实时RT-PCR检测大鼠死后管家基因mRNA的时序性降解 被引量：11

1

作者 任广睦 刘季 王英元 《法医学杂志》 CAS CSCD 2009年第1期33-36,共4页

目的研究实时荧光定量RT-PCR方法检测死亡大鼠管家基因mRNA时序性降解的可行性,为死亡时间(postmortem interval,PMI)推断寻找新的研究手段。方法应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR技术,检测死后不同时间大鼠脑和脾中管家基因GAPDH m... 目的研究实时荧光定量RT-PCR方法检测死亡大鼠管家基因mRNA时序性降解的可行性,为死亡时间(postmortem interval,PMI)推断寻找新的研究手段。方法应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR技术,检测死后不同时间大鼠脑和脾中管家基因GAPDH mRNA及β-actin mRNA的水平,结果用循环阈值(简称Ct值)表示,分析死后经过时间与Ct值的线性关系,并建立死亡时间推断回归方程。结果GAPDH mRNA和β-actin mRNA的Ct值均与PMI之间存在显著的相关性。结论SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR在定量分析mRNA降解的研究中是一个较理想的技术手段。选用管家基因作为PMI推断的研究对象,可在法医检案中消除其他基因因为个体差异带来的误差,更具实用性。Ct值作为动态监测机体死后不同时间点的客观指标,与死后不同时间点的线性关系良好,推断死后经过时间尤其是晚期死亡时间较为理想。 展开更多

关键词 法医病理学 逆转录聚合酶链反应 死亡时间推断 管家基因 大鼠

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不同群型霍乱弧菌recA、dnaE和mdh管家基因序列分析 被引量：4

2

作者 芮勇宇 阚飙 +2 位作者 高守一 刘延清 祁国明 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1720-1723,共4页

目的不同群型霍乱弧菌(VC)recA、dnaE和mdh管家基因序列分析。方法PCR扩增、基因测序及生物信息学分析。结果18株不同群型霍乱弧菌recA基因500bp序列中共44个位点发生变异,只有3个位点变异导致氨基酸变异;dnaE基因600bp序列中共32个位... 目的不同群型霍乱弧菌(VC)recA、dnaE和mdh管家基因序列分析。方法PCR扩增、基因测序及生物信息学分析。结果18株不同群型霍乱弧菌recA基因500bp序列中共44个位点发生变异,只有3个位点变异导致氨基酸变异;dnaE基因600bp序列中共32个位点发生变异,只有1个位点变异导致氨基酸变异;mdh基因367bp序列中共21个位点发生变异,只有1个位点变异导致氨基酸变异。O1群埃尔托生物型(EVC)产毒株和O139群VC产毒株遗传学关系高度密切;不同群型非产毒株之间遗传学关系较远;不同群型产毒株和不同群型非产毒株遗传学关系较远。结论我国不同地区流行的EVC产毒株和O139群VC产毒株可能分别来自同一克隆群,O139群VC产毒株可能起源于EVC产毒株。 展开更多

关键词 霍乱弧菌 管家基因 聚合酶链反应 序列分析

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人管家基因启动子序列中的组合转录调控元件分析 被引量：1

3

作者 李慧敏 石玉 +1 位作者 杨志刚 江绍萍 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第1期73-81,共9页

研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控.利用统计方法提取人管家基因上游至第一内含子序列中潜在的组合转录调控模体,分析模体间的距离、区域分布等特征,探讨内含子参与基因转录调控的可能性及其参与方式.在管家基因中共获得960对潜... 研究表明,第一内含子可能参与基因转录调控.利用统计方法提取人管家基因上游至第一内含子序列中潜在的组合转录调控模体,分析模体间的距离、区域分布等特征,探讨内含子参与基因转录调控的可能性及其参与方式.在管家基因中共获得960对潜在转录调控模体对,其中57%与实验已知的具有转录相互作用的因子对吻合,共涉及12组因子对.分析发现,绝大多数模体对(>80%)偏向于上游区域及"上游-内含子"区域,进一步支持了内含子参与基因转录调控的假设,并据此推测内含子与上游序列之间具有转录协同作用,模体在基因转录起始位点(TSS)附近较为集中,模体对的两个模体之间距离较近,60%左右距离在200 bp以内,特别地,65%的模体对特征距离在100 bp以内,短距离间隔有利于转录因子间的协同作用.这些结果将有助于对人基因转录调控机制及内含子功能的深入认识. 展开更多

关键词 人管家基因 组合转录调控 模体对 内含子 区域偏好 距离分布

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钩藤管家基因筛选及生物碱合成相关基因的表达分析 被引量：2

4

作者 穆德添 万凌云 +6 位作者 章瑶 韦树根 陆英 付金娥 田艺 潘丽梅 唐其 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期126-138,共13页

为研究钩藤不同部位中最适管家基因与钩藤生物碱上游合成途径中关键酶基因的表达模式。以钩藤根、茎钩、叶片、蒴果为实验材料,通过RT-qPCR技术、GeNorm、NormFinder、Bestkeeper软件及△Ct程序、RefFinder在线网站分析了12个候选管家基... 为研究钩藤不同部位中最适管家基因与钩藤生物碱上游合成途径中关键酶基因的表达模式。以钩藤根、茎钩、叶片、蒴果为实验材料,通过RT-qPCR技术、GeNorm、NormFinder、Bestkeeper软件及△Ct程序、RefFinder在线网站分析了12个候选管家基因(18S、SAM、TUA、TUB、EF-1β、EF-1α、RNA L13、GAPDH、Actin6、PAL、CYP、cdc73)表达稳定性。结果表明,最适管家基因为SAM。再以SAM为管家基因,基于“基因组+转录组+代谢组”共表达分析筛选出钩藤生物碱上游合成途径中的15个重点候选相关基因(G8H、8-HGO、IS、CYP76A26、7-DLGT、7-DLH、LAMT、SLS、AS、AnPRT、IGPS、TSA、TSB、TDC、STR)进行表达分析,结果显示这些基因的表达量与含量趋势较为一致,很可能参与钩藤中TIAs的合成。 展开更多

关键词 钩藤 实时荧光定量PCR 管家基因 吲哚萜类生物碱 关键酶基因 表达

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小核糖体管家基因RNA 1转染对IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖及凋亡的影响 被引量：1

5

作者 左淑飞 吕书龙 +3 位作者 吴洁 马玲 付冬冬 范文强 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2020年第6期826-830,共5页

目的:探讨转染小核糖体管家基因RNA 1(SNHG1)对IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖、凋亡的影响及其机制。方法:以10μg/L的IL-1β刺激大鼠软骨细胞6、12和24 h(以未刺激细胞为对照),采用实时荧光定量PCR法检测SNHG1的表达。将体外培养的软... 目的:探讨转染小核糖体管家基因RNA 1(SNHG1)对IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖、凋亡的影响及其机制。方法:以10μg/L的IL-1β刺激大鼠软骨细胞6、12和24 h(以未刺激细胞为对照),采用实时荧光定量PCR法检测SNHG1的表达。将体外培养的软骨细胞分为正常对照组(正常培养)、IL-1β组(以10μg/L IL-1β刺激24 h)、IL-1β+空载体组(转染pcDNA3.1空载体后以10μg/L IL-1β刺激24 h)和IL-1β+SNHG1组(转染pcDNA3.1-SNHG1后以10μg/L IL-1β刺激24 h),采用实时荧光定量PCR法检测各组细胞中SNHG1的表达,MTT法和Annexin V-FITC/PI双染法检测细胞增殖和凋亡情况,Western blot法检测细胞中PI3K/AKT信号通路相关蛋白PI3K、AKT、p-AKT、Bcl-2和Bax的表达。结果:与未刺激细胞比较,IL-1β刺激6、12和24 h,大鼠软骨细胞中SNHG1表达水平逐渐降低(P<0.05)。与正常对照组比较,IL-1β组细胞中SNHG1表达水平,细胞增殖率和PI3K、p-AKT、Bcl-2蛋白的表达水平降低,细胞凋亡率和Bax蛋白表达水平升高(P<0.05);与IL-1β组或IL-1β+空载体组比较,IL-1β+SNHG1组细胞中SNHG1表达水平,细胞增殖率和PI3K、p-AKT、Bcl-2蛋白的表达水平均升高,而细胞凋亡率和Bax蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论:SNHG1可促进IL-1β刺激的大鼠软骨细胞增殖并抑制其凋亡,其作用机制可能与激活PI3K/AKT信号通路有关。 展开更多

关键词 骨关节炎 小核糖体管家基因RNA 1 增殖 凋亡 PI3K/AKT信号通路

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SYBR荧光实时定量PCR检测非小细胞肺癌组织与外周血中RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平 被引量：8

6

作者 陈建 李敏伟 +2 位作者 张国兵 李菌 王临润 《浙江大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期628-633,共6页

目的:建立荧光实时定量PCR技术,检测非小细胞肺癌组织与外周血RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平。方法:分别构建RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin质粒标准品,以SYBR荧光实时定量PCR分析,制备标准曲线,对非小细胞肺癌组织与外周血中R... 目的:建立荧光实时定量PCR技术,检测非小细胞肺癌组织与外周血RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平。方法:分别构建RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin质粒标准品,以SYBR荧光实时定量PCR分析,制备标准曲线,对非小细胞肺癌组织与外周血中RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin的mRNA进行检测。结果:标准曲线呈良好的线性关系。标准品的熔解曲线均呈单峰,特异性良好,说明基本无非特异性扩增。结论:所建SYBR荧光实时定量PCR方法操作简便,费用低,特异性好,准确度、灵敏度高,为后续研究构建了理想的平台。 展开更多

关键词 SYBR 荧光实时定量 PCR检测 非小细胞 肺癌组织 外周血 RRM1 ERCC1 BRCA1基因 表达水平 Detection quantitative real-time peripheral blood lung cancer cell gene expression 特异性扩增 管家基因 标准曲线

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公共场所冷却塔水嗜肺军团菌的基因序列分型研究 被引量：4

7

作者 章乐怡 李毅 +1 位作者 郑文力 马雪莲 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期262-266,273,共6页

目的为了解温州市中央空调冷却塔水中嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用序列分型方法(sequenced-based typing,SBT)对公共场所中央空调冷却塔水中的嗜肺军团菌进行分子分型研究。方法选择嗜肺军团菌的7个管家基因flaA... 目的为了解温州市中央空调冷却塔水中嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用序列分型方法(sequenced-based typing,SBT)对公共场所中央空调冷却塔水中的嗜肺军团菌进行分子分型研究。方法选择嗜肺军团菌的7个管家基因flaA、asd、mip、pilE、mompS、proA和neuA作为目的基因,对温州市公共场所中央空调冷却塔水中分离的31株嗜肺军团菌进行PCR扩增并测序。测序结果上传欧盟军团菌感染工作组(EWGLI)数据库进行比对、分型。运用DNAsp 5.0、Bionumerics5.1及SplitsTree等软件对分型结果进行分析。结果 31株嗜肺军团菌中,11株LP1型被分为2种ST型;17株非LP1型被分为8种ST型,其中7种ST型是新发现的序列型,并新发现1个等位基因;另3株非LP1型因缺少neuA基因未被数据库确认。7个管家基因的核苷酸多态性(Pi)范围为0.00995(mip)～0.02311(flaA)。flaA具有最大的核苷酸多态性(0.02311)。经聚类分析得到本地分离的嗜肺军团菌株的遗传进化关系。结论温州市公共场所冷却塔水中的嗜肺军团菌与国内外其他地区报道的嗜肺军团菌具有一定的亲缘关系,同时也具有地区特异性和遗传多样性。 展开更多

关键词 嗜肺军团菌 序列分型 聚类分析 管家基因

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大黄鱼Hepcidin基因转录物的相对定量分析 被引量：1

8

作者 蔡灵 吴曼丽 +1 位作者 范丹青 杨明 《上海大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期413-418,共6页

以大黄鱼(Pseudosciaena crocea)管家基因18S rRNA和β-actin作为内参基因,分别比较2个内参基因建立的相对定量曲线,最终确立以18S rRNA为参比基因,定量分析大黄鱼的Hepcidin抗菌肽基因.该相对定量分析方法所得结果与Northern-blot方法... 以大黄鱼(Pseudosciaena crocea)管家基因18S rRNA和β-actin作为内参基因,分别比较2个内参基因建立的相对定量曲线,最终确立以18S rRNA为参比基因,定量分析大黄鱼的Hepcidin抗菌肽基因.该相对定量分析方法所得结果与Northern-blot方法一致.应用建立的Hepcidin基因的实时荧光相对定量研究方法,对大黄鱼头肾中的Hepcidin基因转录物进行相对定量,为今后开展鱼体内免疫相关基因的表达特性、诱导机制等工作奠定研究基础.同时,克隆得到的大黄鱼β-actin基因和18S rRNA基因片段已提交基因库,并获得登录号. 展开更多

关键词 大黄鱼 抗菌肽 实时荧光定量PCR RT-PCR 管家基因

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Actin,干旱胁迫条件下相对可靠的内部参照基因 被引量：4

9

作者 张家亮 曹金华 +3 位作者 王直华 余灿 刘东华 靳德明 《生物学杂志》 CAS CSCD 2010年第3期13-16,19,共5页

很多关于干旱胁迫机制的研究涉及目标基因的差异表达,实时定量PCR技术在探测目标mRNA的变化方面是最为敏感的。为了避免偏差,目标基因的表达常常需要参照一个或多个内标基因进行定量,内标基因一般是在不同的处理条件下表达相对稳定的管... 很多关于干旱胁迫机制的研究涉及目标基因的差异表达,实时定量PCR技术在探测目标mRNA的变化方面是最为敏感的。为了避免偏差,目标基因的表达常常需要参照一个或多个内标基因进行定量,内标基因一般是在不同的处理条件下表达相对稳定的管家基因,目前使用最多的是actin基因家族,但在不同处理条件下许多actin同源基因表达的相对稳定性并没有经过确认。很多研究表明:使用不合适的管家基因定量目标基因的表达,将对实验结果造成严重偏差,为了阐明该问题和选择最合适的参照基因,检测了在干旱胁迫条件下8个actin种内同源基因的表达稳定性,通过geNorm软件对其稳定性进行分析,发现在所选择的管家基因当中ACT(X16280)1的表达最稳定,而选择不稳定的actin基因作为内标,会严重影响对目标基因相对表达量的估计。因此,在研究干旱胁迫下目标基因的表达水平时,为了实验结果的准确性和可靠性,建议采用ACT(X16280)1或ACT(X16280)2作为内标。 展开更多

关键词 干旱胁迫 基因表达 ACTIN 管家基因 实时定量PCR

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植物基因表达转录分析中内参基因的选择与应用 被引量：24

10

作者 牙库甫江.阿西木 关波 张富春 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期7-11,共5页

管家基因能够在生物体细胞中表达和不断地被转录,对于维持细胞功能发挥重要作用,并在细胞中组成型稳定表达。随着基因表达研究的深入,发现许多管家基因的表达也受到不同程度的调控。选择合适的管家基因作为内参对于准确定量分析目标基... 管家基因能够在生物体细胞中表达和不断地被转录,对于维持细胞功能发挥重要作用,并在细胞中组成型稳定表达。随着基因表达研究的深入,发现许多管家基因的表达也受到不同程度的调控。选择合适的管家基因作为内参对于准确定量分析目标基因的表达水平至关重要。通过对植物基因表达研究中常用的内参对照基因的表达特性,综述了可以筛选作为内参对照基因的标准和条件的验证。 展开更多

关键词 植物 内参对照基因 管家基因 基因表达 RT-PCR

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全基因组关联研究中NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值在DNA质检中的意义 被引量：1

11

作者 郭倩 王赓 +4 位作者 殷健 李梦梦 黄少兰 姜磊 徐沪济 《第二军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1444-1448,共5页

目的探讨NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值对全基因组关联研究(GWAS)中DNA标本质检的意义。方法收集1 494例强直性脊柱炎(AS)患者的血液DNA样本,分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度。第一阶段,对24例NanoDrop和PicoGreen浓度>50ng/... 目的探讨NanoDrop检测D_(260)/D_(230)值对全基因组关联研究(GWAS)中DNA标本质检的意义。方法收集1 494例强直性脊柱炎(AS)患者的血液DNA样本,分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度。第一阶段,对24例NanoDrop和PicoGreen浓度>50ng/μL的DNA样本行Omni中华8芯片检测,比较16例芯片成功样本与8例失败样本的D_(260)/D_(280)值及D_(260)/D_(230)值。第二阶段,选取1 122例NanoDrop和PicoGreen检测浓度均大于50ng/μL DNA样本行管家基因GAPDH的PCR检测,并对PCR反应成功的样本行Omni中华8芯片检测。采用Mann-Whitney U检验比较PCR反应成功与失败DNA样本的D_(260)/D_(230)值,采用受试者工作特征(ROC)曲线评价D_(260)/D_(230)值对PCR结果的鉴别效率。结果第一阶段中,芯片成功与失败样本的D_(260)/D_(280)值差异无统计学意义(P=0.444),而D_(260)/D_(230)值差异有统计学意义(Z=-3.920,P<0.001);第二阶段中,PCR成功的DNA样本基因分型检测成功率为100%,PCR成功与失败组的D_(260)/D_(230)值比较差异有统计学意义(Z=-5.983,P<0.01)。D_(260)/D_(230)值预测PCR结果的曲线下面积(AUC)为0.727;最佳诊断点的D_(260)/D_(230)值为0.89;特异度为0.95时的D_(260)/D_(230)值为2.305。结论在进行GWAS时,浓度及D_(260)/D_(280)值均较好而D_(260)/D_(230)值较低的DNA样本可能含有较多杂质,需联用PCR检测以确保样本质量;D_(260)/D_(230)值≥2.305时,样本纯度满足GWAS芯片检测的要求,可省略PCR检测。 展开更多

关键词 全基因组关联研究 D260/D230值 NanoDrop PICOGREEN 质量控制 聚合酶链反应 管家基因

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红砂肌动蛋白基因片段的克隆及序列分析 被引量：1

12

作者 赵书艺 白天惠 +2 位作者 包爱科 王沛 管萍萍 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1707-1711,共5页

肌动蛋白(Actin)基因是研究植物功能基因表达模式中最常用,也是最重要的内参基因。本研究以泌盐型强旱生植物红砂(Reaumuria soongorica)地上部总RNA为模板,根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并引物,采用RT-PCR方法克隆其Acti... 肌动蛋白(Actin)基因是研究植物功能基因表达模式中最常用,也是最重要的内参基因。本研究以泌盐型强旱生植物红砂(Reaumuria soongorica)地上部总RNA为模板,根据其他植物Actin基因的保守序列设计一对简并引物,采用RT-PCR方法克隆其Actin基因片段。序列分析结果表明,该基因片段长度为598bp,编码198个氨基酸,与GenBank中登陆的其他植物Actin基因核苷酸序列和氨基酸序列的一致性分别在82%和90%以上,说明其为Actin基因片段,命名为RsACT。进化分析显示,RsACT与陆地棉(Gossypium hirsutum)和白杨(Populus trichocarpa)肌动蛋白的亲缘关系最近。 展开更多

关键词 红砂 肌动蛋白 管家基因 序列分析

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进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌分子分型方法的比较研究

13

作者 俞佳 高有领 +6 位作者 王建峰 赵秀玲 李如松 王春 杨伯龙 于纪棉 江玲丽 《动物医学进展》 北大核心 2024年第8期78-82,共5页

为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株... 为研究来自不同地域幼虫芽孢杆菌的进化关系,建立其分子分型方法,对来自11个国家和地区的50株幼虫芽孢杆菌分离株进行MLST分型分析,并与ERIC分型比较。结果显示,ERIC法将50株分离株分为ERICⅠ、ERICⅡ与ERICⅣ型,但不能区分不同区域菌株;MLST法将菌株分为ST1至ST8共8种序列型,其中ST1为优势型,占比高且分布广泛;其次为ST5(主要为加拿大分离株),ST3(澳大利亚分离株),ST4(法国与匈牙利分离株),ST6(新西兰分离株),ST2(西班牙分离株),ST7(匈牙利分离株)和ST8(澳大利亚分离株)。与ERIC相比,MLST可以对不同地域的幼虫芽孢杆菌进行有效分型,具有更高的分辨率,可作为后续进口蜂蜜中幼虫芽孢杆菌流行病学调查的工具。 展开更多

关键词 幼虫芽孢杆菌 多位点序列分型 管家基因 肠杆菌基因间重复共有序列分型

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利用MLST技术对浙江省大肠杆菌O157的分子流行病学研究 被引量：7

14

作者 叶菊莲 占利 +3 位作者 梅玲玲 罗芸 姚苹苹 姜理平 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期901-904,共4页

目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌... 目的对浙江省2005-2010年大肠杆菌O157分离株进行分子分型研究,了解菌株间的遗传进化关系,为浙江省大肠杆菌O157监测及爆发疫情的控制提供基础。方法选择Pasteur大肠杆菌多位点序列分型(Multilocus SequenceTyping,MLST)方案,对大肠杆菌O157分离株及882364菌株进行MLST分型,确定菌株序列型(Sequence type,ST);采用DNAsp、eBURST、START2等软件进行分析。结果 30株菌中,27株O157∶H7菌株具备相同序列型(ST-284),占90%(27/30),其他3株菌序列型分别为ST-367、ST-125、ST-296。8个管家基因核苷酸多态性(Pi)范围为0.00119(polB)～0.00648(uidA),putP基因多态性位点比例最高(4.6%),trpA基因多态性位点比例最低(0.4%)。进化分析结果显示,这些序列型分别属于Group 1及Group 11群。结论浙江省动物源性大肠杆菌O157∶H7的主要序列型为ST-284,与江苏省病人株882364(ST-296)具有同一个进化祖先,提示应加强浙江省大肠杆菌O157病原学监测。 展开更多

关键词 大肠杆菌O157 多位点序列分型(MLST) 管家基因 分子流行病学

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鸡杆菌河南分离株的分子进化分析 被引量：6

15

作者 张金来 杨猛 +5 位作者 陈陆 付仁一 杨霞 赵军 王川庆 王泽霖 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2011年第6期8-14,共7页

【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管... 【目的】确定鸡杆菌河南分离株的具体种属和进化地位。【方法】以9株鸡杆菌河南分离株为研究对象,根据GenBank上登录的相关序列,针对鸡杆菌3个管家基因rpoB、infB和atpD设计引物,并进行PCR扩增、克隆和序列测定分析;将9株鸡杆菌的3个管家基因部分核苷酸序列,与已知的鸡杆菌属和巴氏杆菌科其他属相关参考株的相应基因序列进行比较分析并构建进化树。【结果】扩增出rpoBi、nfB和atpD3个管家基因部分序列,长度分别为566,531和1 441 bp,将测序结果登陆到GenBank。鸡杆菌分离株间的同源性分别为98.3%~100%（rpoB）、90.5%~100%（infB）和98.3%~100%（atpD）;分离株与国外鸭源鸡杆菌分离株间的同源性分别为97.1%~98.5%（rpoB）8、5.2%~93.2%（infB）和98.3%~98.8%（atpD）;分离株与国外鸡杆菌属其他种的同源性分别为84.3%~86.8%（rpoB）,83.1%~86.7%（infB）;鸡杆菌分离株与巴氏杆菌科其他代表属的同源性分别为77.4%~79.3%（rpoB）、78.2%~79.7%（infB）和83.5%~84.1%（atpD）。遗传进化分析显示,9株鸡杆菌河南分离株与鸭源鸡杆菌处于同一大分支之中。【结论】9株鸡杆菌河南分离株均为鸭源鸡杆菌。 展开更多

关键词 鸡杆菌 管家基因 进化分析 进化树

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四川部分地区禽源空肠弯曲菌MLST分型及遗传进化分析 被引量：4

16

作者 姚学萍 张博 +6 位作者 王寒 邬旭龙 周丽军 曹随忠 王印 杨泽晓 德西措姆 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期5-10,共6页

目的为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析。方法本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA,glnA,glyA,gltA,tkt,pgm和uncA作为目的基... 目的为了解四川部分地区分离到的48株禽源空肠弯曲菌间的分子特征,以对来源不同的空肠弯曲菌进行分子分型及遗传进化分析。方法本研究参照MLST数据库,选取了空肠弯曲菌MLST分型7个管家基因aspA,glnA,glyA,gltA,tkt,pgm和uncA作为目的基因分别扩增及测序,并将所得序列经比对后进行遗传进化分析。结果 48株分离株中共含24种不同的序列型分属于9种不同的克隆系及11种独特型,其中22株分离株含有新序列型,占分离株的45.83%(22/48);9种不同的克隆系中以CC-21、CC-353、CC-464克隆系所含菌株相对较多,而克隆系CC-45、CC-48最少,均为1株分离株;11种独特型共存于21株分离株中,其中以ST-8675序列型最多,为8株。遗传进化树显示,属同一克隆系的不同型别间的分离株亲缘关系较近,如同属于CC-21克隆系的ST-298与ST-760型别分离株处于同一小分支、亲缘关系较近,但不同克隆系的分离株间遗传进化关系较远,鹌鹑源分离株(V13-20)单独处于一大分支与其余禽源分离株间的亲缘关系最远。总体而言,不同地区、宿主来源的分离株呈现遗传多样性。结论本研究中分离株间具有基因多样性,MLST分型为了解该地区空肠弯曲菌的遗传特性和分布特点提供了参考依据。 展开更多

关键词 空肠弯曲菌 MLST分型 管家基因 遗传进化

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上海市动物源性食品中单增李斯特菌的MLST分析 被引量：9

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作者 刘萍萍 王少辉 +5 位作者 赵秋华 李蓓蓓 邵东华 史子学 魏建超 马志永 《中国动物传染病学报》 CAS 2013年第4期18-22,共5页

为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST19... 为了解上海市动物性食品中单增李斯特菌的进化情况和群体遗传学特征,本研究采用MLST法和eBURST软件对33株分离株进行分子分型及进化树分析。结果共分成8个型别,并且33株单增李斯特菌之间遗传相关性不是很大。分为4个进化谱系:ST11和ST196为一个进化谱系,ST9、ST8和ST155为一个进化谱系,ST87和ST277/589为一个进化谱系,所占比例最多的ST121单独一个进化谱系。 展开更多

关键词 单增李斯特菌 MLST分型 管家基因 进化树

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MLST分型技术在链球菌属中的相关参数 被引量：3

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作者 张颖 王卓林 +4 位作者 张志美 王艳萍 徐倩倩 郭时金 沈志强 《家畜生态学报》 北大核心 2013年第12期76-81,共6页

MLST分型技术是一种基于核酸序列测定的基因分型方法 ,该方法对多个管家基因进行序列分析,通过不同管家基因的分型来确定最终的序列分型。论文介绍了MLST技术在无乳链球菌、停乳链球菌似马亚种、肺炎链球菌、化脓性链球菌和猪链球菌中... MLST分型技术是一种基于核酸序列测定的基因分型方法 ,该方法对多个管家基因进行序列分析,通过不同管家基因的分型来确定最终的序列分型。论文介绍了MLST技术在无乳链球菌、停乳链球菌似马亚种、肺炎链球菌、化脓性链球菌和猪链球菌中的管家基因数目,引物序列和扩增片段大小,以期为微生物的分型奠定基础。 展开更多

关键词 MLST 链球菌 相关参数 管家基因

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多位点序列分型法在感染性疾病中的应用 被引量：4

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作者 谢蟪旭 王萍 刘敏川 《国际口腔医学杂志》 CAS 2009年第5期557-560,共4页

多位点序列分型(MLST)是近年来发展较快的以核苷酸序列分析为基础的病原菌分型的分子生物学方法,具有较高的分辨能力。通过对6～7个管家基因中长度约为470bp的核心片段的核苷序列的分析,MLST技术已广泛应用于感染性疾病病原微生物的分... 多位点序列分型(MLST)是近年来发展较快的以核苷酸序列分析为基础的病原菌分型的分子生物学方法,具有较高的分辨能力。通过对6～7个管家基因中长度约为470bp的核心片段的核苷序列的分析,MLST技术已广泛应用于感染性疾病病原微生物的分型鉴定,不同抗生素抵抗株及其毒力或其抗原相关性特殊基因型以及新的变异株引起的疾病流行等微生物流行病学分析。笔者下面就MLST的理论及其应用作一综述。 展开更多

关键词 多位点序列分型 管家基因 分型鉴定 感染性疾病

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1株人兽鱼共患病原菌嗜水气单胞菌的分离鉴定 被引量：2

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作者 毕建飞 康元环 +5 位作者 陈亨利 张海月 张冬星 姜剑峰 单晓枫 钱爱东 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2016年第3期118-121,共4页

为了对长春市某养鱼场病死鱼致病菌进行分离鉴定,对分离菌株进行了生物学特性分析,16S rRNA和3种管家基因的序列测定与分析,并对其进行鲤鱼、昆明系小鼠致病性试验及药敏试验。结果显示,该细菌为革兰阴性杆菌,培养特性、理化反应与嗜水... 为了对长春市某养鱼场病死鱼致病菌进行分离鉴定,对分离菌株进行了生物学特性分析,16S rRNA和3种管家基因的序列测定与分析,并对其进行鲤鱼、昆明系小鼠致病性试验及药敏试验。结果显示,该细菌为革兰阴性杆菌,培养特性、理化反应与嗜水气单胞菌基本相同;对左氧氟沙星、卡那霉素等18种抗菌药物敏感,万古霉素、苯唑西林等4种抗菌药物耐药;16S rRNA和dnaJ、rpoD、gyrB管家基因的均与Gen Bank上的嗜水气单胞菌相应基因有较高的同源性,同源性最高分别为99.6%、97.9%、99.9%。分离菌株对鲤鱼、昆明系小鼠有较强的致病作用,其半数致死量分别为6.76×10-7CFU/只、1.39×10-6CFU/只,表明该菌可能是1株人兽鱼共患病原菌。 展开更多

关键词 嗜水气单胞菌 管家基因 系统发育分析 药敏试验

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