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数量性状位点(QTLs)内候选基因的生物信息学分析方法 被引量:3
1
作者 吴家胜 汪旭升 《浙江林学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期104-108,共5页
几乎所有的农作物都开展了QTL(quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精... 几乎所有的农作物都开展了QTL(quantitative trait loci)定位研究,定位的方法也很多,如区间作图、复合区间作图、基于混合线性模型的复合区间作图和贝叶斯作图等,但这些研究方法均有它们自身的缺陷,定位的QTL在基因组上区间仍然很大,精度不高。为了更好地理解QTLs的分子生物学基础。文章简要地介绍了利用生物信息学方法分析QTL区间内候选基因的方法,并着重从遗传、基因组结构、表达和功能等方面来剖析QTL内的候选基因,为将来更好地利用QTL提供了借鉴。 展开更多
关键词 遗传学 数量性状位点 候选基因 生物信息学 综述
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作物数量性状位点(QTL)基因的鉴定分析
2
作者 高翔 杨金慧 《西北农业学报》 CAS CSCD 2001年第3期116-118,共3页
分子生物技术的兴起和统计方法的发展为数量性状位点 (QTL)基因的鉴定提供了可能。为推动数量性状位点基因在作物育种中的应用 ,本文简要叙述了用于数量性状位点基因的鉴定与 Q× E分析。列出了Q× E分析的几种数学模型 。
关键词 作物 数量性状位点 基因 鉴定 遗传分析
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水稻灌浆期耐热害的数量性状基因位点分析 被引量:36
3
作者 朱昌兰 肖应辉 +3 位作者 王春明 江玲 翟虎渠 万建民 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期117-121,共5页
利用由98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系群体及其分子连锁图谱,以粒重感热指数[(适温粒重-高温粒重)/适温粒重×100]为评价指标,采用混合线性模型的QTL定位方法,对水稻灌浆期耐热性的主效、上位性数量... 利用由98个家系组成的Nipponbare/Kasalath//Nipponbare回交重组自交系群体及其分子连锁图谱,以粒重感热指数[(适温粒重-高温粒重)/适温粒重×100]为评价指标,采用混合线性模型的QTL定位方法,对水稻灌浆期耐热性的主效、上位性数量性状基因位点及其与环境的互作进行分析。共检测到3个灌浆期耐热性主效QTL,分别位于第1、4和7染色体上,LOD值为8.16、11.08和12.86,贡献率8.94%、17.25%和13.50%。其中位于第4染色体标记C1100-R1783之间的QTL,没有显著的上位性和环境互作效应,表明在不同环境和遗传背景中的表达较为稳定,在水稻耐热性育种中可能具有较大的利用价值,其耐热性等位基因来自亲本Kasalath,高温热害时可减少粒重损失3.31%。位于第1染色体标记R1613-C970之间的QTL和第7染色体标记C1226-R1440之间的QTL,耐热性等位基因来自亲本Nipponbare,分别可减少粒重损失2.38%和2.92%。这两个QTL均具有与环境的互作效应,其中第7染色体上的QTL还和其他基因位点有互作。检测到8对加性×加性上位性互作QTL,分布于第1、2、3、5、7、8、10和12染色体上。没有检测到上位性QTL与环境的互作效应。 展开更多
关键词 qtl定位 灌浆期 数量性状基因位点 互作 水稻 粒重 上位性 染色体 加性 遗传背景
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“汕优63”的产量及其构成因子的数量性状基因位点分析 被引量:13
4
作者 李建雄 余四斌 +1 位作者 徐才国 谈移芳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期892-898,共7页
本文选用优良杂交组合珍汕 97/明恢 63的 F2 稻蔸群体为材料 ,对产量及产量构成因子 (有效穗、每穗实粒数和千粒重 )的表现分别在两年内进行了考查。通过对 537个 RFL P标记和 54对 SSR标记的筛选 ,共找到了 151( 133个 RFL P,18个 SSR... 本文选用优良杂交组合珍汕 97/明恢 63的 F2 稻蔸群体为材料 ,对产量及产量构成因子 (有效穗、每穗实粒数和千粒重 )的表现分别在两年内进行了考查。通过对 537个 RFL P标记和 54对 SSR标记的筛选 ,共找到了 151( 133个 RFL P,18个 SSR)个多型性标记 ,用这些多型性标记构建了该群体的饱和分子标记遗传连锁图。对产量和产量构成因子进行了 QTL定位 ,在两年内共检测到 36个 QTL s,其中 8个 QTL s在两年内都被检测到 ,其余 2 8个 QTL s分别在一年内检测到。通过对这些 QTL s的定位、效应大小及作用方向的分析 。 展开更多
关键词 稻蔸 数量性状基因位点(qtls) 产量 产量构成因子
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水稻数量性状位点(QTL)定位研究进展 被引量:18
5
作者 徐建龙 薛庆中 +1 位作者 梅捍卫 黎志康 《浙江农业学报》 CSCD 2001年第5期315-321,共7页
20世纪 80年代以来 ,DNA标记技术的诞生给数量性状的遗传研究带来了革命性的变化。本文综述了近年来水稻QTL定位的研究进展。对水稻QTL分子标记辅助选择育种进行了探讨 ,并对今后QTL的研究方向提出了一些思考。
关键词 水稻 数量性状位点 分子标记 标记辅助选择 qtl
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近等基因导入系定位水稻抗稻曲病数量性状位点的研究初报 被引量:34
6
作者 徐建龙 薛庆中 +1 位作者 罗利军 黎志康 《浙江农业学报》 CSCD 2002年第1期14-19,共6页
在已构建的Lemont/TeqingRILs遗传连锁图谱上选择 14 6个分子标记 ,鉴定了 2 6 6个特青背景的近等基因导入系的图示基因型 ,结合两年田间稻曲病的自然鉴定结果 ,利用图示基因型重叠方法对抗稻曲病数量性状位点 (QTL)进行了初步定位。结... 在已构建的Lemont/TeqingRILs遗传连锁图谱上选择 14 6个分子标记 ,鉴定了 2 6 6个特青背景的近等基因导入系的图示基因型 ,结合两年田间稻曲病的自然鉴定结果 ,利用图示基因型重叠方法对抗稻曲病数量性状位点 (QTL)进行了初步定位。结果表明 ,14 6个标记总的遗传图距为 2 2 2 7.6cM ,覆盖 95 .6 %的供体基因组 ,相邻标记平均为 15 .2cM。通过性状 -标记相关分析和图示基因型重叠 ,在第 10和第 12两条染色体上定位到 2个抗稻曲病QTL(QFsr10和QFsr12 ) ,其增强抗性的等位基因均来自亲本Lemont,加性效应分别为 3.38级和 3.34级。 展开更多
关键词 水稻 近等基因导入系 数量性状位点 稻曲病 分子标记 抗性鉴定
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自然储存条件下水稻种子耐储藏性状QTL的定位
7
作者 陈文凤 黄浩 +9 位作者 丁晓雯 林晋军 姚威 陈倩茹 黄希来 刘雄伦 吴俊 陈哲红 程计华 刘金灵 《湖南农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期1-5,35,共6页
为了筛选出新的水稻耐储藏种质,以在自然条件下储存4年的由粳稻‘魔王谷’(MWG)和籼稻‘CO39’杂交后代衍生的重组自交系群体种子为材料,对群体种子发芽表型进行分析,并利用复合区间作图法对该群体种子耐储藏性状QTL进行定位。结果表明:... 为了筛选出新的水稻耐储藏种质,以在自然条件下储存4年的由粳稻‘魔王谷’(MWG)和籼稻‘CO39’杂交后代衍生的重组自交系群体种子为材料,对群体种子发芽表型进行分析,并利用复合区间作图法对该群体种子耐储藏性状QTL进行定位。结果表明:101份重组自交系中,67%的株系种子的发芽率、发芽势和发芽指数为0,其余株系3个发芽性状指标分别为0~82.67%、0~46.00%和0~6.48;鉴定到1个发芽率达82.67%的高耐储株系;QTL分析定位到3个控制发芽性状(发芽率、发芽势、发芽指数)的QTL,分别为qGR7、q GP7和qGI7,其中qGR7位于SSR标记RM6344与RM5720区间18.43c M的区域,qGP7和qGI7均位于标记RM5672与RM8261区间35.74 cM的区域,3个QTL的LOD值为2.52~2.56,表型贡献率为12.02%~12.22%。 展开更多
关键词 水稻 耐储藏性 重组自交系群体 数量性状基因位点 基因定位
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猪2、7和8号染色体上影响血常规指标的数量性状基因座(QTL)检测 被引量:5
8
作者 巩元芳 卢昕 +3 位作者 王志鹏 李珊 邱小田 张勤 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1291-1297,共7页
以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量... 以3个品种(长白猪、大白猪、松辽黑猪)16个公猪家系共计368头仔猪组成资源群体,在猪2、7和8号染色体上共选取35个微卫星标记,采用基于线性混合模型的方差组分分析方法,对影响与猪白细胞、红细胞和血小板相关的共计18项血常规指标的数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)进行了检测.通过似然比检验,并以自由度为2的卡方分布作为检验统计量的分布,共发现22个在P<5%水平下显著的QTL,其中在2号染色体上有9个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞体积、血红蛋白含量、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、平均血小板体积、血小板分布宽度和血小板压积,在7号染色体有7个,分别影响白细胞总数、中性粒细胞数、平均红细胞血红蛋白浓度、血红蛋白含量、血小板总数、平均红细胞体积和红细胞分布宽度变异,在8号染色体上有6个,分别影响中性粒细胞百分比、淋巴细胞百分比、平均红细胞血红蛋白浓度、血小板总数、血小板压积和平均红细胞体积.为尽可能地避免由于多重检验所造成的假阳性率的升高,我们采用了控制假检出率(false discovery rate,FDR)的方法来对这22个QTL进行进一步检验,发现有14个达到FDR<5%显著水平,其中又有9个达到FDR<1%显著水平. 展开更多
关键词 血常规指标 数量性状基因座(qtl) 方差组分分析 假检出率(FDR)
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家蚕标记基因位点与数量性状基因位点重组参数的最大似然估计法 被引量:12
9
作者 何克荣 夏建国 叶爱红 《蚕业科学》 CAS CSCD 1996年第1期31-35,共5页
利用分离世代群体(BC_1或F_2),估算家蚕标记基因位点与数量性状基因位点重组参数的最大似然估计法,求解似然方程组的EM迭代算法。通过120次计算机模拟和一个生产实例验证了方法的可行性。
关键词 家蚕 重组参数 数量性状 基因位点 最大似然估计
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多年生黑麦草叶片长度数量性状位点(QTLs)研究 被引量:8
10
作者 米福贵 BARRE Philippe +1 位作者 瞿礼嘉 GHESQUIERE Marc 《草地学报》 CAS CSCD 2004年第4期303-307,321,共6页
选择固定有益等位基因 ,研究多年生黑麦草叶片长度数量性状位点 ,结果表明 :与叶长最为相关的 3个标记所表达的变异占表型总变异的 5 0 .9% (r2 ) ;在选择中如能将这 3个标记最优化地组合在一起 ,其综合共同作用有望使叶片长度延长和缩... 选择固定有益等位基因 ,研究多年生黑麦草叶片长度数量性状位点 ,结果表明 :与叶长最为相关的 3个标记所表达的变异占表型总变异的 5 0 .9% (r2 ) ;在选择中如能将这 3个标记最优化地组合在一起 ,其综合共同作用有望使叶片长度延长和缩短 2 6 mm;鉴于供试材料在最初 3个世代的群体选择中所估测到叶片长度的遗传力为 0 .32 ,这样在今后的选择工作中 ,即使只使用现有的两个标记 。 展开更多
关键词 多年生黑麦草 叶片长度 数量性状位点(qtls) 遗传图 分子标记
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候选基因法检测家畜数量性状基因位点的研究与应用 被引量:10
11
作者 徐宁迎 《浙江农业学报》 CSCD 1999年第5期266-270,共5页
对候选基因法的研究过程作了详细介绍,并讨论了其优缺点,指出候选基因法是检测家畜数量性状基因位点的主要方法之一。
关键词 候选基因 数量性状基因位点 家畜基因组分析
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家禽数量性状基因位点的分子标记 被引量:6
12
作者 胡刚安 《中国家禽》 北大核心 1998年第5期36-38,共3页
至今,家禽的遗传改良一直沿用以数量遗传学为理论基础的常规育种方法,通过个体及其亲属的表型值,借助育种值估计方法,选择优秀遗传材料。由于经历了长期的选择,家禽的生产性能已达到相当高的水平,遗传进展递增率已下降。用现行的育种措... 至今,家禽的遗传改良一直沿用以数量遗传学为理论基础的常规育种方法,通过个体及其亲属的表型值,借助育种值估计方法,选择优秀遗传材料。由于经历了长期的选择,家禽的生产性能已达到相当高的水平,遗传进展递增率已下降。用现行的育种措施很难取得突破性进展的原因,在于表型选择并不总是有效的,尤其是对那些低遗传力性状。近年来,分子生物学的迅速发展,引起了育种学家的普遍关注,运用分子生物学技术改良动物生产性能,已成为当今世界动物育种科学最热门课题之一。 展开更多
关键词 家禽 遗传改主奶 数量性状 基因位点 分子标记
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玉米叶部性状的QTL定位与候选基因分析
13
作者 郭爽 聂蕾 +9 位作者 何玥 王栋 涂亮 刘鹏飞 蒋喻林 郭向阳 王安贵 祝云芳 吴迅 陈泽辉 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第10期1777-1786,共10页
叶片在玉米生长过程中发挥着重要作用,它能够有效地进行光合作用,为玉米提供营养物质,通过影响耐密性等影响产量提升。本研究选用QR273和T32为亲本,构建150份F2、F2∶3家系材料,结合基因型和不同环境中叶部性状的表型评价数据,利用完备... 叶片在玉米生长过程中发挥着重要作用,它能够有效地进行光合作用,为玉米提供营养物质,通过影响耐密性等影响产量提升。本研究选用QR273和T32为亲本,构建150份F2、F2∶3家系材料,结合基因型和不同环境中叶部性状的表型评价数据,利用完备区间作图法进行数量性状座位(QTL)定位。结果发现,2个环境下共检测到85个叶部性状相关QTL,其中有12个全株叶片数相关QTL、14个穗上叶片数相关QTL、22个叶长相关QTL、17个叶宽相关QTL、20个叶夹角相关QTL。结合公共数据库和生物信息学分析方法共筛选出7个候选基因。其中Zm00001d013612编码微管蛋白,参与调控细胞骨架结构组成;Zm00001d053543参与油菜素甾醇介导的信号通路;Zm00001d031291编码的蛋白质具有组蛋白乙酰化功能;Zm00001d031292参与富含羟脯氨酸糖蛋白家族基因表达的调控;Zm00001d031296调控钾离子跨膜转运蛋白活性;Zm00001d031300、Zm00001d031303参与碳水化合物代谢过程。蛋白质功能分析结果表明,这7个候选基因均参与细胞分化,与植物的生长发育息息相关。本研究结果将为深度揭示玉米叶部性状变异的遗传基础提供更丰富的理论支持。 展开更多
关键词 玉米 叶部性状 数量性状座位(qtl) 候选基因
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苦荞重组自交系的RS和GABA的QTL定位及候选基因分析
14
作者 刘飞 黄娟 +5 位作者 杜千禧 朱丽伟 邓娇 章洁琼 石桃雄 陈庆富 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第4期703-713,共11页
【目的】抗性淀粉(RS)和γ-氨基丁酸(GABA)是苦荞Fagopyrum tataricum功能性成分,对苦荞籽粒功能成分进行数量性状位点(QTL)定位对苦荞分子遗传改良具有重要意义。【方法】以‘小米荞’‘Xiaomiqiao’和‘晋荞麦2号’‘Jinqiaomai No.2... 【目的】抗性淀粉(RS)和γ-氨基丁酸(GABA)是苦荞Fagopyrum tataricum功能性成分,对苦荞籽粒功能成分进行数量性状位点(QTL)定位对苦荞分子遗传改良具有重要意义。【方法】以‘小米荞’‘Xiaomiqiao’和‘晋荞麦2号’‘Jinqiaomai No.2’为亲本构建的重组自交系(XJ-RILs)群体作为供试材料,测定了XJ-RILs群体及其亲本的RS和GABA质量分数;基于遗传图谱定位控制RS和GABA的QTL,并对QTL区间内的候选基因进行鉴定和分析。【结果】XJ-RILs群体RS和GABA质量分数分别为4.51%~10.52%和0.37‰~2.50‰,表现出明显的超亲优势和偏正态分布。根据RS和GABA质量分数将XJ-RILs分为5类(C1~C5),其中C1类株系的RS和GABA质量分数均较高,从中筛选出高RS和高GABA优异株系各3株。对XJ-RILs群体的RS和GABA进行QTL定位,共检测到2个控制RS的QTL和1个控制GABA的QTL,这3个位点表型贡献率分别为7.59%、6.34%和5.05%。对QTL内的基因进行鉴定,共有108个RS候选基因,将其表达模式分为6类(R1~R6),其中R4、R5和R6中的30个基因在籽粒中的表达量较高。共鉴定到64个GABA候选基因,其表达模式可以分6类(G1~G6),其中G4、G5和G6中的21个基因在籽粒中的表达量较高。在RS和GABA候选基因中,分别有16和6个基因存在SNP/Indel变异。【结论】筛选出高RS和高GABA优异株系各3株,定位到2个控制RS和1个控制GABA的QTL位点,其区间内分别筛选到108和64个基因,初步锁定30个RS相关及21个GABA相关候选基因。 展开更多
关键词 苦荞 数量性状位点(qtl) 抗性淀粉(RS) γ-氨基丁酸(GABA) 候选基因
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单细胞精度的表达数量性状位点研究进展 被引量:1
15
作者 徐晓鹏 范小英 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期795-806,共12页
表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整... 表达数量性状位点(expression quantitative trait loci,eQTL)表示控制基因表达量的遗传变异位点。eQTL分析是后全基因组关联研究时代鉴定疾病相关遗传位点功能的重要方法,且取得了诸多重要发现。传统的eQTL分析基于全基因组测序结合整体RNA测序技术,细胞间差异的基因表达水平会被掩盖,从而无法鉴定细胞类型或状态依赖的eQTL,因此也难以解析特定环境下疾病相关遗传变异位点。近年来,随着单细胞转录组测序技术的发展和应用普及,基于单细胞转录组测序的eQTL (single-cell RNA sequencing-based eQTL,sc-eQTL)研究技术逐渐成为热点,其优势在于可以充分利用单细胞测序的分辨率和颗粒度挖掘细胞类型、细胞状态以及细胞动态依赖的表达变异位点,显著提升解析基因表达关联的遗传变异位点的能力,对人们探究复杂器官的形成以及疾病的发生、发展、干预和治疗具有重要意义。本文主要从sc-eQTL研究的发展、设计方案、建模策略以及面临的挑战等诸多方面综述近年来的研究进展,以期为科研工作者挖掘致病位点,解析基因调控提供全新的视角。 展开更多
关键词 表达数量性状位点 基因组关联研究 单细胞转录组测序 调控元件 细胞类型特异性
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猪数量性状位点的定位和候选基因研究进展
16
作者 杨敏 殷宗俊 《养猪》 2007年第6期33-36,共4页
数量性状位点(QTL)的定位是鉴别家畜控制重要经济性状基因的第一步。分子生物学技术的飞速发展及其应用,为人们在DNA水平上研究猪重要经济性状的遗传机制奠定了坚实的基础。本文综述了影响猪繁殖、生长发育、肉质等主要经济性状的QTLs... 数量性状位点(QTL)的定位是鉴别家畜控制重要经济性状基因的第一步。分子生物学技术的飞速发展及其应用,为人们在DNA水平上研究猪重要经济性状的遗传机制奠定了坚实的基础。本文综述了影响猪繁殖、生长发育、肉质等主要经济性状的QTLs定位和候选基因研究进展情况。 展开更多
关键词 数量性状位点(qtl) 候选基因
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甜菜重要农艺性状的数量性状基因座(QTL)研究进展
17
作者 张子义 田自华 《中国糖料》 2004年第1期39-41,共3页
阐述了农作物数量性状基因座(QTL)在遗传育种中的地位和意义,介绍了作物QTL的基本原理和方法及在甜菜上的研究进展。
关键词 甜菜 数量性状基因座(qtl) 分子标记
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近交群体数量性状基因位点定位的原理
18
作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 1999年第4期39-40,共2页
关键词 家畜 数量性状 近交群体 基因位点 定位 原理
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远交群体数量性状基因位点定位的原理
19
作者 徐宁迎 《浙江畜牧兽医》 2000年第1期46-47,共2页
关键词 数量性状 基因位点 定位 家畜遗传育种 远交群体
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与宿主对猪繁殖与呼吸综合征病毒应答相关的一个主要QTL(数量性状位点)的证据
20
作者 朱振鹏(编译) 《猪业科学》 2012年第6期29-29,共1页
猪繁殖与呼吸综合征在繁育动物时造成了繁育性能的降低,在成长动物中增加了呼吸问题,这些问题在猪产业中造成了重大的经济损失。接种疫苗在预防猪繁殖与呼吸综合征效果不显著,部分原因是由于病毒快速的突变率和演变。当前研究的目的... 猪繁殖与呼吸综合征在繁育动物时造成了繁育性能的降低,在成长动物中增加了呼吸问题,这些问题在猪产业中造成了重大的经济损失。接种疫苗在预防猪繁殖与呼吸综合征效果不显著,部分原因是由于病毒快速的突变率和演变。当前研究的目的是发现寄主抵抗性的遗传基础, 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 数量性状位点 qtl 证据 应答 宿主 繁育性能 经济损失
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