3页
论述了分子系统学的研究方法、12SrRNA基因的特点及其在分子系统学中的应用 ,并对 12SrRNA的二级结构及在系统发育中的应用进行了阐述。
关键词 12SRRNA基因 二级结构 系统发育 应用 分子系统学
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家蚕微粒子病原虫(Nosema bombycis)小亚基核糖体RNA全基因的克隆及其二级结构的构建 被引量：15
3
作者 王见杨 黄可威 陆长德 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期290-295,共6页
在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的... 在用PCR技术扩增、克隆、测序了家蚕微粒子病原虫Nosemabombycis (镇江株 )小亚基核糖体RNA基因核心序列(5′ 端起 12 0 0bp)的基础上 ,用SSP PCR技术克隆了核心序列 3′ 端下游序列 ,从而获得了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA基因的全序列共 12 33bp。用RnaViz、Forcon、DCSE等生物软件构建了家蚕微粒子病原虫小亚基核糖体RNA的二级结构 ,与其它微孢子虫及真核生物小亚基核糖体RNA的二级结构相比 ,该二级结构缺乏螺旋 10、E10 1、 11、 18、E2 3 n和43。 展开更多
关键词 家蚕微粒子病原虫 SSP-PCR 小亚基核糖体RNA SSUrRNA 全基因 二级结构 螺旋
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登革病毒GD01/98结构蛋白基因序列及蛋白二级结构初步分析 被引量：2
4
作者 张勤奋 陈森雄 +2 位作者 蒋廉华 卢炘英 张景强 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期72-75,共4页
对登革病毒GD0 1 98结构蛋白基因采用RT -PCR、分子克隆等方法进行测序 ,获得了分离株的结构蛋白基因核苷酸序列 2 419bp ;并通过Internet、用Blast等软件进行同源性分析 ,发现它同泰国分离株最近 ,可能来源于泰国 ;根据核苷酸序列 ,推... 对登革病毒GD0 1 98结构蛋白基因采用RT -PCR、分子克隆等方法进行测序 ,获得了分离株的结构蛋白基因核苷酸序列 2 419bp ;并通过Internet、用Blast等软件进行同源性分析 ,发现它同泰国分离株最近 ,可能来源于泰国 ;根据核苷酸序列 ,推导蛋白一级结构 ,并用GOR、神经网络 (HierarchicalNeuralNetwork)等方法进行二级结构预测 ,发现有 46 74%氨基酸参与无规卷曲 ,有 31 16 %氨基酸参与α -螺旋 ,没有 展开更多
关键词 登革病毒 结构蛋白 核苷酸序列 蛋白二级结构 基因序列分析 急性传染病毒
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家鹅线粒体DNA tRNA^(pro)和tRNA^(thr)基因序列与结构分析 被引量：2
5
作者 刘安芳 王继文 朱庆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期672-676,共5页
采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体tRNApro(69 bp)和tRNAthr(68 bp)基因的完整序列,通过对家鹅线粒体基因组的研究,首次报道了家鹅线粒体tRNApro和tRNAthr基因的结构,对鸿雁、灰雁、白额雁(Anser... 采用PCR和DNA测序技术测定了6个中国家鹅品种和2个欧洲鹅品种25个个体线粒体tRNApro(69 bp)和tRNAthr(68 bp)基因的完整序列,通过对家鹅线粒体基因组的研究,首次报道了家鹅线粒体tRNApro和tRNAthr基因的结构,对鸿雁、灰雁、白额雁(Anser albifrons,序列号为AF363031)雁属种间tRNApro和tRNAthr基因的二级结构及序列的变异特征进行了分析,并通过家鸡(Gallus gallus domesticus,序列号为NC001323)与鸿雁家鹅间tRNApro和tR-NAthr基因二级结构的比较,初步进行了鸡形目与雁形目两个目间tRNApro和tRNAthr基因二级结构及序列变异的分析。结果表明:家鹅tRNApro和tRNAthr基因均可折叠成标准的三叶草形二级结构;2个tRNA基因三叶草结构的氨基酸臂、反密码子环在鸿雁、灰雁和白额雁种间以及鸡形目与雁形目两个目间没有变异,具有高度的保守性。本研究的结果将为进一步探讨家鹅线粒体DNA tRNApro和tRNAthr基因序列与结构、功能的关系奠定基础。所测的序列已登录GenBank数据库,序列号为AY427800~AY427805和AY427812~AY427814。 展开更多
关键词 家鹅 线粒体DNA trna^pro 和trna^thr基因 二级结构
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Yeast基因下游二级结构与多聚腺苷作用信号 被引量：3
6
作者 张静 石秀凡 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期523-527,共5页
形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2... 形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2 0 0个碱基 )二级结构进行的详细分析显示 ,约 86 %的EE、 89%的PE与二级结构中碱基非配对的环 (发夹环、膨胀环、内环或多分支环 )区或连接单链区有关 .这个结果提示 ,反式因子对EE和PE的识别和作用在一定程度上有赖于EE和PE的二级结构特征 . 展开更多
关键词 Yeast基因 多聚腺苷作用信号 MRNA二级结构 蛋白质合成
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黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析
7
作者 黄振 郭琼霞 《安徽农业科学》 CAS 2024年第19期77-80,共4页
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用W... 为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。 展开更多
关键词 黑漆实蝇 线粒体全基因组 相对密码子使用频率 trna基因二级结构
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中国猪瘟兔化弱毒(脾淋毒)基因组5′-UTR的克隆和二级结构分析 被引量：1
8
作者 胡建和 张彦明 +5 位作者 张显升 刘在新 韩雪清 季建莉 刘湘涛 谢庆阁 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2003年第1期105-108,共4页
据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进... 据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进行了序列测定。与 Shimen株、AL D株、GPE-株、Holland C-株和 Russian C-株相应区段的比较分析表明 ,其同源性分别为 96 .2 %,95 .7%,96 .0 %,98.7%和 95 .4 %。 5′- U TR中发现的隐性 AUG起始密码子及茎环二级结构 ,可能在多聚蛋白前体的翻译以及病毒的复制中起着重要作用。 展开更多
关键词 基因组 猪瘟 兔化弱毒 5′-UTR 二级结构分析 基因克隆 序列分析
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某些植物病毒基因组内tRNA-样结构
9
作者 蒋秉坤 沈蓉 +1 位作者 夏俊 赵学海 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1989年第3期172-175,共4页
某些植物病毒基因组的3′末端含有能接受缬氨酸的tRNA-样结构。已经测定了它们相应区域核苷酸残基顺序,根据碱基配对原则可以折叠成不同于tRNA的二级结构,与标准tRNA^(val)比较时发现了某些共同的结构特点。tRNA-样结构的可能功能尚属... 某些植物病毒基因组的3′末端含有能接受缬氨酸的tRNA-样结构。已经测定了它们相应区域核苷酸残基顺序,根据碱基配对原则可以折叠成不同于tRNA的二级结构,与标准tRNA^(val)比较时发现了某些共同的结构特点。tRNA-样结构的可能功能尚属推测。 展开更多
关键词 植物病毒 基因组内 trna 结构
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新型鸭呼肠孤病毒QY株σB蛋白基因特征、二级结构预测及其细胞抗原表位分析 被引量：4
10
作者 吴阳开 范文胜 +4 位作者 张雪莲 李智丽 郭锦玥 李文锋 黄淑坚 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2851-2859,共9页
本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分... 本研究旨在对新型鸭呼肠孤病毒(NDRV)QY株σB蛋白的遗传变异规律和结构及功能进行分析。从GenBank数据库中获取QY株和25株参考株的σB蛋白编码序列,通过Mega 6.0软件进行序列比对分析和系统进化树构建;使用Datamonkey软件进行选择压力分析;运用生物信息学软件预测QY株σB蛋白二级结构功能及B细胞和T细胞抗原表位。相似性分析结果显示,NDRV QY株与国内其他地区分离的鸭呼肠孤病毒(DRV)氨基酸相似性达到94.9%~98.9%,与禽呼肠孤病毒(ARV)及番鸭呼肠孤病毒(MDRV)的相似性仅为66.5%~68.4%和67.6%~68.4%;选择压力分析显示,σB蛋白承受净化选择压力,但存在一个正向选择位点;σB蛋白属于亲水蛋白,不具有信号肽和跨膜区,含有潜在的O-糖基化位点;结构预测分析显示,σB蛋白具有α-螺旋、β-折叠、β-转角及无规则卷曲等丰富的二级结构;表位分析显示,σB蛋白含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位。本研究成功进行了QY株σB蛋白的基因特征和结构功能预测及其细胞表位分析,为深入了解该蛋白的免疫学特性及研发NDRV新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 新型鸭呼肠孤病毒(NDRV) σB蛋白 基因特征 二级结构 抗原表位
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HIV-1 RNA基因组二级结构被确定
11
《广西科学》 CAS 2009年第3期321-321,共1页
关键词 二级结构 A基因组 SHAPE 调控作用 颗粒分析 研究人员 引物延伸 感染性
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羊口疮病毒F1L蛋白二级结构分析与表位预测 被引量：20
12
作者 王光祥 尚佑军 +3 位作者 吕占禄 张克山 田宏 刘湘涛 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1185-1190,共6页
目的利用软件预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的二级结构和细胞表位。方法利用SOPMA服务器预测ORFV F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件单参数(二级结构、亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测结果为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCp... 目的利用软件预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的二级结构和细胞表位。方法利用SOPMA服务器预测ORFV F1L蛋白的二级结构,以DNAStar软件单参数(二级结构、亲水性、可及性、柔韧性及抗原性)预测结果为基础,通过二级结构预测初步筛选,并以ABCpred方案作为最终验证,预测羊口疮病毒(ORFV)F1L蛋白的B细胞表位;运用神经网络+量化矩阵法(ANNs+QM法)预测ORFV F1L蛋白的CTL细胞表位;使用MHC-II类分子结合肽在线程序预测ORFV F1L蛋白的Th细胞表位。结果 ORFV F1L蛋白含有α-螺旋34.71%、β-片层18.82%、β-转角5.88%、无规则卷曲40.59%;没有信号肽,可能存在7个B细胞表位,2个CTL表位,3个Th细胞表位。结论该研究结果将为建立ORFV诊断方法、制备单克隆抗体及合成肽疫苗提供理论依据。 展开更多
关键词 羊口疮病毒 F1L基因 二级结构 细胞表位 预测
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析 被引量：3
13
作者 钟立强 张成锋 +3 位作者 蔡生力 刘红 李冰 朱健 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第4期778-783,共6页
黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了... 黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。 展开更多
关键词 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 二级结构
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番石榴实蝇和瓜实蝇的线粒体L-rRNA基因测序及双翅目昆虫L-rRNA基因的结构特征与系统发育关系分析 被引量：1
14
作者 吴培福 熊忠平 +2 位作者 徐磊 黄阳洋 潘涌智 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期921-932,共12页
RNA二级结构比一级结构包含更多的信息,在物种系统发育分析中更能反应真实情况。因而,本研究对番石榴实蝇Bactrocera correcta和瓜实蝇B. cucurbitae的L-rRNA全基因进行了测序,构建了双翅目L-rRNA基因二级结构的模式图,并分析了其结构特... RNA二级结构比一级结构包含更多的信息,在物种系统发育分析中更能反应真实情况。因而,本研究对番石榴实蝇Bactrocera correcta和瓜实蝇B. cucurbitae的L-rRNA全基因进行了测序,构建了双翅目L-rRNA基因二级结构的模式图,并分析了其结构特征,而后基于H45～H47茎环结构参数和结构序列及L-rRNA结构序列对双翅目13科的系统发育关系进行了初步分析。结果表明:双翅目昆虫具有保守的L-rRNA二级结构;不同结构区碱基组成和分布不均匀,Ⅳ区和Ⅴ区的完全保守碱基含量最高,GC含量最高,绝大部分科Ⅵ区的AT斜率均小于0;科内特有碱基和科间少数保守碱基大部分为G或C。瘿蚊科与双翅目其他科具有较远的系统发育关系,而丽蝇科、寄蝇科和食蚜蝇科有相近的系统发育关系;虻科与网翅虻科同在一个小分支;蠓科与蚊科同在一个大的系统发育分支。利用单方面参数不易得到理想的进化结果,准确系统发育分析需要结合多方面的参数。 展开更多
关键词 双翅目 番石榴实蝇 瓜实蝇 L-rRNA基因 测序 二级结构 结构特征 系统发育
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蛋白质二级结构预测方法研究 被引量：2
15
作者 王艳春 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第36期44-46,共3页
为提高蛋白质二级结构预测精度,提出一种新的网络模型和编码方法。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计神经网络的结构和连接权;其次,对神经网络输入层编码进行了改进,添加了氨基酸残基所处的疏水环境。用PDB-Selec... 为提高蛋白质二级结构预测精度,提出一种新的网络模型和编码方法。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计神经网络的结构和连接权;其次,对神经网络输入层编码进行了改进,添加了氨基酸残基所处的疏水环境。用PDB-Select25中的36条蛋白质共6122个残基进行测试,结果表明提出的网络模型和编码方法能有效提高蛋白质二级结构预测的精度。 展开更多
关键词 蛋白质 二级结构预测 基因表达式编程 神经网络
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二级结构模拟预测HBV脱氧核酶有效作用靶点
16
作者 吕静竹 钱中清 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期84-86,共3页
目的:通过二级结构模拟预测作用靶点,观察HBV特异性脱氧核酶的体外切割活性,探讨其用于抗病毒制剂的可能性。方法:以HBVX基因mRNA序列为靶设计脱氧核酶DRz-X29,对其特异的切割活性进行体外实验。结果:特定反应条件下,DRz-X29成功对二级... 目的:通过二级结构模拟预测作用靶点,观察HBV特异性脱氧核酶的体外切割活性,探讨其用于抗病毒制剂的可能性。方法:以HBVX基因mRNA序列为靶设计脱氧核酶DRz-X29,对其特异的切割活性进行体外实验。结果:特定反应条件下,DRz-X29成功对二级结构模拟预测的底物靶点进行了特异切割。结论:底物二级结构模拟能够有效预测HBV脱氧核酶作用靶点,为其发展成一种新型抗病毒制剂奠定了实验基础。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 X基因 脱氧核酶 二级结构
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单股正链RNA病毒基因组3′非编码区的高级结构与功能研究进展 被引量：7
17
作者 孙道春 伯晓晨 王升启 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第4期299-303,共5页
单股正链RNA病毒种类繁多 ,其宿主涉及人、动物、植物 ,对人畜健康和农业经济生产都有重大的影响 .病毒基因组 3′UTR内的序列形成茎环、假结、TLS等高级结构 ,既可以作为顺式元件 ,又可以结合蛋白质反式因子 ,对病毒的转录、复制、翻... 单股正链RNA病毒种类繁多 ,其宿主涉及人、动物、植物 ,对人畜健康和农业经济生产都有重大的影响 .病毒基因组 3′UTR内的序列形成茎环、假结、TLS等高级结构 ,既可以作为顺式元件 ,又可以结合蛋白质反式因子 ,对病毒的转录、复制、翻译都有调控作用 .简要介绍了单股正链RNA病毒代表种属的 3′UTR内高级结构与功能的研究方法、主要进展和存在的问题 . 展开更多
关键词 单股正链RNA病毒 二级结构 拟trna结构 基因组 3’非编码区
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基于GEP-BP网络集成的蛋白质二级结构预测方法研究
18
作者 王艳春 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2009年第10期3687-3689,3693,共4页
为提高蛋白质二级结构预测的精度,提出了一种基于GEP-BP网络集成的两层结构预测模型。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计BP网络的结构和连接权,并将进化最后一代的个体用BP算法进一步训练学习,然后采用组合方法将... 为提高蛋白质二级结构预测的精度,提出了一种基于GEP-BP网络集成的两层结构预测模型。首先利用基因表达式编程(GEP)的全局搜索能力同时进化设计BP网络的结构和连接权,并将进化最后一代的个体用BP算法进一步训练学习,然后采用组合方法将部分个体集成构成模型的第一层;根据神经网络输出之间具有相关性,用第二层网络对第一层的预测结果进行精炼。用PDBSelect25中的36条蛋白质共6 122个残基进行测试,结果表明提出的模型能有效预测蛋白质二级结构,将预测精度提高到73.02%。 展开更多
关键词 蛋白质 二级结构 基因表达式编程 神经网络集成
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瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育
19
作者 黄振 郭琼霞 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期482-491,共10页
【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基... 【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。 展开更多
关键词 瘤胫果实蝇 线粒体全基因组 序列分析 相对密码子使用频率 trna基因二级结构 系统发育
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深黑颜实蝇线粒体全基因组测定分析与系统发育
20
作者 黄振 郭琼霞 《福建林业科技》 2024年第4期8-16,42,共10页
基于Illumina HiSeq平台测序技术,对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析,测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征,使用最大似然法(ML)构建系统发育树,分析其亲缘关... 基于Illumina HiSeq平台测序技术,对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析,测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征,使用最大似然法(ML)构建系统发育树,分析其亲缘关系和系统发育。测定结果表明,深黑颜实蝇线粒体基因组序列总长度15866 bp(GenBank上的登录号为:MW892727),具37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个非编码控制基因。13个蛋白质编码基因22种氨基酸的密码子中,UUA(TTA(leucine))的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为378(3.75);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环外,其余20个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构图;线粒体tRNA基因中,共存在17处碱基对错配,错配的碱基对均为G-U;系统发育分析表明深黑颜实蝇与黑纹实蝇(B.(Z.)caudata)聚成一支,亲缘关系较近,属于镞果实蝇亚属。研究结果与传统形态学分类一致,为进一步的物种诊断、系统发育、进化生物学和防治研究提供参考。 展开更多
关键词 深黑颜实蝇 线粒体全基因组 序列分析 相对密码子使用频率 trna基因二级结构
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