旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(sing...旨在对国家二级保护野生动物多鳞白甲鱼遗传多样性进行评价。采用限制性内切位点相关DNA测序(restriction site-associated DNA sequencing,RAD-seq)技术,从秦岭南北坡两个种群中鉴定出425205个全基因组高置信度群体单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。秦岭北坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.177、0.200和0.145,而秦岭南坡多鳞白甲鱼的期望杂合数、核苷酸多样性和多态性信息含量分别为0.261、0.291和0.212。种群结构分析结果表明,秦岭南北坡两个多鳞白甲鱼地理种群的遗传多样性存在明显差异。展开更多
单核苷酸多态性相关的拷贝数变异(copy number variant, CNV)在体外诊断和精准治疗中占据着重要地位,而其常用的荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization, FISH)无法区分具有单核苷酸差异的CNV。本研究利用交叉活性探针定...单核苷酸多态性相关的拷贝数变异(copy number variant, CNV)在体外诊断和精准治疗中占据着重要地位,而其常用的荧光原位杂交技术(fluorescence in situ hybridization, FISH)无法区分具有单核苷酸差异的CNV。本研究利用交叉活性探针定性与定量检测具有单核苷酸差异的拷贝数变异(copy number variant, CNV)。rs76711854所在以及下游9 514 bp长度片段通过PCR方法扩增获得,其基因型通过一代测序确认。此SNP的定性与定量分别通过探针法的定量PCR和数字PCR方法检测。rs76711854所在的CNV在针对G基因型探针出现分层,并在针对GA不同基因型的探针中均表现出A/G比例2:1。检测长度超过其下游9 kb以及更长的92 kb和203 kb的DNA片段,发现此CNV存在于前列腺癌细胞系DU145中,而子宫内膜癌细胞系中此203 kb范围拷贝数一致。本研究开发出以rs76711854位点的G/A片段为例,通过不同通道交叉定量检测的CNV方法,并推断DU145细胞的此处为多拷贝。展开更多
目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单...目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应。对GWAS汇总数据进行质量控制,标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1%、P值在0~1、SNP正负链明确等。利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度,采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度,并评估不同分区内的富集度,分析工具为LDSC (v1.0.1)软件。结果:纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据,490 593个SNP通过质量控制,被纳入到SNP遗传度的计算中。观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95%CI:0.28~0.82),由于观测样本患病率较高,按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95%CI:0.19~0.55)。SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03)。结论:基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度,同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集,提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素。展开更多
目的探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1(BRCA1 interacting protein C-terminal helicase 1,BRIP1)基因功能区4个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点与习惯性流产的相关性。方法严格按照诊断标准,采集无关习惯性...目的探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1(BRCA1 interacting protein C-terminal helicase 1,BRIP1)基因功能区4个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点与习惯性流产的相关性。方法严格按照诊断标准,采集无关习惯性流产患者291例(病例组)、健康对照组281例(对照组)外周静脉血,提取基因组DNA,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对4个SNPs位点进行分型;采用SPSS 20.0及Haploview4.2软件分析位点基因型、等位基因及单倍型频率分布及两组间的差异。结果 BRIP1基因外显子18 rs4986764位点病例组CC基因型频率明显高于对照组(χ^2=6.469,P=0.039);病例组C等位基因频率明显高于对照组(χ^2=4.893,P=0.027, OR =1.330,95% CI =1.033~1.714)。连锁不平衡分析表明,由rs11079454-rs4986763-rs494986764构成的单倍型高度连锁(D >0.9,r 2 >0.8),对照组T-T-T单倍型频率明显高于病例组(χ^2=8.043,P=0.005, OR =0.565,95% CI =0.381~0.840);病例组T-C-C单倍型频率明显高于对照组(χ^2=4.392,P=0.036, OR =1.540,95% CI =1.027~ 2.310 )。结论 BRIP1基因第18外显子rs4986764位点可能与习惯性流产有关,携带有C等位基因的个体可能更容易习惯性流产。展开更多
文摘目的:探索非综合征型唇裂伴或不伴腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, NSCL/P)全基因组常见遗传变异对NSCL/P风险的影响。方法:利用全基因组关联研究(genome-wide association study, GWAS)数据,以全基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)遗传度和基因组不同分区SNP遗传度评估基因组上常见变异的效应。对GWAS汇总数据进行质量控制,标准包括数据中无缺失值、弱势等位基因频率≥1%、P值在0~1、SNP正负链明确等。利用连锁不平衡得分回归计算NSCL/P的SNP遗传度,采用分层的连锁不平衡得分回归计算基因组编码区、启动子区、内含子区、增强子区和超级增强子区的分区SNP遗传度,并评估不同分区内的富集度,分析工具为LDSC (v1.0.1)软件。结果:纳入中国人群806个NSCL/P核心家系(2 418人)的GWAS数据,490 593个SNP通过质量控制,被纳入到SNP遗传度的计算中。观测样本中NSCL/P的SNP遗传度为0.55(95%CI:0.28~0.82),由于观测样本患病率较高,按中国人群患病率转换为一般人群后SNP遗传度为0.37(95%CI:0.19~0.55)。SNP遗传度在增强子区的富集度为15.70(P=0.04),在超级增强子区的富集度为3.18(P=0.03)。结论:基因组常见变异有助于解释一部分中国人群NSCL/P目前未被解释的遗传度,同时中国人群NSCL/P的SNP遗传度在增强子分区和超级增强子分区中显著富集,提示该区域中可能存在未被发现的遗传致病因素。
文摘目的探讨乳腺癌易感基因相互作用蛋白1(BRCA1 interacting protein C-terminal helicase 1,BRIP1)基因功能区4个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点与习惯性流产的相关性。方法严格按照诊断标准,采集无关习惯性流产患者291例(病例组)、健康对照组281例(对照组)外周静脉血,提取基因组DNA,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术对4个SNPs位点进行分型;采用SPSS 20.0及Haploview4.2软件分析位点基因型、等位基因及单倍型频率分布及两组间的差异。结果 BRIP1基因外显子18 rs4986764位点病例组CC基因型频率明显高于对照组(χ^2=6.469,P=0.039);病例组C等位基因频率明显高于对照组(χ^2=4.893,P=0.027, OR =1.330,95% CI =1.033~1.714)。连锁不平衡分析表明,由rs11079454-rs4986763-rs494986764构成的单倍型高度连锁(D >0.9,r 2 >0.8),对照组T-T-T单倍型频率明显高于病例组(χ^2=8.043,P=0.005, OR =0.565,95% CI =0.381~0.840);病例组T-C-C单倍型频率明显高于对照组(χ^2=4.392,P=0.036, OR =1.540,95% CI =1.027~ 2.310 )。结论 BRIP1基因第18外显子rs4986764位点可能与习惯性流产有关,携带有C等位基因的个体可能更容易习惯性流产。
