摘要
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。
In order to explore the mitochondrial genome gene structure of Bactrocera(Zeugodacus)scutellaris,based on the measured mitochondrial whole genome of B.(Z.)scutellaris,the values of ATskew=(A-T)/(A+T)and GC skew=(G-C)/(G+C)of 13 protein-coding genes(PCGs)and 22 trn A genes in the whole mitochondrial genome were measured by DNAMAN V6 software.Win32 CodonW software was used to analyze the number of protein gene codons and the frequency of synonymous relative codon RSCU values.MITOS WebServer and trn Ascan-SE 2.0 software were used to analyze the secondary structure of trn A,providing evidence for species diagnosis,phylogeny and evolutionary biology.
作者
黄振
郭琼霞
HUANG Zhen;GUO Qiong-xia(Changle Airport Customs of Fuzhou,Fuzhou,Fujian 350209;Fuzhou Customs Technology Center,Fuzhou,Fujian 350001)
出处
《安徽农业科学》
CAS
2024年第19期77-80,共4页
Journal of Anhui Agricultural Sciences
基金
福建省自然科学基金项目(2011J01066,2012JO1061)
福州海关科研项目(FK2022-09)。
关键词
黑漆实蝇
线粒体全基因组
相对密码子使用频率
trnA基因二级结构
Bactrocera(Zeugodacus)scutellaris
Mitochondrial whole genome
Relative codon usage frequency
Secondary structure of trn A gene
作者简介
黄振(1985-),男,福建莆田人,高级农艺师,从事植物检疫研究。;通信作者:郭琼霞,研究员,从事植物检疫研究。
