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可计算生物医学知识视角下诊疗规范知识计算化模式研究 被引量:1
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作者 牟冬梅 琚沅红 +1 位作者 于海涛 王书童 《现代情报》 CSSCI 2023年第12期73-87,共15页
[目的/意义]构建可计算生物医学知识视角下的诊疗规范知识计算化模式,推动“数据—知识—实践”循环进程,促进临床诊疗过程各环节决策制定协同发展。[方法/过程]通过文献调研,明晰诊疗规范知识计算化的必要性及应用价值,并在厘清诊疗规... [目的/意义]构建可计算生物医学知识视角下的诊疗规范知识计算化模式,推动“数据—知识—实践”循环进程,促进临床诊疗过程各环节决策制定协同发展。[方法/过程]通过文献调研,明晰诊疗规范知识计算化的必要性及应用价值,并在厘清诊疗规范概念、内涵,归纳诊疗规范数据来源、数据特征,提炼诊疗规范知识可计算化特征的基础上,遵循可计算生物医学知识核心思想和DIKW层级模型内涵,构建诊疗规范知识计算化模式并探索其实现路径。[结果/结论]构建“1-336”诊疗规范知识计算化模式立方体,包含1个核心目标、3个知识层级、3条实现子路径、6个关键环节,为各领域知识计算化研究提供理论支撑以及方法学参考和依据。 展开更多
关键词 可计算化生物医学知识 知识计算化 诊疗规范 知识组织 模式构建
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一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用
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作者 潘超 苏运聪 +2 位作者 杨睿 段会龙 邓宁 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第1期82-90,共9页
基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalize... 基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法. 展开更多
关键词 蛋白质组学 非标记定量分析 生物质谱 生物医学知识
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面向生物医学实体链接的联合式学习方法 被引量:7
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作者 胡宇 申德荣 +1 位作者 聂铁铮 寇月 《计算机学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第4期748-765,共18页
生物医学文本蕴含着丰富的探索价值,其为生物医学工作者进行研究提供了宝贵的领域知识.充分且高效地利用海量的生物医学文献,并从中发现重要的隐藏信息、获取专业领域知识,对生物医学研究具有重要的意义.生物医学实体链接是对生物医学... 生物医学文本蕴含着丰富的探索价值,其为生物医学工作者进行研究提供了宝贵的领域知识.充分且高效地利用海量的生物医学文献,并从中发现重要的隐藏信息、获取专业领域知识,对生物医学研究具有重要的意义.生物医学实体链接是对生物医学文本中的命名实体进行识别,并将表示该实体的某些字符串映射到生物医学领域知识库中对应概念.生物医学实体链接任务通常面临两个主要的挑战:(1)自然语言描述的歧义性.(2)自然语言文本与生物医学知识库的异构性.传统的方法基于特征选择或规则发现,依赖于手动选择特征或定义规则,处理分阶段模型中也可能出现误差传播.因此,本工作提出了一种深度学习和知识库相结合的实体链接方法,通过深度挖掘自然语言文本的隐藏特征,及其与知识库概念图间结构的相似性,将生物医学实体识别与实体-概念对齐两个任务进行联合式处理.该方法旨在通过标准的生物医学知识库,自动获取生物医学实体的语义信息,挖掘生物医学实体之间的语义关系.实验表明,该方法在实体识别与对齐方面取得了较好的效果,显著提高了任务的精确性,在实体链接核心任务上取得了超过10%的性能提升. 展开更多
关键词 实体识别 实体对齐 语义分析 生物医学文本挖掘 生物医学知识
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可计算中医药知识发展前景及策略研究 被引量:2
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作者 崔鸿雁 陈秋平 +4 位作者 邵明义 吕兰青 符宇 赵瑞霞 张容容 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2024年第12期25-28,I0031,共5页
在中医药(Traditional Chinese Medicine,TCM)具有海量的知识和数据背景下,可计算生物医学知识(Computable Biomedical Knowledge,CBK)概念的提出及推动为创新性传承和发展中医药知识带来了启示。中医药的发展需要结合现代新型医学理念... 在中医药(Traditional Chinese Medicine,TCM)具有海量的知识和数据背景下,可计算生物医学知识(Computable Biomedical Knowledge,CBK)概念的提出及推动为创新性传承和发展中医药知识带来了启示。中医药的发展需要结合现代新型医学理念,而中医药知识特点恰好符合CBK循环学习模式,针对目前中医药领域知识传承模式与发展存在的局限性,结合CBK理念,提出可计算中医药知识(Computable Traditional Chinese Medicine Knowledge,CTCMK)的发展理念。分析中医药知识可计算发展前景并提出相关发展策略,以期推进可计算中医药知识的发展,加速中医药知识获取、发现和及时转化为实践,为中医药领域知识的创新性发展、提高中医药研究和医疗服务质量奠定基础。 展开更多
关键词 可计算生物医学知识 可计算中医药知识 计算机可执行 中医药现代化 知识管理
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