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从基因组学到功能蛋白质组学的研究 被引量:4
1
作者 朱沙 张春辉 李鲜菊 《生物学杂志》 CAS CSCD 2007年第1期13-15,共3页
人类基因组草图绘制的完成,标志着生命科学已实质性地跨入了后基因组时代,研究重心已从揭示生命的所有遗传信息转移到在分子整体水平对功能的研究[1]。这种转向表明目前已进入功能基因组学(functional genom ics)以及随之产生的功能蛋... 人类基因组草图绘制的完成,标志着生命科学已实质性地跨入了后基因组时代,研究重心已从揭示生命的所有遗传信息转移到在分子整体水平对功能的研究[1]。这种转向表明目前已进入功能基因组学(functional genom ics)以及随之产生的功能蛋白质组学(functional proteomics)等新学科领域的研究。 展开更多
关键词 基因组学 功能蛋白质组学 人类基因组计划 人类蛋白质组计划
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信号转导的功能蛋白质组学研究 被引量:1
2
作者 王英红 来茂德 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期488-491,共4页
关键词 信号转导 功能蛋白质组学 双向凝胶电泳
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锯缘青蟹对病原菌感染的急性反应功能蛋白质组 被引量:6
3
作者 苏静 王桂忠 +2 位作者 刘文杰 王三英 彭宣宪 《厦门大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期559-562,共4页
为研究锯缘青蟹对常见重要病原菌的急性反应蛋白质组,将锯缘青蟹随机分为四组,分别注射生理盐水、副溶血弧菌、鳗弧菌和嗜水气单胞菌.继而提取肌肉蛋白进行双向电泳,通过比较各组肌肉蛋白的双向电泳图谱获得三个差异表达的蛋白.对这三... 为研究锯缘青蟹对常见重要病原菌的急性反应蛋白质组,将锯缘青蟹随机分为四组,分别注射生理盐水、副溶血弧菌、鳗弧菌和嗜水气单胞菌.继而提取肌肉蛋白进行双向电泳,通过比较各组肌肉蛋白的双向电泳图谱获得三个差异表达的蛋白.对这三个差异蛋白进行肽质量指纹图谱及其生物信息分析,鉴定为Calexc itin、无翅蛋白片断、速激肽相关肽.这些结果对研究锯缘青蟹的抗病蛋白及其机理具有重要意义. 展开更多
关键词 锯缘青蟹 功能蛋白质 病原菌 反应 急性 感染 生物信息分析 双向电泳图谱 嗜水气单胞菌 肌肉蛋白 副溶血弧菌 生理盐水 指纹图谱 差异表达 鳗弧菌 相关肽 速激肽 注射 抗病
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多功能蛋白质稳定性分析仪在人纤维蛋白原制品质量控制中的应用 被引量:2
4
作者 张悦 王文晞 +3 位作者 姜红 郭江红 谢育媛 刘贝贝 《医药导报》 CAS 北大核心 2023年第3期396-400,共5页
目的采用多功能蛋白质稳定性分析仪测定人纤维蛋白原制品热稳定性,并将稳定性结果与纯度结果进行相关性分析。方法采用多功能蛋白质稳定性分析仪对全国7家企业共21批样品进行测定,同时采用全自动凯氏定氮仪对产品纯度进行测定,将二者数... 目的采用多功能蛋白质稳定性分析仪测定人纤维蛋白原制品热稳定性,并将稳定性结果与纯度结果进行相关性分析。方法采用多功能蛋白质稳定性分析仪对全国7家企业共21批样品进行测定,同时采用全自动凯氏定氮仪对产品纯度进行测定,将二者数据进行相关性分析,并采用高效分子排阻色谱-多角度激光光散射法测定纯度最高与最低产品的组分分布。结果7家企业的产品热稳定性相差较大,蛋白质热变性中点温度(T m值)为51.20~53.31℃;21批样品纯度80.3%~95.9%;产品纯度与T m值显著相关,相关系数0.729,P<0.05;企业F产品热稳定性最好,寡聚物少,纯度最高;企业A产品热稳定性最差,寡聚物多,纯度最低。结论多功能蛋白质稳定性分析仪可以测定产品纯度与稳定性,为人纤维蛋白原产品保护剂的筛选和生产工艺优化提供相应数据参考,且能对不同企业产品的质量进行初步分析,仪器操作简便,检测时间短,检测效率高。 展开更多
关键词 人纤维蛋白 功能蛋白质稳定性分析仪 质量控制
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蛋白质棕榈酰化修饰调控蛋白质功能的研究进展
5
作者 管翔雨 杨晓柯 +4 位作者 李树稳 张新 赵小天 仇华吉 李永锋 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期546-552,共7页
蛋白质是生命的物质基础,也是基因功能的执行者。蛋白质需要经过基因转录、转录后加工、翻译、翻译后加工及转运等多个复杂过程后才具有生理功能。蛋白质翻译后加工修饰形式包括磷酸化、糖基化、甲基化、羟基化、泛素化及脂质化等[1],... 蛋白质是生命的物质基础,也是基因功能的执行者。蛋白质需要经过基因转录、转录后加工、翻译、翻译后加工及转运等多个复杂过程后才具有生理功能。蛋白质翻译后加工修饰形式包括磷酸化、糖基化、甲基化、羟基化、泛素化及脂质化等[1],其中脂质化修饰是一种重要的翻译后加工修饰形式。 展开更多
关键词 翻译后加工 转录后加工 蛋白质功能 蛋白质需要 基因转录 棕榈酰化修饰 泛素化 羟基化
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高通量蛋白质组学研究中一种基于GO的蛋白质功能分析策略(英文) 被引量:9
6
作者 李栋 荔建琦 +5 位作者 欧阳曙光 吴松锋 王建 徐筱杰 朱云平 贺福初 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1026-1029,共4页
挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在... 挖掘高通量实验数据蕴含的生物学意义是蛋白质组学研究面临的一大挑战.基于等级化结构化的词汇表GO(GeneOntology)和相关数据库中的蛋白质功能注释,发展了一种对蛋白质组学研究中得到的表达谱(Expressionprofile)进行功能分析的策略.在对蛋白质表达谱进行功能注释的基础上给出蛋白质表达谱中蛋白质功能的分布,同时给出感兴趣功能类别的统计信息.这有助于对表达谱蛋白质功能的整体理解和深入的生物信息学分析.该策略已经成功应用胎肝蛋白表达谱研究中,用户可以通过访问网址http://www.hupo.org.cn/GOfact/使用或者下载我们的程序. 展开更多
关键词 生物信息学 蛋白质组学 表达谱 GO 蛋白质功能
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支持向量机程序SVMProt预测SARS病毒蛋白质的功能 被引量:4
7
作者 蔡从中 韩连漪 +1 位作者 王万录 陈宇综 《重庆大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第9期148-150,共3页
对SARS冠状病毒蛋白质功能的有效识别将有利于促进SARS传染病治疗药物的开发。应用基于支持向量机原理的SVMProt程序识别SARS冠状病毒蛋白质的功能,通过对SARS冠状病毒中2个已知功能的蛋白质功能的成功预测,说明SVMProt能够有效地应用于... 对SARS冠状病毒蛋白质功能的有效识别将有利于促进SARS传染病治疗药物的开发。应用基于支持向量机原理的SVMProt程序识别SARS冠状病毒蛋白质的功能,通过对SARS冠状病毒中2个已知功能的蛋白质功能的成功预测,说明SVMProt能够有效地应用于SARS冠状病毒蛋白质及其他种类蛋白质的功能预测。对SARS冠状病毒中至今仍未知其功能的蛋白质ORF13的功能进行了预测,结果显示ORF13是一种可能与DNA结合的核蛋白并兼有病毒体内结构蛋白的功能。 展开更多
关键词 非典 SARS冠状病毒蛋白质 蛋白质功能 蛋白质功能预测 支持向量机
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人类蛋白质结构互作网络--结构域对网络拓扑与蛋白质功能的影响 被引量:6
8
作者 陈丽娜 王倩 +8 位作者 尚玉奎 张良才 孙钊 何伟明 赵研 李琬 王宏 何月涵 李霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第5期517-526,共10页
高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现,使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络,进一步揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能.蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能单元.然而... 高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现,使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络,进一步揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能.蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能单元.然而,结合蛋白质的结构信息(例如蛋白质结构域数目、长度和覆盖率等)来研究这些表象后的内部机制仍然面临着挑战.将蛋白质分为单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,并进一步结合蛋白质互作信息与结构域互作信息构建了人类蛋白质结构互作网络;通过与人类蛋白质互作网络进行比较,研究了人类蛋白质结构互作网络的特殊结构特征;对于单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,分别进行了功能富集分析、功能离散度分析以及功能一致性分析等.结果发现,将结构域互作信息综合考虑进来后,人类蛋白质结构互作网络可以提供更多的单纯的蛋白质互作网络无法提供的细节信息,揭示蛋白质互作网络的复杂性. 展开更多
关键词 结构域 蛋白质结构互作网络 蛋白质功能
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基于蛋白质网络功能模块的蛋白质功能预测 被引量:6
9
作者 卢宏超 石秋艳 +6 位作者 石宝晨 张治华 赵屹 唐素勤 熊磊 王强 陈润生 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期446-451,共6页
在破译了基因序列的后基因组时代,随着系统生物学实验的快速发展,产生了大量的蛋白质相互作用数据,利用这些数据寻找功能模块及预测蛋白质功能在功能基因组研究中具有重要意义.打破了传统的基于蛋白质间相似度的聚类模式,直接从蛋白质... 在破译了基因序列的后基因组时代,随着系统生物学实验的快速发展,产生了大量的蛋白质相互作用数据,利用这些数据寻找功能模块及预测蛋白质功能在功能基因组研究中具有重要意义.打破了传统的基于蛋白质间相似度的聚类模式,直接从蛋白质功能团的角度出发,考虑功能团间的一阶和二阶相互作用,提出了模块化聚类方法(MCM),对实验数据进行聚类分析,来预测模块内未知蛋白质的功能.通过超几何分布P值法和增、删、改相互作用的方法对聚类结果进行预测能力分析和稳定性分析.结果表明,模块化聚类方法具有较高的预测准确度和覆盖率,有很好的容错性和稳定性.此外,模块化聚类分析得到了一些具有高预测准确度的未知蛋白质的预测结果,将会对生物实验有指导意义,其算法对其他具有相似结构的网络也具有普遍意义. 展开更多
关键词 蛋白质相互作用网络 蛋白质功能预测 聚类
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蛋白质功能研究方法及技术 被引量:19
10
作者 蒋英芝 贺连华 刘建军 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第9期38-43,共6页
随着后基因时代的到来,蛋白质功能研究已经成为蛋白质组学研究的核心内容,是生物科学极具挑战的领域之一。近年来虽已有大量文章涉及某些蛋白质功能方面的研究,但对蛋白质功能研究方法方面进行系统综述的文章非常少,因此,从差异蛋白的... 随着后基因时代的到来,蛋白质功能研究已经成为蛋白质组学研究的核心内容,是生物科学极具挑战的领域之一。近年来虽已有大量文章涉及某些蛋白质功能方面的研究,但对蛋白质功能研究方法方面进行系统综述的文章非常少,因此,从差异蛋白的筛选鉴定、蛋白质相互作用、蛋白质亚细胞定位、蛋白质表达改变的分子遗传学手段(如RNAi)、生物信息学等方面对目前蛋白质功能研究方法和技术及其最新研究进展进行综述,研究者可根据不同的蛋白和实验需要选择适宜的方法。 展开更多
关键词 蛋白质功能 蛋白质组学 亚细胞定位 蛋白质相互作用 RNA干扰
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根据蛋白质互作网络预测乳腺癌相关蛋白质的细致功能 被引量:2
11
作者 王靖 李彦辉 +4 位作者 郭政 朱晶 马文财 彭春方 刘庆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1061-1066,共6页
乳腺癌是最为常见的恶性肿瘤之一。已有的关于乳腺癌相关蛋白质的功能注释比较宽泛,制约了乳腺癌的后续研究工作。对于已知部分功能的乳腺癌相关蛋白质,提出了一种结合Gene Ontology功能先验知识和蛋白质互作的方法,通过构建功能特异的... 乳腺癌是最为常见的恶性肿瘤之一。已有的关于乳腺癌相关蛋白质的功能注释比较宽泛,制约了乳腺癌的后续研究工作。对于已知部分功能的乳腺癌相关蛋白质,提出了一种结合Gene Ontology功能先验知识和蛋白质互作的方法,通过构建功能特异的局部相互作用网络来预测乳腺癌相关蛋白质的细致功能。结果显示该方法能够以很高的精确率为乳腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究乳腺癌的分子机制具有重要的价值。 展开更多
关键词 乳腺癌 蛋白质功能 预测 互作网络 基因本体
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不同母本西门塔尔杂交牛各部位肉品质与蛋白质功能特性的差异 被引量:5
12
作者 赵改名 茹昂 +5 位作者 郝婉名 张桂艳 田玮 祝超智 乃比江 刘建明 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2021年第7期78-85,共8页
为了研究西秦牛(西门塔尔牛×宁夏秦川牛)和西褐牛(西门塔尔牛×新疆褐牛)不同部位肉的差异性,对选取的牛腩、霖肉、牛腱子、黄瓜条、肩肉和臀肉6个部位肉样从营养品质、食用品质和蛋白质功能特性等多项指标进行探究。结果表明... 为了研究西秦牛(西门塔尔牛×宁夏秦川牛)和西褐牛(西门塔尔牛×新疆褐牛)不同部位肉的差异性,对选取的牛腩、霖肉、牛腱子、黄瓜条、肩肉和臀肉6个部位肉样从营养品质、食用品质和蛋白质功能特性等多项指标进行探究。结果表明:西褐牛的牛腩保水性较好,肩肉的水分含量较高(78.75%)且脂肪含量较低(0.4%),霖肉的蛋白质含量较高(21.74%)且剪切力值较高(6.91 kg),牛腱子的胶原蛋白含量较高(22.24%);西秦牛的牛腩脂肪含量较高(5.19%),黄瓜条剪切力值较低(3.76 kg)。对肉中蛋白质功能特性进行研究,西褐牛的牛腩蛋白质乳化能力较强(15.67 mL/g),牛腱子蛋白质凝胶保水性较好(81.71%),臀肉蛋白质凝胶硬度较高(226 g);西秦牛的肩肉蛋白质乳化稳定性较好(76.34%),霖肉蛋白质凝胶弹性较高(0.61)。 展开更多
关键词 宁夏秦川牛 新疆褐牛 西门塔尔杂交牛 差异性研究 蛋白质功能特性
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改进LPU用于蛋白质功能预测 被引量:1
13
作者 陈义明 李舟军 刘军万 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2011年第12期148-152,共5页
本文将蛋白质功能预测定义为典型的LPU问题。针对有很少正例的LPU算法存在的不平衡或过拟合问题,提出了基于最近邻和凸组合理论的创建人工正例扩充正例集合的方法,同时使用一类支持向量机获取初始最可能的负例,通过迭代两类支持向量机... 本文将蛋白质功能预测定义为典型的LPU问题。针对有很少正例的LPU算法存在的不平衡或过拟合问题,提出了基于最近邻和凸组合理论的创建人工正例扩充正例集合的方法,同时使用一类支持向量机获取初始最可能的负例,通过迭代两类支持向量机将分类超平面移到一个合适的位置,由交叉验证获得代表性的负例,从而改进了典型LPU算法学习最优分类器的过程。针对酵母基因组数据的实验表明:我们的算法在很少正例的功能类上的预测性能有显著提高,在其他类上的性能也有一定的改善。 展开更多
关键词 蛋白质功能预测 支持向量机 LPU
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基于多网络数据协同矩阵分解预测蛋白质功能 被引量:1
14
作者 余国先 王可尧 +2 位作者 傅广垣 王峻 曾安 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2017年第12期2931-2944,共14页
准确预测蛋白质功能是生物信息学的核心任务之一,也是人工智能在生物数据分析中的重要应用点之一.高通量技术的广泛应用产生了大量的生物分子功能关联网络,整合这些网络可更为全面地分析理解蛋白质功能机理,提升蛋白质功能预测精度.已... 准确预测蛋白质功能是生物信息学的核心任务之一,也是人工智能在生物数据分析中的重要应用点之一.高通量技术的广泛应用产生了大量的生物分子功能关联网络,整合这些网络可更为全面地分析理解蛋白质功能机理,提升蛋白质功能预测精度.已有多种基于数据整合的蛋白质功能预测方法,但它们通常难以应用到较大功能标签空间,未利用标签间关联性和差异性整合多个网络.提出一种基于多网络数据协同矩阵分解的蛋白质功能预测方法(ProCMF).该方法首先利用非负矩阵分解将蛋白质-功能标签关联矩阵分解为2个低秩矩阵,挖掘蛋白质与标签之间的潜在关联.其次,为利用标签间关联关系和多种蛋白质特征数据,ProCMF分别基于上述2个低秩矩阵定义平滑正则性,约束指导低秩矩阵的协同分解.为了差异性地集成多个网络,ProCMF对不同的网络设置不同的权重.最后ProCMF将上述目标统一到一个目标方程中,并用一种交替迭代的方法分别优化求解低秩矩阵和网络权重.在酵母菌、人类和老鼠3个模式物种的多网络数据集上的实验结果表明:ProCMF获得了较其他相关算法更好的预测性能,ProCMF能有效地处理大量的功能标签和区分性地整合多个网络. 展开更多
关键词 蛋白质功能预测 功能关联网络 网络集成 非负矩阵分解 协同分解
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蛋白质新功能定向进化研究策略 被引量:1
15
作者 吴振芳 陈惠 +1 位作者 曾民 吴琦 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期11-15,共5页
利用定向进化策略改造蛋白质功能已经在农业、工业和医药等领域得到了广泛的应用。蛋白质工程的最新进展是利用定向进化策略对自然界蛋白质引入新功能,但由于其决定因素比较复杂,是研究者面临的一个重大挑战。详细介绍了国外近年发展的... 利用定向进化策略改造蛋白质功能已经在农业、工业和医药等领域得到了广泛的应用。蛋白质工程的最新进展是利用定向进化策略对自然界蛋白质引入新功能,但由于其决定因素比较复杂,是研究者面临的一个重大挑战。详细介绍了国外近年发展的蛋白质新功能定向进化研究策略:对传统突变体库构建策略进行改进以及非同源重组改造技术的开发,是早期引入蛋白质新功能的常用手段,利用计算/理性设计与定向进化相结合引入蛋白质新功能是近年定向进化研究的一个重大突破,而噬菌体展示技术是蛋白质新功能筛选的主要策略。蛋白质新功能的分子进化模型已逐渐成为蛋白质工程改造的新思路。 展开更多
关键词 定向进化 蛋白质功能 计算结合设计 噬菌体展示 分子进化模型
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MIMLRBF预测谷物蛋白质功能方法的改进 被引量:1
16
作者 刘静 崔双龙 +1 位作者 曹洪伟 管骁 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期36-43,共8页
随着人们对营养与保健功能的关注,谷物蛋白质功能预测已经成为当前研究热点。面对大量已完成测序的谷物蛋白质基因组数据,利用计算方法来预测谷物蛋白质功能已经成为主流。从谷物蛋白质结构域序列出发,首次将MIMLRBF算法运用到蛋白质功... 随着人们对营养与保健功能的关注,谷物蛋白质功能预测已经成为当前研究热点。面对大量已完成测序的谷物蛋白质基因组数据,利用计算方法来预测谷物蛋白质功能已经成为主流。从谷物蛋白质结构域序列出发,首次将MIMLRBF算法运用到蛋白质功能预测,并在此算法基础上,提出了多种改进后的谷物蛋白质功能预测模型。其中,针对平均Hausdorff距离削弱了两种蛋白质之间最短结构域距离所起作用的问题,为平均Hausdorff距离引入一个自动调节系数来计算蛋白质之间的相似性。同时,为提高MIMLRBF算法的预测效果,利用改进后的混合径向基核函数进行激活,得到了改进后的MIMLRBF算法模型。最终利用主流的评价标准对预测结果进行评价,可以发现改进后的MIMLRBF比传统的预测效果更好,证明了所建模型的优越性。 展开更多
关键词 谷物 蛋白质功能预测 多示例多标记 HAUSDORFF距离 核函数
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基于双重索引矩阵的蛋白质功能预测 被引量:1
17
作者 孟军 张信 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2015年第6期1637-1642,共6页
针对单一数据源预测蛋白质功能效果不佳以及蛋白质相互作用网络信息不完全等问题,提出一种多数据源融合和基于双重索引矩阵的随机游走的蛋白质功能预测(MSI-RWDIM)算法。该算法使用了蛋白质序列、基因表达和蛋白质相互作用数据预测蛋白... 针对单一数据源预测蛋白质功能效果不佳以及蛋白质相互作用网络信息不完全等问题,提出一种多数据源融合和基于双重索引矩阵的随机游走的蛋白质功能预测(MSI-RWDIM)算法。该算法使用了蛋白质序列、基因表达和蛋白质相互作用数据预测蛋白质功能,并根据这些数据源特性构建相应的相互作用加权网络;然后融合各数据源加权网络并结合功能相关性网络构建双重索引矩阵,使用随机游走算法计算得分进而预测蛋白质功能。在酵母数据集的五折交叉验证中,MSI-RWDIM算法具有较高的准确率和较低的覆盖率,还可降低功能标签损失率。研究结果表明,MSI-RWDIM算法的总体性能优于常用的k-近邻、直推式多标签集成分类和快速同步加权方法。 展开更多
关键词 多数据源融合 随机游走 双重索引矩阵 功能相关性网络 蛋白质功能预测
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面向蛋白质功能预测中有向无环图标记结构的多示例多标记学习 被引量:1
18
作者 吴建盛 唐诗迪 +2 位作者 梅德进 朱燕翔 刁业敏 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第3期23-30,共8页
在多示例多标记学习问题中,标记之间往往是相互关联的,其中有向无环图结构是一种常见的层次关联结构,可见于蛋白质的基因本体学生物学功能预测的应用场景中。针对其标记间的有向无环图结构,提出了一种新的多示例多标记学习算法。算法从... 在多示例多标记学习问题中,标记之间往往是相互关联的,其中有向无环图结构是一种常见的层次关联结构,可见于蛋白质的基因本体学生物学功能预测的应用场景中。针对其标记间的有向无环图结构,提出了一种新的多示例多标记学习算法。算法从原始数据的特征空间训练出所有标记共享的低维子空间,通过随机梯度下降方法来降低模型排序损失,并融入标记间有向无环图结构关系对预测标记进行优化。将该算法应用于多个数据集的蛋白质功能预测中,实验结果表明,该算法具有更高的效率及预测性能。 展开更多
关键词 多示例多标记学习 蛋白质功能预测 有向无环图标记结构 标记相关性
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结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能
19
作者 朱明珠 高磊 +5 位作者 李彦辉 马文才 朱晶 张敏 郭政 李霞 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期270-274,共5页
当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白... 当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中。针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中。通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果。以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%。 展开更多
关键词 蛋白质功能深化预测 基因本体功能知识体系(GO) 预测空间
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不同pH和NaCl浓度对罗非鱼肌原纤维蛋白结构及功能特性的影响
20
作者 张子越 陆姗姗 +5 位作者 张龙腾 王怀杰 刘栋银 杨俊 杨维 李川 《食品工业科技》 北大核心 2025年第18期110-117,共8页
本研究以罗非鱼肌原纤维蛋白(myofibrillar protein,MP)和热处理肌原纤维蛋白(heated myofibrillar protein,HMP)为对象,深入探究不同pH和NaCl浓度对其二级结构、蛋白质组成与丰度、巯基含量、表面疏水性、溶解性和乳化特性的作用效果... 本研究以罗非鱼肌原纤维蛋白(myofibrillar protein,MP)和热处理肌原纤维蛋白(heated myofibrillar protein,HMP)为对象,深入探究不同pH和NaCl浓度对其二级结构、蛋白质组成与丰度、巯基含量、表面疏水性、溶解性和乳化特性的作用效果。结果表明,溶解度方面,MP在pH5.0时呈现最低值,而在pH11.0时溶解度达到最大(86.78%),且NaCl浓度为1.0 mol/L时,MP与HMP溶解度分别为93.31%和74.60%。经SDS-PAGE凝胶电泳分析,随着pH和NaCl浓度的增大,HMP位于100~200 kDa和35~48 kDa处蛋白丰度较高。对于乳化特性,随着NaCl浓度增大,HMP的乳化活性(Emulsifying Activity Index,EAI)及乳化稳定性(Emulsifying Stability Index,ESI)先上升后下降,当NaCl浓度高于0.6 mol/L时,HMP的EAI由119.66 m^(2)/g降至93.59 m^(2)/g。MP与HMP的巯基含量均随pH和NaCl浓度增大而升高,二者表面疏水性变化规律相似,即pH升高时表面疏水性降低,如pH11.0时,MP相对稳定,表面疏水性下降至最小值76.16μg,HMP表面疏水性从303μg降至97.75μg,且NaCl浓度增加会使表面疏水性增大。综上所述,pH和NaCl浓度对MP及HMP的结构与功能特性具有显著影响。通过系统研究相关理化指标,剖析蛋白结构变化与功能特性间的内在联系,可为罗非鱼热加工参数的优化提供理论指导与数据支撑,有助于提升罗非鱼产品质量,提高其加工产业的技术水平。 展开更多
关键词 肌原纤维蛋白 PH NACL 浓度 蛋白质功能特性 蛋白质结构
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