过去20多年复杂疾病易感基因鉴定的主要方法是连锁分析和关联研究。因为连锁分析确定的数量性状位点通常很宽,加之对区域内大部分基因的功能以及基因功能和疾病之间联系的认识十分有限,所以从数量性状位点到基因的识别是一个挑战。近年...过去20多年复杂疾病易感基因鉴定的主要方法是连锁分析和关联研究。因为连锁分析确定的数量性状位点通常很宽,加之对区域内大部分基因的功能以及基因功能和疾病之间联系的认识十分有限,所以从数量性状位点到基因的识别是一个挑战。近年来发展了一些利用公共数据库的信息预测疾病易感基因的计算生物学方法。文章简要介绍了DGP、GeneSeeker、Prioritizer、PROSPECTR and SUSPECTS及Endeavor5种计算生物学方法的基本原理,以2型糖尿病/肥胖和骨质疏松症易感基因的预测为例说明它们的应用方法,并讨论了这些方法的局限及应用前景。展开更多
Problems of computing the reversal distance between genomes are discussed. Problems of computing the reversal distance between genomes are fundamental problems of Computational Biology, these problems have important m...Problems of computing the reversal distance between genomes are discussed. Problems of computing the reversal distance between genomes are fundamental problems of Computational Biology, these problems have important meanings in studying the biological race evolution and the bio-pharmaceuticals etc. The problem of evolutionary trees based on reversal distance between genomes and it's NPC property are especially discussed.展开更多
目的探究基于双硫死亡相关基因构建心力衰竭临床诊断模型的价值。方法获取训练集基因表达谱系列号(Gene Expression Omnibus Series,GSE)57345的差异表达双硫死亡相关基因,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(...目的探究基于双硫死亡相关基因构建心力衰竭临床诊断模型的价值。方法获取训练集基因表达谱系列号(Gene Expression Omnibus Series,GSE)57345的差异表达双硫死亡相关基因,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析、Metascape疾病富集分析。C57BL/6J雄性小鼠6只随机分为对照组和心力衰竭(heart failure,HF)组,每组3只,对照组给予生理盐水腹腔注射,HF组腹腔注射异丙肾上腺素。使用实时荧光定量聚合酶链反应检测关键基因的表达水平。结果GO富集分析主要涉及血小板聚集等方面;KEGG显著富集在紧密接头、血管平滑肌收缩等信号通路。Metascape富集分析显示,差异表达基因主要与局灶性肾小球硬化症、肾小球疾病、血小板疾病、肿瘤浸润、肾病综合征等疾病有关。HF组小鼠心体比表达明显高于对照组,心脏射血分数、短轴缩短率、心排血量、每搏量明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。HF组小鼠心脏组织蛋白BNP、基因MYH10 mRNA表达明显高于对照组[1.026±0.501 vs 0.686±0.187,P=0.038;1.469(1.782,2.670)vs 0.360(0.786,1.117),P=0.000],心脏组织基因MYL6、TLN1 mRNA表达明显低于对照组,差异有统计学意义(0.575±0.105 vs 1.000±0.202,P=0.027;0.429±0.114 vs 1.000±0.109,P=0.000)。结论构建的心力衰竭诊断模型具有较好的诊断性能。展开更多
文摘过去20多年复杂疾病易感基因鉴定的主要方法是连锁分析和关联研究。因为连锁分析确定的数量性状位点通常很宽,加之对区域内大部分基因的功能以及基因功能和疾病之间联系的认识十分有限,所以从数量性状位点到基因的识别是一个挑战。近年来发展了一些利用公共数据库的信息预测疾病易感基因的计算生物学方法。文章简要介绍了DGP、GeneSeeker、Prioritizer、PROSPECTR and SUSPECTS及Endeavor5种计算生物学方法的基本原理,以2型糖尿病/肥胖和骨质疏松症易感基因的预测为例说明它们的应用方法,并讨论了这些方法的局限及应用前景。
文摘Problems of computing the reversal distance between genomes are discussed. Problems of computing the reversal distance between genomes are fundamental problems of Computational Biology, these problems have important meanings in studying the biological race evolution and the bio-pharmaceuticals etc. The problem of evolutionary trees based on reversal distance between genomes and it's NPC property are especially discussed.
文摘目的探究基于双硫死亡相关基因构建心力衰竭临床诊断模型的价值。方法获取训练集基因表达谱系列号(Gene Expression Omnibus Series,GSE)57345的差异表达双硫死亡相关基因,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析、Metascape疾病富集分析。C57BL/6J雄性小鼠6只随机分为对照组和心力衰竭(heart failure,HF)组,每组3只,对照组给予生理盐水腹腔注射,HF组腹腔注射异丙肾上腺素。使用实时荧光定量聚合酶链反应检测关键基因的表达水平。结果GO富集分析主要涉及血小板聚集等方面;KEGG显著富集在紧密接头、血管平滑肌收缩等信号通路。Metascape富集分析显示,差异表达基因主要与局灶性肾小球硬化症、肾小球疾病、血小板疾病、肿瘤浸润、肾病综合征等疾病有关。HF组小鼠心体比表达明显高于对照组,心脏射血分数、短轴缩短率、心排血量、每搏量明显低于对照组,差异有统计学意义(P<0.05,P<0.01)。HF组小鼠心脏组织蛋白BNP、基因MYH10 mRNA表达明显高于对照组[1.026±0.501 vs 0.686±0.187,P=0.038;1.469(1.782,2.670)vs 0.360(0.786,1.117),P=0.000],心脏组织基因MYL6、TLN1 mRNA表达明显低于对照组,差异有统计学意义(0.575±0.105 vs 1.000±0.202,P=0.027;0.429±0.114 vs 1.000±0.109,P=0.000)。结论构建的心力衰竭诊断模型具有较好的诊断性能。
