小开放阅读框(small open reading frames,sORFs)是指含有不多于100个密码子的开放阅读框。由sORFs编码的肽被称作微肽(micropeptide)或小开放阅读框编码的肽(sORFs-encoded peptide,SEP)。随着生物信息学、计算机科学以及高通量测序技...小开放阅读框(small open reading frames,sORFs)是指含有不多于100个密码子的开放阅读框。由sORFs编码的肽被称作微肽(micropeptide)或小开放阅读框编码的肽(sORFs-encoded peptide,SEP)。随着生物信息学、计算机科学以及高通量测序技术的发展,已在多个物种的多种转录产物中发现大量的小开放阅读框(sORFs),一些由sORFs编码的微肽/SEPs也被鉴定出来。这些微肽/SEPs的发现说明生物体内蛋白质编码基因组的注释是不完整的,ORFs的任意大小限制和作为翻译唯一起始密码子的甲硫氨酸的绝对要求限制了具有非经典蛋白质编码潜力的重要转录本的鉴定。目前发现的几种微肽在基本生理活动和保持细胞代谢稳态方面都发挥着重要作用。本文综述了发掘sORFs编码的微肽的技术和研究微肽生物功能的方法的最新进展,并详述这些技术的优缺点。展开更多
采用同源克隆的方法,根据相近物种转铁蛋白(Transferrin, TF)基因的序列设计简并引物,在经感染真鲷的cDNA上进行PCR扩增,获得了真鲷TF的全基因编码序列(GeneBank Accession No.AY335444).该序列由2444bp核苷酸组成,含31 bp 5′非编码区...采用同源克隆的方法,根据相近物种转铁蛋白(Transferrin, TF)基因的序列设计简并引物,在经感染真鲷的cDNA上进行PCR扩增,获得了真鲷TF的全基因编码序列(GeneBank Accession No.AY335444).该序列由2444bp核苷酸组成,含31 bp 5′非编码区和340 bp 3′非编码区以及2073 bp的开放阅读框,可编码691个氨基酸,预测分子量约为74.3kD,等电点为5.63.同源性分析表明,真鲷TF与鱼类TF的相似性很高,约为65%～75%;与哺乳类转铁蛋白和乳铁蛋白的相似性约40%～50%;与脊索动物海鞘和无脊椎动物昆虫也有一定的相似性.进化分析表明,该基因是转铁蛋白而不是乳铁蛋白.真鲷TF与其它动物TF结构相似,是由两叶相似的结构域构成的单一肽链;该基因有一信号肽序列,缺乏糖基化位点,在它的两个结构域上,分别有三个TF家族的标签序列及一个MHC分子标签序列;与哺乳类相比,参与蛋白二硫键形成的半胱氨酸以及铁离子结合位点高度保守.RT-PCR结果显示,真鲷TF在肝脏成组成型表达,但在其它组织中的表达可受病原调控,表现为经病原刺激后转铁蛋白基因的组织分布显著增多.展开更多
文摘小开放阅读框(small open reading frames,sORFs)是指含有不多于100个密码子的开放阅读框。由sORFs编码的肽被称作微肽(micropeptide)或小开放阅读框编码的肽(sORFs-encoded peptide,SEP)。随着生物信息学、计算机科学以及高通量测序技术的发展,已在多个物种的多种转录产物中发现大量的小开放阅读框(sORFs),一些由sORFs编码的微肽/SEPs也被鉴定出来。这些微肽/SEPs的发现说明生物体内蛋白质编码基因组的注释是不完整的,ORFs的任意大小限制和作为翻译唯一起始密码子的甲硫氨酸的绝对要求限制了具有非经典蛋白质编码潜力的重要转录本的鉴定。目前发现的几种微肽在基本生理活动和保持细胞代谢稳态方面都发挥着重要作用。本文综述了发掘sORFs编码的微肽的技术和研究微肽生物功能的方法的最新进展,并详述这些技术的优缺点。
文摘采用同源克隆的方法,根据相近物种转铁蛋白(Transferrin, TF)基因的序列设计简并引物,在经感染真鲷的cDNA上进行PCR扩增,获得了真鲷TF的全基因编码序列(GeneBank Accession No.AY335444).该序列由2444bp核苷酸组成,含31 bp 5′非编码区和340 bp 3′非编码区以及2073 bp的开放阅读框,可编码691个氨基酸,预测分子量约为74.3kD,等电点为5.63.同源性分析表明,真鲷TF与鱼类TF的相似性很高,约为65%～75%;与哺乳类转铁蛋白和乳铁蛋白的相似性约40%～50%;与脊索动物海鞘和无脊椎动物昆虫也有一定的相似性.进化分析表明,该基因是转铁蛋白而不是乳铁蛋白.真鲷TF与其它动物TF结构相似,是由两叶相似的结构域构成的单一肽链;该基因有一信号肽序列,缺乏糖基化位点,在它的两个结构域上,分别有三个TF家族的标签序列及一个MHC分子标签序列;与哺乳类相比,参与蛋白二硫键形成的半胱氨酸以及铁离子结合位点高度保守.RT-PCR结果显示,真鲷TF在肝脏成组成型表达,但在其它组织中的表达可受病原调控,表现为经病原刺激后转铁蛋白基因的组织分布显著增多.
