目的评价实时荧光核酸恒温扩增技术(simultaneous amplification and testing,SAT)检测沙眼衣原体(CT)核酸试剂盒(RNA恒温扩增)的敏感性和特异性。方法对229例临床疑似患者的尿样及拭子标本同时进行SAT检测和"金标准"沙眼衣...目的评价实时荧光核酸恒温扩增技术(simultaneous amplification and testing,SAT)检测沙眼衣原体(CT)核酸试剂盒(RNA恒温扩增)的敏感性和特异性。方法对229例临床疑似患者的尿样及拭子标本同时进行SAT检测和"金标准"沙眼衣原体细胞培养检测,检测结果有差异的标本采用PCR方法对拭子标本进行复测,根据实验结果评估SAT技术在尿样及拭子标本检测中的敏感性和特异性。结果结合细胞培养和PCR的实验结果作为"扩大金标准",得出SAT技术对临床拭子标本的检测敏感性为97.1%,特异性为100%;对尿样标本检测的敏感性为89.4%,特异性为99.2%。拭子和尿样标本检测结果的符合率为95.2%,经卡方检验,差异无显著性(χ2=3.27,P>0.05)。结论 SAT技术检测CT试剂盒对拭子及尿样标本敏感性及特异性均较好,适用于临床实验室对CT的检测。展开更多
该研究建立一种实时荧光跨越式滚环等温扩增(real-time fluorescence saltatory rolling circle amplification,RFSRCA)技术快速检测志贺氏菌(Shigella)。该方法以志贺氏菌的ipaH基因设计引物,使用32株不同菌株对RF-SRCA方法的特异性进...该研究建立一种实时荧光跨越式滚环等温扩增(real-time fluorescence saltatory rolling circle amplification,RFSRCA)技术快速检测志贺氏菌(Shigella)。该方法以志贺氏菌的ipaH基因设计引物,使用32株不同菌株对RF-SRCA方法的特异性进行分析,根据实时荧光曲线法对RF-SRCA方法的灵敏度和检出限进行判定,并使用该方法对60份食品样品进行检测。结果表明:13株志贺氏菌菌株呈阳性结果,19株非志贺氏菌菌株呈阴性结果,说明该方法特异性良好;RF-SRCA的灵敏度为5.97×10^(0)fg/μL,比普通SRCA方法高10倍;其在人工污染牛奶样品中的检出限为8.6×10^(0)CFU/mL,比普通SRCA方法检出限低10倍;60份食品样品中阳性样品数为2份,其检出率与SRCA方法一致,为3.33%。综上,RF-SRCA方法在检测志贺氏菌方面操作简单,特异性强,灵敏度高,能够实现快速检测。展开更多
目的以传统国标培养法作为参考比对方法,考察实时荧光核酸恒温扩增(simultaneous amplification and testing,SAT)食品检测试剂盒,在食品中检测食源性致病菌如志贺氏菌、大肠埃希氏菌O157∶H7/NM、阪崎肠杆菌的一致性。方法以食品中志...目的以传统国标培养法作为参考比对方法,考察实时荧光核酸恒温扩增(simultaneous amplification and testing,SAT)食品检测试剂盒,在食品中检测食源性致病菌如志贺氏菌、大肠埃希氏菌O157∶H7/NM、阪崎肠杆菌的一致性。方法以食品中志贺氏菌、大肠埃希氏菌O157∶H7/NM和阪崎肠杆菌国标培养法为参考方法,以基因测序法作为确认法,考量SAT食品检测试剂盒方法的灵敏度、特异性、假阳性率、假阴性率、准确度,同时进行2种方法的显著差异检验。结果 3种SAT食品检测试剂盒灵敏度均为100%,假阴性为0;特异性:志贺氏菌100%,阪崎肠杆菌100%,大肠埃希氏菌O157∶H7/NM 98.4%。大肠埃希氏菌O157∶H7/NM假阳性率为1.2%。结论 SAT试剂盒检测方法具有灵敏度高、特异性强、准确度高的优点,无一例漏检。展开更多
核酸扩增反应能够在短时间内将特定DNA模板的数量增加106~109倍,显著提高微量核酸检测的灵敏度,但同时扩增产物的遗漏极易造成交叉污染,影响后续检测。扩增反应通过添加荧光染料实现的实时闭管检测,不仅可以避免反应结束后开管操作所导...核酸扩增反应能够在短时间内将特定DNA模板的数量增加106~109倍,显著提高微量核酸检测的灵敏度,但同时扩增产物的遗漏极易造成交叉污染,影响后续检测。扩增反应通过添加荧光染料实现的实时闭管检测,不仅可以避免反应结束后开管操作所导致的交叉污染,还可以通过反应动力学对样品中模板的起始拷贝数定量,以及通过熔解曲线分析鉴别多种靶标来源、进行基因突变扫描和基因分型检测。目前常用的商业化实时检测荧光染料,如SYBR Green I、Eva Green等,其精确结构信息尚未披露,因此只能通过实验“试错法”选取合适染料,无法从根本上获知染料结构和分析性能之间的关系。本文将通过对目前常用的核酸实时检测荧光染料性质和应用进行总结,为其优化选择、设计和开发提供参考依据。展开更多
目的:建立一种用于单核细胞增生李斯特菌的实时荧光赖解旋酶恒温核酸扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测方法。方法:针对单核细胞增生李斯特菌hly基因序列设计引物对,基于荧光定量聚合酶链式反应(polym...目的:建立一种用于单核细胞增生李斯特菌的实时荧光赖解旋酶恒温核酸扩增(helicase-dependent isothermal DNA amplification,HDA)快速检测方法。方法:针对单核细胞增生李斯特菌hly基因序列设计引物对,基于荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)仪的平台,提取单核细胞增生李斯特菌基因组DNA,以此作为模板,优化反应温度、反应时间及引物浓度。利用单核细胞增生李斯特菌及10株对照菌株,并与实时荧光PCR对比,来验证实时荧光HDA方法的特异性和灵敏度,并初步用于样品检测。结果:实时荧光HDA体系的最适引物浓度为0.075μmol/L,反应温度及反应时间为65℃、80 min(40个循环),具有良好的特异性和灵敏度。结论:建立了一种特异性强、灵敏度高的实时荧光HDA检测单核细胞增生李斯特菌的方法。展开更多
文摘目的评价实时荧光核酸恒温扩增技术(simultaneous amplification and testing,SAT)检测沙眼衣原体(CT)核酸试剂盒(RNA恒温扩增)的敏感性和特异性。方法对229例临床疑似患者的尿样及拭子标本同时进行SAT检测和"金标准"沙眼衣原体细胞培养检测,检测结果有差异的标本采用PCR方法对拭子标本进行复测,根据实验结果评估SAT技术在尿样及拭子标本检测中的敏感性和特异性。结果结合细胞培养和PCR的实验结果作为"扩大金标准",得出SAT技术对临床拭子标本的检测敏感性为97.1%,特异性为100%;对尿样标本检测的敏感性为89.4%,特异性为99.2%。拭子和尿样标本检测结果的符合率为95.2%,经卡方检验,差异无显著性(χ2=3.27,P>0.05)。结论 SAT技术检测CT试剂盒对拭子及尿样标本敏感性及特异性均较好,适用于临床实验室对CT的检测。
文摘该研究建立一种实时荧光跨越式滚环等温扩增(real-time fluorescence saltatory rolling circle amplification,RFSRCA)技术快速检测志贺氏菌(Shigella)。该方法以志贺氏菌的ipaH基因设计引物,使用32株不同菌株对RF-SRCA方法的特异性进行分析,根据实时荧光曲线法对RF-SRCA方法的灵敏度和检出限进行判定,并使用该方法对60份食品样品进行检测。结果表明:13株志贺氏菌菌株呈阳性结果,19株非志贺氏菌菌株呈阴性结果,说明该方法特异性良好;RF-SRCA的灵敏度为5.97×10^(0)fg/μL,比普通SRCA方法高10倍;其在人工污染牛奶样品中的检出限为8.6×10^(0)CFU/mL,比普通SRCA方法检出限低10倍;60份食品样品中阳性样品数为2份,其检出率与SRCA方法一致,为3.33%。综上,RF-SRCA方法在检测志贺氏菌方面操作简单,特异性强,灵敏度高,能够实现快速检测。
文摘核酸扩增反应能够在短时间内将特定DNA模板的数量增加106~109倍,显著提高微量核酸检测的灵敏度,但同时扩增产物的遗漏极易造成交叉污染,影响后续检测。扩增反应通过添加荧光染料实现的实时闭管检测,不仅可以避免反应结束后开管操作所导致的交叉污染,还可以通过反应动力学对样品中模板的起始拷贝数定量,以及通过熔解曲线分析鉴别多种靶标来源、进行基因突变扫描和基因分型检测。目前常用的商业化实时检测荧光染料,如SYBR Green I、Eva Green等,其精确结构信息尚未披露,因此只能通过实验“试错法”选取合适染料,无法从根本上获知染料结构和分析性能之间的关系。本文将通过对目前常用的核酸实时检测荧光染料性质和应用进行总结,为其优化选择、设计和开发提供参考依据。
文摘该研究针对单增李斯特氏菌的特异性基因hlyA设计引物,优化反应条件,建立实时荧光环介导等温扩增(realtime loop-mediated isothermal amplification,real-time LAMP)的检测方法,在此基础上,建立检测单增李斯特氏菌的基于淬灭基团释放环介导等温扩增检测方法(detection of amplification by release of quenching-LAMP,DARQ-LAMP),分析其特异性和灵敏度。结果表明,该方法的适宜反应条件为反应温度63℃、Bst DNA 3.0聚合酶0.32 U/μL、淬灭探针双链(quenching probe double chain,QPD)探针浓度10%、Mg2+浓度6 mmol/L;对单增李斯特菌的检测限为7.3×101copies/mL,灵敏度是普通聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)的100倍。该方法效率高、特异性好、灵敏度高,为环介导等温扩增技术检测食源性致病菌的研究提供参考。
