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猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测 被引量:5
1
作者 巩元芳 卢昕 +3 位作者 王志鹏 李珊 邱小田 张勤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1291-1297,共7页
以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量... 以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平. 展开更多
关键词 血常规指标 数量性状基因(qtl) 方差组分分析 假检出率(FDR)
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应用基因表达数量性状基因座定位(eQTL)研究PINK1表达调控 被引量:2
2
作者 殷冬梅 陈颖 +5 位作者 黄超兰 杜青青 吴娟娟 许玲莉 陆璐 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期140-146,共7页
Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2... Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠制作MPTP诱导的PD鼠为模型,借助基因表达数量性状基因座(eQTL),结合分子生物学方法,分析Pink1的表达调控.结果显示,Pink 1基因在PD模型组中表达显著升高.区间连锁分析检测显示,引起Pink 1基因表达水平差异的染色体区域,定位于4号染色体上,距Pink 1基因自身5 Mb范围之类,属于顺式调节eQTL.Pearson相关分析表明,在BXD基因重组近交系(recombinant inbred,RI)小鼠脑中,Camk2n等30个基因的表达与Pink 1基因高度相关,相互间可能存在一定的协同作用.Pink 1基因在行使特定生物学功能时,很可能协同这些基因一起发挥相应的作用,这部分基因是深入研究Pink 1基因在PD发病中分子机制的重要靶点. 展开更多
关键词 PINK1 基因表达数量性状基因 帕金森病
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甜菜重要农艺性状的数量性状基因座(QTL)研究进展
3
作者 张子义 田自华 《中国糖料》 2004年第1期39-41,共3页
阐述了农作物数量性状基因座(QTL)在遗传育种中的地位和意义,介绍了作物QTL的基本原理和方法及在甜菜上的研究进展。
关键词 甜菜 数量性状基因(qtl) 分子标记
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水稻产量及其相关性状的数量性状基因座分析 被引量:27
4
作者 李泽福 夏加发 +2 位作者 苏泽胜 翟虎渠 万建民 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期1-6,共6页
利用由 98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系 (backcrossinbredlines,BIL)作图群体(BC1F9) ,以及混合线性模型的数量性状位点 (QTL)定位方法 ,对水稻有效穗、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、着粒密... 利用由 98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系 (backcrossinbredlines,BIL)作图群体(BC1F9) ,以及混合线性模型的数量性状位点 (QTL)定位方法 ,对水稻有效穗、每穗颖花数、每穗实粒数、结实率、千粒重、着粒密度和单株产量等 7个重要农艺性状进行了QTL分析。共检测到分布在 8条染色体上的 2 6个QTL ,其贡献率差异较大 ,在 5 2 %~ 4 9 2 %之间 ,其中有 4个QTL的贡献率超过 30 % ,分别是控制有效穗的qPN 4、每穗颖花数的qSN 3、每穗实粒数qGN 2和千粒重的qGW 3a。相关显著的产量性状QTL往往分布在染色体上相同区域 ,并集中在少数几个连锁群上。与其他研究结果比较表明 ,主效QTL在不同群体中的重演性较好。 展开更多
关键词 农艺性状 回交重组自交系 混合线性模型 qtl分析 染色体 水稻 产量 数量性状 基因分析
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碱胁迫下粳稻幼苗前期耐碱性的数量性状基因座检测 被引量:13
5
作者 祁栋灵 郭桂珍 +7 位作者 李明哲 杨春刚 张俊国 曹桂兰 张三元 徐锡哲 周庆阳 韩龙植 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期301-308,共8页
以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QT... 以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QTLs)的检测。结果表明,上述性状在F3家系群中均表现为具有1~2个峰的连续分布,认为由主效基因和微效基因共同控制的数量性状。共检测到与碱胁迫下幼苗前期根数、根长和苗高及其相对碱害率相关的QTL26个,分布于第1、5、6、7、8、9和11染色体上。其中,碱胁迫下与根数相关的QTL4个,qRN6-1和qRN11对表型变异的解释率较大,分别为29.91%和13.42%;与根数相对碱害率相关的QTL5个,qRRN11-2对表型变异的解释率较大,为23.86%;与根长相关的QTL6个,qRRL11-2对表型变异的解释率较大,为21.06%;与根长相对碱害率相关的QTL2个,但对表型变异的解释率均较低;与苗高相关的QTL5个,qSH1和qSH11-2对表型变异的解释率较大,分别为15.81%和16.53%;与苗高相对碱害率相关的QTL4个,qRSH5和qRSH6-2对表型变异的解释率分别为29.89%和34.63%。而这些解释率较大的QTL所处的标记区间距离,除qRN6-1相对较小(19.0cM)外,其余QTL的标记区间距离均大于26.3cM,需作进一步的精细定位。在所检测到的QTL中,13个QTL的增效等位基因均来自耐碱亲本长白9号,而其余QTL的增效等位基因来自敏碱亲本高产106;基因的主要作用方式为超显性或部分显性。 展开更多
关键词 水稻 幼苗前期 耐碱性 微卫星标记 数量性状基因
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家禽数量性状基因座定位的研究进展 被引量:8
6
作者 黄银花 李宁 +1 位作者 孙汉 黄路生 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2001年第6期588-592,共5页
近二十年来 ,各种DNA标记技术及相关生物技术的发展和完善为高密度、覆盖面广的连锁图谱的构建及QTL的定位奠定了基础 ,本文就目前世界上建立的几个较有影响的资源家系、各种DNA标记技术、家禽中定位的QTL及存在问题等方面作一综述。
关键词 家禽 数量性状 基因定位 研究进展
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控制水稻柱头外露率的数量性状基因座初步分析 被引量:6
7
作者 邓应德 应杰政 +2 位作者 石媛媛 肖层林 张海清 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期373-376,共4页
为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的... 为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的数量性状基因座QTL分析.结果表明,控制柱头外露率的3个QTL为qPES-2、qPES-5、qSPES-8,分别位于第2染色体的RM1285~RM12595、第5染色体的RM17952~RM18114、第8染色体的RM8020~RM7080,QTL的LOD峰值分别为3.54、4.79、3.85,解释的表型变异分别为10.1%、11.1%、9.0%,增效基因皆来源于高柱头外露率的亲本优ⅠB.研究并发现控制单边柱头外露率的QTL与总外露率的完全一致,第5染色体检测到的QTL是1个新的座位. 展开更多
关键词 水稻 柱头外露率 数量性状基因
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粳稻米碱消值的数量性状基因座检测 被引量:3
8
作者 黎毛毛 徐磊 +5 位作者 任军芳 曹桂兰 余丽琴 贺浩华 韩龙植 高熙宗 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期115-120,共6页
利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数... 利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与碱消值相关的QTL3个,qADV3、qADV5和qADV11,分别位于第3、第5和第11染色体的RM14870~RM1284、RM3838~RM3351和RM1812~RM332区间,对表型变异的解释率分别为6.5%、10.3%和8.1%。qADV5的增效等位基因来自碱消值较小的亲本XL005,qADV3和qADV11的增效等位基因来自碱消值较大的亲本DL115;基因作用方式表现为显性或超显性。 展开更多
关键词 粳稻 碱消值 SSR标记 数量性状基因
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基于最小二乘估计的数量性状基因座的复合区间定位法 被引量:25
9
作者 吴为人 李维明 卢浩然 《福建农业大学学报》 CSCD 1996年第4期394-399,共6页
数量性状基因座(QTL)的复合区间定位法是区间定位法的1种改进方法,它大大提高了QTL定位的准确性,但计算上比较复杂和费时.由于其似然比统计量的联合分布未知,故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行... 数量性状基因座(QTL)的复合区间定位法是区间定位法的1种改进方法,它大大提高了QTL定位的准确性,但计算上比较复杂和费时.由于其似然比统计量的联合分布未知,故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行估计,但其复杂费时的计算使得这些经验方法显得不实用.本文给出基于最小二乘估计的复合区间定位法,它保持了复合区间定位的基本性质,但在计算上要比基于最大似然估计的方法简单和快速得多.由于它对性状的分布无需特殊的要求,因而有更广的适用范围.通过消除模型中冗余的标记,可使数值计算速度进一步提高.这样,用经验方法估计显著临界值就变得可行了.另外,消除冗余标记还可提高QTL定位的准确性,改进QTL效应的估值. 展开更多
关键词 数量性状基因 复合区间定位 最小二乘法
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数量性状基因座与动物育种 被引量:4
10
作者 申慧芳 王钦德 《山西农业大学学报》 CAS 2001年第3期310-312,共3页
近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型... 近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型操作奠定了基础。本文就有关数量性状基因座的理论、基因图谱的构建、QTL的定位以及QTL与动物育种的关系展开了论述。 展开更多
关键词 数量性状基因 遗传标记 qtl定位 动物 育种
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畜禽数量性状基因座位的精细定位 被引量:7
11
作者 鲁绍雄 连林生 《中国牛业科学》 2006年第1期38-42,共5页
数量性状基因座位(QTL)的精细定位是实施QTL克隆及标记辅助选择(MAS)的重要基础。然而就目前畜禽QTL定位的结果来看,除了通过候选基因法识别的少数基因外,大多数QTL定位的精度仍无法满足实际应用的要求。为进一步提高QTL定位的精度,缩小... 数量性状基因座位(QTL)的精细定位是实施QTL克隆及标记辅助选择(MAS)的重要基础。然而就目前畜禽QTL定位的结果来看,除了通过候选基因法识别的少数基因外,大多数QTL定位的精度仍无法满足实际应用的要求。为进一步提高QTL定位的精度,缩小QTL定位的置信区间,人们相继提出并发展了一系列新的QTL定位方法。本文在分析畜禽QTL定位的基本方法及影响畜禽QTL定位精度的主要因素基础上,对提高QTL定位精确性的策略和方法进行了相应的探讨。 展开更多
关键词 畜禽 数量性状基因 精细定位 标记辅助选择 qtl
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畜禽经济性状主效基因与QTLs的研究进展 被引量:4
12
作者 沈伟 李兰 +1 位作者 耿社民 潘庆杰 《黄牛杂志》 2001年第6期1-5,共5页
畜禽的重要经济性状大多由主效基因或QTLs与微效多基因联合控制,因而主效基因和QTLs在畜禽超高产育种中就显得特别重要。本文综述了主效基因和QTLs的遗传特征,检测定位方法及已取得的部分研究成果,并对连锁分析方法的优缺点进行评述。
关键词 经济性状 主效基因 qtls 数量性状位点 家畜 家禽
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玉米叶部性状的QTL定位与候选基因分析
13
作者 郭爽 聂蕾 +9 位作者 何玥 王栋 涂亮 刘鹏飞 蒋喻林 郭向阳 王安贵 祝云芳 吴迅 陈泽辉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期1777-1786,共10页
叶片在玉米生长过程中发挥着重要作用,它能够有效地进行光合作用,为玉米提供营养物质,通过影响耐密性等影响产量提升。本研究选用QR273和T32为亲本,构建150份F2、F2∶3家系材料,结合基因型和不同环境中叶部性状的表型评价数据,利用完备... 叶片在玉米生长过程中发挥着重要作用,它能够有效地进行光合作用,为玉米提供营养物质,通过影响耐密性等影响产量提升。本研究选用QR273和T32为亲本,构建150份F2、F2∶3家系材料,结合基因型和不同环境中叶部性状的表型评价数据,利用完备区间作图法进行数量性状座位(QTL)定位。结果发现,2个环境下共检测到85个叶部性状相关QTL,其中有12个全株叶片数相关QTL、14个穗上叶片数相关QTL、22个叶长相关QTL、17个叶宽相关QTL、20个叶夹角相关QTL。结合公共数据库和生物信息学分析方法共筛选出7个候选基因。其中Zm00001d013612编码微管蛋白,参与调控细胞骨架结构组成;Zm00001d053543参与油菜素甾醇介导的信号通路;Zm00001d031291编码的蛋白质具有组蛋白乙酰化功能;Zm00001d031292参与富含羟脯氨酸糖蛋白家族基因表达的调控;Zm00001d031296调控钾离子跨膜转运蛋白活性;Zm00001d031300、Zm00001d031303参与碳水化合物代谢过程。蛋白质功能分析结果表明,这7个候选基因均参与细胞分化,与植物的生长发育息息相关。本研究结果将为深度揭示玉米叶部性状变异的遗传基础提供更丰富的理论支持。 展开更多
关键词 玉米 叶部性状 数量性状位(qtl) 候选基因
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畜禽数量性状座位(QTL)定位研究进展 被引量:2
14
作者 杨军 连林生 《动物科学与动物医学》 2002年第10期12-15,共4页
综述了畜禽数量性状座位 (QTL)定位的原理、基本策略。
关键词 定位策略 基因图谱 试验设计 繁殖生物技术 畜禽 数量性状 qtl
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苦荞重组自交系的RS和GABA的QTL定位及候选基因分析
15
作者 刘飞 黄娟 +5 位作者 杜千禧 朱丽伟 邓娇 章洁琼 石桃雄 陈庆富 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第4期703-713,共11页
【目的】抗性淀粉(RS)和γ-氨基丁酸(GABA)是苦荞Fagopyrum tataricum功能性成分,对苦荞籽粒功能成分进行数量性状位点(QTL)定位对苦荞分子遗传改良具有重要意义。【方法】以‘小米荞’‘Xiaomiqiao’和‘晋荞麦2号’‘Jinqiaomai No.2... 【目的】抗性淀粉(RS)和γ-氨基丁酸(GABA)是苦荞Fagopyrum tataricum功能性成分,对苦荞籽粒功能成分进行数量性状位点(QTL)定位对苦荞分子遗传改良具有重要意义。【方法】以‘小米荞’‘Xiaomiqiao’和‘晋荞麦2号’‘Jinqiaomai No.2’为亲本构建的重组自交系(XJ-RILs)群体作为供试材料,测定了XJ-RILs群体及其亲本的RS和GABA质量分数;基于遗传图谱定位控制RS和GABA的QTL,并对QTL区间内的候选基因进行鉴定和分析。【结果】XJ-RILs群体RS和GABA质量分数分别为4.51%~10.52%和0.37‰~2.50‰,表现出明显的超亲优势和偏正态分布。根据RS和GABA质量分数将XJ-RILs分为5类(C1~C5),其中C1类株系的RS和GABA质量分数均较高,从中筛选出高RS和高GABA优异株系各3株。对XJ-RILs群体的RS和GABA进行QTL定位,共检测到2个控制RS的QTL和1个控制GABA的QTL,这3个位点表型贡献率分别为7.59%、6.34%和5.05%。对QTL内的基因进行鉴定,共有108个RS候选基因,将其表达模式分为6类(R1~R6),其中R4、R5和R6中的30个基因在籽粒中的表达量较高。共鉴定到64个GABA候选基因,其表达模式可以分6类(G1~G6),其中G4、G5和G6中的21个基因在籽粒中的表达量较高。在RS和GABA候选基因中,分别有16和6个基因存在SNP/Indel变异。【结论】筛选出高RS和高GABA优异株系各3株,定位到2个控制RS和1个控制GABA的QTL位点,其区间内分别筛选到108和64个基因,初步锁定30个RS相关及21个GABA相关候选基因。 展开更多
关键词 苦荞 数量性状位点(qtl) 抗性淀粉(RS) γ-氨基丁酸(GABA) 候选基因
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数量性状基因座定位与家蚕育种
16
作者 吴萍 李奕仁 沈兴家 《中国蚕业》 2004年第4期4-7,共4页
传统的育种方法一般根据数量遗传学的原理和方法,对育种亲本及后代进行适当的选种选配,以提高育种群的优良基因频率,降低不良基因频率,从而达到改良经济性状的目的.数量性状基因座(Quantity Trait Locus QTL)一改传统数量遗传学将控制... 传统的育种方法一般根据数量遗传学的原理和方法,对育种亲本及后代进行适当的选种选配,以提高育种群的优良基因频率,降低不良基因频率,从而达到改良经济性状的目的.数量性状基因座(Quantity Trait Locus QTL)一改传统数量遗传学将控制某个数量性状的多个基因作为一个整体来研究的方法,直接将研究目标指向各个基因座,借助各种遗传标记,通过统计学处理,将影响数量性状的多个基因剖分开来,使其定位于特定的染色体上,确定它们与其它基因的关系,最终还将分析出其DNA序列.这样,就可以充分利用先进的分子生物学技术对数量性状进行遗传操纵.QTL一经提出即受到育种家们的高度重视并成为研究热点,目前在植物和畜禽中的研究较为广泛并取得可喜的进展,但在蚕的研究中尚处于萌芽阶段.本文就QTL有关的原理、定位方法及在家蚕中的研究情况作一概述. 展开更多
关键词 育种方法 数量遗传学 数量性状基因 家蚕 选种 qtl 经济性状 基因频率 统计学处理 改良
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利用重组自交系群体检测水稻耐铝毒数量性状基因座 被引量:11
17
作者 薛永 江玲 +5 位作者 张文伟 王春明 马建锋 万建民 翟虎渠 吉村醇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期560-564,共5页
利用Kinmaze DV85 81个重组自交家系(RIL)作图群体,采用苗期单营养液水培鉴定方法,以相对根伸长量(RRE)作为耐铝毒性状的表型值,分析亲本和重组自交系群体对铝毒的耐性表现。利用WindowsQTLCartographer1 13a软件共检测到5个耐铝毒QTL... 利用Kinmaze DV85 81个重组自交家系(RIL)作图群体,采用苗期单营养液水培鉴定方法,以相对根伸长量(RRE)作为耐铝毒性状的表型值,分析亲本和重组自交系群体对铝毒的耐性表现。利用WindowsQTLCartographer1 13a软件共检测到5个耐铝毒QTLs ,分别位于第1、5、8、9和11染色体上,各个QTL的贡献率在8 6 4 %~18 6 0 %之间,其中,位于第5、8和11染色体上的QTLs对铝毒的抗性基因来自亲本DV85 ,位于第1和9染色体上的QTLs对铝毒的抗性基因来自亲本Kinmaze。结合前人研究结果,讨论了稳定表达的耐铝毒基因座,为进一步开展水稻耐铝毒分子标记辅助选择育种和耐铝毒基因的图位克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 耐铝性 重组自交系群体 数量性状基因
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拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因 被引量:2
18
作者 欧阳峰正 王立刚 +5 位作者 岳静伟 颜华 张龙超 侯欣华 刘欣 王立贤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1515-1524,共10页
旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcal... 旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model,MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test,PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25358001~26696400 bp处(CNVR1)和54087201~54090000 bp处(CNVR2)。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P<0.01)和CNVR2拷贝数缺失(P<0.01)对猪的体高性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。 展开更多
关键词 大白×民猪F2代猪群体 拷贝数变异 数量性状基因 体高 基因组关联分析
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牛的双犊数量性状基因座
19
作者 唐杰 贾青 孙少华 《上海畜牧兽医通讯》 2007年第5期52-53,共2页
关键词 数量性状基因 肉牛生产 基因控制 生产效率 生产者 发生率
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利用重组自交系群体检测水稻碾磨品质数量性状基因座 被引量:1
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作者 张大双 黄培英 +4 位作者 彭强 张上都 王际凤 王成招 朱速松 《现代农业科技》 2013年第18期30-32,共3页
利用Asominori为母本,IR24为父本配制杂交组合,各代用单粒传法获得的稳定、性状差异较大71个家系的重组自交系群体为研究材料。在贵州省热量条件不同的2个不生态环境分别对RIL群体碾磨品质性状以及糙米率、整精米率进行QTL分析,结果表明... 利用Asominori为母本,IR24为父本配制杂交组合,各代用单粒传法获得的稳定、性状差异较大71个家系的重组自交系群体为研究材料。在贵州省热量条件不同的2个不生态环境分别对RIL群体碾磨品质性状以及糙米率、整精米率进行QTL分析,结果表明:稻米碾磨品质是由多个QTL控制的,且易受环境的影响,无论是糙米率、整精米率都与环境有较大影响;该研究检测到第2染色体G1185-C1236区段内存在同时控制糙米率(BR)和精米率(MR)的QTL,因此该研究的结果可以为水稻碾磨品质的改良提供理论指导。 展开更多
关键词 水稻 碾磨品质 数量性状 基因
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