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第二代测序技术的发展及应用 被引量:27
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作者 张丁予 章婷曦 王国祥 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期96-102,共7页
基于双脱氧核苷酸末端终止测序法的第一代测序技术,由于其通量低、成本高的缺点,逐步被第二代测序技术取代。基于高通量测序的第二代测序技术由于其通量大、可定量、成本低廉的优点,在各个领域方面的研究越来越广泛。该文首先详细介绍了... 基于双脱氧核苷酸末端终止测序法的第一代测序技术,由于其通量低、成本高的缺点,逐步被第二代测序技术取代。基于高通量测序的第二代测序技术由于其通量大、可定量、成本低廉的优点,在各个领域方面的研究越来越广泛。该文首先详细介绍了以454测序、Solexa测序和SOLiD测序为代表的第二代高通量测序技术的原理、方法,并将以这3种测序方法为基础构建的3种测序平台的优缺点、适用研究对象、测序精确度等进行了对比总结,然后对第二代测序技术目前在土壤、沉积物、人体、海洋和污水方面等领域的应用情况进行了介绍。最后,对第三代测序技术的发展作了相应展望。 展开更多
关键词 第二代测序技术 土壤 沉积物 人体 海洋 污水
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目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症基因诊断中的应用 被引量:3
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作者 陈瑛 魏晓明 +2 位作者 王本敬 易鑫 毛君 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期403-408,共6页
目的评估目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)基因诊断中的应用价值。方法采用目标区序列捕获及第二代测序技术对9例经典型PKU患者的苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)基因进行检测;采用Sanger测... 目的评估目标序列捕获二代测序技术在苯丙酮尿症(phenylketonuria,PKU)基因诊断中的应用价值。方法采用目标区序列捕获及第二代测序技术对9例经典型PKU患者的苯丙氨酸羟化酶(phenylalanine hydroxylase,PAH)基因进行检测;采用Sanger测序技术对患者及其父母基因突变型进行验证。结果 9例患者检测到PAH基因的12种致病性突变,包括7种错义突变(p.I65T、p.F161S、p.Q204C、p.R241C、p.L242F、p.R243Q和p.Q375E),2种无义突变(p.R111X和p.Y356X),3种剪接突变[c.442-1G>A(IVS4-1G>A)、c.1315+6T>A(IVS12+6T>A)和c.1316-2A>C(IVS12-2A>C)],以及3种非致病性的变异(p.Q232Q、p.V245V和p.L385L),致病性突变均来自患者父母。其中,2个致病性突变未见报道,分别为c.1316-2A>C和p.Q375E(CAA->GAA)。结论目标序列捕获二代测序可以准确检测出PAH基因突变,对遗传病因明确的疾病具有一定的临床应用价值。 展开更多
关键词 苯丙酮尿症 苯丙氨酸羟化酶 列捕获 第二代测序技术
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DNA测序技术及其应用研究进展 被引量:17
3
作者 刘朋虎 林冬梅 +1 位作者 林占熺 李晶 《福建农业学报》 CAS 2012年第10期1130-1133,共4页
本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大... 本文首先介绍了第一代、第二代、第三代DNA测序技术的原理、特点,在此基础上介绍了第二代测序技术在基因组测序、重测序,RNA测序,宏基因组,DNA甲基化等方面的应用。第一代测序技术以Sanger测序法为代表,操作繁琐、成本较高,不能满足大规模测序的需要。第二代测序技术以高通量、低成本为主要特点,主要包括Illumina公司的Solexa测序技术、罗氏公司的454测序技术和ABI公司的SOLiD测序技术,目前已广泛应用于生命科学研究的各个领域。第三代测序技术以单分子测序为主要特点,目前已经初见端倪,但是还没有被大规模广泛应用。 展开更多
关键词 DNA技术 第二代测序技术 第三技术 高通量 基因组学
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DNA测序技术的发展历史与最新进展 被引量:48
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作者 解增言 林俊华 +1 位作者 谭军 舒坤贤 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期64-70,共7页
DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每... DNA测序技术是现代分子生物学研究中最常用的技术。从1977年第一代测序技术的出现,经过30多年的发展,DNA测序技术取得重大进展,以高通量为特点的第二代测序技术逐步成熟并商业化,以单分子测序为特点的第三代测序技术也已经出现。介绍每一代测序技术的特点,并重点介绍了第二代测序技术及其应用。展望新的测序技术对于未来生物学研究及人们自身健康与人类疾病等方面研究的影响。 展开更多
关键词 第一DNA技术 第二DNA技术 第三DNA技术 高通量 单分子
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古DNA单链测序文库的建立与检测 被引量:1
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作者 宋凌峰 盛桂莲 袁俊霞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期1090-1097,共8页
2005年问世的第二代测序技术在古DNA领域的应用,突破了第一代测序技术在绝灭或死亡生物全基因组获取手段上的局限。借助古基因组信息,研究者能够从更为系统的实时分子证据角度,解读诸如人类起源、大型绝灭哺乳动物迁移演化、动植物家养... 2005年问世的第二代测序技术在古DNA领域的应用,突破了第一代测序技术在绝灭或死亡生物全基因组获取手段上的局限。借助古基因组信息,研究者能够从更为系统的实时分子证据角度,解读诸如人类起源、大型绝灭哺乳动物迁移演化、动植物家养驯化以及早期人类社会生活模式等古生物学、遗传学与演化生物学问题。引入第二代测序技术之后,传统的古DNA研究方法及流程得以改变,剔除了原有的实验流程中耗时的分子克隆步骤,引入了与第二代测序技术紧密相关的古DNA单链测序文库构建环节。古DNA单链测序文库的构建,是将古DNA双链模板变性成单链后,通过向单链古DNA两端添加人工DNA片段,将古DNA分子转变成能被测序仪识别的文库分子。针对古DNA分子微量、高度片段化以及普遍存在碱基损伤的特点,古DNA单链测序文库,能够高效获取古DNA材料中的遗传信息。本文系统介绍古DNA单链测序文库建立流程,以及对文库质量进行检测的方法,为研究者运用第二代测序技术测定绝灭或死亡生物全基因组提供方法借鉴。 展开更多
关键词 第二代测序技术 古DNA 单链DNA文库
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基于新一代高通量技术的人类疾病组学研究策略 被引量:24
6
作者 杨旭 焦睿 +3 位作者 杨琳 吴莉萍 李英睿 王俊 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期829-846,共18页
近年来,包括第二代测序技术和蛋白质谱技术等在内的新一代高通量技术越来越多的应用于解决生物学问题尤其是人类疾病的研究。这种以数据为导向,大规模、工业化的研究模式,使得从基因组水平、转录组水平、蛋白质组水平等角度对疾病展开... 近年来,包括第二代测序技术和蛋白质谱技术等在内的新一代高通量技术越来越多的应用于解决生物学问题尤其是人类疾病的研究。这种以数据为导向,大规模、工业化的研究模式,使得从基因组水平、转录组水平、蛋白质组水平等角度对疾病展开全方位、多层次的研究成为可能。文章综述了新一代高通量技术在DNA、RNA、表观遗传、宏基因组和蛋白质组水平的人类疾病研究进展以及在转化医学领域的应用。在基因组水平上,外显子组测序是近年来持续的研究热点,随着测序成本的不断降低,全基因组重测序也越来越凸显了其在全基因组范围内检测大型结构变异的优势,并使得个人基因组引领的个体化医疗逐渐成为可能。在转录组水平,如小RNA测序技术可用来检测已知小RNA和预测新的小RNA,这些小RNA不仅可以作为疾病诊断和预后的分子标志物,在疾病治疗方面也具有无限潜力。在蛋白质组水平,如目标蛋白质组学可以有目标地测定可能与疾病相关的特定蛋白质或多肽,能够很好地应用于疾病的临床分期分型。文章进一步阐述了跨组学研究在疾病研究领域中的应用和发展趋势,借助生物信息学分析方法进行多组学整合研究,能更加系统地阐释疾病的发生及发展机理,为疾病的诊断治疗提供强有力的工具。 展开更多
关键词 高通量技术 第二代测序技术 组学 疾病研究
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微生物相互作用研究进展:从观察到预测 被引量:8
7
作者 郝祎祺 张全国 《北京师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期809-815,共7页
地球上的微生物有着极高的丰富度和多样性.它们的生命活动和相互作用对维持生态系统稳定性起到关键作用;生存在宿主体内的微生物对其宿主的健康有重要影响.第二代测序技术的发展使得科学家获得了大量的关于微生物群落和功能基因组成的数... 地球上的微生物有着极高的丰富度和多样性.它们的生命活动和相互作用对维持生态系统稳定性起到关键作用;生存在宿主体内的微生物对其宿主的健康有重要影响.第二代测序技术的发展使得科学家获得了大量的关于微生物群落和功能基因组成的数据;而微生物群落和生态系统生态学的重点,正在从获得观测数据转变到理解微生物相互作用过程,并预测群落结构和功能的动态变化.近年来发展了很多针对第二代测序数据的算法和数学模型,以推测微生物种间相互作用网络,但这种自上而下的研究仍存在局限性.自下而上的实验研究可以对微生物种间作用进行直接验证,并帮助我们理解更高层次上的生态学模式和过程.与此同时,基于数学分析或模拟的理论研究展示了微生物相互作用的动态及其对群落动态和功能的影响.今后的研究应该结合观测数据、实验验证、理论模型多种研究方法,增进我们对微生物种间相互作用的理解并做出预测,以应对全球气候变化、传染病暴发、抗生素抗性进化等诸多挑战. 展开更多
关键词 微生物相互作用 相互作用推断 微生物群落动态 生态功能 第二代测序技术 相关分析 时间列分析
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个体化医疗和大数据时代的机遇和挑战 被引量:27
8
作者 李静 顾江 《医学与哲学(A)》 北大核心 2014年第1期5-10,25,共7页
随着分子生物学的发展,高通量测序技术的引入和"大数据"处理能力的提高,现代医学正在经历巨大的变革,由传统的标准化医疗模式向个体化医疗模式转变。随着人类基因组计划和DNA元素百科全书计划的完成及人类和肿瘤基因图谱的绘... 随着分子生物学的发展,高通量测序技术的引入和"大数据"处理能力的提高,现代医学正在经历巨大的变革,由传统的标准化医疗模式向个体化医疗模式转变。随着人类基因组计划和DNA元素百科全书计划的完成及人类和肿瘤基因图谱的绘制,我们正逐步解开人类基因组的奥秘。这极大地推进了人们对疾病,尤其是对肿瘤的认识。作为疾病诊断的"金标准",病理学也在经历着深刻的变革,逐渐向个体化病理学发展。个体化医疗时代的到来,使医学各领域和社会多方面都面临新的机遇和挑战。 展开更多
关键词 个体化医疗 大数据 第二代测序技术 个体化病理学 靶向治疗 肿瘤异质性
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中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2018年版) 被引量:24
9
作者 中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会前列腺癌学组 叶定伟 朱耀 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期627-633,共7页
随着第二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在前列腺癌诊疗中愈加广泛地应用,前列腺癌精准诊治策略已使越来越多的患者受益。目前的研究已表明,对于同源重组修复缺陷的转移性去势抵抗性前列腺癌(metastatic castration-resist... 随着第二代测序技术(next generation sequencing,NGS)在前列腺癌诊疗中愈加广泛地应用,前列腺癌精准诊治策略已使越来越多的患者受益。目前的研究已表明,对于同源重组修复缺陷的转移性去势抵抗性前列腺癌(metastatic castration-resistant prostate cancer,m CRPC)患者,可从奥拉帕利和铂类化疗药物中获益;针对免疫检查点抑制剂PD-1/PD-L1抗体,未经筛选的前列腺癌患者受益有限,然而错配修复缺陷及高度微卫星不稳定型前列腺癌患者则可接受PD-1抑制剂帕博利珠单抗(pembrolizumab)治疗。除提示药物敏感性外,NGS基因检测对于驱动基因突变患者发病风险的预估也起着重要作用。如何利用NGS精准定位可使前列腺癌患者获益的同时避免过度检测,以及针对突变基因进行解读提供后续诊疗建议,从而为中国前列腺癌患者制定个体化的治疗方案是我们每位临床医师面临的重要问题。为此,中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会前列腺癌学组组织专家撰写了本共识,以规范并促进NGS基因检测在前列腺癌诊疗中的应用。 展开更多
关键词 前列腺癌 第二代测序技术 基因检
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中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2020年版) 被引量:22
10
作者 叶定伟 朱耀 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期551-560,共10页
随着第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在前列腺癌诊疗中愈加广泛的应用,越来越多的患者能够从前列腺癌精准治疗中获益。美国食品药品管理局(Food and Drug Administration,FDA)已批准多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶[poly(ADP-... 随着第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在前列腺癌诊疗中愈加广泛的应用,越来越多的患者能够从前列腺癌精准治疗中获益。美国食品药品管理局(Food and Drug Administration,FDA)已批准多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶[poly(ADP-ribose)polymerase,PARP]抑制剂用于携带同源重组修复基因突变的转移性去势抵抗性前列腺癌的治疗;而就程序性死亡[蛋白]-1(programmed death-1,PD-1)/程序性死亡[蛋白]配体-1(programmed death ligand-1,PD-L1)抗体等免疫检查点抑制剂而言,错配修复缺陷及高微卫星不稳定型前列腺癌患者能够通过帕博利珠单抗(pembrolizumab)治疗获益。此外,NGS检测对于携带胚系基因突变患者家属肿瘤发病风险的预估也具有重要作用。如何在利用NGS技术精准定位可获益前列腺癌患者的同时避免过度检测,如何在遗传咨询中针对基因突变进行解读并提供后续的诊疗建议,从而为中国前列腺癌患者制定个体化的治疗方案是所有临床医师面临的重要问题。在《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2018年版)》和《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2019年版)》的基础上,中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会及中国临床肿瘤学会前列腺癌专家委员会组织专家结合最新发表的数据形成《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2020年版)》(以下简称《2020年版共识》),以便进一步指导NGS基因检测在前列腺癌诊疗中的规范应用,不断优化患者的个体化诊疗方案,探索并建立以肿瘤生物标志物为引导的临床治疗路径。 展开更多
关键词 前列腺癌 第二代测序技术 基因检
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单细胞基因组学分析的技术前沿 被引量:6
11
作者 潘星华 朱海英 MARJANI Sadie L. 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期17-24,共8页
基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术... 基因组学已经深刻地改变了生命科学的诸多领域的面貌。目前它的主要内容是新的全基因组碱基序列的测定和在全基因组范围内鉴定那些在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。为达此要求,近年出现的第二代测序(深度测序)技术和基因芯片技术发挥了关键作用,但是两者都需要足够的高质量的核酸样品。所以,在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,如果没有特殊手段,上述分析往往不能常规、方便地进行。文章以DNA扩增为主线,综合阐述了目前在单细胞(特别是微生物)全基因组测序和大基因组的靶向重测序,以及对单细胞或微量细胞进行的基于深度测序或芯片杂交的功能基因组分析,如转录组、ChIP和DNA的CpG甲基化分析等的最新策略和技术,评价了单细胞基因组测序和功能基因组学各技术的特点并对发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 单细胞基因组 第二代测序技术 功能基因组学 转录组分析 染色质免疫共沉淀 CpG甲基化图谱
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中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2019年版) 被引量:12
12
作者 叶定伟 朱耀 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期553-560,共8页
随着第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在前列腺癌诊疗中愈加广泛的应用,前列腺癌精准诊治策略已使越来越多的患者受益。多项研究表明:DNA修复缺陷型转移性去势抵抗性前列腺癌(metastatic castration resistant-prostate ... 随着第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在前列腺癌诊疗中愈加广泛的应用,前列腺癌精准诊治策略已使越来越多的患者受益。多项研究表明:DNA修复缺陷型转移性去势抵抗性前列腺癌(metastatic castration resistant-prostate cancer,mCRPC)患者,可从多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶[poly(ADP-ribose)polymerase,PARP]抑制剂和铂类化疗药物中获益;就程序性死亡[蛋白]-1(programmed death-1,PD-1)/程序性死亡[蛋白]配体-1(programmed death ligand-1,PD-L1)抗体等免疫检查点抑制剂而言,未经筛选的前列腺癌患者往往受益有限,而错配修复缺陷及高微卫星不稳定型前列腺癌患者则可接受帕博利珠单抗(pembrolizumab)治疗。此外,NGS检测对于携带胚系基因突变患者相关家属肿瘤发病风险的预估也具有重要作用。如何在利用NGS技术精准定位可获益前列腺癌患者的同时避免过度检测,如何在遗传咨询中针对基因突变进行解读并提供后续诊疗建议,从而为我国前列腺癌患者制定个体化的治疗方案是所有临床医师面临的重要问题。在《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2018年版)》基础上,中国抗癌协会泌尿男生殖系肿瘤专业委员会及中国临床肿瘤学会前列腺癌专家委员会组织专家结合最新发表的数据形成《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2019年版)》(以下简称《本共识》),以便进一步指导NGS基因检测在前列腺癌诊疗中的规范应用。《本共识》专家委员会倡导各单位组建生殖泌尿肿瘤精准医学专家团队(genitourinary molecular tumor board,GU-MTB),为肿瘤治疗提供更多选项,优化患者的个体化诊疗方案,并建立生物标志物引导的临床治疗路径。 展开更多
关键词 前列腺癌 第二代测序技术 基因检
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基因组技术在肿瘤分子诊断中的应用 被引量:2
13
作者 陈希 包黎明 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期769-771,共3页
肿瘤是基因组疾病,基因组变化在肿瘤发生和发展中起着重要的作用。近20年来随着肿瘤基因组研究的不断深入,发现了许多肿瘤基因组在DNA、基因表达、遗传表观等不同水平的变化特征,为基因组水平肿瘤分子诊断和分型奠定了理论基础。由于肿... 肿瘤是基因组疾病,基因组变化在肿瘤发生和发展中起着重要的作用。近20年来随着肿瘤基因组研究的不断深入,发现了许多肿瘤基因组在DNA、基因表达、遗传表观等不同水平的变化特征,为基因组水平肿瘤分子诊断和分型奠定了理论基础。由于肿瘤临床标本的特殊性,传统的分子生物学技术无法有效地分析肿瘤基因组变化。随着以基因芯片和第二代DNA测序(Next generation sequencing,NGS)技术为代表的全基因组分析技术的迅速发展,为高容量和高精密度分析肿瘤基因组变化提供新的手段。本文综述目前国际上主要的基因组分析技术,重点介绍其在肿瘤分子诊断中的应用价值,展望全基因组技术在肿瘤诊断和个体化治疗上的应用前景。 展开更多
关键词 肿瘤 基因组 分子诊断 基因芯片 第二DNA技术
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Regulatory effects of seed soaking with a beneficial microbial agent on the rhizosphere soil microflora of edible lilies
14
作者 MAN Hua-li LI Hui +3 位作者 SHI Gui-hong YANG Hong-yu LI Mou-qiang SHI Gui-ying 《植物营养与肥料学报》 北大核心 2025年第5期994-1005,共12页
【Background】The application of beneficial-microbial seed soaking prior to sowing represents a novel technology that has not been employed in Lanzhou lily cultivation.We conducted an experiment to explore the impact ... 【Background】The application of beneficial-microbial seed soaking prior to sowing represents a novel technology that has not been employed in Lanzhou lily cultivation.We conducted an experiment to explore the impact of this soaking method on the fungal and bacterial community structures using next-generation sequencing technology(NGS).【Methods】Lily bulbs were soaked in a seed treating agent containing beneficial microbes(SP treatment)for 4 hours.Subsequently,they were planted in soil in July and sampled in September to assess plant growth,rhizosphere soil physicochemical properties,and microorganism community structures.In addition,we employed the software PICRUSt and FUNGuild to predict bacterial pathways and fungal functions.【Results】Under SP treatment,there were significant alterations in fungi and bacteria community structures,accompanied by improved soil nutrient status.Notably,the relative abundance of dominant microorganism groups,such as the fungi Basidiomycota,Pseudeurotium,Cladophialophora,Microascus,and Dactylonectria,as well as the bacteria Proteobacteria,Chloroflexi,Ochrobactrium,Lysobacter,and RB41,underwent notable changes.Microorganism function prediction results indicated a reduction in pathotrophic fungi(including plant pathogens)and an increase in endophytic and saprotrophic fungi under SP treatment.Among the top 20 metabolism pathways,80%were upregulated in SP treatment compared to the CK.【Conclusions】Seed soaking with beneficial microbial strain promotes the growth of Lanzhou lily bulbs.The beneficial microorganisms play a crucial role in regulating soil microbial structures,enhancing the accumulation of endophytic fungi,reducing the abundance of pathogens,and improving soil functions.Furthermore,specific microbial groups are found to be involved in maintaining soil health. 展开更多
关键词 edible lily second-generation sequencing technology(NGS) seed treating fungal community structure bacterial community structure PROPHYLAXIS
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亚甲基水杨酸杆菌肽对白羽肉鸡生长性能和肠道菌群结构的影响 被引量:1
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作者 江宇航 辛维岗 +3 位作者 周寰宇 杨瑞思 张棋麟 林连兵 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期94-101,共8页
亚甲基水杨酸杆菌肽(bacitracin methylene disalicylate, BMD)具有良好的抑菌活性与安全性,可作为一种药物添加剂用于预防和治疗动物疾病。然而,目前关于BMD对白羽肉鸡的生长性能和肠道菌群结构的影响尚不明确。作者选用3日龄健康白羽... 亚甲基水杨酸杆菌肽(bacitracin methylene disalicylate, BMD)具有良好的抑菌活性与安全性,可作为一种药物添加剂用于预防和治疗动物疾病。然而,目前关于BMD对白羽肉鸡的生长性能和肠道菌群结构的影响尚不明确。作者选用3日龄健康白羽肉鸡作为实验对象,分别在基础饲粮上添加50 mg/kg金霉素制剂与高(60.0 mg/kg)、中(40.0 mg/kg)、低(20.0 mg/kg)剂量的BMD进行比较饲喂管理。记录28 d内白羽肉鸡料重比变化,利用第二代高通量测序技术对28 d的白羽肉鸡肠道微生物菌群和组成变化进行测序分析,比较各组间与组内的肠道微生物多样性及主要优势菌群相对丰度差异。结果发现,饲喂不同剂量的BMD和金霉素制剂对白羽肉鸡的生长性能均有一定影响,饲喂60.0 mg/kg的BMD时,白羽肉鸡料重比最低,效果最佳。同时,饲喂BMD与金霉素制剂对白羽肉鸡的肠道菌群也产生了一定影响,造成了菌群多样性下降、丰度上升。与空白组相比,添加BMD和金霉素后拟杆菌门、软壁菌门的优势菌群显著上升(P<0.05),而厚壁菌门显著下降(P<0.05)。在属水平上,Fournierella的相对丰度显著上升(P<0.05),而粪杆菌属的相对丰度显著下降(P<0.05)。研究结果表明,饲喂BMD对白羽肉鸡的生长性能和肠道菌群结构均有促进作用,能够有效降低白羽肉鸡料重比且能够促进肠道菌群的微生态健康。 展开更多
关键词 亚甲基水杨酸杆菌肽 白羽肉鸡 第二代测序技术 生长性能 肠道菌群
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文森巴尔通体致人类感染性心内膜炎1例报告并文献复习
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作者 闫俊彦 马瑞彦 +5 位作者 肖颖彬 郝嘉 李明文 李建 陈林 蒋迎九 《中国感染控制杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期1295-1301,共7页
目的探讨文森巴尔通体博格霍夫亚种(Bvb)所致感染性心内膜炎的临床特点及诊疗策略。方法报告国内1例25岁男性感染Bvb导致心内膜炎患者的临床诊治经过,同时结合国外报道的3例相似案例文献资料进行总结分析。结果4例患者均为青壮年男性,既... 目的探讨文森巴尔通体博格霍夫亚种(Bvb)所致感染性心内膜炎的临床特点及诊疗策略。方法报告国内1例25岁男性感染Bvb导致心内膜炎患者的临床诊治经过,同时结合国外报道的3例相似案例文献资料进行总结分析。结果4例患者均为青壮年男性,既往1年内有犬类动物密切接触史;以胸痛、疲乏、呼吸困难为主要症状,合并脑血管意外及严重贫血,有心脏瓣膜赘生物形成及瓣膜功能损伤;多次血培养阴性,2例经病原微生物宏基因组二代测序技术(mNGS),3例经聚合酶链反应明确为Bvb感染。患者均因心力衰竭接受手术治疗,经手术及针对性抗感染治疗后患者均存活。结论本例报告为国内首例Bvb感染性心内膜炎病例。患者经血清学间接免疫荧光分析法(IFA)及NGS明确诊断,手术结合抗感染治疗效果理想。 展开更多
关键词 感染性心内膜炎 巴尔通体 宏基因组学第二代测序技术 血培养阴性
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儿童Alport综合征COL4A5基因4种新突变分析 被引量:5
17
作者 都娟 黄建萍 +3 位作者 赵晓艳 王硕 肖丽丽 张尼娜 《中国循证儿科杂志》 CSCD 2013年第1期27-30,共4页
目的分析4例儿童Alport综合征的基因型和临床表型特点。方法总结4例患儿的临床特点,采用外显子捕获-第二代测序技术对4例诊断为Alport综合征患儿的COL4A5、COL4A4和COL4A3基因进行突变检测。结果 4例均为男性,年龄6~8岁,首发症状均为血... 目的分析4例儿童Alport综合征的基因型和临床表型特点。方法总结4例患儿的临床特点,采用外显子捕获-第二代测序技术对4例诊断为Alport综合征患儿的COL4A5、COL4A4和COL4A3基因进行突变检测。结果 4例均为男性,年龄6~8岁,首发症状均为血尿,均伴有不同程度的蛋白尿。1例表现为高频听力区受损,1例右侧视网膜脱色素改变。4例肾功能均正常。肾穿刺活检电镜检查均显示典型Alport综合征基底膜病变。在4个家系中发现4种COL4A5基因突变,分别为Gly132Glu、Gly1238Arg、Gly267Arg和Gly1033Ser,均为未报道的新突变。经家系验证Gly132Glu和Gly1033Ser为新生突变。用SIFT和PolyPhen软件进行蛋白功能预测均显示4种突变为有害突变。结论本研究采用外显子捕获-第二代测序技术共检测到4种COL4A5基因新突变,其中2种为新生突变。为人类Alport综合征基因突变数据库增添了4个新成员,对进一步研究中国人群Alport综合征的发病机制以及遗传咨询和产前诊断有重大意义。 展开更多
关键词 基因突变 儿童 ALPORT综合征 COL4A5 第二代测序技术
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极端油藏微生物多样性分析 被引量:1
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作者 徐海霞 孟祥娟 +5 位作者 袁泽波 王鹏 陈德飞 陈箐 程昉 赵静 《环境科学与技术》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期32-37,共6页
文章通过对哈得油田超高温、超高盐油藏油水样品中微生物种类多样性和优势菌群的研究,考察极端油藏内源微生物的分布特征,探讨生物采油技术在超高温、超高盐油藏条件下的应用可行性。采集哈得油田HD1-1H、HD1-9H、HD1-15H、HD1-21H和HD1... 文章通过对哈得油田超高温、超高盐油藏油水样品中微生物种类多样性和优势菌群的研究,考察极端油藏内源微生物的分布特征,探讨生物采油技术在超高温、超高盐油藏条件下的应用可行性。采集哈得油田HD1-1H、HD1-9H、HD1-15H、HD1-21H和HD1-23H 5组水平井油水样,利用第二代高通量测序技术测定油水样品内微生物的16S rDNA V3-V4变异区序列,应用QIIME软件整理和统计样本序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和多样性,以及不同井微生物物种多样性丰度的差异。哈得油水样中内源微生物资源丰富,5组油水样属水平的微生物类群数分别为196、199、184、212和220,微生物在分类种类和所占比例上具有显著差异。优势菌群中有多种明确的采油功能微生物,如芽孢杆菌属、假单胞菌属、乳球菌属等。该研究明确了哈德油田具有较丰富的微生物采油物质基础,丰富了对超高温、超高盐极端油藏微生物多样性的认识,拓展了生物采油技术在极端油藏中的应用范围。 展开更多
关键词 哈得油田 极端油藏 第二代测序技术 微生物多样性分析 生物采油技术
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多原发肺癌诊疗策略的最新进展 被引量:4
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作者 李邦胜 杨政鸿 +2 位作者 赵应鼎 陈颖 黄云超 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期863-873,共11页
随着后疫情时代的到来,计算机断层扫描在肺癌筛查中运用愈加广泛,多原发性肺癌(multiple primary lung cancer, MPLC)的检出率在不同国家和地区也随之飙升。尽管先进的组织学和测序技术不断应用于该领域,但MPLC和肺内转移(intrapulmonar... 随着后疫情时代的到来,计算机断层扫描在肺癌筛查中运用愈加广泛,多原发性肺癌(multiple primary lung cancer, MPLC)的检出率在不同国家和地区也随之飙升。尽管先进的组织学和测序技术不断应用于该领域,但MPLC和肺内转移(intrapulmonary metastasis, IM)的鉴别仍具有挑战性。近年来,遗传和环境因素在MPLC中的特殊机制逐渐被人们发掘。在MPLC的治疗中,肺叶切除术仍然居于主要地位,但特定肿瘤亚肺叶切除并未对生存产生负面影响,这似乎是一种合理的选择。随着理念的革新,以手术为主的综合治疗是一种新趋势。其中,立体定向消融放疗(stereotactic ablative radiotherapy, SABR)和肺消融技术成为早期不可切除肿瘤和控制残留病灶的有效治疗手段。此外,驱动基因阳性的靶向治疗和免疫治疗在术后辅助阶段也显示出良好的结果。本文拟基于最新的研究成果对MPLC的管理进行综述。 展开更多
关键词 肺肿瘤 第二代测序技术 手术 放射治疗 消融 靶向治疗 免疫治疗
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辽河油田油泥微生物多样性分析及功能菌种筛选评价 被引量:6
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作者 陈箐 程昉 +4 位作者 宋晓峰 林佳伟 董洋 何炜 赵静 《东北石油大学学报》 CAS 北大核心 2017年第6期105-111,共7页
分析辽河油田某区块不同来源油泥中微生物种类多样性、优势菌群和分布特征,探讨功能微生物在含油污染物的生物修复及提高原油采收率的应用可行性。采集辽河油田某区块3个油泥样品,利用第二代高通量测序技术测定油泥样品内微生物的16SrDN... 分析辽河油田某区块不同来源油泥中微生物种类多样性、优势菌群和分布特征,探讨功能微生物在含油污染物的生物修复及提高原油采收率的应用可行性。采集辽河油田某区块3个油泥样品,利用第二代高通量测序技术测定油泥样品内微生物的16SrDNA V3-V4可变区序列,整理和统计各分类水平的微生物类群数,分析微生物的丰度、分布和多样性,以及不同位置油泥微生物多样性丰度的差异。结果表明:辽河油田某区块油泥中3组样品属水平的微生物类群数分别为51、135和213,不同来源样品中微生物种类及所占比例差异显著;优势菌群中含有多种已报道可作用原油的功能微生物,如芽孢杆菌属(Bacillus)和诺卡氏土壤菌属(Nocardiopsis)等;从油泥中筛选的菌株LH-03发酵液表面张力为29.3mN/m,对煤油和液体石蜡乳化层高度分别为6.1和5.7cm,经鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),与Pseudomonas aeruginosa CB-01复配使用,油泥降解实验除油率达到51.9%,石蜡降解率达到38.9%,填砂管驱油实验可在水驱基础上提高采收率12.7%。辽河油田油泥含有较丰富的微生物修复物质基础,具备通过生物刺激和强化技术实现原位生物修复的可行性。 展开更多
关键词 辽河油田 油泥 第二代测序技术 微生物多样性 功能菌种筛选
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