第三代测序技术实现肿瘤患者类孟买血型深入鉴定

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作者 王娜 余秀蓉 陈玉娟 《细胞与分子免疫学杂志》 北大核心 2025年第2期148-153,共6页

目的对本院肿瘤患者类孟买血型进行精准鉴定,促进本实验室的疑难血型鉴定体系的建立,为实现患者精准输血提供基础。方法回顾性分析本院2019-01-01/2023-12-31的91874例肿瘤患者血型结果,采用常规血清学检测血型,检出疑似类孟买血型,进... 目的对本院肿瘤患者类孟买血型进行精准鉴定,促进本实验室的疑难血型鉴定体系的建立,为实现患者精准输血提供基础。方法回顾性分析本院2019-01-01/2023-12-31的91874例肿瘤患者血型结果,采用常规血清学检测血型,检出疑似类孟买血型,进一步采用Pacific Biosciences(PacBio)单分子实时测序与Sanger测序分析ABO、FUT1和FUT2基因型。结果血清学和分子生物学方法证实8例类孟买血型,FUT1基因型分别是:5例h1h1(551_552delAG纯合突变)、3例h1h2(551_552delAG和880_882delTT杂合突变);FUT2基因型分别是:2例Se^(357)/Se^(357),716,4例Se^(357)/Se^(357)。其中1例样本ABO基因第7外显子中发现818C>T是杂合新变异,PacBio测序确认显示该突变位于O单倍体上。结论PacBio测序技术突显其在分析类孟买血型基因单倍体上的优势,将有利于疑难血型鉴定体系,为肿瘤患者精准输血提供新依据。 展开更多

关键词 类孟买血型 pacbio测序 FUT1基因

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基于第三代测序和纯培养技术解析不同类型大曲细菌群落结构

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作者 王文航 蔡文超 +4 位作者 余培荣 陈炜 单春会 郭壮 王玉荣 《中国酿造》 北大核心 2025年第5期146-153,共8页

为探究高温、中高温大曲细菌群落结构差异,该研究采用第三代测序技术对两种大曲细菌群落结构进行解析,对细菌菌群相关性及基因功能进行分析,并采用微生物纯培养及分子生物学技术对菌株进行分离鉴定。结果表明,两种大曲的优势细菌门(平... 为探究高温、中高温大曲细菌群落结构差异,该研究采用第三代测序技术对两种大曲细菌群落结构进行解析,对细菌菌群相关性及基因功能进行分析,并采用微生物纯培养及分子生物学技术对菌株进行分离鉴定。结果表明,两种大曲的优势细菌门(平均相对丰度>1%)有厚壁菌门(Firmicutes)等,优势细菌属有克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)等,优势细菌种有象牙色克罗彭斯特德菌(Kroppenstedtia eburnea)等;主坐标分析(PCoA)及线性判别分析效应大小(LEfSe)分析结果 表明,2种类型大曲细菌群落结构之间存在明显差异,高温放线菌科(Thermoactinomycetaceae)和迪茨氏菌科(Dietziaceae)可分别作为高温和中高温大曲的生物标志物;相关性分析结果表明,中高温大曲细菌群落的稳定性更高;功能预测结果表明,中高温大曲在碳水化合物的运输和代谢、细胞壁膜/囊膜生物合成、细胞运动性和信号传导机制这3个功能的平均相对丰度明显高于高温大曲。从两种大曲样品中共分离鉴定得到114株菌,隶属于9个属,17个种,主要菌种为地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)。 展开更多

关键词 高温大曲 中高温大曲 pacbio SMRT测序 细菌群落 分离鉴定

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喀斯特森林不同菌根类型乔木根际真菌群落组成及根系水力性状差异

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作者 王炳超 许黎明 +2 位作者 罗龙德 李旗霞 蒋国凤 《广西植物》 北大核心 2025年第6期1046-1059,共14页

为解释喀斯特森林乔木根际土壤共生菌根真菌及其关联类群,探究不同菌根类型乔木根系的抗旱性,该文主要通过PacBio三代测序和测定压力-容积曲线的方法,对广西河池市木论国家级自然保护区内17个树种的根系及根际土壤真菌进行了研究。结果... 为解释喀斯特森林乔木根际土壤共生菌根真菌及其关联类群,探究不同菌根类型乔木根系的抗旱性,该文主要通过PacBio三代测序和测定压力-容积曲线的方法,对广西河池市木论国家级自然保护区内17个树种的根系及根际土壤真菌进行了研究。结果表明:(1)从85个土壤样品中共检测并聚类得到8 028个真菌OTUs,真菌群落以子囊菌门(Ascomycota,相对丰度70.76%)、担子菌门(Basidiomycota,相对丰度13.17%)和未分类真菌为主(unclassified fungi,相对丰度10.41%)。(2)喀斯特植物根际土壤真菌群落的多样性主要受到丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi, AMF)、外生菌根真菌(ectomycorrhizal fungi, EMF)和病原菌(pathogen)相对丰度的影响,其中AMF相对丰度显著高于EMF(1.691%>0.698%,P<0.01),并且共生菌根真菌与其他真菌类群相对丰度均无显著相关性。(3)选取AMF、EMF占比较高的典型树种进行比较分析,发现AM植物类群根系的饱和渗透势(Ψ_(sft))、膨压丧失点水势(Ψ_(tlp))和膨压丧失点相对含水量(RWC_(tlp))均显著低于EM植物类群(P<0.05)。综上,喀斯特森林乔木根际土壤中的AMF优势程度高于EMF;根际土壤真菌群落中其他重要的组成菌群对共生菌根真菌没有造成直接影响;表明喀斯特森林中AM植物根系的抗旱性比EM植物根系更强。该研究有助于后续菌根真菌的分离和鉴定,为石漠化治理的树种选择和菌根生物技术应用提供了科学依据。 展开更多

关键词 喀斯特 根际土壤真菌 多样性 共生菌根 pacbio三代测序 水力性状

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自然发酵酸马奶对人体肠道菌群的影响——基于PacBio SMRT测序技术 被引量：7

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作者 温永平 侯强川 张和平 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期4-7,共4页

采用PacBio SMRT测序技术研究了内蒙古锡林郭勒盟地区一名健康志愿者在连续饮用酸马奶60 d前后肠道菌群的变化。结果表明,连续饮用酸马奶可以增加志愿者肠道菌群的丰度和多样性,使志愿者肠道菌群更加趋于健康化。此外,志愿者肠道中存在... 采用PacBio SMRT测序技术研究了内蒙古锡林郭勒盟地区一名健康志愿者在连续饮用酸马奶60 d前后肠道菌群的变化。结果表明,连续饮用酸马奶可以增加志愿者肠道菌群的丰度和多样性,使志愿者肠道菌群更加趋于健康化。此外,志愿者肠道中存在大量的"肠道核心微生物群",饮用酸马奶会使志愿者肠道中硬壁菌门的相对含量升高。在种的水平上,饮用酸马奶可以促进部分有益生菌如柔嫩梭菌群、多形拟杆菌的生长,这可能是酸马奶具有众多益生作用的原因之一。 展开更多

关键词 酸马奶 肠道菌群 pacbioSMRT测序技术

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基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装 被引量：3

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作者 薛倩 邢伟杰 +6 位作者 李国辉 周成浩 张会永 殷建玫 蒋一秀 朱云芬 韩威 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3869-3881,共13页

【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试... 【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物,基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库,利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb,reads平均长度为15362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后,共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上,挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb,scaffold N50为91.29 Mb,BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好;预测基因组有22.57%的重复序列,有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个snRNAs;共预测得到蛋白编码基因17338个,其中96.00%的基因在数据库中得到了功能注释;组装获得汶上芦花鸡Z染色体长度约88.23 Mb,预测并注释到蛋白编码基因742个,这些基因显著富集于氨基酸、脂肪等代谢相关通路,在汶上芦花鸡Z染色体上准确定位了TYRP 1、CDKN 2 A、SLC 45 A 2等羽色相关基因。【结论】研究获得了汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,丰富了家鸡基因组遗传信息,准确定位了Z染色体上一些羽色相关基因。研究结果可为从全基因组水平挖掘汶上芦花鸡优异性状调控机制奠定基础。 展开更多

关键词 汶上芦花鸡 基因组组装 pacbio三代测序技术 基因组注释 Z染色体 伴性芦花羽

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基于PacBio三代测序的香瓜茄(人参果)基因组的组装 被引量：3

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作者 司诚 钟启文 杨世鹏 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期180-190,共11页

香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段... 香瓜茄又名人参果,具有抗氧化、抗肿瘤、抗糖尿病等多种生物活性。为丰富茄科作物基因组信息及进化发育历程,获取香瓜茄全基因组序列信息,同时为香瓜茄相关分子研究奠定基础。以香瓜茄植物组织为试验材料,基于Illumina HiSeq构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术构建及组装香瓜茄全基因组数据库。利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明,获得54.11 Gb Illumina HiSeq数据;获得55.08 Gb PacBio数据,reads平均长度为14 179 bp;获得Hi-C数据量约143 Gb;拼接得到该基因组contig序列总长为1.16 Gb,Hi-C纠错后contig N50为22.63 Mb;Hi-C挂载染色体,共有1.12 Gb长度的序列可以挂载到12条染色体上,占比97.16%;其中,能够确定顺序和方向的序列长度为1.08 Gb,占定位染色体序列总长度的96.11%,得到基因组大小1.25 Gb;预测有64.22%的重复序列,41 571个基因,99.06%的基因可以注释到NR、GO、KEGG等数据库中;预测得到4 360个tRNA、5 677个rRNA、154个miRNA;得到449个假基因。香瓜茄与马铃薯的进化时间大约在12.82 MYA。 展开更多

关键词 香瓜茄 基因组 pacbio三代测序技术 基因注释

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基于PacBio测序数据的蜜蜂球囊菌转录因子、融合基因及RNA编辑事件的鉴定 被引量：2

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作者 许雅静 吴鹰 +9 位作者 余岢骏 孙明会 刘佳美 郭意龙 徐细建 鲍佳益 康育欣 陈大福 郭睿 付中民 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期63-72,共10页

【目的】本研究旨在利用已获得的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的转录因子(TF)、融合基因和RNA编辑事件进行鉴定和分析,以期丰富蜜蜂球囊菌的相关信息... 【目的】本研究旨在利用已获得的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的转录因子(TF)、融合基因和RNA编辑事件进行鉴定和分析,以期丰富蜜蜂球囊菌的相关信息,并为进一步探究它们的功能提供理论依据。【方法】利用BLASTx工具将AaM和AaS的全长转录本序列比对到Nr,Swiss-Prot和KEGG数据库以获得一致性最高的蛋白序列,再利用hmmscan软件将上述蛋白序列比对到Plant TFdb数据库以获得TF的分类及注释信息。采用TOFU软件中的fusion_finder.py程序进行融合基因的预测,进而分析融合基因的序列和位置信息。使用SAMtools预测AaM和AaS中的RNA编辑事件,再利用ANNOVAR软件对RNA编辑事件进行注释,进而采用相关生物信息学软件对RNA编辑位点基因进行GO功能和KEGG通路注释。【结果】在AaS中共鉴定到17个TF家族的213个TF,其中C2H2家族包含的TF成员最多。在AaM和AaS中分别鉴定到921和510个融合基因,二者共有的融合基因为510个,特有的融合基因分别为411和0个。在AaM和AaS中分别鉴定到547和191次RNA编辑事件,其中AaM中同义单核苷酸突变的数量最多,AaS中非同义单核苷酸突变的数量最多。此外,在AaM中鉴定到12种碱基替换类型,其中发生C->T的RNA编辑事件数量最多,达到158次;在AaS中鉴定到9种碱基替换类型,其中发生C->T和G->T的RNA编辑事件数量最多,均有42次。AaM和AaS中RNA编辑位点基因分别涉及19和24个GO功能条目;此外还能注释到11和20条KEGG通路。【结论】蜜蜂球囊菌的菌丝和孢子中含有丰富的TF、融合基因和RNA编辑位点;转录因子C2H2家族与蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长发育和细胞活动具有潜在关联;RNA编辑事件的碱基替换类型在蜜蜂球囊菌和其他物种中具有物种特异性;RNA编辑可能在蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长和代谢中发挥作用。 展开更多

关键词 蜜蜂球囊菌 pacbio测序 RNA编辑 转录因子 融合基因

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三代测序PacBio在转录组研究中的应用 被引量：9

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作者 钟伟民 张兴坦 +2 位作者 赵茜 马东娜 唐海宝 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2018年第5期524-529,共6页

本文介绍了PacBio测序在转录组学研究中的一些应用及PacBio测序数据分析常用的方法流程,根据PacBio测序的发展综述了PacBio测序经常遇到的一些问题及相应解决方案,并就PacBio测序技术所面临的挑战和未来的发展进行讨论.

关键词 pacbio测序 pacbio应用 pacbio流程

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基于PacBio三代测序的茯茶加工过程真菌群落分析 被引量：2

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作者 白亚妮 冯璞阳 +2 位作者 秦涛 冯志珍 陈卫锋 《中国茶叶加工》 2023年第1期63-68,共6页

茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象... 茯茶是陕西省地理标志产品,具有重要商业价值。目前茯茶生产过程中的真菌群落组成变化情况尚不清楚。为了解茯茶生产过程中真菌群落变化情况,为生产过程的微生物安全控制提供数据支撑,文章以茯茶生产过程中主要阶段的制品样品为研究对象,采用PacBio三代测序技术分析原毛茶、渥堆期、发花期、干燥期和陈化期真菌群落多样性及组成。结果表明样品测序获得的序列数范围从12771到13110,获得序列的平均长度分别为554 bp。样品香农指数随着序列数的增加趋于平稳,覆盖率均达到1,测序结果反映了实际的群落组成,且测序深度已经基本覆盖到样品中的所有物种。从茯茶原毛茶到渥堆期,再到发花期,真菌群落多样性不断减少,干燥期和陈化期群落多样性和组成与发花期基本相似,原毛茶时期表征真菌群落多样性的香农指数高达1.99,渥堆期降为1.06,而发花期、干燥期和陈化期分别为0.15、0.11和0.21。在群落组成方面,原毛茶比发酵茯茶含有相对丰度较高的节担菌纲种群(Wallemiomycetes),相对丰度约为27.3%。在渥堆期,银耳纲(Tremellomycetes)、伞菌纲(Agaricomycetes)和锤舌菌纲(Leotiomycetes)相比其他时期丰度增加。在随后的生产过程中,包括发花期、干燥期、陈化期,主要优势菌种是冠突散囊菌(Eurotiomycetes)中的曲霉属(Aspergillus),相对丰度达到98%以上,是这三个时期的生物标记种群。以上研究结果为茯茶标准化生产中微生物控制提供了数据基础。 展开更多

关键词 茯茶 加工时期 pacbio测序技术 真菌群落 散囊菌

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保留非全长读段的ISO-seq数据转录组表达分析 被引量：2

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作者 刘学军 瞿锡垚 张礼 《数据采集与处理》 CSCD 北大核心 2019年第4期594-604,共11页

近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在... 近年来,基于单分子测序技术的ISO-seq数据以其超长读段长度被越来越多地应用于转录组新型异构体预测研究,但目前大多数研究工作只用到全长读段数据,丢失了非全长读段数据中较多有用信息,因而数据没有得到充分利用。针对这一问题,本文在保留非全长读段的基础上提出了两个能同时预测异构体结构和计算其表达比例的模型基于狄利克雷采样的异构体探测与预测(Dirichletsampling for isoform detection and prediction,DSIDP)和基于马尔科夫链的异构体探测与预测(Markovchain for isoform detection and predition,MCIDP)。两个模型均从全长读段中建立异构体预测集,并采用全长读段和非全长读段计算异构体表达比例。DSIDP将所有读段比对至异构体预测集,并使用Dirichlet采样解决多源映射问题,MCIDP使用马尔科夫链模拟基因外显子之间的选择性剪切,该模型还能预测出数据中没有全长读段的异构体。本文采用模拟数据和真实数据验证了两个模型的有效性。 展开更多

关键词 pacbio ISO-seq 转录组表达 第三代测序技术 新型异构体检测 多源映射

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哺乳动物Y染色体的测序进展

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作者 滑留帅 王璟 +3 位作者 汪聪勇 师志海 施巧婷 王二耀 《中国草食动物科学》 CAS 2021年第2期49-54,共6页

哺乳动物的性染色体由一对常染色体演化而来,其中X染色体在物种间相对保守,而Y染色体则存在很大的变异,包括染色体的大小、结构和基因数量等。研究Y染色体的遗传结构与变异,对于理解哺乳动物的起源进化、性别决定以及动物繁殖都具有重... 哺乳动物的性染色体由一对常染色体演化而来,其中X染色体在物种间相对保守,而Y染色体则存在很大的变异,包括染色体的大小、结构和基因数量等。研究Y染色体的遗传结构与变异,对于理解哺乳动物的起源进化、性别决定以及动物繁殖都具有重要意义。因此,文章综述了哺乳动物Y染色体的结构与变异,以及Sanger测序技术、二代测序技术、三代测序技术在Y染色体测序中的应用,并展望了基于CRISPR-dCas9可视化系统的流式染色体分离技术,以及高精度的三代测序技术在Y染色体测序中的应用前景。 展开更多

关键词 Y染色体 测序 CRISPR-dCas9 pacbio CCS

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单分子实时测序技术的原理与应用 被引量：45

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作者 柳延虎 王璐 于黎 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期259-268,共10页

单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。... 单分子DNA测序技术是近10年发展起来的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,包括单分子实时测序、真正单分子测序、单分子纳米孔测序等技术。文章介绍了单分子实时(Single-molecule real-time,SMRT)测序技术的基本原理、性能以及应用。与Sanger测序法和下一代测序技术相比,SMRT测序具有超长读长、测序周期短、无需模板扩增和直接检测表观修饰位点等特点,为研究人员提供了新选择。同时,SMRT测序的低准确率备受争议(约85%),其中约93%的错误是插入缺失,因此,其数据应用于基因组组装前需先对数据进行纠错处理。目前,SMRT测序在小型基因组从头测序和完整组装中已有良好应用,并且已经或将在表观遗传学、转录组学、大型基因组组装等领域发挥其优势,促进基因组学的研究。 展开更多

关键词 单分子测序 pacbio SMRT测序

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单分子测序技术及应用研究进展 被引量：19

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作者 俞晓玲 姜文倩 +3 位作者 郑玲 石杨 叶寒辉 林峻 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2020年第1期5-16,共12页

从DNA双螺旋结构的发现开始,生命科学研究进入分子水平,在20世纪70年代出现的测序技术为破译遗传密码作出了巨大贡献.近几年出现的单分子测序技术,可以在单个分子水平读取核苷酸序列,也被称为第三代测序技术,主要代表有HeliScope、Nanop... 从DNA双螺旋结构的发现开始,生命科学研究进入分子水平,在20世纪70年代出现的测序技术为破译遗传密码作出了巨大贡献.近几年出现的单分子测序技术,可以在单个分子水平读取核苷酸序列,也被称为第三代测序技术,主要代表有HeliScope、Nanopore和PacBio等.与传统的第一代和第二代测序技术相比,第三代测序能够产生更长的碱基读长,能直接对RNA进行测序,无需逆转录,测序速度极快,同时其中某些技术所涉及的设备可以小型化,可便携至野外现场测序.第三代测序技术在生命科学基础理论研究及生物医学临床实践中,具有广泛的应用.本文重点介绍了各种单分子测序技术的原理、优缺点,及其应用研究进展. 展开更多

关键词 单分子测序 HeliScope测序 纳米孔测序 pacbio测序

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摩洛哥自然发酵驼乳中乳酸菌分离鉴定及特性研究 被引量：8

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作者 柳青 史迪 +1 位作者 刘文俊 张和平 《食品科学技术学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期85-95,137,共12页

为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究... 为了丰富菌种资源库资源,探索乳品细菌多样性及菌株生化特性,对摩洛哥阿尤恩地区4份自然发酵驼乳的乳酸菌应用传统纯培养方法和宏基因组16S rRNA基因测序技术进行分离、鉴定,同时对细菌宏基因组测序进行多样性研究及单菌株生化特性研究。由纯培养结果可知:4份样品中分离乳酸菌株包含3个属、8个种,共82株乳酸菌,其中58.54%为Lactococcus lactis;根据宏基因组测序结果可知:4份样品中分离的细菌分属于7个门、78个属和147个种,Proteobacteria(54.64%)和Firmicutes(41.77%)是样品中的优势菌门,Lactococcus(31.87%)及Lactococcus lactis(22.95%)占比较高,是样品中优势菌属及菌种。通过比较不同乳酸菌在相同环境下的生长情况及产酸速率,从样品中分离得到的48株Lactococcus lactis中筛选得到2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。2株菌最适生长温度为37℃,pH值为5.5~7.5,且有一定的盐耐受性,NaCl质量分数小于6%时生长不会受到明显抑制。2种菌株在37℃发酵18 h后其OD600可达到2.5218和2.5172。研究结果表明:摩洛哥阿尤恩地区自然发酵驼乳中包含多类细菌,Lactococcus lactis是其中的优势菌种,并从其中筛选出2株生长快、产酸速率高的菌株IMAU98054和IMAU98084。 展开更多

关键词 乳酸菌 自然发酵驼乳 pacbio SMRT测序技术 生物多样性 生物学特性

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基于“肠-脑”相关理论的针刺对偏头痛模型大鼠肠道菌群及中枢炎症的影响 被引量：5

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作者 孙铭声 陈星宇 +5 位作者 周梦荻 刘一 郑宇琦 黄思莹 蔡定均 赵凌 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2023年第8期2726-2734,共9页

目的基于“肠-脑”相关理论观察针刺对偏头痛模型大鼠肠道菌群和中枢炎症的影响,以阐明针刺治疗偏头痛的“肠-脑”作用机制。方法采用硝酸甘油皮下注射法制作偏头痛大鼠模型,并随机分为模型组和针刺组,每组6只,另设空白对照组6只进行常... 目的基于“肠-脑”相关理论观察针刺对偏头痛模型大鼠肠道菌群和中枢炎症的影响,以阐明针刺治疗偏头痛的“肠-脑”作用机制。方法采用硝酸甘油皮下注射法制作偏头痛大鼠模型,并随机分为模型组和针刺组,每组6只,另设空白对照组6只进行常规捆绑固定。在造模前及开始造模后第1、5、9天各组均采用VonFrey测定大鼠足底机械痛阈。实验结束后应用ELISA检测各组大鼠中枢三叉神经脊束核炎性因子白介素-6(Interleukin-6,IL-6)、肿瘤坏死因子-α(Tumor necrosis factor-α,TNF-α)的表达含量。采用三代Pacbio全长微生物多样性测序对各组粪便样本进行16S全长rDNA测序,检测各组样本间操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU)聚类及其丰度、Alpha多样性指数、Beta多样性指数、物种丰度等方面的差异。结果偏头痛模型大鼠存在足底机械痛阈显著降低(P<0.01)、中枢IL-6、TNF-α的含量显著升高(P<0.01)、肠道菌群的结构和丰度发生异常改变(P<0.01);持续针刺治疗可显著升高偏头痛大鼠的足底机械痛阈(P<0.01),调节偏头痛大鼠肠道菌群多样性,并升高鼠乳杆菌、降低肠乳杆菌菌群丰度(P<0.05),降低偏头痛模型大鼠中枢IL-6、TNF-α的含量(P<0.01)。结论针刺可能通过调节偏头痛大鼠肠道菌群结构和中枢IL-6、TNF-α炎症因子的表达,发挥针刺治疗偏头痛的“肠-脑”抗炎镇痛作用。 展开更多

关键词 偏头痛 针刺 肠道菌群 中枢炎症 三代pacbio全长微生物多样性测序

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盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道微生物的影响

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作者 熊向英 曾梦清 陈瑞芳 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期273-280,共8页

【目的】明确抗菌药物盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道菌群的影响,为织锦巴非蛤健康养殖提供参考依据。【方法】分别以10.0 mg/L盐酸多西环素和10.0 mg/L恩诺沙星浸泡织锦巴非蛤1 d后,采用PacBio高通量全长16S rRNA基因测序技... 【目的】明确抗菌药物盐酸多西环素和恩诺沙星对织锦巴非蛤肠道菌群的影响,为织锦巴非蛤健康养殖提供参考依据。【方法】分别以10.0 mg/L盐酸多西环素和10.0 mg/L恩诺沙星浸泡织锦巴非蛤1 d后,采用PacBio高通量全长16S rRNA基因测序技术对其肠道微生物的多样性和组成进行比较分析。【结果】抗菌药物处理组织锦巴非蛤肠道菌群的Alpha多样性指数与对照组(CK)无显著差异(P>0.05);在门分类水平,织锦巴非蛤肠道微生物的优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),同时弯曲杆菌门(Campylobacter)在2种抗菌药物处理组均显著降低(P<0.05,下同);在属分类水平,CK的主要优势菌属为Malaciobacter、粉色海生菌属(Roseimarinus)、Poseidonibacter和克雷伯菌属(Klebsiella),盐酸多西环素处理组的主要优势菌属为交替单胞菌属(Alteromonas)、Rubritalea和科尔韦尔氏菌属(Colwellia),恩诺沙星处理组的主要优势菌属为极地杆菌属(Polaribacter)、Aurantivirga和假浅黄色杆菌(Pseudofulvibacter),3个处理组织锦巴非蛤肠道菌群中的主要优势菌属均不同;2种抗菌药物处理可使织锦巴非蛤肠道中Malaciobacter、粉色海生菌、Poseidonibacter和Halarcobacter的相对丰度显著降低。【结论】10.0 mg/L盐酸多西环素和10.0 mg/L恩诺沙星曝露对织锦巴非蛤肠道菌群的丰度和多样性无显著影响,但使其肠道菌群结构和组成发生改变,同时,织锦巴非蛤肠道中某些有害菌的相对丰度降低。 展开更多

关键词 织锦巴非蛤 肠道微生物 盐酸多西环素 恩诺沙星 pacbio高通量测序

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新疆自然发酵酸牛乳连续发酵期间乳酸菌菌群动态变化

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作者 纪欣 刘文俊 +1 位作者 郭艳荣 孙天松 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第14期9-15,共7页

为了阐明自然发酵酸牛乳长期连续发酵过程中乳酸菌菌群结构动态变化,为其工业化生产提供参考依据,该研究对3份新疆自然发酵酸牛乳样品进行实验室连续发酵9个月,利用纯培养方法及PacBio SMRT测序技术研究酸牛乳样品中乳酸菌多样性。结果... 为了阐明自然发酵酸牛乳长期连续发酵过程中乳酸菌菌群结构动态变化,为其工业化生产提供参考依据,该研究对3份新疆自然发酵酸牛乳样品进行实验室连续发酵9个月,利用纯培养方法及PacBio SMRT测序技术研究酸牛乳样品中乳酸菌多样性。结果表明,随着连续发酵,酸牛乳中微生物群落产酸能力增强,乳酸菌活菌数下降,最终维持在7.0 lgCFU/mL以上。此外,乳酸菌菌群结构不稳定,Lactobacillus delbrueckii、Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus、Streptococcus thermophilus、Lactococcus lactis、Streptococcus salivarius等菌种减少或消失,而Lactobacillus helveticus、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus gallinarum、Enterococcus durans含量增加。将自然发酵酸牛乳中混合菌种直接用于酸牛乳工业化生产尚需更多的研究支撑,从自然发酵乳中筛选发酵特性优良的乳酸菌,确定最佳发酵菌种组合,对酸牛乳工业化生产具有重要意义。 展开更多

关键词 自然发酵酸牛乳 连续发酵 pacbio SMRT测序技术 乳酸菌 菌群变化

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应用单分子实时测序技术解析酱香型白酒高温大曲制作过程细菌多样性 被引量：12

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作者 谢丹 吴成 +7 位作者 程平言 黄魏 毕远林 张健 李岭卓 汪地强 尤小龙 胡峰 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2022年第19期58-64,共7页

应用单分子实时测序(single molecule real-time sequencing,SMRT)技术解析酱香型白酒高温机械制曲和人工曲发酵过程中细菌群落结构多样性。结果表明:在门水平上,整个发酵过程2种大曲中的优势菌门一致,皆以Firmicutes为主导;在属水平上... 应用单分子实时测序(single molecule real-time sequencing,SMRT)技术解析酱香型白酒高温机械制曲和人工曲发酵过程中细菌群落结构多样性。结果表明:在门水平上,整个发酵过程2种大曲中的优势菌门一致,皆以Firmicutes为主导;在属水平上的优势细菌属共20个,包括Weissella、Kroppenstedtia、Thermoastinomyces等。其中,曲坯入房环节的优势菌属均为Weissella;在一次翻曲环节,人工曲以Thermoastinomyces为优势菌属,机械曲则以Weissella、Scopulibacillus、Bacillus为优势菌属;在二次翻曲环节,人工曲以Lentibacillus为主要菌属,机械曲以Weissella为主要菌属;在拆曲环节细菌多样性降低,人工曲和机械曲均以Kroppenstedtia为主要菌属。表明2种大曲在发酵过程中优势菌群存在一定的差异性,但随着发酵进行最终演替为相同的优势菌群。相关性结果表明,多数细菌属之间呈显著正相关调节机制,机械曲和人工曲之间的相互性进一步揭示了高温大曲制作过程中细菌群落间存在的复杂相互作用关系。该研究为明确酱香型白酒高温大曲发酵机理提供了基础数据。 展开更多

关键词 酱香型白酒 高温大曲 单分子实时测序(pacbio SMRT) 机械制曲 人工制曲 细菌多样性

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