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碱胁迫下粳稻幼苗前期耐碱性的数量性状基因座检测 被引量:13
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作者 祁栋灵 郭桂珍 +7 位作者 李明哲 杨春刚 张俊国 曹桂兰 张三元 徐锡哲 周庆阳 韩龙植 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期301-308,共8页
以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QT... 以粳粳交"高产106/长白9号"F2:3代200个家系为作图群体,在0.15%Na2CO3溶液的碱性胁迫下,进行了水稻耐碱性鉴定,并以SSR标记构建的分子连锁图谱为基础,对水稻幼苗前期的根数、根长和苗高及其相对碱害率进行了数量性状基因座(QTLs)的检测。结果表明,上述性状在F3家系群中均表现为具有1~2个峰的连续分布,认为由主效基因和微效基因共同控制的数量性状。共检测到与碱胁迫下幼苗前期根数、根长和苗高及其相对碱害率相关的QTL26个,分布于第1、5、6、7、8、9和11染色体上。其中,碱胁迫下与根数相关的QTL4个,qRN6-1和qRN11对表型变异的解释率较大,分别为29.91%和13.42%;与根数相对碱害率相关的QTL5个,qRRN11-2对表型变异的解释率较大,为23.86%;与根长相关的QTL6个,qRRL11-2对表型变异的解释率较大,为21.06%;与根长相对碱害率相关的QTL2个,但对表型变异的解释率均较低;与苗高相关的QTL5个,qSH1和qSH11-2对表型变异的解释率较大,分别为15.81%和16.53%;与苗高相对碱害率相关的QTL4个,qRSH5和qRSH6-2对表型变异的解释率分别为29.89%和34.63%。而这些解释率较大的QTL所处的标记区间距离,除qRN6-1相对较小(19.0cM)外,其余QTL的标记区间距离均大于26.3cM,需作进一步的精细定位。在所检测到的QTL中,13个QTL的增效等位基因均来自耐碱亲本长白9号,而其余QTL的增效等位基因来自敏碱亲本高产106;基因的主要作用方式为超显性或部分显性。 展开更多
关键词 水稻 幼苗前期 耐碱性 微卫星标记 数量性状基因座
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猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测 被引量:5
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作者 巩元芳 卢昕 +3 位作者 王志鹏 李珊 邱小田 张勤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1291-1297,共7页
以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量... 以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平. 展开更多
关键词 血常规指标 数量性状基因座(QTL) 方差组分分析 假检出率(FDR)
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控制水稻柱头外露率的数量性状基因座初步分析 被引量:6
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作者 邓应德 应杰政 +2 位作者 石媛媛 肖层林 张海清 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期373-376,共4页
为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的... 为研究柱头外露率的遗传机理,用柱头外露率低的粳稻品种糯5号与柱头外露率高的籼稻品种优ⅠB构建包含190株的F2群体.在长沙对各单株进行柱头外露率调查,并用均匀覆盖水稻整个基因组的92个SSR标记构建连锁遗传图谱,进行控制柱头外露率的数量性状基因座QTL分析.结果表明,控制柱头外露率的3个QTL为qPES-2、qPES-5、qSPES-8,分别位于第2染色体的RM1285~RM12595、第5染色体的RM17952~RM18114、第8染色体的RM8020~RM7080,QTL的LOD峰值分别为3.54、4.79、3.85,解释的表型变异分别为10.1%、11.1%、9.0%,增效基因皆来源于高柱头外露率的亲本优ⅠB.研究并发现控制单边柱头外露率的QTL与总外露率的完全一致,第5染色体检测到的QTL是1个新的座位. 展开更多
关键词 水稻 柱头外露率 数量性状基因座
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粳稻米碱消值的数量性状基因座检测 被引量:3
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作者 黎毛毛 徐磊 +5 位作者 任军芳 曹桂兰 余丽琴 贺浩华 韩龙植 高熙宗 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期115-120,共6页
利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数... 利用碱消值差异显著的大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的200个单株F2群体为作图群体,采用复合区间作图方法,利用SSR标记进行了粳稻碱消值数量性状基因座的检测。结果表明,在F2群体中碱消值呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与碱消值相关的QTL3个,qADV3、qADV5和qADV11,分别位于第3、第5和第11染色体的RM14870~RM1284、RM3838~RM3351和RM1812~RM332区间,对表型变异的解释率分别为6.5%、10.3%和8.1%。qADV5的增效等位基因来自碱消值较小的亲本XL005,qADV3和qADV11的增效等位基因来自碱消值较大的亲本DL115;基因作用方式表现为显性或超显性。 展开更多
关键词 粳稻 碱消值 SSR标记 数量性状基因座
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应用基因表达数量性状基因座定位(eQTL)研究PINK1表达调控 被引量:2
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作者 殷冬梅 陈颖 +5 位作者 黄超兰 杜青青 吴娟娟 许玲莉 陆璐 沈勤 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期140-146,共7页
Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2... Pink 1基因编码定位于线粒体上的丝/苏氨酸激酶(即PARK6),为常染色体隐性遗传性帕金森病(Parkinson's disease,PD)连锁的基因.该基因在遗传性和散发性PD的发病中起重要作用,但其发病机理尚未明确.本研究以近交系C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)小鼠制作MPTP诱导的PD鼠为模型,借助基因表达数量性状基因座(eQTL),结合分子生物学方法,分析Pink1的表达调控.结果显示,Pink 1基因在PD模型组中表达显著升高.区间连锁分析检测显示,引起Pink 1基因表达水平差异的染色体区域,定位于4号染色体上,距Pink 1基因自身5 Mb范围之类,属于顺式调节eQTL.Pearson相关分析表明,在BXD基因重组近交系(recombinant inbred,RI)小鼠脑中,Camk2n等30个基因的表达与Pink 1基因高度相关,相互间可能存在一定的协同作用.Pink 1基因在行使特定生物学功能时,很可能协同这些基因一起发挥相应的作用,这部分基因是深入研究Pink 1基因在PD发病中分子机制的重要靶点. 展开更多
关键词 PINK1 基因表达数量性状基因座 帕金森病
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基于最小二乘估计的数量性状基因座的复合区间定位法 被引量:25
6
作者 吴为人 李维明 卢浩然 《福建农业大学学报》 CSCD 1996年第4期394-399,共6页
数量性状基因座(QTL)的复合区间定位法是区间定位法的1种改进方法,它大大提高了QTL定位的准确性,但计算上比较复杂和费时.由于其似然比统计量的联合分布未知,故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行... 数量性状基因座(QTL)的复合区间定位法是区间定位法的1种改进方法,它大大提高了QTL定位的准确性,但计算上比较复杂和费时.由于其似然比统计量的联合分布未知,故准确的显著性测验临界值必须采用排列测验法或模拟抽样法进行估计,但其复杂费时的计算使得这些经验方法显得不实用.本文给出基于最小二乘估计的复合区间定位法,它保持了复合区间定位的基本性质,但在计算上要比基于最大似然估计的方法简单和快速得多.由于它对性状的分布无需特殊的要求,因而有更广的适用范围.通过消除模型中冗余的标记,可使数值计算速度进一步提高.这样,用经验方法估计显著临界值就变得可行了.另外,消除冗余标记还可提高QTL定位的准确性,改进QTL效应的估值. 展开更多
关键词 数量性状基因座 复合区间定位 最小二乘法
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数量性状基因座与动物育种 被引量:4
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作者 申慧芳 王钦德 《山西农业大学学报》 CAS 2001年第3期310-312,共3页
近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型... 近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型操作奠定了基础。本文就有关数量性状基因座的理论、基因图谱的构建、QTL的定位以及QTL与动物育种的关系展开了论述。 展开更多
关键词 数量性状基因座 遗传标记 QTL定位 动物 育种
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甜菜重要农艺性状的数量性状基因座(QTL)研究进展
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作者 张子义 田自华 《中国糖料》 2004年第1期39-41,共3页
阐述了农作物数量性状基因座(QTL)在遗传育种中的地位和意义,介绍了作物QTL的基本原理和方法及在甜菜上的研究进展。
关键词 甜菜 数量性状基因座(QTL) 分子标记
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利用重组自交系群体检测水稻耐铝毒数量性状基因座 被引量:11
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作者 薛永 江玲 +5 位作者 张文伟 王春明 马建锋 万建民 翟虎渠 吉村醇 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期560-564,共5页
利用Kinmaze DV85 81个重组自交家系(RIL)作图群体,采用苗期单营养液水培鉴定方法,以相对根伸长量(RRE)作为耐铝毒性状的表型值,分析亲本和重组自交系群体对铝毒的耐性表现。利用WindowsQTLCartographer1 13a软件共检测到5个耐铝毒QTL... 利用Kinmaze DV85 81个重组自交家系(RIL)作图群体,采用苗期单营养液水培鉴定方法,以相对根伸长量(RRE)作为耐铝毒性状的表型值,分析亲本和重组自交系群体对铝毒的耐性表现。利用WindowsQTLCartographer1 13a软件共检测到5个耐铝毒QTLs ,分别位于第1、5、8、9和11染色体上,各个QTL的贡献率在8 6 4 %~18 6 0 %之间,其中,位于第5、8和11染色体上的QTLs对铝毒的抗性基因来自亲本DV85 ,位于第1和9染色体上的QTLs对铝毒的抗性基因来自亲本Kinmaze。结合前人研究结果,讨论了稳定表达的耐铝毒基因座,为进一步开展水稻耐铝毒分子标记辅助选择育种和耐铝毒基因的图位克隆奠定了基础。 展开更多
关键词 水稻 耐铝性 重组自交系群体 数量性状基因座
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数量性状基因座定位与家蚕育种
10
作者 吴萍 李奕仁 沈兴家 《中国蚕业》 2004年第4期4-7,共4页
传统的育种方法一般根据数量遗传学的原理和方法,对育种亲本及后代进行适当的选种选配,以提高育种群的优良基因频率,降低不良基因频率,从而达到改良经济性状的目的.数量性状基因座(Quantity Trait Locus QTL)一改传统数量遗传学将控制... 传统的育种方法一般根据数量遗传学的原理和方法,对育种亲本及后代进行适当的选种选配,以提高育种群的优良基因频率,降低不良基因频率,从而达到改良经济性状的目的.数量性状基因座(Quantity Trait Locus QTL)一改传统数量遗传学将控制某个数量性状的多个基因作为一个整体来研究的方法,直接将研究目标指向各个基因座,借助各种遗传标记,通过统计学处理,将影响数量性状的多个基因剖分开来,使其定位于特定的染色体上,确定它们与其它基因的关系,最终还将分析出其DNA序列.这样,就可以充分利用先进的分子生物学技术对数量性状进行遗传操纵.QTL一经提出即受到育种家们的高度重视并成为研究热点,目前在植物和畜禽中的研究较为广泛并取得可喜的进展,但在蚕的研究中尚处于萌芽阶段.本文就QTL有关的原理、定位方法及在家蚕中的研究情况作一概述. 展开更多
关键词 育种方法 数量遗传学 数量性状基因座 家蚕 选种 QTL 经济性状 基因频率 统计学处理 改良
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拷贝数变异全基因组关联分析及数量性状基因座定位联合鉴定猪体高性状候选基因 被引量:2
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作者 欧阳峰正 王立刚 +5 位作者 岳静伟 颜华 张龙超 侯欣华 刘欣 王立贤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1515-1524,共10页
旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcal... 旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因。本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测。利用混合线性模型(mixed-linear model,MLM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS)。采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test,PT)进行检验。将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘。利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因。结果表明,本群体在全基因组范围内共有3099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25358001~26696400 bp处(CNVR1)和54087201~54090000 bp处(CNVR2)。在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P<0.01)和CNVR2拷贝数缺失(P<0.01)对猪的体高性状具有显著影响。基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大。CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因。qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致。初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关。 展开更多
关键词 大白×民猪F2代猪群体 拷贝数变异 数量性状基因座 体高 基因组关联分析
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牛的双犊数量性状基因座
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作者 唐杰 贾青 孙少华 《上海畜牧兽医通讯》 2007年第5期52-53,共2页
关键词 数量性状基因座 肉牛生产 基因控制 生产效率 生产者 发生率
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影响衰老的基因:采用AFLPs定位黑腹果蝇的数量性状基因座
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作者 LuckinbillLS 储明星 邓学梅 《中国畜牧兽医》 CAS 2003年第6期23-23,共1页
本研究检验了扩增片段长度多态性(AFLPs)在定位寿命的数量性状基因座(QTL)中的应用。用来自黑腹果蝇中选种群的长寿和短寿近交系回交,寿命的度量被绘制成一种分布。从该分布的极端中筛选出与长寿相关的AFLP标记。为了检验它们与进一步... 本研究检验了扩增片段长度多态性(AFLPs)在定位寿命的数量性状基因座(QTL)中的应用。用来自黑腹果蝇中选种群的长寿和短寿近交系回交,寿命的度量被绘制成一种分布。从该分布的极端中筛选出与长寿相关的AFLP标记。为了检验它们与进一步重组的相关,第2个F1代又回交了3个世代并进行了度量。 展开更多
关键词 AFLP标记 回交 数量性状基因座 选种 QTL 世代 分布 长寿 黑腹果蝇 衰老
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鸡抗球虫病数量性状基因座的精确定位
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作者 袁峥嵘 E-S.Kim +2 位作者 Y.H.Hong W.Min H.S.Lillehoj 《国外畜牧学(猪与禽)》 2007年第5期29-30,共2页
利用两个对球虫病具有不同易感性的纯系商品肉鸡,对与先前研究中已被识别的LEI0101标记(位于1号染色体的259cM处)有关的QTL进行精确定位。结果表明,该QTL遗传位点与抗病性显著相关。利用另外8个与LEI0101标记连锁的微卫星遗传标记对F1... 利用两个对球虫病具有不同易感性的纯系商品肉鸡,对与先前研究中已被识别的LEI0101标记(位于1号染色体的259cM处)有关的QTL进行精确定位。结果表明,该QTL遗传位点与抗病性显著相关。利用另外8个与LEI0101标记连锁的微卫星遗传标记对F1代亲本和F2代雏鸡(n=314)进行基因分型,然后在实验性感染巨型艾美耳球虫的鸡群中,测定它们与球虫卵囊排出的关系(作为抗病性的一个标记)。对4个家系的单点分析后表明,除了位于242cM处的LEI0101标记(LOD值为2.45)之外,其余所有标记基因座的LOD值均大于0.5。多点分析证明最大LOD值(3.74)在标记LEZ0071和标记LEI0101(位于245cM处)之间。通过连锁分析将LEI0071标记定位于LEI0101标记附近,但是其物理定位仍没有确定。为确定这些标记或其它标记的物理定位而采取的进一步研究将允许采用借助单核苷酸多态性标记的联合定位技术。 展开更多
关键词 精确定位 数量性状基因座(QTL) 疾病抗性 球虫病
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利用极端材料定位水稻粒形性状数量基因位点 被引量:15
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作者 张强 姚国新 +3 位作者 胡广隆 汤波 陈超 李自超 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期784-792,共9页
利用极端大粒材料GSL156(千粒重71.9g)与特小粒材料川七(千粒重12.1g,轮回亲本)杂交、回交获得的BC2F2 216个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比、千粒重等粒形性状的鉴定。采用单标记分析和复合区间作图法,利用SS... 利用极端大粒材料GSL156(千粒重71.9g)与特小粒材料川七(千粒重12.1g,轮回亲本)杂交、回交获得的BC2F2 216个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比、千粒重等粒形性状的鉴定。采用单标记分析和复合区间作图法,利用SSR标记对粒形性状进行数量性状基因座检测。结果表明,上述粒形性状在BC2F2群体均呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状;共检测到与粒形性状相关的QTL28个,分布于第1、第2、第3、第4、第5、第6和第12染色体上。其中qGL3-2、qGL3-3、qGT12-1、qGT2-1、qGT5-1、qGW1-1、qGW12-1、qGW2-1、qGW5-1、qRLW3-1、qTGW12-1、qTGW2-1、qTGW3-3和qTGW5-1对表型变异的贡献率分别为13.70%、52.51%、21.13%、18.79%、20.92%、14.59%、18.33%、30.03%、20.05%、24.53%、13.47%、11.43%、21.30%和15.68%,为主效QTL。其中,第3染色体上检测出来的QTL最多。在所有检测到的28个QTL中,6个QTL的增效等位基因来源于小粒亲本川七,而其余QTL的增效等位基因均来源于大粒亲本GSL156,基因作用方式主要表现为加性或部分显性。第3染色体RM7580~RM8208区间是分别与粒宽、长宽比和千粒重相关的3个主效QTL的共同标记区间,第2染色体的RM7636~RM5812区间、第5染色体的RM3351~RM26区间和第12染色体的RM1103~RM17区间是分别与粒宽、粒厚和千粒重相关的3个主效QTL的共同标记区间,这些区间对粒形贡献率较大,为进一步精细定位或克隆这些新的粒重或粒形QTL奠定了基础。同时大粒亲本对稻谷粒长、粒宽、粒厚和千粒重等性状的增效作用显著。 展开更多
关键词 水稻 粒形性状 微卫星标记 数量性状基因座
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利用已测序水稻品种分析其农艺性状基因座 被引量:8
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作者 张启军 梁永书 +6 位作者 叶少平 邓其明 王玲霞 李平 虞德容 邹江石 吕川根 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第10期1503-1510,共8页
水稻重要农艺性状的基因定位研究在育种上具有重要意义。2004年在海南陵水县种植两个完全测序水稻品种日本晴与9311的F2群体及双亲,分别考察了其单株分蘖数、穗数、有效分蘖数、穗长、主穗长、抽穗期、株高和剑叶8个农艺性状3次重复的... 水稻重要农艺性状的基因定位研究在育种上具有重要意义。2004年在海南陵水县种植两个完全测序水稻品种日本晴与9311的F2群体及双亲,分别考察了其单株分蘖数、穗数、有效分蘖数、穗长、主穗长、抽穗期、株高和剑叶8个农艺性状3次重复的平均值。用已构建的连锁遗传图谱(Nipponbare/9311-F2遗传图谱)及Excel 2000和Mapmaker/QTL1.1b软件对这8个性状间的相互关系和基因位点进行了分析。结果在LOD〉2.0和P〈0.005的条件下共检测到41个QTk,它们分布在水稻所有染色体上,单个QTL对性状表型贡献率11.0%~46.4%,其中大于20%的有22个。对选用已测序材料为亲本构建图谱来探讨水稻农艺性状的分子基础及其育种意义进行了讨论。 展开更多
关键词 水稻 农艺性状 SSR标记 数量性状基因座 定位
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番茄果重数量性状基因的研究进展及在遗传学教学中的应用 被引量:6
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作者 王海燕 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期837-844,共8页
遗传学发展史上一系列经典的研究案例对学科的发展起了巨大的推动作用,将这些经典案例与教学内容相结合应用到遗传学课程教学中,对学生的科学思维和遗传分析能力是一个很好的训练。番茄果重基因的定位与克隆在数量性状基因座研究中是开... 遗传学发展史上一系列经典的研究案例对学科的发展起了巨大的推动作用,将这些经典案例与教学内容相结合应用到遗传学课程教学中,对学生的科学思维和遗传分析能力是一个很好的训练。番茄果重基因的定位与克隆在数量性状基因座研究中是开创性的工作,完整的体现了植物数量性状基因的研究历程。将其作为一个综合案例应用于遗传学教学,可以生动直观地给学生展示一个精彩的科学发现过程,展现遗传学研究的魅力,激发学生的学习兴趣,收到了很好的教学效果。 展开更多
关键词 遗传学教学 经典案例 番茄果重 数量性状基因座
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基于SNP芯片的荣昌猪全基因组选择信号分析
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作者 陈信佑 吴平先 +9 位作者 巫小倩 张廷焕 阿超 吴薛珊 石锐 刘澜 陈力 郭宗义 王金勇 刁淑琪 《中国畜牧兽医》 北大核心 2025年第11期5021-5029,共9页
【目的】基于荣昌猪的SNP芯片数据,使用选择信号分析筛选荣昌猪重要经济性状的候选基因,为地方猪遗传解析研究提供参考信息。【方法】本研究利用66K芯片对492头荣昌猪进行基因分型,使用PLINK v 1.90软件对基因型数据进行质控,通过selsca... 【目的】基于荣昌猪的SNP芯片数据,使用选择信号分析筛选荣昌猪重要经济性状的候选基因,为地方猪遗传解析研究提供参考信息。【方法】本研究利用66K芯片对492头荣昌猪进行基因分型,使用PLINK v 1.90软件对基因型数据进行质控,通过selscan软件的整合单倍型分数(integrated haplotype score,iHS)方法进行全基因组选择信号分析,对显著位点进行基因和数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)注释分析以及GO功能和KEGG通路富集分析,并整合PigGTEx数据库进行表达数量性状基因座(expression quantitative trait locus,eQTL)注释分析。【结果】荣昌猪基因型质控后剩余488个个体和60301个SNPs位点用于后续分析;群体结构分析显示,试验群体可分为4个亚群,无明显的群体分层,可用于后续分析;iHS共检测到1693个显著位点;显著位点生物学功能注释结果表明,HNF 4 A、FOXP 1、SLC 2 A 8和GALNT 15可能是影响荣昌猪日增重、体尺、繁殖及肉质性状的重要候选基因;QTL注释结果表明,荣昌猪的选择信号主要与肉品质和胴体性状相关;通过整合PigGTEx数据库进行eQTL注释发现,与显著位点rs1245720970(17_36433465)紧密连锁的rs322464023(17_36481691)是调控DNMT 3 B基因表达的eQTL位点。结合荣昌猪肉质表型发现,携带rs322464023位点AA基因型的个体在屠宰后24 h肉色亮度评分极显著高于AG和GG基因型(P<0.01),连锁位点rs1245720970的基因型对屠宰后24 h肉色亮度值的影响与之高度相似。【结论】本研究基于芯片数据检测了荣昌猪的选择信号,筛选出与荣昌猪日增重、体尺、繁殖及肉质性状的重要候选基因,并发现肌肉组织中显著位点rs1245720970与DNMT 3 B基因的eQTL位点rs322464023高度连锁。 展开更多
关键词 荣昌猪 选择信号 候选基因 表达数量性状基因座
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利用回交重组自交系群体检测水稻苗期耐冷性基因座 被引量:18
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作者 寻梅梅 江玲 +4 位作者 刘世家 陈平 王茂青 翟虎渠 万建民 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期123-126,共4页
以98个Nipponbare/Kasalath∥Nipponbare回交重组自交家系(BILs)组成的群体为材料,进行水稻苗期耐冷性数量性状基因座的检测和遗传效应分析。25℃正常条件下培养水稻幼苗至二叶一心期,6-10℃低温处理7d,之后缓慢升温至25℃,缓苗4... 以98个Nipponbare/Kasalath∥Nipponbare回交重组自交家系(BILs)组成的群体为材料,进行水稻苗期耐冷性数量性状基因座的检测和遗传效应分析。25℃正常条件下培养水稻幼苗至二叶一心期,6-10℃低温处理7d,之后缓慢升温至25℃,缓苗4d,调查死苗率,并以死苗率作为苗期耐冷性强弱的表型值,分析亲本和98个BILs的苗期耐冷性表现。采用Windows QTL Cartographer 1.13a软件的复合区间作图法,共检测到2个苗期耐冷性QTLs,分别位于第2和第3染色体上,命名为qSCT-2和qSCT-3。2个QTL的LOD值分别为3.81和2.86,可解释群体表型变异的13.69%和9.31%。对苗期冷害具有抗性的2个数量性状基因座均来自苗期耐冷亲本Nipponbare。 展开更多
关键词 水稻 苗期耐冷性 回交重组自交群体 数量性状基因座
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杂草稻种子休眠数量性状位点的定位 被引量:9
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作者 井文 江玲 +2 位作者 张文伟 翟虎渠 万建民 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期737-742,共6页
利用杂草稻与粳稻品种衍生的分离群体对控制种子休眠性的遗传基础进行了研究。检测到4个控制种子休眠性的QTL,分别位于第1、第2和第6(2个)染色体上,贡献率分别为7.8%、7.1%、5.5%和4.5%,其中第2染色体上的QTL可能是一个新的控制种子休... 利用杂草稻与粳稻品种衍生的分离群体对控制种子休眠性的遗传基础进行了研究。检测到4个控制种子休眠性的QTL,分别位于第1、第2和第6(2个)染色体上,贡献率分别为7.8%、7.1%、5.5%和4.5%,其中第2染色体上的QTL可能是一个新的控制种子休眠性的位点,多项方差分析表明这4个位点的作用具有累加效应。种子发芽率与开花时间存在显著的负相关关系,检测到的唯一一个控制抽穗期的QTL与位于第6染色体上的一个控制种子休眠性的QTL连锁或具有多效性,这可能是造成其显著相关的主要原因。 展开更多
关键词 杂草稻 种子休眠 抽穗期 数量性状基因座(QTL)
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