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五个鸡群中催乳素基因密码子使用频率与产蛋量的关系分析 被引量：13
1
作者 刘华贵 王小花 +3 位作者 刘玉方 赵兴波 李宁 吴常信 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1101-1106,共6页
通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7... 通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7种单倍型,结合44周龄产蛋量分析,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著性差异.结合密码子使用频率分析,发现使用高频密码子的单倍型个体产蛋量相对高.通过酶联免疫方法检测催乳素表达量,结果显示,使用高频密码子的个体,激素水平较高,其中使用2个高频密码子的单倍型个体和使用1.5个密码子的单倍型个体之间存在极显著差异.研究结果表明,密码子使用频率与产蛋量在一定的范围内呈现正相关趋势. 展开更多
关键词 鸡 催乳素基因 密码子使用频率 酶联免疫检测 产蛋量
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思茅松及云南松转录组密码子偏好性比较分析 被引量：1
2
作者 原晓龙 王毅 +4 位作者 罗婷 李云琴 毕玮 陈伟 李江 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期153-163,共11页
【目的】比较思茅松Pinus kesiya var.langbianensis和云南松P.yunnanensis转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云... 【目的】比较思茅松Pinus kesiya var.langbianensis和云南松P.yunnanensis转录组中表达基因的密码子使用模式,为运用基因工程技术改造密码子实现思茅松基因异源表达提供理论依据。【方法】利用CodonW1.4.2软件分析思茅松不同组织和云南松转录组密码子碱基组成,同时统计和计算其他相关参数,推断其最优密码子并将其与其他物种的密码子使用频率进行比较。【结果】在云南松和思茅松根转录组密码子的碱基组成方面,云南松为GC12(0.50)>GC3s(0.47),思茅松根为GC12(0.51)>GC3s(0.32);在思茅松不同组织转录组的碱基组成方面,高产脂树皮为GC12(0.49)>GC3s(0.45),低产脂树皮为GC12(0.50)>GC3s(0.41),说明云南松和思茅松不同组织转录组的密码子在第3位上均偏好以AU结尾;它们的CAI值相较于被子植物均较低,这些均说明云南松和思茅松不同组织转录组密码子的偏好性均较弱;且其中性绘图分析和ENC-plot分析说明它们的使用模式均主要受到选择压力的影响;最优密码子分析显示云南松和思茅松根的最优密码子差异较小。通过对思茅松、拟南芥、构巢曲霉、酵母、毛果杨和云南松的密码子使用频率进行比较,发现思茅松与云南松转录组的密码子偏好性极为相似,与构巢曲霉和拟南芥的相对接近,说明构巢曲霉真核表达系统更适合思茅松基因的异源表达。【结论】思茅松和云南松转录组编码序列的密码子使用偏性以选择影响为主,是多种因素共同作用的结果,构巢曲霉是思茅松基因异源表达的最佳表达受体。该结论为今后开展思茅松转基因育种、特定基因的异源表达和生物合成中提高外源基因表达效率提供理论基础和参考依据。 展开更多
关键词 思茅松 云南松 转录组 密码子使用模式 密码子偏好性 密码子使用频率
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瘤胫果实蝇线粒体全基因组分析与系统发育
3
作者 黄振 郭琼霞 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期482-491,共10页
【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基... 【目的】明确瘤胫果实蝇[Bactrocera Bactrocera tuberculata(Bezzi)]线粒体全基因组序列特征,探究其系统发育地位,为瘤胫果实蝇分子标记、物种鉴定和进化遗传学研究提供参考依据。【方法】采用高通量测序技术对瘤胫果实蝇的线粒体全基因组进行测序、组装、拼接和注释,获得基因组全序列,并对基因组基本结构进行分析;选择NCBI公布的果实蝇属近缘种20种实蝇的线粒体全基因组序列,基于最大似然法(Maximum likelihood,ML)进行系统发育分析。【结果】瘤胫果实蝇线粒体基因组序列总长度为15854 bp;具37个基因,其中包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制基因。瘤胫果实蝇线粒体基因组全序列A+T含量为73.2%;13个蛋白质编码基因共有密码子3755个,在蛋白质所有22种氨基酸密码子中,UUA(leucine)的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为387(3.79);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)以及苏氨酸(T)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环,其余19个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构,22个tRNA基因中,共存在178处碱基对错配,错配碱基对均为G-U。通过对其近缘种线粒体全基因组的系统发育分析,瘤胫果实蝇与桔小实蝇(Bactrocera dorsalis)和杨桃实蝇(Bactrocera carambolae)聚在一起,表明3种实蝇的亲缘关系较近,与果实蝇亚属的其他种类聚在同个分支上,结果与形态鉴定一致。【结论】首次报道了瘤胫果实蝇线粒体全基因组,GenBank登录号MW 892726,测定和分析的瘤胫果实蝇线粒体基本结构特征,核苷酸组成、系统进化分析,支持瘤胫果实蝇属于果实蝇亚属,为物种诊断、进化生物学和防治研究提供依据。 展开更多
关键词 瘤胫果实蝇 线粒体全基因组 序列分析 相对密码子使用频率 tRNA基因二级结构 系统发育
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黑漆实蝇线粒体基因组基因结构分析
4
作者 黄振 郭琼霞 《安徽农业科学》 CAS 2024年第19期77-80,共4页
为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用W... 为探究黑漆实蝇线粒体基因组基因结构,基于测定的黑漆实蝇的线粒体全基因组,采用DNAMAN V6软件测算线粒体全基因组13个蛋白编码基因(PCGs),22个trnA基因AT skew=(A-T)/(A+T)、GC skew=(G-C)/(G+C)的值,分析黑漆实蝇核苷酸的偏移率;使用Win32 CodonW软件分析蛋白质基因密码子的使用个数以及同义相对密码子RSCU值的使用频率;利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0软件对trnA的二级结构进行分析,为物种诊断、系统发育和进化生物学提供依据。 展开更多
关键词 黑漆实蝇 线粒体全基因组 相对密码子使用频率 trnA基因二级结构
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深黑颜实蝇线粒体全基因组测定分析与系统发育
5
作者 黄振 郭琼霞 《福建林业科技》 2024年第4期8-16,42,共10页
基于Illumina HiSeq平台测序技术,对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析,测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征,使用最大似然法(ML)构建系统发育树,分析其亲缘关... 基于Illumina HiSeq平台测序技术,对深黑颜实蝇(Bactrocera(Zeugodacus)atrifacies)进行线粒体基因组双端测序、基因拼接、注释和基因结构分析,测定深黑颜实蝇线粒体全基因组及结构特征,使用最大似然法(ML)构建系统发育树,分析其亲缘关系和系统发育。测定结果表明,深黑颜实蝇线粒体基因组序列总长度15866 bp(GenBank上的登录号为:MW892727),具37个基因(包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因)和1个非编码控制基因。13个蛋白质编码基因22种氨基酸的密码子中,UUA(TTA(leucine))的使用频率N及相对密码子RSCU使用频率均最高,N(RSCU)为378(3.75);tRNA基因二级结构中,除苯丙氨酸(F)缺少假尿嘧啶(T)环和丝氨酸(S1)缺少二氢尿嘧啶DHU环外,其余20个tRNA基因均能折叠形成典型的三叶草二级结构图;线粒体tRNA基因中,共存在17处碱基对错配,错配的碱基对均为G-U;系统发育分析表明深黑颜实蝇与黑纹实蝇(B.(Z.)caudata)聚成一支,亲缘关系较近,属于镞果实蝇亚属。研究结果与传统形态学分类一致,为进一步的物种诊断、系统发育、进化生物学和防治研究提供参考。 展开更多
关键词 深黑颜实蝇 线粒体全基因组 序列分析 相对密码子使用频率 tRNA基因二级结构
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竹类植物与水稻等其它禾本科作物的系统进化关系及基因序列组成的比较 被引量：18
6
作者 樊龙江 郭兴益 马乃训 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2006年第2期165-169,共5页
利用8个全长mRNA基因序列比较了竹类植物和水稻等禾本科作物的系统进化和序列组成等。结果表明,在与水稻、玉米和麦类作物的比较中,竹类植物与水稻有着最近的亲缘关系和更相似的基因序列特征(GC含量分布和密码子使用频率),它们甚至比水... 利用8个全长mRNA基因序列比较了竹类植物和水稻等禾本科作物的系统进化和序列组成等。结果表明,在与水稻、玉米和麦类作物的比较中,竹类植物与水稻有着最近的亲缘关系和更相似的基因序列特征(GC含量分布和密码子使用频率),它们甚至比水稻与玉米或水稻与麦类之间的亲缘关系更近。这一结果提示,水稻作为禾本科植物的模式物种,应与竹类植物存在良好的基因组共线性关系,水稻基因组序列信息对竹类植物基因组研究与分析具有重要参考价值。 展开更多
关键词 竹类植物 水稻 系统进化 GC含量 密码子使用频率
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斑翅草螽线粒体基因组序列测定与分析 被引量：6
7
作者 周志军 尚娜 +2 位作者 黄原 石福明 韦仕珍 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期548-554,共7页
已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序... 已经测定的昆虫线粒体基因组中,直翅目草螽亚科的疑钩额螽Ruspolia dubia线粒体控制区长度最短,仅70bp。为此,本研究采用L-PCR结合二次PCR扩增策略对另一种草螽亚科昆虫斑翅草螽Conocephalus maculates线粒体基因组序列进行了测定。序列注释发现:斑翅草螽线粒体基因组序列全长15 898 bp,A+T含量为72.05%,基因排列与典型的节肢动物线粒体基因组一致。全部蛋白质编码基因以典型的ATN作为起始密码子,9个蛋白质编码基因具有完整的终止密码子,其余4个以不完整的T作为终止信号。除trnSAGN外,其余21个tRNAs均可折叠形成典型的三叶草结构,依照Steinberg等(1997)线粒体特殊tRNA结构类型-9,trnSAGN的DHU臂形成一个7 nt环,反密码子臂则长达9 bp,含1个突起碱基,而不是正常的5 bp。斑翅草螽与其他直翅目昆虫线粒体基因组的主要区别在于,在trnSUCN和nad1,nad1和trnLCUN基因间各存在一段罕见的、大段的基因间隔序列,长度分别为78 bp和360 bp。其中,位于nad1和trnLCUN之间的基因间隔序列N链可形成一个包含完整起始、终止密码子(ATT/TAA)、编码103个氨基酸的未知开放阅读框。同义密码子使用偏好与线粒体基因组编码的tRNA反密码子匹配情况无关,但与密码子第3位点的碱基组成紧密相关;相对密码子使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)大于1的密码子,其第3位点全部是A或T。在已经测定的直翅目昆虫线粒体基因组tRNAs中,均存在一定数量的碱基错配,且以G-U弱配对为主,表明G-U配对在线粒体基因组中可能是一种正常的碱基配对形式。本研究测定的斑翅草螽线粒体基因组序列,和先前已经测定的直翅目线粒体基因组序列一起,可以为重建直翅目的进化历史提供数据资源。 展开更多
关键词 斑翅草螽 线粒体基因组 序列分析 基因间隔序列 相对密码子使用频率
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基于支持向量机的细菌基因组水平转移基因预测 被引量：3
8
作者 吴建盛 谢建明 +2 位作者 周童 翁建洪 孙啸 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第7期724-731,共8页
随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的... 随着各种生物基因组序列测定工作的完成,大量的DNA序列数据涌现出来,为研究在基因组中寻找水平转移基因提供了极大的便利.将基因序列特征分析和支持向量机技术结合起来,通过分析基因序列的特征差异发现水平转移基因.依据以前研究工作的基础,选取了绝对密码子使用频率(FCU)作为序列特征,主要因为它既包含了基因密码子使用偏性的信息,也包含了基因所编码蛋白的氨基酸组成信息,支持向量机利用这些信息进行水平转移基因分析和预测,可以提高预测的准确性.另外,提出了基于分链的水平转移基因预测新方法,即将细菌基因组前导链和滞后链上的基因区别对待,分别进行水平转移基因预测.结果显示,基本预测方法要优于目前预测结果最好的Tsirigos等提出的基于八联核苷酸频率的打分算法,命中率的相对提高率最高达31.47%,而基于分链的方法对水平转移基因的预测取得了更好的结果. 展开更多
关键词 细菌基因组 水平转移基因 支持向量机 绝对密码子使用频率
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对虾白斑杆状病毒基因中的小顺反子及其表达 被引量：1
9
作者 章晓波 徐洵 杨丰 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期73-78,共6页
通过对虾白斑杆状病毒ＤＮＡ文库和ｃＤＮＡ文库的碱基序列测定和分析，发现 对虾白斑杆状病毒的一个开放阅读框的前导序列中含有一个小顺反子，这个小顺反 子较多使用对虾基因和白斑杆状病毒基因的稀有密码子．试验表明在该基因的前导... 通过对虾白斑杆状病毒ＤＮＡ文库和ｃＤＮＡ文库的碱基序列测定和分析，发现 对虾白斑杆状病毒的一个开放阅读框的前导序列中含有一个小顺反子，这个小顺反 子较多使用对虾基因和白斑杆状病毒基因的稀有密码子．试验表明在该基因的前导 序列中存在或不存在小顺反子时，该基因都可在大肠杆菌中诱导表达，但两者的表达 量不同．小顺反子可能对基因的表达具有调控作用． 展开更多
关键词 对虾 白斑杆状病毒 小顺反子 密码子使用频率 基因
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长心卡帕藻(Kappaphycus alvarezii)表达序列标记分析 被引量：1
10
作者 刘晨临 黄晓航 刘建国 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期804-810,共7页
分别采用BlastX和Blast2go软件对453条非冗余的长心卡帕藻EST序列进行匹配分析和GO注释。结果表明,有281条序列与蛋白数据库中序列匹配,有132条序列被归属为3个子本体:分子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的... 分别采用BlastX和Blast2go软件对453条非冗余的长心卡帕藻EST序列进行匹配分析和GO注释。结果表明,有281条序列与蛋白数据库中序列匹配,有132条序列被归属为3个子本体:分子功能、生物学过程和细胞组成。同时筛选到24个与逆境适应相关的基因,包括应对胁迫反应和抗氧化反应的基因。采用GCUA软件,进行长心卡帕藻基因密码子偏倚性的研究。结果表明其密码子偏倚性与其它红藻差别较大,平均G+C含量和密码子的第三位的G+C含量均较其它藻类偏低。上述工作为进一步研究长心卡帕藻基因及其功能奠定了基础。 展开更多
关键词 长心卡帕藻 表达序列标记分析 抗逆基因 密码子使用频率
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