背景与目的:可变剪接在细胞增殖、生长、凋亡及分化等复杂的蛋白质功能调控中发挥着至关重要的作用,能参与包括肿瘤在内的多种疾病的发生、发展过程,目前大多数可变剪接调控因子的功能及其作用机制尚不清楚。本研究旨在探讨KH型剪接调...背景与目的:可变剪接在细胞增殖、生长、凋亡及分化等复杂的蛋白质功能调控中发挥着至关重要的作用,能参与包括肿瘤在内的多种疾病的发生、发展过程,目前大多数可变剪接调控因子的功能及其作用机制尚不清楚。本研究旨在探讨KH型剪接调控蛋白(KH-type splicing regulatory protein,KHSRP)在肺腺癌中的差异剪接靶基因及靶基因的表达与患者预后及免疫细胞功能的相关性。方法:通过高通量可变剪接测序,筛选KHSRP下游差异剪接靶基因。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource,TIMER)和阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham cancer data analysis portal,ULCAN)分析KHSRP下游差异剪接靶基因在肺腺癌中的表达。通过Kaplan数据库分析KHSRP下游差异剪接靶基因的表达与患者预后的相关性。通过TIMER免疫模块分析KHSRP下游差异剪接靶基因与免疫细胞功能的相关性。结果:NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的下游关键可变剪接靶基因。NUMB、ADD3及LIMCH1在肺腺癌肿瘤组织中均呈低表达,其低表达者预后不良。NUMB、ADD3及LIMCH1与免疫细胞功能呈正相关。结论:在肺腺癌中,NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的差异剪接靶基因,且NUMB、ADD3及LIMCH1低表达会导致预后不良,并且与免疫细胞功能呈正相关。展开更多
【目的】基于转录组测序揭示羊毛柔软度差异的遗传基础,为优良羊毛性状的品种选育提供候选位点与理论参考。【方法】选择羊毛柔软度差异较大的细毛羊(XMY)、绵羊(MY)和山羊(SY)为试验材料,观察羊毛表型差异,并在体视显微镜下分离毛囊组...【目的】基于转录组测序揭示羊毛柔软度差异的遗传基础,为优良羊毛性状的品种选育提供候选位点与理论参考。【方法】选择羊毛柔软度差异较大的细毛羊(XMY)、绵羊(MY)和山羊(SY)为试验材料,观察羊毛表型差异,并在体视显微镜下分离毛囊组织,提取总RNA进行转录组测序。利用ARMATS对各样品进行差异可变剪接事件分析,使用StringTie计算各基因外显子每千碱基片段百万比(FPKM),采用DESeq2筛选差异表达基因(DEGs)并进行GO功能富集分析。利用实时荧光定量PCR检测DEGs相对表达量。【结果】MY羊毛质地粗糙,柔软度最低,SY羊毛纤维细密,柔软度最高,XMY羊毛弹性好,纤维结构紧密,柔软度居中。SY与XMY基因表达量相关系数最低,二者差异最大。MY vs XMY组差异可变剪接事件最多,SY vs XMY组差异可变剪接事件最少。MY vs SY、MY vs XMY和SY vs XMY组的DEGs显著富集在角蛋白丝和核糖体等角蛋白合成途径上,MY vs XMY和SY vs XMY组DEGs富集程度最高的是角蛋白丝途径,MY vs SY组DEGs富集程度最高的是核糖体途径。KRT74基因在SY中的FPKM值显著高于MY(P<0.05),而EDAR基因在SY和MY中的FPKM值无显著差异(P>0.05)。MY vs SY、MY vs XMY和SY vs XMY组共有65个DEGs,在NR数据库中注释到KRT2等5个角蛋白合成相关基因。候选基因LOC105604740、LOC101108536、LOC114110489和LOC101108798在MY与SY间均存在极显著差异(P<0.01)。【结论】羊毛柔软度的形成是角蛋白家族基因(KRT2、KRT74)及其相关调控网络在表达水平和时空模式上的综合作用结果。基于毛囊组织转录组测序筛选出65个可能影响羊毛柔软度的DEGs,其中LOC105604740、LOC101108536、LOC114110489和LOC101108798基因可用于羊毛品质的DNA分子标记开发。展开更多
文摘背景与目的:可变剪接在细胞增殖、生长、凋亡及分化等复杂的蛋白质功能调控中发挥着至关重要的作用,能参与包括肿瘤在内的多种疾病的发生、发展过程,目前大多数可变剪接调控因子的功能及其作用机制尚不清楚。本研究旨在探讨KH型剪接调控蛋白(KH-type splicing regulatory protein,KHSRP)在肺腺癌中的差异剪接靶基因及靶基因的表达与患者预后及免疫细胞功能的相关性。方法:通过高通量可变剪接测序,筛选KHSRP下游差异剪接靶基因。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource,TIMER)和阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数据分析门户(the University of Alabama at Birmingham cancer data analysis portal,ULCAN)分析KHSRP下游差异剪接靶基因在肺腺癌中的表达。通过Kaplan数据库分析KHSRP下游差异剪接靶基因的表达与患者预后的相关性。通过TIMER免疫模块分析KHSRP下游差异剪接靶基因与免疫细胞功能的相关性。结果:NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的下游关键可变剪接靶基因。NUMB、ADD3及LIMCH1在肺腺癌肿瘤组织中均呈低表达,其低表达者预后不良。NUMB、ADD3及LIMCH1与免疫细胞功能呈正相关。结论:在肺腺癌中,NUMB、ADD3及LIMCH1为KHSRP的差异剪接靶基因,且NUMB、ADD3及LIMCH1低表达会导致预后不良,并且与免疫细胞功能呈正相关。
文摘【目的】基于转录组测序揭示羊毛柔软度差异的遗传基础,为优良羊毛性状的品种选育提供候选位点与理论参考。【方法】选择羊毛柔软度差异较大的细毛羊(XMY)、绵羊(MY)和山羊(SY)为试验材料,观察羊毛表型差异,并在体视显微镜下分离毛囊组织,提取总RNA进行转录组测序。利用ARMATS对各样品进行差异可变剪接事件分析,使用StringTie计算各基因外显子每千碱基片段百万比(FPKM),采用DESeq2筛选差异表达基因(DEGs)并进行GO功能富集分析。利用实时荧光定量PCR检测DEGs相对表达量。【结果】MY羊毛质地粗糙,柔软度最低,SY羊毛纤维细密,柔软度最高,XMY羊毛弹性好,纤维结构紧密,柔软度居中。SY与XMY基因表达量相关系数最低,二者差异最大。MY vs XMY组差异可变剪接事件最多,SY vs XMY组差异可变剪接事件最少。MY vs SY、MY vs XMY和SY vs XMY组的DEGs显著富集在角蛋白丝和核糖体等角蛋白合成途径上,MY vs XMY和SY vs XMY组DEGs富集程度最高的是角蛋白丝途径,MY vs SY组DEGs富集程度最高的是核糖体途径。KRT74基因在SY中的FPKM值显著高于MY(P<0.05),而EDAR基因在SY和MY中的FPKM值无显著差异(P>0.05)。MY vs SY、MY vs XMY和SY vs XMY组共有65个DEGs,在NR数据库中注释到KRT2等5个角蛋白合成相关基因。候选基因LOC105604740、LOC101108536、LOC114110489和LOC101108798在MY与SY间均存在极显著差异(P<0.01)。【结论】羊毛柔软度的形成是角蛋白家族基因(KRT2、KRT74)及其相关调控网络在表达水平和时空模式上的综合作用结果。基于毛囊组织转录组测序筛选出65个可能影响羊毛柔软度的DEGs,其中LOC105604740、LOC101108536、LOC114110489和LOC101108798基因可用于羊毛品质的DNA分子标记开发。
