期刊文献+
任意字段
题名或关键词
题名
关键词
文摘
作者
第一作者
机构
刊名
分类号
参考文献
作者简介
基金资助
栏目信息
共找到236篇文章
< 1 2 … 12 >
每页显示 20 50 100
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
显示方式：
miR-144-5p在不同体型双峰驼血浆外泌体中的表达及靶基因验证
1
作者 斯日古楞 于雯 +3 位作者 降晓薇 李子怡 金君健 白浩宇 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第3期1022-1032,共11页
【目的】探讨双峰驼血浆外泌体中miR-144-5p在脂质代谢中的潜在调控机制。【方法】采用超速离心法分离不同肥瘦程度的两组双峰驼血浆外泌体后,运用透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析技术对分离的外泌体进行形态学观察与鉴定。提取外泌体... 【目的】探讨双峰驼血浆外泌体中miR-144-5p在脂质代谢中的潜在调控机制。【方法】采用超速离心法分离不同肥瘦程度的两组双峰驼血浆外泌体后,运用透射电子显微镜和纳米颗粒跟踪分析技术对分离的外泌体进行形态学观察与鉴定。提取外泌体总RNA后,进行高通量测序,鉴定筛选出在两组双峰驼血浆外泌体中差异表达的miRNA。应用TargetScan和miRWalk在线软件预测差异表达miRNA的靶基因,并利用DAVID和KEGG在线分析系统对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。构建含靶位点的野生型载体和突变型表达质粒载体,通过miR-144-5p与293T细胞共转染进行双荧光素酶相对活性检测,验证miR-144-5p与其候选基因的作用关系,探讨其在脂质代谢调控中的作用机制。【结果】双峰驼血浆外泌体呈杯状或圆形,直径约100 nm,粒径分布范围为30~150 nm;两组双峰驼外泌体间共有40个差异表达miRNAs,miR-144-5p是差异最显著的miRNA(P<0.01);miR-144-5p序列在不同物种间高度保守;预测其靶基因是过氧化物酶体增殖受体γ辅激活因子α(PGC-1α),该基因主要参与胆固醇平衡和脂质磷酸化等过程,富集于甘油酯代谢、胆固醇代谢和动脉粥样硬化等信号通路;miR-144-5p对野生型PGC-1α-3′-UTR载体的荧光素酶相对活性具有极显著抑制作用(P<0.01),而在突变型PGC-1α重组质粒组中,转染后48 h时,miR-144-5p的荧光素酶活性与阴性对照组相比无显著差异(P>0.05),表明miR-144-5p通过结合PGC-1α基因种子序列来抑制PGC-1α的表达。【结论】本研究揭示了miR-144-5p在不同体型双峰驼血浆外泌体中的表达差异,并证实其通过调控PGC-1α在脂质代谢中发挥重要作用。 展开更多
关键词 双峰驼 外泌体 miR-144-5p 脂质代谢 靶基因 双荧光素酶报告系统
在线阅读 下载PDF
牛miR-155靶基因预测及其组织表达分析
2
作者 何学亮 徐俊杰 +7 位作者 姬小云 丁燕玲 曲畅 周小南 梁嘉豪 魏大为 史远刚 康晓龙 《中国草食动物科学》 北大核心 2025年第1期11-18,共8页
为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和... 为探究bta-miR-155在牛重要组织中的潜在功能,使用miRDB、TargetScan和miRWalk在线软件预测bta-miR-155靶基因,利用DAVID在线数据库对预测靶基因进行GO注释和KEGG通路富集分析;利用MEGA 11.0软件对牛、人、猪、狗、大鼠、家鼠、山羊和恒河猴的miR-155进行保守性分析并进行系统进化树构建;最后利用RT-qPCR技术对bta-miR-155在牛主要组织心、脾、肺、肾、睾丸、股二头肌和背最长肌中的表达进行检测。结果表明,bta-miR-155位于牛基因组1号染色体,其成熟序列在各物种间保守性较高,只有猪、家鼠和大鼠在12 nt或23 nt处不完全保守或缺失,且有24个预测靶基因;GO功能分析发现,bta-miR-155靶基因富集程度高的条目主要有RNA聚合酶Ⅱ启动子对pri-miRNA转录的正向调控、NF-kappaB转录因子活性的正调控、白细胞介素-1β产生的正调控、平滑肌细胞增殖的正向调节和成肌细胞分化的负调控等;KEGG通路显著富集于脂质和动脉粥样硬化、白细胞分化抗原36、固醇调节元件结合蛋白1、NOD样受体、白细胞介素18和脂肪细胞因子等信号通路。bta-miR-155的组织表达分析结果表明,bta-miR-155在成年牛股二头肌中的表达量最高,在心肌中的表达量最低;成年牛背最长肌中bta-miR-155的表达量显著高于犊牛(P<0.05)。综上,btamiR-155在牛肌肉组织中的高表达提示其可能在肌肉生长发育过程中发挥重要作用,为后续开展bta-miR-155在牛肌肉发育、肌纤维类型转化中的分子功能探究奠定了基础。 展开更多
关键词 牛 bta-miR-155 靶基因预测 组织表达
在线阅读 下载PDF
乳腺癌组织miR-1247-5p表达及其靶基因生物信息学预测研究
3
作者 陈芳 王仡阳 马方婧 《中国现代普通外科进展》 CAS 2024年第6期453-457,共5页
目的:探讨微小核糖核酸-1247-5p(miR-1247-5p)在乳腺癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析。方法:收集2019年6月至2020年12月本院手术治疗的104例乳腺癌患者癌组织及其癌旁组织。RT-PCR检测标本中miR-1247-5p的相对表达... 目的:探讨微小核糖核酸-1247-5p(miR-1247-5p)在乳腺癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析。方法:收集2019年6月至2020年12月本院手术治疗的104例乳腺癌患者癌组织及其癌旁组织。RT-PCR检测标本中miR-1247-5p的相对表达量;比较不同临床病理特征患者癌组织miR-1247-5p表达;预测miR-1247-5p的靶基因;采用DAVID数据库对miR-1247-5p靶基因进行功能和通路富集分析;String数据库对miR-1247-5p靶基因进行互作分析。结果:miR-1247-5p在乳腺癌组织中的表达水平较癌旁组织下调(P<0.05)。miR-1247-5p潜在靶基因38个,其靶基因功能主要富集于RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、基因表达/转录调控、质膜部分、突触小体、蛋白质结合、poly(A)RNA结合等;参与的通路主要富集于癌症通路、细胞因子与细胞因子受体的相互作用、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路等。磷酸酯酶与张力蛋白同源物(PTEN)、上皮生长因子受体(EGFR)、假尿苷酸合酶1(PUS1)的编码蛋白质在miR-1247-5p基因靶基因蛋白质互作网络(PPI)中关键节点位置。结论:miR-1247-5p在乳腺癌组织中的表达下调,其靶基因富集于多个生物学过程及与肿瘤相关的信号转导通路上,miR-1247-5p可能通过调控其靶基因的表达参与乳腺癌的发生发展过程。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 微小核糖核酸-1247-5p 靶基因 生物信息学
在线阅读 下载PDF
小麦miRNA靶基因的体外实验验证
4
作者 房春豪 陈志浩 +6 位作者 王开 汪晓璐 徐文竞 祁广 马朋涛 韩冉 刘成 《山东农业科学》 北大核心 2024年第2期1-7,共7页
miRNA是一类内源非编码单链小RNA,广泛存在于动植物中,主要通过切割靶基因或者抑制靶基因表达参与细胞分化、生长和发育等多种生物学调控。目前缺少一种快速简便验证miRNA靶基因的方法。本研究基于前期筛选到的小麦特有的miRNA——Tae-m... miRNA是一类内源非编码单链小RNA,广泛存在于动植物中,主要通过切割靶基因或者抑制靶基因表达参与细胞分化、生长和发育等多种生物学调控。目前缺少一种快速简便验证miRNA靶基因的方法。本研究基于前期筛选到的小麦特有的miRNA——Tae-miR9666a,合成其前体及前体突变体,并连接到表达载体上,构建含有GFP(绿色荧光蛋白)标记的靶基因过表达载体,共转化烟草,通过观察GFP的荧光亮度判断靶基因的切割情况,以此来验证miRNA与靶基因的相互作用。结果发现,共转miRNA前体的烟草叶片的荧光亮度较低,表明靶基因被miRNA切割,其后的GFP无法正常表达;共转miRNA前体突变体的烟草叶片的荧光亮度与单转靶基因的相当,表明miRNA前体突变体未切割靶基因,导致GFP正常表达。本实验有效证明了miRNA的靶基因切割情况,也表明利用烟草验证miRNA与靶基因相互作用是可行的。 展开更多
关键词 小麦miRNA 靶基因 Tae-miR9666a GFP 本氏烟草
在线阅读 下载PDF
山羊miR-141靶基因预测及生物信息学分析
5
作者 马建青 宋鹏琰 +8 位作者 杨清芳 孔建军 宋占锋 张亚丽 吴东蔚 徐增年 赵宁 周荣艳 吴占勇 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期4211-4221,共11页
【目的】探究miR-141在动物机体糖脂代谢和骨代谢中的调控机制,为糖尿病合并骨质疏松症动物模型构建及相关基因表达调控机制研究提供依据。【方法】利用miRbase数据库获取不同物种miR-141成熟序列,通过BioEdit及WebLogo软件进行序列比... 【目的】探究miR-141在动物机体糖脂代谢和骨代谢中的调控机制,为糖尿病合并骨质疏松症动物模型构建及相关基因表达调控机制研究提供依据。【方法】利用miRbase数据库获取不同物种miR-141成熟序列,通过BioEdit及WebLogo软件进行序列比对及保守性分析;利用PROMO及JASPAR在线软件对山羊miR-141启动子区转录因子结合位点进行预测;利用TargetScan和miRwalk数据平台对miR-141靶基因进行预测;利用DAVID和KOBAS在线软件对靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析;利用Networkanalyst数据库建立miRNA靶基因蛋白互作网络并绘制网络调控图;通过YM500V2在线数据库分析miR-141在山羊不同组织中的表达情况。【结果】miR-141成熟序列在不同物种间高度保守;山羊miR-141启动子区分布有转录因子C/EBPα、MyoD、YY1和Sp1等结合位点;选用不同数据库预测到Nfatc2、Egr2和Fasl等89个靶基因。GO功能富集分析发现,靶基因主要富集在RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控与转录DNA模板等生物过程、细胞核与细胞质等细胞组分、蛋白结合与DNA结合等分子功能。KEGG通路富集显示,靶基因主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、细胞紧密连接、轴突引导、Hedgehog信号通路、cGMP-PKG信号通路与癌症中的microRNA等。miR-141靶基因蛋白互作分析显示,Nfatc2和Egr2基因由Fasl基因连接,构成与其他蛋白相对复杂的靶向关系,这些关键基因参与了与机体糖脂代谢及骨代谢相关的TGF-β、Hedgehog及Wnt/β-catenin等多条信号通路。miR-141在山羊多种组织中均有表达,其表达水平具有组织差异性。【结论】miR-141可通过靶向Nfatc2、Egr2和Fasl基因参与调节Hedgehog及Wnt/β-catenin等多条信号通路,并进一步调控山羊糖脂代谢、肌肉骨骼系统生理生化反应。 展开更多
关键词 山羊 miR-141 靶基因 糖脂代谢 骨代谢
在线阅读 下载PDF
肾癌相关miRNAs及靶基因对肾癌预后的评估价值 被引量：1
6
作者 聂倩茹 赵海东 杨小丽 《华夏医学》 CAS 2024年第2期111-119,共9页
目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)构建肾癌miRNAs预后风险模型评分公式,分析这个评分公式评估miRNAs及其靶基因作为肾癌预后分子标志物的潜在临床价值。方法基于TCGA肾癌miRNAs与mRNA测序数据,采用单因素、Lasso和多因素Cox回归分析,... 目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)构建肾癌miRNAs预后风险模型评分公式,分析这个评分公式评估miRNAs及其靶基因作为肾癌预后分子标志物的潜在临床价值。方法基于TCGA肾癌miRNAs与mRNA测序数据,采用单因素、Lasso和多因素Cox回归分析,构建肾癌miRNAs预后风险模型;通过对靶基因进行GO、KEGG富集分析,筛选相关miRNAs;在临床样本中验证预后风险模型中筛选出的miRNAs及其靶基因的表达。结果基于TCGA数据库,在肾癌与其癌旁样本转录组数据中共找到94个差异miRNAs和1226个差异mRNAs,独立预后分析筛选得到7个miRNAs。GO与KEGG富集分析结果提示,7个miRNAs的功能与PI3K-Akt信号通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路有关。采集肾癌临床样本,应用qPCR分析,结果显示,5个miRNAs在肾癌临床样本中的表达模式与TCGA数据库中的表达模式一致,miRNAs的8个靶基因表达模式与其在TCGA数据库中的表达趋势一致。免疫组化结果显示,HPGD在肾癌中低表达。结论构建的肾癌miRNAs预后模型能有效筛选肾癌预后相关miRNAs,这些miRNAs的研究对揭示肾癌发生与发展机制及评估肾癌预后具有重要意义。 展开更多
关键词 肾癌 MIRNAS 靶基因 预后风险模型
在线阅读 下载PDF
黄芪抗肿瘤相关靶基因筛选、生物学功能分析及关键基因水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后的关系 被引量：16
7
作者 张艺 陈丹 《山东医药》 CAS 2020年第6期5-8,共4页
目的筛选中药黄芪抗肿瘤相关靶基因,分析黄芪抗肿瘤相关靶基因生物学功能,探讨黄芪抗肿瘤相关靶基因中的关键基因表达水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后的关系。方法在中医大百科全书数据库(ETCM)中对中药黄芪进行检索,筛选黄芪抗肿瘤相... 目的筛选中药黄芪抗肿瘤相关靶基因,分析黄芪抗肿瘤相关靶基因生物学功能,探讨黄芪抗肿瘤相关靶基因中的关键基因表达水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后的关系。方法在中医大百科全书数据库(ETCM)中对中药黄芪进行检索,筛选黄芪抗肿瘤相关靶基因。采用基因本体论(GO)分析黄芪抗肿瘤相关靶基因生物学功能,京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析黄芪抗肿瘤相关靶基因信号通路。采用STRING数据库构建上述基因编码蛋白相互作用网络(PPI),分析网络中蛋白相互作用关系,并采用Cytoscape软件筛选网络中的关键基因,对关键基因表达水平与非小细胞肺癌和乳腺癌预后关系进行分析。结果黄芪抗肿瘤相关靶基因有TVAII、TOP2A、SHMT1、POLR2A、POLR2D等,其生物学功能主要富集于谷氨酰胺代谢、嘌呤化合物合成、己糖转运等;相关基因细胞成分主要富集于氧谷氨酸脱氢酶复合物、过氧化物酶体和线粒体膜等;分子功能主要富集于氧化还原酶活性、羧基裂解酶活性和糖代谢等。KEGG信号通路主要富集于维甲酸信号通路、TP53调节代谢基因信号通路及叶酸代谢信号通路等。黄芪抗肿瘤关键基因为POLR2A、POLR2D、POLR2G。POLR2D基因表达水平与非小细胞肺癌(HR=1.20,P=0.04)及乳腺癌(HR=1.40,P=0.04)存在正相关性。结论黄芪抗肿瘤相关靶基因有TVAII、TOP2A、SHMT1、POLR2A、POLR2D等,其生物学功能主要与谷氨酰胺代谢等有关、细胞成分主要富集于氧谷氨酸脱氢酶复合物等、分子功能主要参与氧化还原酶活性等。KEGG信号通路主要富集于维甲酸信号通路等。黄芪抗肿瘤关键基因POLR2D高表达的非小细胞肺癌、乳腺癌患者生存期短。 展开更多
关键词 黄芪 靶基因 抗肿瘤相关靶基因 生物信息学分析法 肿瘤
在线阅读 下载PDF
绒山羊骨骼肌miRNAs及其靶基因表达谱分析 被引量：7
8
作者 韩志玲 赵德超 +4 位作者 付绍印 吕晓曼 高爱琴 张文广 李金泉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1539-1546,共8页
本试验选取了miR-1、miR-133、miR-24、miR-122、miR-103、miR-143、let7 7个miRNAs,旨在对其表达量及靶基因表达谱进行分析。选用4只绒山羊的背部和后腿肌肉提取RNA,反转录后,利用SYBR荧光定量PCR来检测各miRNAs的表达量,并采用靶基因... 本试验选取了miR-1、miR-133、miR-24、miR-122、miR-103、miR-143、let7 7个miRNAs,旨在对其表达量及靶基因表达谱进行分析。选用4只绒山羊的背部和后腿肌肉提取RNA,反转录后,利用SYBR荧光定量PCR来检测各miRNAs的表达量,并采用靶基因指纹图谱(MTFP)技术获得各miRNAs的靶基因表达谱。结果表明,miR-NA表达量依次为:miR-1>miR-133>miR-24>let7>miR-143>miR-103>miR-122,其中miR-1和miR-133表达规律相似,且这7个miRNAs在成羊中的表达量均高于羔羊;此外,miRNAs表达量的差异还受性别影响,且miR-NA表达量与靶基因个数及其表达量之间具有相关性。对5个miRNAs的10个靶基因测序并比对,表明靶基因分别编码与信号转导、细胞周期等相关的蛋白。通过这7个miRNAs与其靶基因表达的分析,揭示了肌肉发育相关miRNAs及脂肪发育相关miRNAs在绒山羊骨骼肌中的异同,有利于绒山羊肉质基因的研究。 展开更多
关键词 MIRNA 靶基因 表达 绒山羊 骨骼肌
在线阅读 下载PDF
褪黑激素对内蒙古绒山羊皮肤中let-7家族及其靶基因的影响 被引量：6
9
作者 王建蒙 付绍印 +5 位作者 丽春 白雪 刘斌 季小阳 刘永斌 张文广 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1367-1379,共13页
旨在探索褪黑激素(melatonin, MT)对let-7家族成员及其靶基因在内蒙古绒山羊皮肤周期性表达的影响。本研究选取内蒙古绒山羊罕山型个体6只,分为埋植组(皮下埋植MT,n=3)和对照组(不埋植MT,n=3),连续12个月采集绒山羊个体皮肤组织为试验材... 旨在探索褪黑激素(melatonin, MT)对let-7家族成员及其靶基因在内蒙古绒山羊皮肤周期性表达的影响。本研究选取内蒙古绒山羊罕山型个体6只,分为埋植组(皮下埋植MT,n=3)和对照组(不埋植MT,n=3),连续12个月采集绒山羊个体皮肤组织为试验材料,利用qRT-PCR技术检测皮肤组织中11个let-7家族成员的表达变化,结合RNA-Seq技术分析let-7家族靶基因的表达变化。结果表明:1)在整个皮肤毛囊周期内,MT上调let-7b、let-7e、let-7a-3p的表达,下调let-7f、let-7g、let-7c、let-7a-5p、let-7d、miR-98的表达。2)在4月份,MT上调"let-7g、let-7i、miR-98"的表达,下调PTGS2、PLCG1等靶基因的表达;下调"let-7a-5p、let-7b、let-7c"的表达,上调TGIF2、RBL1等靶基因的表达。3)在6月份,MT下调"let-7g、let-7i、miR-98"的表达,上调PTGS2、PLCG1、SRC等靶基因的表达;上调"let-7a-5p、let-7b、let-7c"的表达,下调GDF5、TGIF2、RBL1等靶基因的表达。4)let-7家族成员的靶基因主要参与VEGF、TGF-β、Oxytocin和NF-kappa B信号通路,在细胞过程、激素调节和转录因子调控方面发挥重要作用。综上表明,MT可能通过改变let-7家族重要成员的表达水平,影响相应靶基因的表达,进而在皮肤毛囊的周期性生长过程中发挥重要作用,研究结果为进一步揭示MT介导miRNAs影响羊绒生长的分子机理提供了理论依据。 展开更多
关键词 内蒙古绒山羊 皮肤 褪黑激素 let-7家族 靶基因
在线阅读 下载PDF
原发性帕金森病诊断、治疗的靶基因筛选 被引量：5
10
作者 李倩 刘媛 +2 位作者 赵玉 朱彧 裘志军 《山东医药》 CAS 北大核心 2017年第24期24-27,共4页
目的筛选原发性帕金森病(PD)诊断、治疗的靶基因。方法在基因表达综合(GEO)数据库中以"帕金森(Parkinson)"作为关键词,组织类型限定为中脑黑质,数据类型限定为基于基因芯片检测的基因表达谱数据,筛选出1个符合条件的数据集(GS... 目的筛选原发性帕金森病(PD)诊断、治疗的靶基因。方法在基因表达综合(GEO)数据库中以"帕金森(Parkinson)"作为关键词,组织类型限定为中脑黑质,数据类型限定为基于基因芯片检测的基因表达谱数据,筛选出1个符合条件的数据集(GSE7621),该芯片数据包含9个正常(中脑无病变)样本(正常组)和16个原发性PD样本(PD组)。利用R编程语言的相关工具包对原始芯片数据进行预处理和差异表达基因的筛选。利用DAVID数据库对差异表达基因进行功能注释,并且构建差异表达基因的差异共表达网络及转录调控网络。将PC12细胞分为两组,分别为对照组和观察组,对照组常规培养,观察组给予50μmol/L 1-甲基-4-苯基吡啶离子(MPP)处理;处理24 h时,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)法检测差异表达基因的相对表达量。结果正常组及PD组存在396个差异表达基因,相对于正常组,PD组存在下调基因229个、上调基因167个,主要富集功能为突触活动、多巴胺(DA)合成、神经元活动、突触传递、神经元投射、儿茶酚胺生物合成等。两组表达差异性最大的前十位基因分别为Zcchc6、Socs7、Ythdc1、Taf5、Spata13、Slc5a3、Heca、Epc2、Ddx23、Cdk2ap2。调控差异表达基因较多的前十个转录因子(TF)分别为AHR、DAND5、PSG1、SP1、PAX5、ARNT、MIA3、AP-2gamma、CREB1、AP-2alpha A。qRT-PCR结果显示,观察组与对照组Zcchc6、Socs7、Spata13、Slc5a3、Epc2、Cdk2ap2 mRNA表达量比较,P<0.05或<0.01;两组Ythdc1、Taf5、Heca、Ddx23 mRNA表达量比较P均>0.05。结论 Zcchc6、Socs7、Spata13、Slc5a3、Epc2、Cdk2ap2基因可能与原发性PD的发生、发展相关,可能作为其诊断及治疗的靶基因。 展开更多
关键词 原发性帕金森病 靶基因筛选 基因表达综合数据库 差异共表达网络
在线阅读 下载PDF
葡萄miR164家族生物信息学分析及靶基因预测 被引量：4
11
作者 王丽丽 葛金涛 +1 位作者 刘兴满 赵统利 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第3期441-446,共6页
MicroRNAs(miRNAs)对植物抗逆及生长发育过程起着重要的调控作用,而miR164是植物特有的miRNA,它对应的靶基因主要是NAC转录因子家族。采用生物信息学方法对葡萄以及其他几个物种的miR164家族成员前体进行进化分析、前体二级结构预测、... MicroRNAs(miRNAs)对植物抗逆及生长发育过程起着重要的调控作用,而miR164是植物特有的miRNA,它对应的靶基因主要是NAC转录因子家族。采用生物信息学方法对葡萄以及其他几个物种的miR164家族成员前体进行进化分析、前体二级结构预测、成熟序列碱基保守性分析以及在葡萄NAC转录因子家族71个成员中进行靶基因预测分析。结果表明:葡萄miR164家族成员的前体序列与双子叶植物聚在一个分支,符合进化规律;葡萄miR164家族4个成员前体序列均可形成稳定的二级茎环结构,成熟序列的碱基保守性较高;葡萄miR164家族成员对应的NAC家族靶基因有2个(GSVIVT01007982001与GSVIVT01020478001),经在NCBI进行BLAST分析,发现均与植物的根发育相关。这暗示着葡萄miR164家族与其靶基因在植物的抗逆过程中发挥重要的调控作用。 展开更多
关键词 葡萄 miR164 靶基因 抗逆 生物信息学
在线阅读 下载PDF
miRNA-497与miRNA-195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析 被引量：5
12
作者 张蔚 刘珍 +2 位作者 胡晓霞 郑文静 曾康康 《中国医药导报》 CAS 2014年第31期4-9,共6页
目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月～2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标... 目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月～2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO（gene ontology）功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调（均P〈0.05）。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关（r=0.983,P〈0.05）。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能（P〈0.01）;KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路（P〈0.05）。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。 展开更多
关键词 miRNA-497 miRNA-195 miRNA-497-195基因簇 宫颈癌 MIRNA芯片 靶基因 生物信息学
在线阅读 下载PDF
油菜盐胁迫响应miRNA及其靶基因鉴定 被引量：3
13
作者 王越 周婷 +2 位作者 岳彩鹏 黄进勇 华营鹏 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期103-115,共13页
油菜是世界上重要的油料作物之一,然而土壤盐胁迫严重抑制油菜的生长发育和籽粒产量。前人研究表明,在盐胁迫下,植物通过表达一些miRNA,并调控其靶基因的表达,进而提高植物自身的盐胁迫抗性。本研究分别在200 mmol·L^(-1) NaCl处理... 油菜是世界上重要的油料作物之一,然而土壤盐胁迫严重抑制油菜的生长发育和籽粒产量。前人研究表明,在盐胁迫下,植物通过表达一些miRNA,并调控其靶基因的表达,进而提高植物自身的盐胁迫抗性。本研究分别在200 mmol·L^(-1) NaCl处理(T)和对照(C)条件下培养油菜,取其地上部(S)和根(R)构建了12个小RNA文库进行高通量测序。通过对全基因组的miRNA进行差异表达分析,一共鉴定到了26个差异表达的miRNA,并预测了171个相应的靶基因。结合前期转录组的基因差异表达以及本研究的miRNA差异表达结果,推测miRNA156-SPL15-WRKY、miRNA397-LAC12-木质素、miR169-NFYA5和miR399-UBC29-泛素化等通路可能参与了油菜盐胁迫抗性调控。本研究所鉴定的miRNA及其核心靶基因丰富了油菜盐胁迫抗性的表观调控机制,并为油菜盐胁迫抗性的遗传改良提供了优异的基因资源。 展开更多
关键词 油菜 MICRORNA 盐胁迫抗性 靶基因 转录组
在线阅读 下载PDF
生物信息学预测hsa-miR-186的靶基因与功能 被引量：3
14
作者 宋佳希 吴嘉 +1 位作者 袁云龙 汪俊军 《临床检验杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期765-770,共6页
目的利用生物信息学的方法预测hsa-miR-186的靶基因与功能,为深入研究其生物学功能提供理论依据。方法利用Pubmed检索miR-186相关文章,进行总结分析;用miRbase、NCBI等在线工具分析hsa-miR-186序列及所在基因组特征;用TargetScan、PicTa... 目的利用生物信息学的方法预测hsa-miR-186的靶基因与功能,为深入研究其生物学功能提供理论依据。方法利用Pubmed检索miR-186相关文章,进行总结分析;用miRbase、NCBI等在线工具分析hsa-miR-186序列及所在基因组特征;用TargetScan、PicTar及miRanda预测hsa-miR-186的靶基因,结合已证实的靶基因进行功能富集分析(GO analysis)和信号转导通路富集分析(Pathway analysis)。结果已有的研究证实miR-186与多种肿瘤发生、发展有关;参与压力应激引起的神经功能改变,并在心血管疾病中表达异常。hsa-miR-186位于人类染色体1p31.1,序列具有高度保守性。hsa-miR-186靶基因功能富集在糖代谢、肾脏发育、视觉功能、神经功能、脂质转运等生物学过程;信号通路涉及前列腺癌、肿瘤信号通路、p53信号通路、黑色素瘤、细胞黏附分子和细胞周期等信号通路。结论 hsa-miR-186功能广泛,与神经系统发育、细胞增殖与凋亡、糖代谢和脂质转运等密切相关。 展开更多
关键词 微小核糖核酸 hsa-miR-186 生物信息学 靶基因 功能
在线阅读 下载PDF
miR-31基因家族的分子进化与靶基因预测 被引量：2
15
作者 耿荣庆 王兰萍 +1 位作者 常洪 冀德君 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期814-819,832,共7页
运用生物信息学方法从miRBase数据库中搜索动物物种miR-31基因家族成员的成熟序列,分析其分子进化特征并预测作用靶基因。结果表明,在49个动物物种中获得63条miR-31基因同源序列;miR-31家族成员大部分位于基因间隔区,少数位于内含子区;m... 运用生物信息学方法从miRBase数据库中搜索动物物种miR-31基因家族成员的成熟序列,分析其分子进化特征并预测作用靶基因。结果表明,在49个动物物种中获得63条miR-31基因同源序列;miR-31家族成员大部分位于基因间隔区,少数位于内含子区;miR-31不仅存在于常染色体上,而且部分位于性染色体上。miR-31成熟序列长度在21～24 nt之间,序列同源性较高,部分位点在进化过程中发生了碱基突变和缺失。系统进化树显示,miR-31家族成员可分为2个分支。预测到哺乳动物miR-31拥有20个共同候选靶基因,与细胞生长发育、新陈代谢、信号转导、跨膜运输以及转录调控等过程密切相关。研究结果为深入理解miR-31基因家族的生物学功能奠定基础,也为后续研究提供理论依据。 展开更多
关键词 miR-31 分子进化 靶基因 预测
在线阅读 下载PDF
牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析 被引量：3
16
作者 郭云涛 张秀秀 苗向阳 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1952-1960,共9页
旨在对bta-miR-320a的靶基因进行生物信息学预测和分析,探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。本试验利用Promoter Scan、TargetScan、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI、miRWalk等数据库对bta-miR-320a进行转录... 旨在对bta-miR-320a的靶基因进行生物信息学预测和分析,探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。本试验利用Promoter Scan、TargetScan、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI、miRWalk等数据库对bta-miR-320a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析。结果表明,miR-320(a)在各物种间非常保守,bta-miR-320a启动子区域有SP1等多个转录因子结合位点,获得的84个靶基因主要参与负调控细胞分化、细胞周期、负调控生长等多个生物学过程,涉及p53、细胞周期和MAPK等信号转导通路。由此推测,bta-miR-320a受到SP1等多种转录因子调控,它可能通过对MAPK、细胞周期和p53信号通路中靶基因TP53、MAPK1等的抑制作用调控牛脂肪细胞分化,进而影响了牛的脂肪沉积。 展开更多
关键词 牛 bta-miR-320a 靶基因 生物信息学
在线阅读 下载PDF
POCD小鼠海马组织中差异表达miRNA的筛选、靶基因预测和生物信息学分析及其调控机制探讨 被引量：4
17
作者 张英立 刘乘麟 +4 位作者 于明懂 王莹 胡南 卢悦淳 吕国义 《山东医药》 CAS 2021年第9期14-18,共5页
目的采用生物信息学方法分析术后认知功能障碍(POCD)小鼠海马组织中差异表达miRNA(DEMs)及其靶基因(DEGs),并构建POCD小鼠海马组织中差异表达miRNA-mRNA的调控网络图,探讨其机制。方法在GEO数据库中搜索下载POCD小鼠海马组织与正常小鼠... 目的采用生物信息学方法分析术后认知功能障碍(POCD)小鼠海马组织中差异表达miRNA(DEMs)及其靶基因(DEGs),并构建POCD小鼠海马组织中差异表达miRNA-mRNA的调控网络图,探讨其机制。方法在GEO数据库中搜索下载POCD小鼠海马组织与正常小鼠海马组织基因表达谱芯片数据GSE95070,采用R软件lim⁃ma函数包筛选出差异表达的miRNA,即DEMs。将DEMs分别输入到miRTarBase、TargetScan、miRDB数据库中,三个数据库中皆存在的靶基因为差异表达的DEMs靶基因,即DEGs。使用R软件中的ggplot2、enrichplot函数包对DEGs进行了基因本体(GO)功能富集分析和KEGG信号通路分析。通过STRING在线工具构建DEGs蛋白互作网络(PPI),将蛋白间相互作用得分>0.4的节点输入到可视化工具Cytoscape软件中,利用cytoHubba插件筛选出节点度值排名前10的节点,即为可能参与小鼠POCD发生发展的枢纽基因。选取枢纽基因及其相应的DEMs,利用Cyto⁃scape软件构建POCD小鼠海马组织中差异表达miRNA-mRNA调控网络图。结果共筛选出19个显著差异表达的DEMs,得到448个DEGs。GO功能富集分析结果显示,DEGs在DNA结合的转录因子激活活性、特异性RNA聚合酶Ⅱ、微小GTP酶结合等分子功能中显著富集,在树突的形成以及调节、促进神经胶质细胞的增殖等生物学过程中显著富集,在突触膜的有机组成成分、细胞边缘以及囊泡运输等细胞组分中显著富集。KEGG信号通路分析结果显示,DEGs在Cushing综合征相关通路、cGMP-PKG信号通路、Hepatitis C信号通路、Apelin信号通路等通路中显著富集。小鼠POCD发生发展的10个枢纽基因分别为Gsk3β、Igf1、Cd34、Ubxn7、Smad2、Smarca4、Stat1、Grb2、Sin3a、Ncam1,相应的6个DEMs分别为mmu-miR-362-3p、mmu-miR-3065-5p、mmu-miR-592-3p、mmu-miR-28a-3p、mmu-miR-181c-5p、mmu-miR-351-5p,成功构建了POCD小鼠海马组织中差异表达miRNA-mRNA调控网络图,其中mmu-miR-362-3p调控Gsk3β的关系对、mmu-miR-3065-5p调控Igf1的关系对在调控网络中节点度最高。结论与正常小鼠海马组织相比,POCD小鼠海马组织中有19个差异表达的DEMs和448个DEGs;DEGs与树突的形成以及调节等有关,参与介导Cushing综合征相关通路、cGMP-PKG信号通路等。mmu-miR-362-3p、mmu-miR-3065-5p等差异表达的miRNA可能是通过调节Gsk3β、Igf1等靶基因的表达,影响POCD的发生发展。 展开更多
关键词 认知功能障碍 围手术期神经认知障碍 术后认知功能障碍 微小RNA 差异表达微小RNA 信使RNA 靶基因 miRNA-mRNA调控网络图
在线阅读 下载PDF
花生miRNA与其靶基因的生物信息学预测 被引量：3
18
作者 潘玉欣 刘恒蔚 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期290-294,共5页
本研究利用生物信息学方法预测花生中的miRNA及其靶基因。将miRBase注册的已知植物miRNA与花生EST和GSS数据库进行比对搜索,筛选得到13条miRNA,进一步预测得到20个靶基因。分析结果显示大多数靶基因属于转录因子,调控植物的生长发育等... 本研究利用生物信息学方法预测花生中的miRNA及其靶基因。将miRBase注册的已知植物miRNA与花生EST和GSS数据库进行比对搜索,筛选得到13条miRNA,进一步预测得到20个靶基因。分析结果显示大多数靶基因属于转录因子,调控植物的生长发育等多种生物过程。 展开更多
关键词 MIRNA 生物信息预测 花生 靶基因
在线阅读 下载PDF
长白落叶松小RNA测序和其靶基因预测 被引量：1
19
作者 张素芳 张磊 +2 位作者 赵佳丽 张莉 张含国 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期64-72,共9页
miRNA是近年来新发现的一种比较特殊的具有高度保守的小RNA,其在基因调控网络中扮演着重要的角色。本文借助Illumia测序平台,经过Solexa测序分析,对长白落叶松的miRNA进行了分析,最终筛选出了15 294 797条clean reads。比对结果显示,除... miRNA是近年来新发现的一种比较特殊的具有高度保守的小RNA,其在基因调控网络中扮演着重要的角色。本文借助Illumia测序平台,经过Solexa测序分析,对长白落叶松的miRNA进行了分析,最终筛选出了15 294 797条clean reads。比对结果显示,除去核糖体RNA(rRNA)2 991 972条、转运RNA(tRNA)65 264条、核内小RNA(snRNA)1 670条、核仁小RNA(snoRNA)467条等ncRNA以及重复序列6 421条,共获得未获得注释的miRNA12 229 003条,占总注释小RNA的79.96%。利用miRDeep2对未注释的小RNA进行miRNA的筛选,共得到78个新发现的miRNA,分别隶属于miR164、miR166、miR160、miR950、miR396家族。通过进一步对靶基因的注释分析共得到333个与其相对应的靶基因;其功能包括转录因子类,未知功能蛋白,离子结合蛋白,延长因子,信号转导,细胞壁或细胞膜的生物合成等调控植物生长发育过程。 展开更多
关键词 小RNA 长白落叶松 MIRNA 靶基因
在线阅读 下载PDF
寻常型银屑病患者皮损中miRNA-34a及其靶基因Notch1的表达及意义 被引量：4
20
作者 陈春丽 赵宗峰 +3 位作者 刘新梅 王慧琴 康晓静 吴卫东 《皮肤性病诊疗学杂志》 2015年第6期423-427,共5页
目的：探讨miRNA-34a及其靶基因Notch1在寻常型银屑病患者皮损中的表达水平及意义。方法：实时荧光定量PCR法检测22例寻常型银屑病患者皮损组织及10例正常人皮肤组织中miRNA-34a的表达水平。采用免疫组化EnVision法检测51例寻常型银屑... 目的：探讨miRNA-34a及其靶基因Notch1在寻常型银屑病患者皮损中的表达水平及意义。方法：实时荧光定量PCR法检测22例寻常型银屑病患者皮损组织及10例正常人皮肤组织中miRNA-34a的表达水平。采用免疫组化EnVision法检测51例寻常型银屑病患者（包括上述22例患者）和29例正常人（包括上述10例正常人）皮损组织中miRNA-34a可能的靶基因Notch1的表达情况。结果：miRNA-34a在寻常型银屑病患者皮损组织中的表达水平为0.162±0.186,高于正常皮肤组织中的表达水平（0.028±0.029）,银屑病组为正常对照组的5.786倍,两组比较,差异有统计学意义（t=2.22,P〈0.05）;Notch1在寻常型银屑病组织中主要为表皮全层细胞质表达,阳性表达率为76.47%（39/51）,而在正常皮肤组织中阳性表达率为13.79%（4/29）,两者差异有统计学意义（χ^2=29.22,P〈0.05）。结论：miRNA-34a在寻常型银屑病皮损组织中的表达高于正常人皮肤组织,其可能通过调控靶基因Notch1参与寻常型银屑病的发病机制。 展开更多
关键词 银屑病 寻常型 miRNA-34a 靶基因 NOTCH1
在线阅读 下载PDF
已选择0条
导出题录 引用分析
参考文献
引证文献
 统计分析
检索结果
已选文献
上一页 1 2 … 12 下一页 到第 页
关于我们 | 版权声明 | 联系我们 | 帮助中心| 意见反馈
主办单位：上海市教育委员会
技术支持：重庆维普资讯有限公司
渝公网安备 50019002500403号
使用帮助 返回顶部