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小麦miRNA靶基因的体外实验验证
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作者 房春豪 陈志浩 +6 位作者 王开 汪晓璐 徐文竞 祁广 马朋涛 韩冉 刘成 《山东农业科学》 北大核心 2024年第2期1-7,共7页
miRNA是一类内源非编码单链小RNA,广泛存在于动植物中,主要通过切割靶基因或者抑制靶基因表达参与细胞分化、生长和发育等多种生物学调控。目前缺少一种快速简便验证miRNA靶基因的方法。本研究基于前期筛选到的小麦特有的miRNA——Tae-m... miRNA是一类内源非编码单链小RNA,广泛存在于动植物中,主要通过切割靶基因或者抑制靶基因表达参与细胞分化、生长和发育等多种生物学调控。目前缺少一种快速简便验证miRNA靶基因的方法。本研究基于前期筛选到的小麦特有的miRNA——Tae-miR9666a,合成其前体及前体突变体,并连接到表达载体上,构建含有GFP(绿色荧光蛋白)标记的靶基因过表达载体,共转化烟草,通过观察GFP的荧光亮度判断靶基因的切割情况,以此来验证miRNA与靶基因的相互作用。结果发现,共转miRNA前体的烟草叶片的荧光亮度较低,表明靶基因被miRNA切割,其后的GFP无法正常表达;共转miRNA前体突变体的烟草叶片的荧光亮度与单转靶基因的相当,表明miRNA前体突变体未切割靶基因,导致GFP正常表达。本实验有效证明了miRNA的靶基因切割情况,也表明利用烟草验证miRNA与靶基因相互作用是可行的。 展开更多
关键词 小麦mirna 基因 Tae-miR9666a GFP 本氏烟草
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肾癌相关miRNAs及靶基因对肾癌预后的评估价值 被引量:2
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作者 聂倩茹 赵海东 杨小丽 《华夏医学》 CAS 2024年第2期111-119,共9页
目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)构建肾癌miRNAs预后风险模型评分公式,分析这个评分公式评估miRNAs及其靶基因作为肾癌预后分子标志物的潜在临床价值。方法基于TCGA肾癌miRNAs与mRNA测序数据,采用单因素、Lasso和多因素Cox回归分析,... 目的基于美国癌症基因组图谱(TCGA)构建肾癌miRNAs预后风险模型评分公式,分析这个评分公式评估miRNAs及其靶基因作为肾癌预后分子标志物的潜在临床价值。方法基于TCGA肾癌miRNAs与mRNA测序数据,采用单因素、Lasso和多因素Cox回归分析,构建肾癌miRNAs预后风险模型;通过对靶基因进行GO、KEGG富集分析,筛选相关miRNAs;在临床样本中验证预后风险模型中筛选出的miRNAs及其靶基因的表达。结果基于TCGA数据库,在肾癌与其癌旁样本转录组数据中共找到94个差异miRNAs和1226个差异mRNAs,独立预后分析筛选得到7个miRNAs。GO与KEGG富集分析结果提示,7个miRNAs的功能与PI3K-Akt信号通路、钙离子信号通路、MAPK信号通路有关。采集肾癌临床样本,应用qPCR分析,结果显示,5个miRNAs在肾癌临床样本中的表达模式与TCGA数据库中的表达模式一致,miRNAs的8个靶基因表达模式与其在TCGA数据库中的表达趋势一致。免疫组化结果显示,HPGD在肾癌中低表达。结论构建的肾癌miRNAs预后模型能有效筛选肾癌预后相关miRNAs,这些miRNAs的研究对揭示肾癌发生与发展机制及评估肾癌预后具有重要意义。 展开更多
关键词 肾癌 mirnaS 基因 预后风险模型
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绒山羊骨骼肌miRNAs及其靶基因表达谱分析 被引量:7
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作者 韩志玲 赵德超 +4 位作者 付绍印 吕晓曼 高爱琴 张文广 李金泉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1539-1546,共8页
本试验选取了miR-1、miR-133、miR-24、miR-122、miR-103、miR-143、let7 7个miRNAs,旨在对其表达量及靶基因表达谱进行分析。选用4只绒山羊的背部和后腿肌肉提取RNA,反转录后,利用SYBR荧光定量PCR来检测各miRNAs的表达量,并采用靶基因... 本试验选取了miR-1、miR-133、miR-24、miR-122、miR-103、miR-143、let7 7个miRNAs,旨在对其表达量及靶基因表达谱进行分析。选用4只绒山羊的背部和后腿肌肉提取RNA,反转录后,利用SYBR荧光定量PCR来检测各miRNAs的表达量,并采用靶基因指纹图谱(MTFP)技术获得各miRNAs的靶基因表达谱。结果表明,miR-NA表达量依次为:miR-1>miR-133>miR-24>let7>miR-143>miR-103>miR-122,其中miR-1和miR-133表达规律相似,且这7个miRNAs在成羊中的表达量均高于羔羊;此外,miRNAs表达量的差异还受性别影响,且miR-NA表达量与靶基因个数及其表达量之间具有相关性。对5个miRNAs的10个靶基因测序并比对,表明靶基因分别编码与信号转导、细胞周期等相关的蛋白。通过这7个miRNAs与其靶基因表达的分析,揭示了肌肉发育相关miRNAs及脂肪发育相关miRNAs在绒山羊骨骼肌中的异同,有利于绒山羊肉质基因的研究。 展开更多
关键词 mirna 基因 表达 绒山羊 骨骼肌
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miRNA-497与miRNA-195基因簇在宫颈癌组织中的表达及预测靶基因的生物信息学分析 被引量:5
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作者 张蔚 刘珍 +2 位作者 胡晓霞 郑文静 曾康康 《中国医药导报》 CAS 2014年第31期4-9,共6页
目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月~2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标... 目的探讨miRNA-497-195基因簇在宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miRNA-497-195基因簇在宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础。方法收集2010年3月~2012年3月在广西壮族自治区人民医院就诊患者的宫颈标本,利用miRNA芯片技术检测宫颈病变组织中miRNA表达谱,用real-time RT-PCR进行验证;采用real-time RT-PCR检测miRNA-497和miRNA-195在宫颈病变组织中的表达情况,并用Spearman法进行miRNA-497与miRNA-195相关性分析。通过生物信息学预测miRNA-497和miRNA-195的靶基因,并对其靶基因进行GO(gene ontology)功能富集分析及信号转导通路富集分析。结果芯片结果显示,宫颈癌及高度鳞状上皮内瘤变中miRNA-195和miRNA-497表现为下调(均P〈0.05)。real-time RT-PCR结果显示,miRNA-497和miRNA-195在宫颈癌组织中表现为下调,且表达存在显著性相关(r=0.983,P〈0.05)。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因大量重合,且集合功能也大量重合,并富集于细胞周期调控、生物学过程调控、转录调控、基因表达及核苷酸代谢过程等生物学过程,以及蛋白结合、核酸结合、蛋白激酶活性、连接酶活性等分子功能(P〈0.01);KEGG通路分析涉及癌症通路、p53信号通路、GnRH信号通路、细胞外因子信号通路等信号传导通路及直肠癌、前列腺癌、甲状腺癌、黑色素瘤、慢性粒细胞性白血病、非小细胞肺癌等疾病通路(P〈0.05)。结论 miRNA-195和miRNA-497在宫颈癌组织中呈现低表达,二者表达呈显著正相关,miRNA-497-195基因簇可能是宫颈癌的抑制因子。miRNA-497和miRNA-195预测靶基因功能大量重合,并显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中。 展开更多
关键词 mirna-497 mirna-195 mirna-497-195基因 宫颈癌 mirna芯片 基因 生物信息学
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靶向猪ATGL基因的miRNA预测及鉴定 被引量:2
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作者 戴丽荷 褚晓红 +2 位作者 路伏增 黄孙平 徐如海 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1281-1289,共9页
本试验旨在初步筛选出调控猪脂肪甘油三酯脂肪酶基因(ATGL)的miRNA。利用生物信息学分析预测10条靶向ATGL基因的猪miRNAs,然后通过装载含猪ATGL基因3′UTR序列来构建pMIR-Luc报告基因载体,以及通过装载含反向miRNA种子区对应的3′UTR序... 本试验旨在初步筛选出调控猪脂肪甘油三酯脂肪酶基因(ATGL)的miRNA。利用生物信息学分析预测10条靶向ATGL基因的猪miRNAs,然后通过装载含猪ATGL基因3′UTR序列来构建pMIR-Luc报告基因载体,以及通过装载含反向miRNA种子区对应的3′UTR序列来构建3个突变载体作为阴性对照,以pRL-TK载体作为内参,与候选miRNA模拟物共转染HEK 293T细胞,最终利用双荧光素酶报告基因法来检测荧光素酶活性。试验成功构建了含猪ATGL基因3′UTR序列的重组载体pMIR-ATGL-3′UTR,双荧光素酶报告基因试验显示sscmiR-769-3p、ssc-miR-1343、ssc-miR-7137-3p、ssc-miR-671-5p、ssc-miR-149能下调293T细胞中pMIR-ATGL-3′UTR的荧光素酶活性,而点突变试验证实了ssc-miR-1343与ssc-miR-7137-3p能通过与猪ATGL基因3′UTR上预测的种子区结合下调荧光素酶活性。结果表明,sc-miR-1343与ssc-miR-7137-3p通过靶向结合3′UTR对猪ATGL基因有下调作用。 展开更多
关键词 ATGL基因 mirna 双荧光素酶报告基因系统 3′UTR
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miRNA基因在骨肉瘤患者外周血中的差异表达 被引量:4
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作者 马草源 镐英杰 +2 位作者 刘亚伟 王正义 于磊 《河南医学研究》 CAS 2018年第8期1366-1370,共5页
目的研究微小核糖核酸(microRNA,miRNA)基因在骨肉瘤患者外周血中的差异表达。方法收集郑州大学第一附属医院2013年3月至2015年4月收治的40例股骨远端和胫骨近端骨肉瘤患者,同期选择40例健康体检者。分别收集两组患者空腹静脉血,肿瘤组... 目的研究微小核糖核酸(microRNA,miRNA)基因在骨肉瘤患者外周血中的差异表达。方法收集郑州大学第一附属医院2013年3月至2015年4月收治的40例股骨远端和胫骨近端骨肉瘤患者,同期选择40例健康体检者。分别收集两组患者空腹静脉血,肿瘤组织及对照组相应部位组织,利用miRNA基因芯片对其进行分析,观察miRNA在外周血及骨肉瘤组织中的差异表达。结果筛查出骨肉瘤肿瘤组织中相关异常表达基因270个,上调miRNA基因15个,下调miRNA基因255个。上调及下调倍数大于2.5的miRNA 19个,上调大于2.5倍的miRNA基因8个:miR-21、miR-451、miR-218、miR-18a、miR-148a、miR-198、miR-195、miR-497。下调大于2.5倍11个:miR-29、miR-223、miR-183、miR-31、miR-654、miR-495、miR-493、miR-410、miR-409-5p、miR-409-3p、miR-382。外周血中异常表达基因178个,上调19个,下调159个。上调及下调倍数大于2.5的miRNA 21个,上调大于2.5倍的miRNA基因12个:miR-21、miR-451、miR-199a、miR-18a、miR-18b、miR-148a、miR-195、miR-497、miR-130b、miR-182、miR-374a、miR-301b。下调大于2.5倍的有9个:miR-29、miR-223、miR-410、miR-133b、miR-31、miR-206、miR-144、miR-493、miR-142-3p。两组结果有较高的重合性。其中表达特异性最明显的是miR-21(上调),miR-29(下调)。结论骨肉瘤肿瘤组织与外周血在miRNA表达上存在一定程度相关性和一致性,其中miR-21和miR-29特异性最明显,并预测其作为生物学标志物的可能性。 展开更多
关键词 骨肉瘤 mirna基因 基因表达谱 差异表达
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花生miRNA与其靶基因的生物信息学预测 被引量:3
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作者 潘玉欣 刘恒蔚 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期290-294,共5页
本研究利用生物信息学方法预测花生中的miRNA及其靶基因。将miRBase注册的已知植物miRNA与花生EST和GSS数据库进行比对搜索,筛选得到13条miRNA,进一步预测得到20个靶基因。分析结果显示大多数靶基因属于转录因子,调控植物的生长发育等... 本研究利用生物信息学方法预测花生中的miRNA及其靶基因。将miRBase注册的已知植物miRNA与花生EST和GSS数据库进行比对搜索,筛选得到13条miRNA,进一步预测得到20个靶基因。分析结果显示大多数靶基因属于转录因子,调控植物的生长发育等多种生物过程。 展开更多
关键词 mirna 生物信息预测 花生 基因
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企业基因理论的演化及其顺反子系统新模型的构建 被引量:6
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作者 许晓明 戴建华 《上海管理科学》 2008年第2期86-90,共5页
通过理论综述勾勒出现有企业基因理论的演化路线,分阶段阐述其创新性和局限性,指出目前企业基因定义采用的基因三位一体学说忽视了基因的可分性。借鉴基因顺反子模型,本文将企业基因理论向内深入到基因内部的核苷酸层面,外扩到基因载体... 通过理论综述勾勒出现有企业基因理论的演化路线,分阶段阐述其创新性和局限性,指出目前企业基因定义采用的基因三位一体学说忽视了基因的可分性。借鉴基因顺反子模型,本文将企业基因理论向内深入到基因内部的核苷酸层面,外扩到基因载体的染色体层面,完整搭建"企业顺反子基因系统"模型,并指出该系统模型的理论创新价值和实践中对企业成长蜕变的启示。 展开更多
关键词 企业基因 顺反子 重组子 突变子 资源能力要素 价值外显机制
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miRNA在植物病毒基因组中的靶基因预测及分析 被引量:1
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作者 王艳芳 赵彦宏 +1 位作者 于佳丽 刘林德 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期132-135,共4页
microRNA(miRNA)是一类长约22nt的内源性的非编码小RNA,在植物的生长发育和胁迫响应中起重要调控作用。本文通过生物信息学的方法,在miRBase中下载了12种植物的miRNA序列;在DPVweb和VIDE病毒数据库中查找侵染这些植物的病毒,并在NCBI数... microRNA(miRNA)是一类长约22nt的内源性的非编码小RNA,在植物的生长发育和胁迫响应中起重要调控作用。本文通过生物信息学的方法,在miRBase中下载了12种植物的miRNA序列;在DPVweb和VIDE病毒数据库中查找侵染这些植物的病毒,并在NCBI数据库中搜索其基因组序列,共获得173种病毒的基因组序列。用psRNATarget在线软件预测植物miRNA在植物病毒中的靶基因,发现植物miRNA可能参与调控包括聚合蛋白、衣壳蛋白、逆转录酶、复制相关基因、通读蛋白、依赖RNA的RNA聚合酶等多种植物病毒基因的表达。 展开更多
关键词 mirna 植物病毒 基因预测 生物信息学
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HBV感染后慢性化进展过程中miRNA表达HBV基因型P基因点突变的研究 被引量:2
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作者 敖家富 冀文娟 +2 位作者 张静 顾国浩 蒋敏 《浙江临床医学》 2015年第2期180-182,共3页
目的探讨HBV感染引起的肝脏病变慢性化进展为慢性乙肝、肝硬化、肝癌之相关因素,分析各因素在肝脏病变慢性化演变过程中的作用及在诊断、治疗、判断预后中的应用价值。方法采用xMAP液态芯片技术定量检测HBV相关肝痛标本中PBMCmiR-191、... 目的探讨HBV感染引起的肝脏病变慢性化进展为慢性乙肝、肝硬化、肝癌之相关因素,分析各因素在肝脏病变慢性化演变过程中的作用及在诊断、治疗、判断预后中的应用价值。方法采用xMAP液态芯片技术定量检测HBV相关肝痛标本中PBMCmiR-191、-223、-222、-145、-21、-31、-126、-20a、-372的表达水平; 采用直接测序法检测相应血清标本HBV基因型7ZP基因区耐药位点突变;对HBV相关肝病慢性化进展的各可能相关因素包括性别、年龄、HBV基因型、HBVDNA载量水平、HBeAg状态、miRNA表达水平作多因素Logistic回归分析,探讨参与HBV感染引起的肝脏病变慢性化演变过程的相关因素。结果HBVC基因型、DNA载量持续高水平表达、miR-20a表达上调、miR-126及miR-223表达下调是在乙肝慢性化进展中有统计学意义的影响因素(P〈0.05),而HBeAg状态、自然状态下发生的耐药相关位点突变,年龄、性别等因素差异无统计学意义(P〉0.05)。结论C基因型,HBVDNA持续高载量以及miR-126、-223低表达,miR-20a高表达可能是导致乙肝慢性化的相关因素,尤其可能是肝癌发生的危险因子,常规检测基因型、HBV DNA及miRNA的定量检测可为监测病情、判断预后、及时治疗预防乙肝慢性化进展提供资料。 展开更多
关键词 HBV基因 xMAP液态芯片 mirna P基因突变
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发现miRNA及其靶基因的研究方法 被引量:1
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作者 房宝英 何冬梅 张洹 《山东医药》 CAS 北大核心 2007年第32期157-159,共3页
关键词 mirna 基因 反转录聚合酶链反应
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柞蚕核型多角体病毒基因组编码的VmiRNA筛选及功能分析 被引量:2
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作者 刘丹梅 宋丽新 李文利 《安徽农业科学》 CAS 2018年第23期65-68,共4页
[目的]VmiRNA不仅可以控制自身基因,还可调节宿主的稳定表达,研究VmiRNA的功能有助于从分子水平说明核型多角体病毒与柞蚕的寄生关系,从而改进对病毒的防控措施。[方法]利用生物信息学及实时定量PCR等分子生物学相关技术,对柞蚕核型多... [目的]VmiRNA不仅可以控制自身基因,还可调节宿主的稳定表达,研究VmiRNA的功能有助于从分子水平说明核型多角体病毒与柞蚕的寄生关系,从而改进对病毒的防控措施。[方法]利用生物信息学及实时定量PCR等分子生物学相关技术,对柞蚕核型多角体病毒编码的miRNA及其作用的靶标基因进行研究。[结果]经预测和筛选得到了Ap NPV编码的miRNA MD217,与其有关的宿主靶基因14种,主要参与细胞组成、生化过程以及分子功能等途径,涉及到生物体细胞内一些催化、免疫反应等过程;实时定量PCR结果表明,MD217在病毒感染后上调表达,脂肪体组织内的靶基因MAPKK7表达水平与MD217的表达呈正相关。[结论]miRNA MD217在病毒感染后诱导表达,推测很可能降低了宿主免疫系统的防御能力,并同时影响靶基因MAPKK7的功能表达,从而避免了在免疫应答过程中的免疫清除。 展开更多
关键词 柞蚕 核型多角体病毒 mirna 靶标基因
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蜜蜂基因组中miRNA的研究进展 被引量:1
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作者 陈璇 郑火青 +1 位作者 余东亮 胡福良 《中国蜂业》 2008年第3期12-13,共2页
MiRNA是一种大小为21~24nt的非编码单链小分子RNA,是生物体内功能基因表达的重要调控分子,其相关研究已成为基因表达调控研究的热点领域。本文对miRNA的特点、功能及其两面性、蜜蜂基因组中miRNA研究的意义及其进展进行了综述。
关键词 蜜蜂 基因 mirna 基因表达调控
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应用基因芯片分析牙周膜干细胞向成骨细胞分化过程中miRNA表达谱的差异 被引量:3
14
作者 吕红兵 《中国医学工程》 2014年第5期3-4,共2页
在人牙周膜干细胞(PDLSCs)成骨分化过程中,可以利用基因芯片技术,观察miRNA表达谱的变化,从而为人牙周膜干细胞成骨分化机制提供研究基础。本研究应用基因芯片来分析牙周膜干细胞向成骨细胞分化过程中miRNA表达谱的差异,对治疗牙周炎提... 在人牙周膜干细胞(PDLSCs)成骨分化过程中,可以利用基因芯片技术,观察miRNA表达谱的变化,从而为人牙周膜干细胞成骨分化机制提供研究基础。本研究应用基因芯片来分析牙周膜干细胞向成骨细胞分化过程中miRNA表达谱的差异,对治疗牙周炎提供了新的研究思路和方案。 展开更多
关键词 基因芯片 mirna表达谱 牙周膜 干细胞 成骨 细胞分化
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脑胶质瘤组织中R132H突变型hIDH1基因双顺反子真核表达载体的构建及鉴定
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作者 朱剑 许期年 +5 位作者 王秀云 左剑玲 周岱 王中 伏林山 陈旭仁 《山东医药》 CAS 2012年第26期10-13,共4页
目的以pcDNA3.1(+)为骨架,构建并鉴定人脑胶质瘤组织中含R132H突变的人源异柠檬酸脱氢酶1基因(hIDH1R132H)和增强型绿色荧光蛋白(EGFP)序列的双顺反子真核表达载体。方法以内部核糖体进入位点(IRES)/EGFP片段为模板,扩增出IRES/EGFP片段... 目的以pcDNA3.1(+)为骨架,构建并鉴定人脑胶质瘤组织中含R132H突变的人源异柠檬酸脱氢酶1基因(hIDH1R132H)和增强型绿色荧光蛋白(EGFP)序列的双顺反子真核表达载体。方法以内部核糖体进入位点(IRES)/EGFP片段为模板,扩增出IRES/EGFP片段,并在5'末端引入3×Flag标签;通过PCR介导的定点突变法,以pCMV-sports6-hIDH1为模板,扩增hIDH1R132H基因片段,并在3'末端引入3×Flag标签;通过PCR连接两种产物后经双酶切定向克隆入pcDNA3.1(+)骨架;转化大肠杆菌后挑取阳性克隆,提取质粒进行PCR检测及基因序列测定。结果 PCR检测7个菌落中有6个阳性克隆,DNA测序发现引入了hIDH1基因。结论成功构建了双顺反子真核表达载体pcDNA3.1(+)-hIDH1R132H/3×Flag/IRES/EGFP,为研究人胶质瘤组织中R132H突变的作用机制奠定了基础。 展开更多
关键词 颅内肿瘤 胶质瘤 异柠檬酸脱氢酶1 顺反子 质粒 基因突变
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水稻miRNA应答低能N^+束辐照的基因芯片分析
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作者 周晓君 刘旭昊 +1 位作者 郭向萌 押辉远 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第5期2567-2569,共3页
[目的]探讨水稻应答N+束辐照机制中相关miRNA的表达差异。[方法]各选取3组N+束辐照处理水稻种子和未处理的水稻种子,提取其在30℃发芽96 h幼苗总RNA,采用Agilent单通道水稻基因表达谱芯片筛选2组水稻幼苗差异表达基因。芯片中含有miRNA... [目的]探讨水稻应答N+束辐照机制中相关miRNA的表达差异。[方法]各选取3组N+束辐照处理水稻种子和未处理的水稻种子,提取其在30℃发芽96 h幼苗总RNA,采用Agilent单通道水稻基因表达谱芯片筛选2组水稻幼苗差异表达基因。芯片中含有miRNA探针510个,分析其在样品间表达差异2倍左右作为域值范围。[结果]辐照组与对照组相比表达差异显著的miRNA分子有14个,且均为下调。[结论]水稻N+束辐照组和对照组中存在差异表达的miRNA分子,可能调控某些基因的表达来应答离子辐照,从而表现出与对照不一样的生理生化和表型差异。 展开更多
关键词 N+束 辐照水稻 mirna 差异表达 基因芯片
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广西人群miRNA181基因家族rs77418916、rs8108402位点多态性分布特点及其与血脂关系
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作者 雷茗 王春芳 +3 位作者 王荣 谭昙 黄艳云 韦叶生 《临床检验杂志》 CAS 2019年第6期437-441,共5页
目的分析广西体检健康者miRNA181基因家族rs77418916、rs8108402位点单核苷酸多态性(SNPs)分布特征,对比各种族间的分布差异,进一步探讨其多态性与血脂水平的关系。方法用单碱基延伸技术(single base extensi4on,SBE)和DNA测序技术对14... 目的分析广西体检健康者miRNA181基因家族rs77418916、rs8108402位点单核苷酸多态性(SNPs)分布特征,对比各种族间的分布差异,进一步探讨其多态性与血脂水平的关系。方法用单碱基延伸技术(single base extensi4on,SBE)和DNA测序技术对145例广西体检健康者rs77418916、rs8108402位点分型,并检测等位基因频率;在日立7600生化仪上检测总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、极低密度脂蛋白胆固醇(VLDL-C)等血脂相关指标;并用统计学软件分别比较rs77418916、rs8108402位点多态性在各种族人群间的分布差异和各基因型携带者的血脂水平差异。结果广西体检健康者rs77418916位点有AA、AT和TT 3种基因型,其频率分布为71.72%、27.59%和0.69%;rs8108402位点有CC、CT和TT 3种基因型,基因型频率分布分别为52.41%、42.07%和5.52%;广西体检健康者不同性别组之间对比发现,rs77418916和rs8108402位点基因型及等位基因频率分布差异无统计学意义(P>0.05);rs77418916位点基因型与1000 Genomes公布的美国人、东亚人、欧洲人和南亚人的基因型比较,差异均有统计学意义(P均<0.05),rs8108402位点基因型与1000 Genomes公布的美国人和欧洲人的基因型比较,差异均无统计学意义(P均<0.05),与东亚人和南亚人比较,差异均无统计学意义(P均>0.05);rs77418916位点3种基因型携带人群间血脂比较发现,差异均无统计学意义(P均>0.05);rs8108402位点3种基因型携带人群间血脂比较,差异均无统计学意义(P均>0.05)。结论 rs77418916和rs8108402位点多态性在各种族人群间分布存在差异,rs77418916、rs8108402位点的多态性与血脂水平无关。 展开更多
关键词 mirna181 rs77418916 rs8108402 基因多态性 三酰甘油
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植物中miRNA及其靶基因的检测与鉴定方法
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作者 位明明 李维国 《热带农业科学》 2015年第8期21-31,36,共12页
miRNAs(microRNA,微RNA)作为植物体内一类重要的内源性非编码小分子RNA,能够显著调控细胞发育的多个生物学过程,对植物生长起重要调控作用。诸多研究表明:在植物生长发育过程中miRNA的表达具有组织特异性和时空特异性。因此,检测和分析... miRNAs(microRNA,微RNA)作为植物体内一类重要的内源性非编码小分子RNA,能够显著调控细胞发育的多个生物学过程,对植物生长起重要调控作用。诸多研究表明:在植物生长发育过程中miRNA的表达具有组织特异性和时空特异性。因此,检测和分析不同组织或样品中miRNA及其靶基因的种类与表达特征,可为研究miRNA的生物学功能提供重要信息和依据。本文综述了近年来植物中miRNA及其靶基因的检测与鉴定方法及其存在的优缺点,为进一步开展miRNA及其靶基因的功能研究提供借鉴和参考。 展开更多
关键词 mirna 基因 检测方法
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牦牛Nramp1基因mRNA组织表达谱及其相关miRNAs初步研究 被引量:3
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作者 温东旭 张雷 +7 位作者 索朗斯珠 牛家强 王玉恒 贡嘎 旦巴次仁 席广银 郭敏 徐业芬 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1576-1586,共11页
旨在探究牦牛Nramp1基因mRNA及可能靶定Nramp1的miRNAs组织表达谱。本研究利用RT-PCR技术对牦牛Nramp1基因的mRNA组织表达谱进行分析,同时运用TargentScan和miRBase软件预测牦牛可能靶定Nramp1基因的miRNAs,并利用加PloyA尾法RT-PCR技... 旨在探究牦牛Nramp1基因mRNA及可能靶定Nramp1的miRNAs组织表达谱。本研究利用RT-PCR技术对牦牛Nramp1基因的mRNA组织表达谱进行分析,同时运用TargentScan和miRBase软件预测牦牛可能靶定Nramp1基因的miRNAs,并利用加PloyA尾法RT-PCR技术分析miRNAs在肝、脾、肺、肾、后腿骨骼肌、卵巢、小肠、颌下淋巴结、大肠、肠系淋巴结10种组织中的相对表达量。试验结果显示,Nramp1基因mRNA在所检测的10种组织中均有表达,其中在脾、颌下淋巴结及肺组织中的表达量极显著高于肝、肾、大肠、肠系淋巴结组织(P<0.01),显著高于小肠组织表达量(P<0.05)。预测到可能靶定牦牛Nramp1基因的miRNAs共有201个,从中选择6个进行表达谱分析,发现bta-miR-106a、bta-miR-20b、bta-miR-17-5p在牦牛免疫组织脾、颌下淋巴结、肠系淋巴结中,bta-miR-93、bta-miR-106b、bta-miR-20a在牦牛免疫组织颌下淋巴结、肠系淋巴结中均与Nramp1基因mRNA共表达,但是bta-miR-93、bta-miR-20a、bta-miR-106a、bta-miR-17-5p和bta-miR-20b在颌下淋巴结和肠系淋巴结间的表达量无显著差异(P>0.05),而bta-miR-106a、bta-miR-20b在颌下淋巴结、肠系淋巴结组织中的表达量极显著高于脾组织表达量(P<0.01),bta-miR-106b在颌下淋巴结组织中的表达量极显著高于肠系淋巴结组织表达量(P<0.01)。Nramp1基因mRNA在牦牛体内广泛表达说明其可能具有广泛免疫调节作用;bta-miR-93、bta-miR-20b、bta-miR-106a、bta-miR-106b、bta-miR-20a和bta-miR-17-5p与Nramp1基因mRNA在免疫组织中的共表达表明二者可能具有靶向调控关系参与免疫调控作用,但二者是否存在真实的靶向调控以及其调控机制有待于深入研究。 展开更多
关键词 牦牛 Nramp1基因 mirna 组织表达谱
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二阶HMM算法改进及在miRNA靶基因预测中的应用 被引量:5
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作者 高松 秦殿刚 +2 位作者 冯铁男 马成荣 王翼飞 《应用科学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第3期307-312,共6页
隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2... 隐马氏模型在语音识别和生物信息学中有重要的应用.本文研究二阶隐马氏模型(HMM2)的基本算法,利用归一化和递推原理,改进模型的前向-后向算法及Baum-Welch训练算法并给予证明,使得该算法更容易理解和机器实现,并保证数值稳定性.将HMM2应用到miRNA靶基因预测的后期过滤处理中取得了较好的结果. 展开更多
关键词 二阶隐马氏模型 前向-后向算法 Baum-Welch算法 mirna基因
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