新一代测序技术在植物转录组研究中的应用 被引量：39

1

作者 梁烨 陈双燕 刘公社 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1317-1326,共10页

随着DNA测序技术的发展,新一代测序技术以其高通量、低成本的特点,成为越来越多的生物学研究者在开展工作时的首选。在所有的新一代测序技术中,454测序系统是最早实现商业化且发展相对成熟的一种,目前被广泛的应用于各个领域的生物学研... 随着DNA测序技术的发展,新一代测序技术以其高通量、低成本的特点,成为越来越多的生物学研究者在开展工作时的首选。在所有的新一代测序技术中,454测序系统是最早实现商业化且发展相对成熟的一种,目前被广泛的应用于各个领域的生物学研究中。文章以454测序系统为例,综述了新一代测序系统的原理、优缺点,及其在植物转录组研究中的应用,并对其在植物研究领域中可能的发展应用方向进行了展望。 展开更多

关键词 新一代测序平台 454测序技术 植物转录组 EST SNP

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新一代测序技术及其在植物转录组研究中的应用 被引量：9

2

作者 李智奕 宁维 +3 位作者 陈利平 李瑜 韩亚伟 史媛媛 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2013年第12期1-5,共5页

新一代高通量测序技术发展迅速,其特点是高通量、低成本,成为更多研究人员进行转录组分析的重要手段。新一代测序技术主要有454测序平台、Solexa测序平台和SOLID测序平台,目前被广泛应用于生物学研究中。就目前正在发展的3种高通量测序... 新一代高通量测序技术发展迅速,其特点是高通量、低成本,成为更多研究人员进行转录组分析的重要手段。新一代测序技术主要有454测序平台、Solexa测序平台和SOLID测序平台,目前被广泛应用于生物学研究中。就目前正在发展的3种高通量测序技术进行了阐述,并比较其优缺点,探讨了新一代测序技术在植物转录组研究中的应用,并对其发展前景进行了展望。 展开更多

关键词 新一代测序技术 转录组 SNP EST—SSR

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新一代测序技术在遗传性耳聋基因研究及诊断中的应用 被引量：24

3

作者 袁慧军 卢宇 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1112-1120,共9页

超过50%的耳聋由遗传基因缺陷所致,伴随着基因组学技术的发展,耳聋分子遗传学研究逐渐成为耳科学研究的前沿领域。新一代高通量测序技术的出现,提供了以数据为导向的新的遗传性疾病研究模式,革新了人们对遗传性疾病的认识过程,使得对遗... 超过50%的耳聋由遗传基因缺陷所致,伴随着基因组学技术的发展,耳聋分子遗传学研究逐渐成为耳科学研究的前沿领域。新一代高通量测序技术的出现,提供了以数据为导向的新的遗传性疾病研究模式,革新了人们对遗传性疾病的认识过程,使得对遗传性疾病的研究策略也发生了重大转变。近年来新一代测序技术(Next generation sequencing,NGS)在耳聋研究中的应用,大大加快了耳聋基因发现的速度,并逐渐向临床应用方向转化。文章总结了遗传性耳聋的特点和研究现状,以及新一代测序技术在耳聋研究中的应用和前景,以及基于NGS技术的耳聋基因研究和临床耳聋基因诊断的发展方向。 展开更多

关键词 新一代测序 耳聋 遗传性疾病 基因诊断

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应用新一代测序技术测定大室别藻苔虫线粒体基因组全序列

4

作者 申欣 田美 +2 位作者 朱长保 刘会莲 赵方庆 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期136-142,共7页

线粒体基因组的获得传统上通常是采取长PCR结合鸟枪法或步移法测序。近年来新一代测序技术蓬勃发展,以454,Solexa和SOLiD测序平台为代表。应用新一代高通量测序技术(Solexa)并结合巢式PCR扩增,完成了大室别藻苔虫(Membranipora grandice... 线粒体基因组的获得传统上通常是采取长PCR结合鸟枪法或步移法测序。近年来新一代测序技术蓬勃发展,以454,Solexa和SOLiD测序平台为代表。应用新一代高通量测序技术(Solexa)并结合巢式PCR扩增,完成了大室别藻苔虫(Membranipora grandicella)的线粒体基因组全序列。大室别藻苔虫线粒体基因组是目前国际上获得的第一条苔藓动物软壁亚目线粒体基因组全序列,基因组全长为15 861bp,比已完成的4种苔藓动物线粒体基因组略大。大室别藻苔虫线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因和20个转运RNA基因。通过与已测得的苔藓动物进行比较,发现目前已完成的5个苔藓动物线粒体基因组的基因排列顺序显著不同。苔藓动物线粒体基因组基因排列的比较,今后可能会成为探讨该类群系统演化关系的重要信息来源。 展开更多

关键词 大室别藻苔虫 线粒体基因组 新一代测序技术 巢式PCR 基因排列

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面向新一代测序数据的病原微生物检测算法

5

作者 李杰 李苗 袁细国 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2021年第19期282-289,共8页

病原微生物是导致交叉感染疾病甚至重大传染性疾病传播的重要因素之一,准确检测病原微生物对于感染或传染疾病的有效防御和精准诊疗具有十分重要的意义和价值。传统检测方法往往是采用培养手段进行观察和鉴别,但由于可培养的微生物种类... 病原微生物是导致交叉感染疾病甚至重大传染性疾病传播的重要因素之一,准确检测病原微生物对于感染或传染疾病的有效防御和精准诊疗具有十分重要的意义和价值。传统检测方法往往是采用培养手段进行观察和鉴别,但由于可培养的微生物种类有限,难以满足现代精准医疗中对病原微生物的准确且完备的检测要求。基于DNA分子水平上的病原微生物新型检测手段在当前得到发展和密切关注,其核心问题是如何利用被检样本的DNA测序数据,运用统计计算或机器学习方法判别样本中含有哪些病原微生物。以新一代测序数据为背景,以16S rDNA序列为分析对象,建立一种基于朴素贝叶斯的病原微生物精准检测算法,其核心思想在于:将16S rDNA序列的测序读段与病原微生物参考基因组序列进行比对,依据比对状态提取三种特征,以此构建基于朴素贝叶斯的分类模型,判别病原微生物库中每种微生物在被检样本中是否存在,从而达到病原微生物的精准检测。最后,通过仿真实验验证了所提算法的有效性,并与国际同行算法做了比较,表明该算法的优势。 展开更多

关键词 新一代测序技术 病原微生物检测 特征提取 朴素贝叶斯

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基于新一代测序技术对犬肛周腺肿瘤差异表达基因分析

6

作者 胡平 郭泽领 林德贵 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2016年第11期23-25,共3页

犬肛周腺肿瘤(Hepatoid gland tumours)高发于未去势老年公犬,在雄性犬的肿瘤中发病率排名第三。本研究采用IlluminaHiSeq^(TM)2500高通量转录组RNA-seq测序技术对犬肛周腺肿瘤的组织和正常肛周腺组织分别进行测序。发现差异表达基因588... 犬肛周腺肿瘤(Hepatoid gland tumours)高发于未去势老年公犬,在雄性犬的肿瘤中发病率排名第三。本研究采用IlluminaHiSeq^(TM)2500高通量转录组RNA-seq测序技术对犬肛周腺肿瘤的组织和正常肛周腺组织分别进行测序。发现差异表达基因588个,其中上调基因23个,下调基因565个,差异极显著水平的基因94个。通过对GO基因功能聚类,发现生物过程类别基因37个、分子功能类别24个。KEGG分析发现有470个基因涉及信号通路262个。 展开更多

关键词 犬肛周腺肿瘤 转录组 Illumina测序 新一代测序

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新一代测序技术应用于microRNA检测 被引量：9

7

作者 汤海明 陈红 +2 位作者 张静 任景怡 许宁 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期784-792,共9页

MicroRNAs（miRNAs）是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA（~22nt）,在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年... MicroRNAs（miRNAs）是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA（~22nt）,在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年来飞速发展的新一代测序技术在miRNA检测方面具有重要的应用。文章简要介绍了新一代测序技术3大平台的基本步骤和原理,测序数据的生物信息学分析方法以及新一代测序技术在miRNA方向的主要应用。相比于传统的miRNA检测方法,新一代测序技术具有通量高、对遗传物质检测完全且准确度高,可重复性好等优点,在探索新miRNA、miRNA互补链、miRNA编辑、miRNA异构体检测以及miRNA靶基因检测等方面具有巨大优势。随着新一代测序技术的不断发展,测序成本不断降低,在未来几年,新一代测序技术的使用率或将大大增加。新一代测序技术的不断应用将进一步促进人类对于miRNA在各种生理病理过程中的功能和调控的认识。 展开更多

关键词 microRNAs(miRNAs)检测 新一代测序技术 新miRNA检测 miRNA靶基因检测

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新一代测序技术在抗癌药物精准治疗中的研究现状 被引量：3

8

作者 陈永孜 杨丽雯 +9 位作者 李强 陈骏 王冬园 陈秋月 王卓智 李居怡 邓艾平 韩勇 吕永宁 张玉 《医药导报》 CAS 北大核心 2021年第2期193-198,共6页

新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如... 新一代测序技术的迅猛发展为个性化医学提供前所未有的潜力,生物医学和癌症基因组学在大数据时代也随之发生巨大的变革。随着生物科学技术和计算机处理数据能力的不断提高,高通量测序在多组学生物数据的获取和挖掘中发挥了关键作用。如今,它已经成为了生物学家进行科学研究不可或缺的工具,并在抗癌药物精准治疗领域做出了重要贡献。该文将针对不同测序方法在抗癌药物精准治疗中的作用进行阐述,探讨新一代测序技术在其中的指导意义。 展开更多

关键词 精准医疗 抗癌药物 新一代测序技术 癌症

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新一代测序技术的发展和应用 被引量：36

9

作者 田李 张颖 赵云峰 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1-8,共8页

DNA测序技术是人类探索生命秘密的重要研究手段。自第一代的Sanger测序技术诞生以来,DNA测序技术经历了三代变革,产生了第二代到第四代测序技术,统称为新一代测序技术。目前,新一代测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身... DNA测序技术是人类探索生命秘密的重要研究手段。自第一代的Sanger测序技术诞生以来,DNA测序技术经历了三代变革,产生了第二代到第四代测序技术,统称为新一代测序技术。目前,新一代测序技术的数据产出能力呈指数增长,而且这一技术本身也从依赖DNA聚合酶的生化反应转变为面向物理学中纳米技术的新领域。新一代测序对生命科学领域具有里程碑意义,引领了科学研究模式革新和研究思维的转变。科研人员可利用新一代测序技术对基因组、转录组和表观组等诸多领域展深入的研究。分析了新一代测序技术的特点,并对其未来的发展方向以及应用进行了展望。 展开更多

关键词 新一代DNA测序 边合成边测序 单分子测序 纳米孔 应用

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新一代测序技术在遗传性血小板病基因诊断中的应用 被引量：1

10

作者 施慧萍 王兆钺 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期278-282,共5页

遗传性血小板病是一组表现为血小板数量和功能异常,并可累及血液以外系统的异质性遗传病。遗传性血小板病的临床异质性以及广泛分布的致病基因对其诊断与治疗造成巨大挑战。目前临床上获得明确分子诊断的遗传性血小板病患者只占小部分,... 遗传性血小板病是一组表现为血小板数量和功能异常,并可累及血液以外系统的异质性遗传病。遗传性血小板病的临床异质性以及广泛分布的致病基因对其诊断与治疗造成巨大挑战。目前临床上获得明确分子诊断的遗传性血小板病患者只占小部分,并且在已知致病基因以外仍然存在有大量未知遗传变异。新一代测序技术的普及推动了个体化基因检测的发展。很多研究者已经运用全基因组测序、全外显子组测序和靶向基因测序等手段在血栓与止血领域取得了不少新进展。临床上新一代测序的开展不仅促进了遗传性血小板病的个体化基因诊断,而且为未来的精准化基因治疗奠定了基础。本文就用新一代测序技术诊断血小板相关疾病取得的新进展作一综述。 展开更多

关键词 遗传性血小板病 基因诊断 新一代测序

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新一代测序技术的文库制备方法研究进展 被引量：9

11

作者 李琳 钱四化 +2 位作者 吕天琦 王宇辉 郑建萍 《应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期11-23,共13页

具有高通量优势的新一代测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)是基因测序领域的一场技术革命,为生物医学领域向纵深发展提供了越发全面的解决方案。文库制备作为基因测序的上游技术,其高质量与低成本的制备技术是测序的关键。随着... 具有高通量优势的新一代测序技术(Next Generation Sequencing,NGS)是基因测序领域的一场技术革命,为生物医学领域向纵深发展提供了越发全面的解决方案。文库制备作为基因测序的上游技术,其高质量与低成本的制备技术是测序的关键。随着各大测序平台的兴起,NGS的文库制备技术方案也呈现多样化发展,但是各具优缺点。本文在已有研究基础上,综述了新一代测序的最新文库制备方法,以及单细胞测序文库制备的全流程最新进展。我们希望本综述能为研究人员在文库制备方案的选择,新的NGS文库制备技术尤其是国内文库制备试剂盒的开发提供指导。 展开更多

关键词 新一代测序 单细胞测序 文库制备

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新一代测序技术在养猪中的应用

12

作者 张文静 于超 《养猪》 2023年第3期53-57,共5页

新一代测序技术以其高通量、高信息量为优势,随着检测成本的降低及技术的迭代,在养猪中已经逐步得到应用,成为必不可少的技术工具。本文首先对常用的测序技术(全基因组测序、宏基因组测序、外显子测序、简化基因组测序和转录组测序)进... 新一代测序技术以其高通量、高信息量为优势,随着检测成本的降低及技术的迭代,在养猪中已经逐步得到应用,成为必不可少的技术工具。本文首先对常用的测序技术(全基因组测序、宏基因组测序、外显子测序、简化基因组测序和转录组测序)进行概述,继而对其在养猪中的应用进行综述,最后做出总结并对其应用前景加以展望。 展开更多

关键词 新一代测序 猪 全基因组测序 宏基因组测序

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染色质免疫沉淀-测序:全基因组范围研究蛋白质-DNA相互作用的新技术 被引量：5

13

作者 梁芳 徐柯 +5 位作者 龚朝建 李俏 马健 熊炜 曾朝阳 李桂源 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第3期216-227,共12页

染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术.在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq... 染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)是近年来新兴的将染色质免疫沉淀(ChIP)与深度测序技术相结合,在全基因组范围内分析DNA结合蛋白结合位点、组蛋白修饰、核小体定位和DNA甲基化的高通量技术.在新一代测序(NGS)技术的大力推动下,ChIP-seq提供了一种相对于ChIP-chip高分辨率、低噪音、高覆盖率的研究方法.随着测序成本的降低,ChIP-seq逐步成为研究基因调控和表观遗传机制的一种常用手段.本文就该技术的最近研究进展进行综述,并着重介绍ChIP-seq数据分析过程及该技术的实际应用情况. 展开更多

关键词 ChIP—seq 新一代测序技术 基因调控 表观遗传学 数据分析

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全基因组测序在肿瘤领域的应用现状与未来趋势

14

《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期26-26,共1页

数十年间,传统肿瘤治疗手段均是“一刀切”,而忽视了驱动肿瘤发生发展的基因变异。1990年发起的“人类基因组计划”,以及新一代测序技术的出现,加速了癌症基因组学的发展。癌症基因组图谱(TCGA)计划于2005年提出,标志着癌症基因组测序... 数十年间,传统肿瘤治疗手段均是“一刀切”,而忽视了驱动肿瘤发生发展的基因变异。1990年发起的“人类基因组计划”,以及新一代测序技术的出现,加速了癌症基因组学的发展。癌症基因组图谱(TCGA)计划于2005年提出,标志着癌症基因组测序工作的开始。预计到2030年,进行基因组测序的肿瘤患者数量可达到上亿。在肿瘤领域,临床中的基因组测序目前是利用外显子组进行测序,但外显子仅占人类基因组的1.2%。 展开更多

关键词 新一代测序技术 人类基因组计划 肿瘤治疗 基因组测序 基因变异 肿瘤发生发展 肿瘤患者 外显子组

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第二代测序技术在植物遗传研究中的应用 被引量：5

15

作者 罗纯 张青林 罗正荣 《广东农业科学》 CAS 2015年第3期186-192,共7页

第二代测序技术,又称"新一代测序技术",其较Sanger测序具有通量高、测序成本低和测序时间短等特点。介绍了以454、Illumina/Solexa和SOLi D为代表的第二代高通量测序技术的基本特性及其在植物全基因组、转录组和miRNA测序等... 第二代测序技术,又称"新一代测序技术",其较Sanger测序具有通量高、测序成本低和测序时间短等特点。介绍了以454、Illumina/Solexa和SOLi D为代表的第二代高通量测序技术的基本特性及其在植物全基因组、转录组和miRNA测序等领域的研究进展,并对新一代高通量测序技术的发展趋势进行了展望。 展开更多

关键词 高通量测序 新一代测序 转录组测序 miRNA测序

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基因组规模DNA甲基化测序数据处理及其表观遗传分析 被引量：5

16

作者 王庭璋 单杲 +1 位作者 徐建红 薛庆中 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期685-694,共10页

鉴定DNA甲基化胞嘧啶(mC)并能制作基因组规模甲基化图谱的新方法——BS-Seq,最近已被开发,它是基于新一代高通量测序结合DNA亚硫酸氢盐转换技术,不仅可以从基因组规模洞察不同生物之间在DNA甲基化水平和模式上的差异,也能从不同基因组区... 鉴定DNA甲基化胞嘧啶(mC)并能制作基因组规模甲基化图谱的新方法——BS-Seq,最近已被开发,它是基于新一代高通量测序结合DNA亚硫酸氢盐转换技术,不仅可以从基因组规模洞察不同生物之间在DNA甲基化水平和模式上的差异,也能从不同基因组区域,包括基因、外显子、重复序列等方面,阐明DNA甲基化环境和核苷酸偏好上的保守性,加深理解DNA胞嘧啶(C)甲基化在调控基因表达和沉默转座子等重复序列中所起的表观遗传学影响。文章举例介绍了DNA甲基化位点数据预处理的具体步骤,通过处理分别将参考序列中的胞嘧啶(C)替换成胸腺嘧啶(T),鸟嘌呤(G)替换成腺嘌呤(A),而将读序列中的胞嘧啶(C)替换为胸腺嘧啶(T)。文章综述了全基因组DNA甲基化分析的主要内容,包括:(1)不同序列环境下的胞嘧啶甲基化;(2)全基因组上的甲基化的分布情况;(3)DNA甲基化环境和核苷酸的偏好;(4)DNA-蛋白质互作位点上的DNA甲基化;(5)不同基因结构元件的胞嘧啶甲基化程度。DNA甲基化分析技术为研究不同物种的表观基因组,环境和表观互作提供了强大的工具,并为进一步发展人体疾病诊断和治疗方法提供理论基础。 展开更多

关键词 新一代测序 DNA甲基化 BS-Seq 数据处理 表观遗传学

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应用二代基因测序结果进行产前遗传学咨询的伦理学探讨 被引量：3

17

作者 韩瑾 崔颖秋 +5 位作者 许澍铮 陆军燕 马玉红 杨济敏 彭拥花 刘玉娟 《中国医学伦理学》 2019年第10期1302-1306,1328,共6页

基于新一代测序结果的遗传学咨询的难度大大增加,遗传咨询医生必须重新界定咨询原则和咨询方式。基于二代测序结果的、符合医患双方共同利益的产前诊断指引,认为如产前诊断专业咨询人员面对高通量测序结果时,仍应该专注于目标疾病的诊断... 基于新一代测序结果的遗传学咨询的难度大大增加,遗传咨询医生必须重新界定咨询原则和咨询方式。基于二代测序结果的、符合医患双方共同利益的产前诊断指引,认为如产前诊断专业咨询人员面对高通量测序结果时,仍应该专注于目标疾病的诊断,但更加强调多学科参与从而给患者提供更加详实的咨询建议。针对不明意义突变基因数据的咨询必须谨慎,避免过度解读,应适当应用伦理学中的知情权/不知情权原则以最大限度减少患者焦虑。对于试图由基因诊断来预测胎儿出生后状态,遗传咨询医生应非常明确告知患者,胎儿某些表型尤其是微小异常表现和一些迟发性异常的表型,与产前检测基因关联度有限,任何情况下都不可以用不完善的相关基因资料和表征遗传学资料来预测胎儿产后发育状况。 展开更多

关键词 新一代测序 产前诊断 遗传学咨询 医学伦理

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转录组研究新技术:RNA-Seq及其应用 被引量：216

18

作者 祁云霞 刘永斌 荣威恒 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期1191-1202,共12页

转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。RNA-Seq作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段... 转录组是特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。RNA-Seq作为一种新的高效、快捷的转录组研究手段正在改变着人们对转录组的认识。RNA-Seq利用高通量测序技术对组织或细胞中所有RNA反转录而成的cDNA文库进行测序,通过统计相关读段(reads)数计算出不同RNA的表达量,发现新的转录本;如果有基因组参考序列,可以把转录本映射回基因组,确定转录本位置、剪切情况等更为全面的遗传信息,已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等。文章主要介绍了RNA-Seq原理、技术特点及其应用,并就RNA-Seq技术面临的挑战和未来发展前景进行了讨论,为今后该技术的研究与应用提供参考。 展开更多

关键词 RNA-SEQ 转录组 新一代测序技术

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基于胎儿游离DNA的无创产前筛查新进展 被引量：4

19

作者 周宣佑 徐晨明 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期161-164,共4页

无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)由于规避了有创操作的潜在流产风险,且检测准确性高,一经出现就迅速在世界范围内得到广泛应用,并深刻改变了当前产前诊断的临床实践。新一代测序技术、游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)... 无创产前检测(non-invasive prenatal testing,NIPT)由于规避了有创操作的潜在流产风险,且检测准确性高,一经出现就迅速在世界范围内得到广泛应用,并深刻改变了当前产前诊断的临床实践。新一代测序技术、游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)富集扩增技术的快速发展以及新型生物信息算法的诞生进一步提高了NIPT的性能,NIPT的检测范围从常见的染色体非整倍体扩展到全基因组范围的染色体非整倍体。 展开更多

关键词 游离DNA 染色体非整倍体 新一代测序技术 无创产前检测 产前诊断 临床实践 扩增技术 检测范围

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一汉族常染色体显性遗传视网膜色素变性家系视紫红质基因检测分析

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作者 陈雪娟 高翔 +1 位作者 赵晨 赵堪兴 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第6期602-607,共6页

背景视紫红质（RHO）基因是常染色体显性遗传视网膜色素变性（adRP）最常见的致病基因，错误折叠的RHO突变型蛋白积聚在内质网从而引起内质网应激（ERS）是其引起视网膜色素变性（RP）的主要发病机制之一。目的检测一汉族adRP家系的致... 背景视紫红质（RHO）基因是常染色体显性遗传视网膜色素变性（adRP）最常见的致病基因，错误折叠的RHO突变型蛋白积聚在内质网从而引起内质网应激（ERS）是其引起视网膜色素变性（RP）的主要发病机制之一。目的检测一汉族adRP家系的致病突变基因，探讨其遗传学基础。方法对参与研究的所有家系成员进行详细的眼科检查。利用新一代测序技术（NGS）对该家系进行189个遗传性视网膜疾病相关基因的目标区域捕获测序，数据经分析滤过，候选突变进行Sanger测序验证和致病性评估。构建视紫红质一增强型绿色荧光蛋白质粒（RHO—pEGFP），包括RHO-pEGFP-N1野生型和RHO-pEGFP-N1突变型质粒，转染人视网膜色素上皮（RPE）细胞系（ARPEl9）和人肾胚293细胞系（HEK293）培养24h，用细胞免疫荧光法观察野生型和突变型RHO—GFP融合蛋白在细胞内的定位；采用荧光定量PCR（Q—PCR）及Westernblot法检测ERS关键因子X盒结合蛋白-1（XBPl）在细胞中的表达。结果该汉族家系共5代，遗传模式符合常染色体显性遗传，家系中患病者眼底特征为RP。NGS数据经分析过滤后获得惟一可能致病突变RHOP．P53R，Sanger测序验证该错义突变在该家系中呈共分离，现存的11例患者均呈杂合子。野生型RHO—GFP融合蛋白呈绿色荧光，分布于呈红色荧光的内质网及细胞膜，而突变型RHO—GFP融合蛋白仅积聚在内质网。与转染RHO-pEGFP—N1野生型的细胞相比，转染RHOp5-pEGFP—N1突变型的HEK293细胞中XBPl表达上调了（1．28±O．09）倍。表达突变型蛋白的HEK293细胞内XBPlmRNA中被特异性地剪切了26个碱基的内含子，转染突变型蛋白的HEK293细胞中XBPl蛋白水平表达明显高于转染野生型、转染空pEGFP—N1质粒细胞及未转染细胞。结论RHO p．P53R是该家系的致病突变基因，该突变型RHO蛋白不能有效地从内质网向细胞膜转运，蓄积在内质网，引起蛋白折叠错误，发生ERS。 展开更多

关键词 常染色体显性视网膜色素变性 视紫红质 新一代深度测序 内质网应激

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