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猪圆环病毒3型的检测及其全基因进化分析 被引量:6
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作者 葛菲菲 李鑫 +4 位作者 刘健 鞠厚斌 杨德全 王建 周锦萍 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2018年第4期6-10,共5页
本研究对2016年3月~2017年3月采集于上海市猪场的20份病料进行了病原体检测,并对检测到的圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)进行了全基因分析。检测结果显示:猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory s... 本研究对2016年3月~2017年3月采集于上海市猪场的20份病料进行了病原体检测,并对检测到的圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV3)进行了全基因分析。检测结果显示:猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRSV)阳性病料1份,而猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)、猪伪狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)、猪细小病毒(Porcine parvovirus,PPV)、猪乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)均为阴性;PCV3阳性病料2份,其中1份为PCV3和PRRSV混合感染。对这2株PCV3进行全基因测序和Blast分析,并绘制PCV3全基因、囊膜蛋白基因的遗传进化树,结果显示:与这2株病毒基因同源性最高的毒株为CN/Hubei-618/2016,同源性为99%;在全基因进化树中,这2株毒株和中国来源的PCV3毒株以及美国毒株PCV3/USA/MO2015(Gen Bank登录号:KX778720.1)在同一群中;在囊膜蛋白基因的进化树中,这2株PCV3属于PCV3a。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 混合感染 基因进化分析
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福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病初步调查及基因进化分析 被引量:2
2
作者 林雪玲 张志灯 《福建农业学报》 CAS 2013年第12期1208-1212,共5页
采集鱼样品25批,利用PCR检测方法对我国福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病(RSIVD)情况进行初步调查,对调查阳性结果的PCR扩增片段和阳性病毒株MCP基因PCR扩增片段进行测序分析,同时,与GenBank的虹彩病毒科各个属MCP全基因代表株进行同源... 采集鱼样品25批,利用PCR检测方法对我国福建部分沿海地区真鲷虹彩病毒病(RSIVD)情况进行初步调查,对调查阳性结果的PCR扩增片段和阳性病毒株MCP基因PCR扩增片段进行测序分析,同时,与GenBank的虹彩病毒科各个属MCP全基因代表株进行同源性比较。初步调查结果表明,我国福建部分沿海地区共检出2批RSIVD阳性样品,受感染鱼种为大黄鱼和斜带髭鲷,将获得的大黄鱼源虹彩病毒、斜带髭鲷虹彩病毒分别命名为RISV-FJ-DHY和RISV-FJ-XDZD;通过基因全序列比对和绘制同源树,结果显示,分离的2例病毒株均属于虹彩病毒科细胞肿大病毒属,RISV-FJ-DHY与2002年分离的大黄鱼病毒株发生了一定的变异,而RISV-FJ-XDZD遗传性状稳定。 展开更多
关键词 真鲷虹彩病毒病 (RSIVD) 初步调查 基因进化分析
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PCV2华南株的分离和基因进化分析
3
作者 王宪文 曹永长 +3 位作者 马静云 牛健强 于康震 毕英佐 《上海畜牧兽医通讯》 2007年第3期24-25,共2页
从具有猪圆环病毒病临床症状的猪体内分离到1株PCV2华南分离株,并进行了全基因组序列测定。序列分析发现PCV2ORF2的变异原因主要是点突变,但也存在连续突变和缺失/插入突变,而PCV2 ORF1的变异均为点突变,变异程度很小。将此PCV2华南分... 从具有猪圆环病毒病临床症状的猪体内分离到1株PCV2华南分离株,并进行了全基因组序列测定。序列分析发现PCV2ORF2的变异原因主要是点突变,但也存在连续突变和缺失/插入突变,而PCV2 ORF1的变异均为点突变,变异程度很小。将此PCV2华南分离株的全基因组序列与GenBank上收录的18个PCV2毒株的全基因组序列做进化树分析,表明此PCV2华南分离株与国内PCV2分离株、欧洲株更接近,而与韩国、中国台湾、日本和美洲毒株则稍远,在基因进化树上,无法判定基因分支与地理位置是否有相关性。 展开更多
关键词 猪圆环病毒Ⅱ型 基因进化分析
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云南省新发猪圆环病毒3型感染状况调查与全基因进化分析 被引量:7
4
作者 曾彩虹 蓝睿 +5 位作者 毕峻龙 陶鑫 孙显国 赵谦 杨贵树 尹革芬 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2020年第2期26-31,共6页
为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在云南省不同地区猪群中的流行情况,针对PCV3基因保守区域设计特异性引物,优化反应条件,建立PCR快速检测方法,并采用该方法对采自云南省不同地市431份样品进行检测,将获得的部分毒株全基因序列进行遗传进化分... 为了解猪圆环病毒3型(PCV3)在云南省不同地区猪群中的流行情况,针对PCV3基因保守区域设计特异性引物,优化反应条件,建立PCR快速检测方法,并采用该方法对采自云南省不同地市431份样品进行检测,将获得的部分毒株全基因序列进行遗传进化分析。结果显示:本研究成功建立了一种快速、特异和灵敏的PCV3检测方法;云南省12个地(市)29县(区)中,8个地(市)12个县(区)检测出阳性样品;431份样品中有43份PCV3阳性样品,阳性率为9.98%;获得的3株PCV3全基因组序列与参考毒株之间的核苷酸同源性为98.6%~99.5%,进化树显示3株云南毒株形成一个小的进化分支,属于PCV3a基因型。本研究结果表明,PCV3在云南省多个地区呈一定的流行趋势,流行毒株以PCV3a基因型为主,有必要进一步开展云南地区PCV3流行病学调查,并提出防控对策。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型 感染状况调查 基因进化分析
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全基因组范围禾本科植物GPX基因家族的进化分析和表达模式研究 被引量:3
5
作者 杨雪 刘翠晶 杨美英 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第10期176-183,192,共9页
【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列... 【目的】研究禾本科植物谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因家族的序列及其在正常生长和胁迫条件下的表达差异,为揭示GPX基因在植物抵抗逆境胁迫中的作用奠定基础。【方法】利用生物信息学方法,分析水稻、短柄草、高粱中18个GPX基因的序列特点、基因结构和系统进化关系;采用反转录PCR(RT-PCR)方法,分析18个GPX基因在正常生长以及1-氯-2,4-二硝基苯(CDNB)、双氧水(H2O2)、莠去津(Atrazine)和水杨酸(SA)处理后,水稻、短柄草和高粱的根、茎、成熟叶、幼叶、叶鞘,以及正常生长条件下发芽2d后幼苗根和芽中的表达情况。【结果】从水稻、短柄草和高粱基因组中分别鉴定出6,5,7个GPX基因,这些基因编码长度为168-251个氨基酸的蛋白,分子质量介于18.44-27.42ku。系统发生分析发现,3个物种至少有7个最近的共同祖先GPX基因,物种分化之后水稻和短柄草分别丢失1个和2个GPX基因。序列相似性分析发现,3个物种GPX蛋白具有较高的序列相似性,介于38.0%-95.2%,且不同基因簇中GPX序列的分化速率不同。3个物种GPX基因具有保守的基因结构,但SbGPX7发生了内含子插入事件,预示着其与其他GPX基因之间功能的分化。表达模式分析发现,3个物种的18个GPX基因中有15个在所有检测样品中均为组成型表达,3个GPX基因(水稻2个、高粱1个)为选择性表达,表达模式的分化预示着功能的分化。【结论】作为植物保护细胞免受氧化损伤的重要酶类,禾本科3个物种的GPX基因在进化过程中发生了功能分化。 展开更多
关键词 谷胱甘肽过氧化物酶 禾本科 基因进化分析 基因表达模式
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2018年广西7种鸟类的新城疫病毒病原学监测和F基因遗传进化分析 被引量:1
6
作者 曾婷婷 谢丽基 +7 位作者 谢芝勋 罗思思 李孟 黄娇玲 张民秀 张艳芳 范晴 邓显文 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2020年第12期9-13,共5页
为跟踪监测2018年广西的鸟类携带新城疫病毒(NDV)情况,本试验采集了鹧鸪、山鸡、鹌鹑、珠颈斑鸠、斑鸠、野鸭和鸽子共7种鸟类的咽喉/泄殖腔棉拭子样品共904份,对其进行NDV分离、RT-PCR鉴定和F基因遗传进化分析。结果显示,共获得17株NDV... 为跟踪监测2018年广西的鸟类携带新城疫病毒(NDV)情况,本试验采集了鹧鸪、山鸡、鹌鹑、珠颈斑鸠、斑鸠、野鸭和鸽子共7种鸟类的咽喉/泄殖腔棉拭子样品共904份,对其进行NDV分离、RT-PCR鉴定和F基因遗传进化分析。结果显示,共获得17株NDV,其中鸽源NDV 3份,山鸡源NDV 2份,鹌鹑源NDV 1份,鹧鸪源NDV 2份,斑鸠源NDV 5份,珠颈斑鸠源NDV 4份。17个毒株之间的F基因的核苷酸相似性为71.1%~100%,与弱毒疫苗株LaSota的核苷酸相似性为71.1%~99.8%,与经典强毒F48E9的核苷酸相似性为71.5%~90.2%。遗传进化分析显示,17株NDV包含CLASSⅠ基因1b亚型(2/17),CLASSⅡ基因Ⅰ型(4/17)和CLASSⅡ基因VI型(11/17)3种基因型。11株CLASSⅡ基因VI型NDV中有10株属于VIk亚型,1株属于VIj亚型,与广西地区的鸽源NDV亲缘关系紧密。表明鸟类和养殖鸽群存在NDV互相传播的现象,需要密切跟踪NDV流行分布和致病性变化情况,同时也为NDV的流行传播研究提供了科学参考。 展开更多
关键词 新城疫病毒 鸟类 病原学监测 F基因进化分析
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2011—2016年浙江省猪流行性腹泻病毒S基因与ORF3基因遗传进化分析 被引量:13
7
作者 吴旺霞 王一成 +4 位作者 吴润 袁秀芳 徐丽华 李军星 苏菲 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期380-388,共9页
为调查近年来浙江省猪流行性腹泻病毒流行毒株与疫苗株的S基因和ORF3基因遗传变异情况,2011—2016年,从浙江省各地区采集疑似猪流行性腹泻病料并提取其RNA,用3对特异性引物对S基因和ORF3基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化... 为调查近年来浙江省猪流行性腹泻病毒流行毒株与疫苗株的S基因和ORF3基因遗传变异情况,2011—2016年,从浙江省各地区采集疑似猪流行性腹泻病料并提取其RNA,用3对特异性引物对S基因和ORF3基因进行RT-PCR扩增、克隆及测序,并对其序列变化、遗传进化情况和抗原位点进行分析。结果表明:与国内疫苗株CV777相比,12个样品株的S基因存在15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失,导致氨基酸序列存在5个氨基酸插入(^(58)QGVN^(61)和^(140)N)和2个氨基酸缺失(^(163)DI^(164)),且在主要突变区S1区的2个中和表位(499-638和764-771 aa)有8处氨基酸突变;样品株的ORF3基因有7处氨基酸变异。遗传进化分析结果显示,12株分离株的S基因与亚洲主要疫苗株(国内疫苗株CV777和韩国弱毒疫苗株DR13)的同源性仅为93.3%~94.9%,而与2011—2016年中国流行株(BJ-2011和Hu N)的同源性高达97.8%~99.9%,表明近年来猪流行性腹泻病毒呈现较大程度的变异,可为研制更加有效的疫苗奠定基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S基因 ORF3基因 序列特点 基因进化分析
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10株绿僵菌菌株分类地位的多基因系统进化分析 被引量:12
8
作者 王萌 殷幼平 +2 位作者 王中康 刘娟娟 廖玉凤 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期14-21,共8页
为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上... 为确定10株高效杀虫绿僵菌菌株的分类地位,通过克隆、测序10株绿僵菌菌株的ef1-α、rpb1、rpb2、β-tubulin部分序列进行多基因系统进化分析,并结合形态特征确定10株绿僵菌菌株的分类地位。结果表明多基因分子鉴定在绿僵菌菌种的划分上较单基因更为准确,结合多基因系统进化分析结果和形态学特征,将CQMa114、CQMa117、CQMa125、CQMa126、CQMa128归为大孢绿僵菌,CQMa102归为蝗绿僵菌,CQMa132、CQMa135归为贵州绿僵菌,菌株CQMa138、CQMa140与其他绿僵菌亲缘关系较远,有可能为绿僵菌属的新种或新的分类单位。 展开更多
关键词 绿僵菌 分类鉴定 基因系统进化分析 形态学
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寄生蜂细胞色素P450基因家族进化分析 被引量:5
9
作者 尹传林 叶昕海 +3 位作者 陈梦瑶 梅洋 肖花美 李飞 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期335-342,共8页
寄生蜂是重要的天敌昆虫,被广泛应用于生物防治,但在实际生产应用中面临诸多问题,如环境适应性和耐药性问题。细胞色素P450是真核生物中广泛存在的超基因家族酶系,参与农药、植物次生代谢物及环境有害物质等的代谢,同时也参与昆虫体内... 寄生蜂是重要的天敌昆虫,被广泛应用于生物防治,但在实际生产应用中面临诸多问题,如环境适应性和耐药性问题。细胞色素P450是真核生物中广泛存在的超基因家族酶系,参与农药、植物次生代谢物及环境有害物质等的代谢,同时也参与昆虫体内多种内源性化合物的合成与代谢。本文通过对植食性榕小蜂和9种寄生蜂基因组数据的生物信息学分析,共获得615个P450基因,分析表明不同寄生蜂P450基因家族的差异主要发生在CYP3和CYP4簇,而CYP2和Mito簇相对保守;相较于外寄生蜂,内寄生蜂的P450超基因家族有明显的收缩现象;此外,发现了2个在寄生蜂中1:1:1高度保守的P450基因,CYP18和CYP314,以及茧蜂特有的CYP304基因和内寄生蜂特有的CYP28基因。本研究从基因组水平系统地分析了寄生蜂P450超基因家族的进化,为寄生蜂的遗传改良和规模化饲养等提供理论基础。 展开更多
关键词 寄生蜂 P450基因 基因家族进化分析 内寄生与外寄生
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瘤背石磺表皮生长因子基因的克隆、结构及进化分析 被引量:2
10
作者 杨铁柱 沈和定 +3 位作者 史艳梅 刘欣 吴欣 李杰 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期8-16,共9页
首次在瘤背石磺(Onchidium struma)中克隆得到一种新的表皮生长因子(EGF)的cDNA序列全长。EGF基因cDNA的全长为1158bp,命名为Os-egf1,其中开放阅读框长度为846 bp,编码一条包含281个氨基酸残基的多肽链。根据氨基酸序列比对和结构域分... 首次在瘤背石磺(Onchidium struma)中克隆得到一种新的表皮生长因子(EGF)的cDNA序列全长。EGF基因cDNA的全长为1158bp,命名为Os-egf1,其中开放阅读框长度为846 bp,编码一条包含281个氨基酸残基的多肽链。根据氨基酸序列比对和结构域分析结果发现其含有2个保守的EGF结构域和1个EGF-like结构域,每个结构域中均包含至少6个半胱氨酸残基,且形成CX7 CX4-5 CX10-13CXCX8 C结构,其结构域由C1~C3、C2~C4和C5~C6之间形成的3个二硫键维持,符合表皮生长因子家族及其相关蛋白的特征结构域,但其余氨基酸序列与现有相关基因差异较大,推测可能是一种新的EGF-like基因。利用MEGA6.0软件构建Os-egf1与EGF家族相关蛋白的系统进化树,表明EGF家族蛋白具有一定的物种特异性。 展开更多
关键词 瘤背石磺(Onchidium struma) EGF 基因克隆:系统进化分析
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番茄多胺氧化酶(PAO)基因家族鉴定及表达分析 被引量:6
11
作者 李会 王超 +2 位作者 黄思杰 陈健 杨立飞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期607-614,共8页
该研究通过生物信息学手段,从番茄基因组中鉴定出11个编码多胺氧化酶(polyamine oxidase,PAO)的家族基因(命名为SlPAO1~11),分为3个亚家族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ);基因结构分析、蛋白质二级结构预测、亚细胞定位预测结果均显示,SlPAOs基因家族具... 该研究通过生物信息学手段,从番茄基因组中鉴定出11个编码多胺氧化酶(polyamine oxidase,PAO)的家族基因(命名为SlPAO1~11),分为3个亚家族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ);基因结构分析、蛋白质二级结构预测、亚细胞定位预测结果均显示,SlPAOs基因家族具有明显的亚家族分类特征。序列和进化分析结果显示,亚家族Ⅰ和Ⅱ中的SlPAO1~8属于典型的PAO基因,而亚家族Ⅲ中的SlPAO9~11编码蛋白还含有特异性的SWIRM结构域,SlPAO9~11属于组蛋白赖氨酸特异性脱甲基化酶,而非真正的PAO。选取上述鉴定的8个典型SlPAO基因(SlPAO1-8),采用qRT-PCR技术对SlPAO1-8基因在不同组织中(干燥种子,新鲜的真叶、子叶、茎、根)的相对表达分析显示,SlPAO1-8在不同组织中的表达水平差异显著,推测SlPAOs基因家族的组织表达多样性与功能多样性之间可能具有一定的相关性。 展开更多
关键词 番茄 多胺氧化酶 基因进化分析 组织表达分析
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西藏羊蜱蝇中巴尔通体检测及gltA基因序列分析 被引量:9
12
作者 周赛赛 谢太凤 +7 位作者 钱雯娴 王一飞 李天娇 朱家平 罗润波 贡嘎 格桑卓玛 索朗斯珠 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1119-1125,共7页
为了明确西藏部分地区绵羊体外寄生羊蜱蝇携带病原巴尔通体的感染情况,作者于2019年1—9月采集了西藏林芝、日喀则、那曲地区绵羊体外寄生羊蜱蝇298只,通过形态学鉴定、PCR扩增羊蜱蝇18S rRNA基因进行虫体鉴定,并对病原巴尔通体的gltA... 为了明确西藏部分地区绵羊体外寄生羊蜱蝇携带病原巴尔通体的感染情况,作者于2019年1—9月采集了西藏林芝、日喀则、那曲地区绵羊体外寄生羊蜱蝇298只,通过形态学鉴定、PCR扩增羊蜱蝇18S rRNA基因进行虫体鉴定,并对病原巴尔通体的gltA基因进行检测,将部分阳性PCR产物连接pMD^TM-18T后转入DH5α感受态细胞,将阳性结果进行测序并进行遗传进化分析。结果显示,雌性阳性率49.8%(113/227),雄性阳性率42.3%(30/71),雌雄之间差异不显著(χ^2=0.944,P=0.267);羊蜱蝇携带病原巴尔通体的总感染率为48.0%(143/298),林芝极显著高于日喀则、那曲地区(χ^2=13.801,P<0.01;χ^2=17.067,P<0.01),日喀则和那曲地区无显著差异(χ^2=0.084,P=0.771);散养模式羊蜱蝇携带阳性率44.3%(102/230),圈养阳性率85.0%(34/40),屠宰场阳性率23.3%(7/30),宿主散养和圈养、屠宰场存在极显著差异(χ^2=20.929,P<0.01;χ^2=24.38,P<0.01),宿主散养和屠宰场存在显著差异(χ^2=3.989,P=0.046);将测序结果上传GenBank数据库获得3个巴尔通体gltA基因登录号(MN623006、MN623007、MN623008);序列比对表明和云南、新疆巴尔通体相似性为99.6%~100%。本次研究首次检测出西藏羊蜱蝇携带病原巴尔通体,为了解西藏绵羊体外寄生虫携带病原巴尔通体和病原防控提供依据。 展开更多
关键词 西藏 羊蜱蝇 巴尔通体 gltA基因 基因进化分析
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华南地区猪流行性腹泻病毒的分子流行病学调查与分析 被引量:11
13
作者 王栓群 孙瑞芹 +2 位作者 刘燕玲 夏平安 宋长绪 《广东农业科学》 CAS 2015年第6期97-104,共8页
为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析。结果显示,PEDV在猪场中... 为了解华南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行、变异及进化情况,从该地区的不同猪场采集2 159份样品,利用RT-PCR方法检测PEDV,扩增了部分PEDV阳性样品中的S、M和ORF3基因并测序,利用生物信息学软件进行序列分析。结果显示,PEDV在猪场中的检出率为100%,在所有样品中的平均检出率为53.0%,在哺乳仔猪、断奶仔猪、育肥猪和母猪样品中,PEDV平均阳性率分别为67.6%、42.8%、12.8%和47.2%。根据S、ORF3和M基因建立的进化树,PEDV可分为2个基因群,其中当前样品株为一群,韩国、美国和中国的参考毒株为一群。结果表明,PEDV在华南地区猪场普遍存在,其基因也在不断发生变化。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 分子流行病学 基因进化分析
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草莓根腐病病原真菌Ilyonectria novozelandica的鉴定 被引量:7
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作者 史芳芳 褚继萍 《中国蔬菜》 北大核心 2022年第2期95-100,共6页
采用形态学与分子生物学技术对草莓根腐病病原菌进行鉴定。对草莓育苗圃内发病草莓根部进行组织培养、病原菌分离纯化,通过传统的形态学观察初步判断该病原菌菌株为土赤壳属病原菌。利用通用引物ITS1/ITS4初步鉴定该病原菌菌株ZJ16属于... 采用形态学与分子生物学技术对草莓根腐病病原菌进行鉴定。对草莓育苗圃内发病草莓根部进行组织培养、病原菌分离纯化,通过传统的形态学观察初步判断该病原菌菌株为土赤壳属病原菌。利用通用引物ITS1/ITS4初步鉴定该病原菌菌株ZJ16属于土赤壳属,但不能鉴定到种,又选择土赤壳属特异基因EF-1α和Histone H3基因引物序列进行PCR扩增分析,并将待测菌株测序结果与GenBank中相关菌株EF-1α和Histone H3序列进行同源性比较,待测菌株与Ilyonectria novozelandica(GenBank收录号:CBS 112593)的同源性均达到了100%。确定新疆地区草莓根腐病病原菌为Ilyonectria novozelandica,该菌种是1个中国新记录种。 展开更多
关键词 草莓根腐病 土赤壳属 基因系统进化分析 病原鉴定
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