Illumina NovaSeq高通量测序技术研究北疆甜菜贮藏过程中微生物群落演替规律

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作者 王泽玉 多芝贤 +6 位作者 陈海军 孙剑 齐树森 魏国坤 张菡 杨洁 秦亚楠 《中国糖料》 2025年第2期59-71,共13页

【目的】为探究北疆不同地区的甜菜在贮藏过程中微生物群落及其演替规律。【方法】采用Illumina NovaSeq高通量测序技术对甜菜的细菌16S rDNA V3~V4区以及真菌ITS区测序,对贮藏不同时间的细菌和真菌群落进行表征。通过对贮藏末期的甜菜... 【目的】为探究北疆不同地区的甜菜在贮藏过程中微生物群落及其演替规律。【方法】采用Illumina NovaSeq高通量测序技术对甜菜的细菌16S rDNA V3~V4区以及真菌ITS区测序,对贮藏不同时间的细菌和真菌群落进行表征。通过对贮藏末期的甜菜中致腐微生物进行筛选和鉴定,明确造成甜菜腐败的优势致腐菌。【结果】甜菜中的微生物随贮藏时间的变化而变化。腐败甜菜中主要的优势细菌为明串珠菌、泛菌和植物乳杆菌属,优势真菌为酵母菌。整个微生物群落在这些优势细菌的驱动下促使甜菜腐败,含糖量下降。通过对筛选出的60株细菌和44株真菌进行鉴定发现甜菜中优势致腐细菌和真菌分别为Pseudomonas frederiksbergensis XJ-4和Aspergillus alliaceus A-4。【结论】本研究结果为解析新疆甜菜贮藏腐病提供理论依据。 展开更多

关键词 甜菜 贮藏期 蔗糖含量 微生物群落演替 高通量测序

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植物根系特征与根区土壤水分高通量监测管道机器人研制 被引量：2

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作者 颜小飞 王韵博 +3 位作者 宋晓波 向梓薇 杜太生 程强 《农业工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第6期192-202,共11页

研究水分胁迫下的根系特征对于节水农业的发展具有重大意义。针对现有根系观测与土壤水分监测方法难以满足野外条件下根系和根区水分的同步、原位、高通量监测的不足,该研究研制了一种基于STM32芯片的管道机器人系统。系统由管道机器人... 研究水分胁迫下的根系特征对于节水农业的发展具有重大意义。针对现有根系观测与土壤水分监测方法难以满足野外条件下根系和根区水分的同步、原位、高通量监测的不足,该研究研制了一种基于STM32芯片的管道机器人系统。系统由管道机器人、数据基站与PVC透明管道组成,通过在土壤中埋设管道机器人系统,控制机器人搭载的微距相机与土壤水分传感器在巡航时拍摄根系图像,并获取土壤水分数据。由根系图像识别分割与提取程序对图像进行畸变校正与根系识别,获取管道方向上植株的根系面积、长度与密度等特征参数。实验室条件下进行相机拍摄效果、图像畸变校正、识别与分割误差及里程轮测距误差测试,以及土壤水分传感器标定试验。测试结果表明:1)管道机器人能够清晰地拍摄到根系图像,图像畸变校正效果较好,单个像素点长度和面积分别为44μm和0.002 mm^(2),单张根系图像的拍摄范围为14.17 mm×10.60 mm;2)土壤水分传感器输出电压与土壤体积含水率之间呈现良好线性关系,决定系数R^(2)为0.990;3)自主巡航定位准确度较高,平均相对误差为1.47%。在田间条件下进行的根系生长动态监测、根系信息提取、土壤水分监测与电池续航试验表明:1)管道机器人系统能够在田间环境下高通量地拍摄根系图像,监测根系的生长动态,并进一步提取出根系长度、面积、根面积密度等特征参数;2)根区土壤水分监测较为准确,测量结果与烘干法结果平均相对误差为2.23%;3)在系统初始满电量状态下,管道机器人系统独立运行时长不少于7 d,最大巡航监测距离约为48 m。本文研制的管道机器人系统可在田间条件下实现根系特征以及根区土壤水分的原位、高通量测量,为节水灌溉与根系生长研究提供技术支持。 展开更多

关键词 机器人 土壤水分 图像识别 根系特征 高通量

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一种基于高内涵成像分析技术的快速检测RhoA蛋白激活的方法

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作者 周亚男 曲颖 +2 位作者 王劭文 孙毅 苏瑞斌 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS 北大核心 2024年第11期839-845,共7页

目的 利用高内涵成像分析系统(HCIS)建立快速检测Ras同源基因家族成员A(RhoA)蛋白激活的方法。方法 将人胚胎肾细胞293(Hek293)或仓鼠卵巢细胞(CHO)接种在96孔板中,待细胞贴壁后进行饥饿处理。Hek293细胞分别使用浓度为0(溶剂对照组),10... 目的 利用高内涵成像分析系统(HCIS)建立快速检测Ras同源基因家族成员A(RhoA)蛋白激活的方法。方法 将人胚胎肾细胞293(Hek293)或仓鼠卵巢细胞(CHO)接种在96孔板中,待细胞贴壁后进行饥饿处理。Hek293细胞分别使用浓度为0(溶剂对照组),10^(-11),10^(-10),10^(-9),10^(-8),10^(-7),10^(-6),10^(-5)和10^(-4)mol·L^(-1)RhoA激动剂诺考达唑孵育3,10和30 min;CHO细胞分别使用相同浓度诺考达唑、溶血磷脂酸(LPA)和钙肽素孵育3,10和30 min。孵育结束用3.7%甲醛溶液进行固定后,使用烟酸己可碱(hoechst)和罗丹明标记鬼笔环肽,室温避光染色,利用HCIS拍照并对图像进行分析和统计,以平均荧光强度(MFI)的变化评估药物对RhoA蛋白的激活。结果 与溶剂对照组相比,处理Hek293细胞3 min后诺考达唑10^(-10)~10^(-6)mol·L^(-1)组MFI显著升高(P<0.01),处理30 min后10^(-10)~10^(-4)mol·L^(-1)组MFI升高(P<0.01),表明RhoA蛋白被激活。在CHO细胞上,与溶剂对照组相比,诺考达唑10^(-10)~10^(-6)mol·L^(-1)处理10和30 min MFI均升高(P<0.05,P<0.01);LPA 10^(-11)~10^(-4)mol·L^(-1)处理3 min和10^(-11),10^(-8)~10^(-4)mol·L^(-1)处理10 min及10^(-11)~10^(-9),10^(-7),10^(-6),10^(-4)mol·L^(-1)处理30 min MFI均升高(P<0.05,P<0.01);钙肽素10^(-11)~10^(-6),10^(-4)mol·L^(-1)处理10 min及10^(-11)和10^(-4)mol·L^(-1)处理30 min MFI均升高(P<0.05,P<0.01),均表明RhoA蛋白被有效激活。结论 成功建立了快速检测RhoA蛋白激活的方法,可实现高通量、快速、高效、便捷地对RhoA蛋白的激活进行检测。 展开更多

关键词 Ras同源基因家族成员A 蛋白检测 高内涵成像分析 荧光染色 高通量

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基于高通量测序的象山港海域黑鲷(Acanthopagrus schlegelii)食性分析 被引量：14

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作者 孙鹏 凌建忠 +2 位作者 张辉 唐保军 姜亚洲 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期1221-1228,共8页

选取象山港黑鲷个体为研究对象,以18S rDNA为靶标,利用Illumina Miseq高通量测序方法研究黑鲷饵料生物组成特征,分析不同龄组黑鲷的食性异同。通过序列比对,共在黑鲷胃含物中鉴定出41个属中的62种饵料生物,分属9个门,其中节肢动物门(Art... 选取象山港黑鲷个体为研究对象,以18S rDNA为靶标,利用Illumina Miseq高通量测序方法研究黑鲷饵料生物组成特征,分析不同龄组黑鲷的食性异同。通过序列比对,共在黑鲷胃含物中鉴定出41个属中的62种饵料生物,分属9个门,其中节肢动物门(Arthropoda)、绿藻门(Chlorophyta)和软体动物门(Mollusca)是黑鲷饵料生物的优势组成门类。从饵料生物相对丰度和出现频率上分析,石莼(Ulva lactuca)、熊本牡蛎(Crassostrea sikamea)、胸刺水蚤(Centropages hamatus)、日本蟳(Charybdis japonica)、毛蚶(Scapharca subcrenata)和褐菖鲉(Sebastiscus marmoratus)是黑鲷的优势饵料物种,所占饵料生物总相对丰度的比重达60.90%。相似性分析检验(ANOSIM)结果显示:1至4龄黑鲷个体的饵料生物组成不存在显著性差异。与传统食性分析方法相比,高通量测序法在黑鲷饵料生物检测灵敏性上显现了较为明显的优势,保障黑鲷等重要物种的种群稳定对于该海域具有重要的生态和经济意义。 展开更多

关键词 黑鲷 食性 高通量测序 胃含物

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药物筛选新技术及其应用进展 被引量：13

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作者 刘翠 杨书程 +3 位作者 李民 刘培庆 陈缵光 张仁伟 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期1324-1330,共7页

药物筛选是应用适当的筛选方法和筛选技术从海量化合物中筛选出具有药理活性的化合物的方法,是提高研发效率、缩短周期、减少成本、降低风险、使新药研发能够持续进行的关键。药物筛选新技术的开发已成为医药科学研究的重要内容。该文... 药物筛选是应用适当的筛选方法和筛选技术从海量化合物中筛选出具有药理活性的化合物的方法,是提高研发效率、缩短周期、减少成本、降低风险、使新药研发能够持续进行的关键。药物筛选新技术的开发已成为医药科学研究的重要内容。该文就近年来发展的药物筛选新技术及其应用进行了简要综述。 展开更多

关键词 药物筛选 高通量筛选 高内涵筛选 表面等离子体共振技术 微流控芯片

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网络药理学实验研究相关技术 被引量：14

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作者 程肖蕊 周文霞 张永祥 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期131-137,共7页

网络药理学从生物网络的角度系统地揭示药物和机体相互作用的规律和原理,代表了现代生物医药研究的全新哲学理念与研究模式,其实验研究涉及的环节一是基于实验结果进行网络构建所需基本数据的获取,另一个是对所建立的网络预测模型进行... 网络药理学从生物网络的角度系统地揭示药物和机体相互作用的规律和原理,代表了现代生物医药研究的全新哲学理念与研究模式,其实验研究涉及的环节一是基于实验结果进行网络构建所需基本数据的获取,另一个是对所建立的网络预测模型进行实验验证。网络药理学实验技术应具有高通量、可定量、快速、高灵敏度和高准确性的特点,其所涉及的实验关键技术除了组学(基因组、蛋白质组、代谢组和糖组等)技术外,目前主要包括高通量/高内涵技术、双高通量基因表达检测技术和分子相互作用技术等。本文对这三种主要技术在网络药理学中的应用做了综述。 展开更多

关键词 网络药理学 实验技术 高通量/高内涵技术 双高通量基因表达检测技术 分子相互作用技术

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高内涵筛选技术的原理及其在生态毒理学的应用 被引量：5

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作者 黄超 言野 +2 位作者 李娜 马梅 王子健 《生态毒理学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期2-12,共11页

大量存在于环境中的有毒污染物仍然缺乏足够的毒理学数据来对其进行有效的监管,为了满足海量化合物毒性评价的需要,基于离体生物测试的高通量毒性筛选方法在近些年得到了迅猛的发展。高内涵筛选技术是新型的高通量化合物毒性筛选方法,... 大量存在于环境中的有毒污染物仍然缺乏足够的毒理学数据来对其进行有效的监管,为了满足海量化合物毒性评价的需要,基于离体生物测试的高通量毒性筛选方法在近些年得到了迅猛的发展。高内涵筛选技术是新型的高通量化合物毒性筛选方法,该方法最显著的特点是能够在保持细胞结构和功能完整的基础上同时获取多种毒性指标。因此在简介高内涵筛选技术原理的基础上,综述了其在生态毒理学领域已有的应用,并针对性地对高内涵筛选技术的发展和挑战进行了展望。 展开更多

关键词 高内涵筛选 高通量筛选 离体毒性测试 生态毒理学

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粮棉轮作对土壤中养分及真菌多样性的影响 被引量：15

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作者 赵存鹏 郭宝生 +4 位作者 刘素恩 王兆晓 耿昭 王凯辉 耿军义 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2017年第6期139-146,共8页

为了改善冀中南地区多年连作棉田的土壤环境,分析棉花-小麦-玉米两年三熟轮作种植制度对土壤速效养分和真菌多样性的影响。依托河北省南宫市棉花原种场试验点,采用定期采集土壤样品,测定土壤中的有效磷、速效钾、全氮含量及提取各样品... 为了改善冀中南地区多年连作棉田的土壤环境,分析棉花-小麦-玉米两年三熟轮作种植制度对土壤速效养分和真菌多样性的影响。依托河北省南宫市棉花原种场试验点,采用定期采集土壤样品,测定土壤中的有效磷、速效钾、全氮含量及提取各样品中的总DNA,借助Illumina Hi Seq 2500高通量测序平台,研究不同种植模式对土壤真菌的群落结构、丰度等的影响,分析养分变化和群落变化的相关性。结果表明:轮作模式土壤速效磷、全氮残留含量比连作棉田显著增加,而土壤速效钾则差异不明显。轮作模式和连作模式土壤中的分类单元(Operational taxonomic units,OTU)个数分别为783,750个,真菌多样性表现为轮作模式土壤﹥连作模式土壤。通过聚类分析,发现不同种植模式下的土壤样品被完全区分且菌群的差异性显著,轮作模式土壤较连作模式土壤中的散囊菌目(Eurotiales)、伞菌科(Agaricaceae)显著减少,而粪壳菌目(Sordariales)显著增加。此外通过综合比较发现,不同作物对土壤中营养元素的吸收和利用存在偏好性,可以利用轮作方式改变连作棉田的化肥使用方式,减少化肥的使用量,提高使用效率,为茬口衔接节肥技术的实施提供了依据;同时轮作能够减少土壤中包含许多腐生和寄生有害真菌的散囊菌目菌群种类和数量,增加了大多腐生于富含有机质的土壤和植物残体上的粪壳菌群。由此可以初步认为,对冀中南连作棉田进行轮作,能够提高肥效,优化土壤的菌群结构,从而改善棉田土壤结构,为提高棉田的产量奠定基础。 展开更多

关键词 棉花连作 粮棉轮作 土壤 真菌 养分 高通量测序

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面向下一代数字病理成像分析仪的高通量全彩色傅里叶叠层显微成像术(特邀) 被引量：4

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作者 潘安 高宇婷 +3 位作者 王爱业 高慧琴 马彩文 姚保利 《光子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第7期191-215,共25页

傅里叶叠层显微成像术是近年来提出的新型计算成像技术,它有效解决了传统显微成像中分辨率与视场制约的问题,无需对样本进行机械扫描便能获得十亿像素级的高通量图像,有效解决传统数字病理扫描仪器的拼接伪影、重影、拼接成功率低、景... 傅里叶叠层显微成像术是近年来提出的新型计算成像技术,它有效解决了传统显微成像中分辨率与视场制约的问题,无需对样本进行机械扫描便能获得十亿像素级的高通量图像,有效解决传统数字病理扫描仪器的拼接伪影、重影、拼接成功率低、景深狭小、效率偏低等问题。近年来更是发现其不单是解决视场与分辨率制约的工具,更是解决一系列权衡问题的范式,从而迸发出源源不绝的生命力与应用潜力。本文全方位概述了傅里叶叠层显微成像术技术9个方面的发展趋势,简介了其起源与基本原理,着重综述了其在面向下一代数字病理成像分析仪的多个阶段与最新进展。指出其在这一应用方向上已进入“10-100”的产业化阶段。讨论了其产生大规模社会经济效益的可能性,其极有可能给数字病理行业及其上下游相关行业带来突破进展。尽管如此,作为典型交叉领域仍有不尽人意之处,包括科学问题、技术问题、工程问题及行业问题,需要多方共同努力推进,展望了未来技术与工程发展方向。 展开更多

关键词 数字病理学 全划片成像 计算成像 高通量 高内涵 傅里叶叠层显微成像术

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不同茶树品种新梢氮磷钾含量与根际土壤细菌群落多样性差异 被引量：2

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作者 孔垂思 李友勇 +3 位作者 孙云南 尚卫琼 刘本英 杨涛 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第12期2763-2770,共8页

【目的】研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制和不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异,揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性的关系,为优化茶叶种植生产提供理论支撑。【方法... 【目的】研究不同茶树品种新梢高氮磷钾含量形成的机制和不同茶树品种根际土壤养分含量及细菌群落多样性的差异,揭示不同茶树品种新梢高氮磷钾含量与其根际土壤养分含量及细菌群落多样性的关系,为优化茶叶种植生产提供理论支撑。【方法】选择不同茶树品种,测定其新梢氮磷钾含量,结合16S rDNA高通量测序技术分析不同茶树品种的根际土壤理化性质及细菌群落多样性的差异,并对其做相关性分析。【结果】不同茶树品种新梢氮磷钾含量差异较大,氮含量高的茶树品种根际土壤的pH、有机质、全氮、水解性氮含量均较高,磷含量高的茶树品种根际土壤的全磷、有效磷含量均较高,钾含量高的茶树品种根际土壤的全钾、速效钾含量较高。群落结构分析表明,不同茶树品种根际土壤优势菌群在门水平为变形杆菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、厚壁菌门(Firmicutes)等。根际土壤pH、有机质、水解性氮、有效磷、速效钾含量对细菌群落结构影响较大,尤其是对变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门影响较大。【结论】不同茶树品种中,新梢氮磷钾含量高的茶树土壤pH、有机质、全钾、有效磷、速效钾含量较高,进而引起细菌群落丰富度、多样性较大,是茶树养分差异形成的重要环境因子。不同茶树品种中,高养分含量茶树根际土壤中变形杆菌门、放线菌门、绿弯菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、蓝藻门的细菌群落相对丰度较高。 展开更多

关键词 茶树品种 氮磷钾含量 根际土壤 细菌群落多样性 高通量测序

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原料预处理对柿子酒发酵过程中微生物群落演替的影响 被引量：3

11

作者 张艳峰 张晓云 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2023年第14期111-120,共10页

为获得不同预处理的柿子在发酵过程中的单宁含量和微生物群落的动态变化以及它们之间的相关性,本实验在相同条件下分别以柿子果肉(S)、冻柿子果肉(D)、柿子皮(P)、经单宁酶处理的柿子果肉(M)酿造柿子酒,并对其发酵过程中的单宁含量和微... 为获得不同预处理的柿子在发酵过程中的单宁含量和微生物群落的动态变化以及它们之间的相关性,本实验在相同条件下分别以柿子果肉(S)、冻柿子果肉(D)、柿子皮(P)、经单宁酶处理的柿子果肉(M)酿造柿子酒,并对其发酵过程中的单宁含量和微生物菌群结构及多样性进行分析,为后期调控柿子酒中的单宁含量提供理论基础。结果表明:四种预处理在发酵过程中单宁含量均呈现先增加后逐渐下降的变化趋势,但经单宁酶处理的柿子果肉(M)酿造的柿子酒中的单宁含量与其它预处理相比一直处于最低;在细菌微生物群落结构的门水平上,发酵第1 d的优势菌门均为蓝藻菌门(Cyanobacteria),而第3~9 d主要的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);在属水平上,优势菌属差异较大,分别为片球菌属(Pediococcus)(S)、明串珠菌属(Leuconostoc)(D)、不动杆菌属(Acinetobacter)(P)、葡糖杆菌属(Gluconobacter)和片球菌属(Pediococcus)(M)。在真菌微生物群落的门水平上,子囊菌门一直处于绝对优势菌门;在属水平上,优势菌属均为复膜酵母菌属(Saccharomycopsis)。和细菌相比,不同预处理的柿子酒在发酵过程中的真菌具有更强的相似性。此外,柿子果肉(S)、冻柿子果肉(D)、柿子皮(P)和经单宁酶发酵的柿子果肉(M)在发酵中的单宁含量与微生物菌属呈显著相关性的分别有10、5、3、7种,且微生物菌属各不相同。初步表明,原料预处理会影响柿子酒发酵过程中的单宁含量与微生物相关性。 展开更多

关键词 高通量测序 柿子酒 单宁含量 微生物多样性

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金线莲转录组测序及其黄酮类合成相关基因分析 被引量：15

12

作者 邹福贤 许文 +4 位作者 黄泽豪 张勋 陈抒云 林羽 徐伟 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期66-74,共9页

首次采用RNA-seq高通量测序技术对不同种植时期的金线莲进行转录组测序,并通过Q-PCR和HPLC对其结果进行验证和分析。转录组测序共获得金线莲51 370条基因,并注释到Nr、GO、Swiss-Prot、KEGG和KOG数据库,根据同源序列比对,与油棕和海枣... 首次采用RNA-seq高通量测序技术对不同种植时期的金线莲进行转录组测序,并通过Q-PCR和HPLC对其结果进行验证和分析。转录组测序共获得金线莲51 370条基因,并注释到Nr、GO、Swiss-Prot、KEGG和KOG数据库,根据同源序列比对,与油棕和海枣的同源性最高。通过比较不同生长时间的金线莲转录组,分析其差异基因主要集中在黄酮类生物合成相关基因,运用Q-PCR对6个黄酮类生物合成相关基因(反式肉桂酸4-单加氧酶、咖啡酰辅酶A O-甲基转移酶、查尔酮合成酶、黄酮醇合成酶、莽草酸O-羟基肉桂酰转移酶、黄酮类3',5'-羟化酶)表达量进行验证;并结合HPLC对相应的金线莲样品中6种主要黄酮类成分(芦丁、异槲皮苷、水仙苷、槲皮素、山柰酚和异鼠李素)进行含量测定。结果表明6种主要黄酮类成分含量随着金线莲黄酮类合成基因的表达量的升高而增加,并结合转录组数据,绘制出金线莲中黄酮类成分的生物合成途径。此研究为金线莲黄酮合成关键基因及黄酮类成分生物合成提供重要的遗传信息,同时为其药用价值开发提供依据。 展开更多

关键词 金线莲 RNA-SEQ Q-PCR 含量测定 黄酮类 生物合成

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长牡蛎食物组成的高通量测序分析 被引量：6

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作者 李凤雪 杜美荣 +4 位作者 高亚平 王军威 张义涛 张志新 蒋增杰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2021年第5期86-96,共11页

为了更加细致地甄别滤食性贝类的食物组成,于2019年8月,以北方规模化典型养殖海湾——桑沟湾养殖的长牡蛎(Crassostrea gigas)为研究对象,运用Illumina高通量测序技术对长牡蛎的胃含物及所处养殖水体中的真核生物进行分析研究。结果显示... 为了更加细致地甄别滤食性贝类的食物组成,于2019年8月,以北方规模化典型养殖海湾——桑沟湾养殖的长牡蛎(Crassostrea gigas)为研究对象,运用Illumina高通量测序技术对长牡蛎的胃含物及所处养殖水体中的真核生物进行分析研究。结果显示,扩增18S rDNA V4区平均得到111,359个有效序列短片段,在97%相似性水平上划分OTUs(operational taxonomic units),聚类后得到239个类别。其中,长牡蛎胃含物中的真核生物分属于34个门,绿藻门(Chlorophyta)、甲藻门(Pyrrophyta)、链形植物(Streptophyta)、硅藻门(Bacillariophyta)和原生动物(Protozoa)等为主要类群。所处养殖水体中的真核生物分属于37个门,绿藻门、脊索动物门(Chordata)、节肢动物门(Arthropoda)、甲藻门和硅藻门等为主要类群。结果表明,浮游植物是长牡蛎的主要食物来源,链型植物和原生动物也有一定的贡献,分别占总食物贡献量的10.43%和4.11%。研究结果为深入认识滤食性贝类的摄食生态学及其在养殖生态系统物质循环和能量流动中发挥的作用提供了数据支撑。 展开更多

关键词 胃含物 18S rDNA 高通量测序 长牡蛎 桑沟湾

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大口黑鲈池塘工程化循环水养殖系统的溶解氧时空变化及菌群响应特征 被引量：11

14

作者 王朋 徐钢春 徐跑 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1290-1299,共10页

采用基于Illumina Miseq测序平台的高通量测序技术,从不同角度(密度、区域、溶氧、季节)分析大口黑鲈(Micropterus salmoides)池塘工程化循环水养殖系统中溶解氧和水温对细菌群落结构和丰富度的影响。结果表明:菌群丰富度在9月份最高,... 采用基于Illumina Miseq测序平台的高通量测序技术,从不同角度(密度、区域、溶氧、季节)分析大口黑鲈(Micropterus salmoides)池塘工程化循环水养殖系统中溶解氧和水温对细菌群落结构和丰富度的影响。结果表明:菌群丰富度在9月份最高,在10月份最低。在昼夜变化中,溶解氧最低时的菌群丰富度整体上高于溶解氧最高时。在不同区域中,粪便收集区的菌群丰富度高于养殖区。在7—11月份的季节变化中,变形菌、放线菌、拟杆菌和蓝细菌的相对丰度占据前四位;在属水平上,假单胞菌、黄杆菌和聚球菌为优势物种;几乎每种细菌都具有显著或极显著的月份差异。假单胞菌的相对丰度与溶解氧和水温皆具有极显著的相关性。聚球菌、蓝细菌、CL-500_marine_group和Alpinimonas皆与水温具有极显著相关性。分枝杆菌、MNG7与溶解氧极显著相关。此外,不同菌群之间也具有显著或极显著的相关性。实验结果表明放养密度、养殖区域、溶氧浓度和季节变化都会影响水体菌群丰富度。 展开更多

关键词 时空变化 溶解氧浓度 菌落丰富度 高通量测序

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高通量表型技术在作物干旱胁迫中的应用研究进展 被引量：4

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作者 王薇 付虹雨 +4 位作者 龚喜红 卢建宁 杨瑞芳 崔国贤 佘玮 《节水灌溉》 北大核心 2023年第7期110-116,124,共8页

干旱胁迫是限制作物生长的重要因素之一。在全球气候变暖的大环境下,干旱造成大量作物产量损失,使得世界范围内粮食安全受到威胁。为应对这一问题,必须实现生产过程中作物水分含量的实时监测,以指导合理灌溉。同时有必要加快选育耐旱、... 干旱胁迫是限制作物生长的重要因素之一。在全球气候变暖的大环境下,干旱造成大量作物产量损失,使得世界范围内粮食安全受到威胁。为应对这一问题,必须实现生产过程中作物水分含量的实时监测,以指导合理灌溉。同时有必要加快选育耐旱、抗旱的作物品种,以保证干旱胁迫下农业的可持续稳定发展。近年来,借助遥感技术、光谱技术、机器学习技术的集成能力,基于高通量表型技术的作物生长监测研究取得极大进展,为干旱胁迫下,大规模作物水分含量快速、无损、精确研究提供可能。高通量表型技术在作物干旱胁迫中的应用有助于指导精准灌溉,提高作物水分利用效率,并帮助育种学家快速筛选耐旱作物品种,辅助优质作物改良。系统阐述了高通量表型技术的原理以及其在作物干旱胁迫中的应用进展,以期为相关研究提供参考。 展开更多

关键词 高通量表型技术 遥感技术 干旱胁迫 含水量 光谱技术 机器学习

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高通量快速检测稻米中表观直链淀粉含量的方法 被引量：1

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作者 代继松 张华 +1 位作者 朱英 徐恒 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第6期1421-1424,共4页

为了便于高通量筛选直链淀粉含量变化的诱变突变体,对农业部标准中的直链淀粉含量测定的方法(NY/T 83—1988)进行了改良。改良法测定结果与标准法高度正相关。与标准法相比,改良法具有简单、易操作、样品量少等优点,特别是如果表观直链... 为了便于高通量筛选直链淀粉含量变化的诱变突变体,对农业部标准中的直链淀粉含量测定的方法(NY/T 83—1988)进行了改良。改良法测定结果与标准法高度正相关。与标准法相比,改良法具有简单、易操作、样品量少等优点,特别是如果表观直链淀粉含量差异超过5%左右,I2-KI染色的差异就能用肉眼很直观的区分,因此该方法可用于微量样品的直链淀粉含量测定或高通量育种群体的筛选测定。 展开更多

关键词 稻米 表观直链淀粉含量 高通量 改良法

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细胞筛选平台在人类功能基因组研究中的应用 被引量：1

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作者 武春晓 石太平 马大龙 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第11期1003-1010,共8页

人类基因组全序列的精细图已完成,当前生命科学面临的重要任务就是如何将基因组序列信息转化为基因的功能信息,了解生命活动的分子机理,改善人类健康,为生物技术发展提供动力.在一系列功能基因组研究新技术中,高通量(high-throughput)... 人类基因组全序列的精细图已完成,当前生命科学面临的重要任务就是如何将基因组序列信息转化为基因的功能信息,了解生命活动的分子机理,改善人类健康,为生物技术发展提供动力.在一系列功能基因组研究新技术中,高通量(high-throughput)和高内涵(high-content)的细胞筛选技术平台已经显示出巨大潜力,发挥着越来越重要的作用.通过在体外培养的哺乳动物细胞中基因过表达或抑制基因表达,分析所产生信号传导通路和/或细胞表型改变,可以直接发现基因功能.近年来一些技术上的进展,使细胞筛选平台具有微量、自动、高效、高通量,以及可以系统研究的特点,已经成为功能基因组研究的核心方法之一.近2￣3年来已经出现一批成功应用细胞筛选平台进行大规模功能基因组研究的报道.我国在这一领域的研究也开始起步,将对我国生物技术的源头创新研究产生深远的影响. 展开更多

关键词 功能基因组 高通量 高内涵 细胞筛选技术

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不同品种不结球白菜高通量表型特征分析 被引量：2

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作者 高璐 李晓锋 +2 位作者 奚丹丹 朱玉英 朱红芳 《上海农业学报》 2022年第6期22-28,共7页

以5种不结球白菜品种为研究对象,利用德国Lemne Tec公司Scanalyzer 3D成像仪器获取植株不同时间和不同角度照片,通过测定植株的各表型指标,探究不同品种不结球白菜的光合能力。结果表明:播种后第24天时,‘新夏青5号’的开展面积及黄酮... 以5种不结球白菜品种为研究对象,利用德国Lemne Tec公司Scanalyzer 3D成像仪器获取植株不同时间和不同角度照片,通过测定植株的各表型指标,探究不同品种不结球白菜的光合能力。结果表明:播种后第24天时,‘新夏青5号’的开展面积及黄酮指数最大,分别为10 435 mm~2、0.51,‘海青2号’的紧密度、2—3级含水量、叶绿素指数最大,分别为0.72、99.54%、25.76,‘植润988’氮平衡指数最大,为63.34;在播种后第31天时,‘新夏青5号’的开展面积最大,为24 597 mm~2,‘海青2号’的紧密度、3—5级含水量、叶绿素指数、氮平衡指数最大,分别为0.76、99.88%、26.09、64.04,‘紫衣’类黄酮指数最大,为0.63;在播种后第38天时,‘紫衣’的开展面积最大,为47 134 mm~2,‘海青2号’的紧密度、2—3级含水量、叶绿素指数、氮平衡指数最大,分别为0.83、97.30%、29.75、67.01,‘新夏青5号’黄酮指数最大,为0.52。研究可为指导不结球白菜生产和育种实践提供精准的依据。 展开更多

关键词 不结球白菜 高通量 表型 紧密度 相对含水量

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浓酱兼香型白酒发酵酒醅微生物群落及理化指标对正丙醇产出的影响 被引量：9

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作者 范培文 刘蒲临 +5 位作者 张明春 缪礼鸿 陈家晖 邓灿 汪彩莉 王奇盛 《中国酿造》 CAS 北大核心 2022年第7期32-37,共6页

该研究从24份浓酱兼香型白酒二轮次出池酒醅筛选出正丙醇含量高、中、低酒醅样品,对其理化指标进行分析,采用高通量测序技术分析其微生物群落结构,基于冗余分析(RDA)探讨正丙醇产量与理化因子、微生物群落相关性。结果表明,3份酒醅样品... 该研究从24份浓酱兼香型白酒二轮次出池酒醅筛选出正丙醇含量高、中、低酒醅样品,对其理化指标进行分析,采用高通量测序技术分析其微生物群落结构,基于冗余分析(RDA)探讨正丙醇产量与理化因子、微生物群落相关性。结果表明,3份酒醅样品水分、总酸、还原糖以及氨基酸态氮含量差异显著(P<0.05);共检出16个微生物属(3个细菌属,13个真菌属),其中,共有优势细菌属为乳杆菌属(Lactobacillus)(相对丰度>1%),共有优势真菌属为曲霉属(Aspergillus)、伊萨酵母属(Issatchenkia)(相对丰度>1%)。RDA结果表明,酒醅的水分、氨基酸态氮、总酸、乳杆菌属、曲霉属、伊萨酵母属、嗜热子囊菌属(Thermoascus)、毕赤酵母属(Pichia)与正丙醇产出呈负相关,还原糖、毛孢子菌属(Trichosporon)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus)、克罗彭斯特菌属(Kroppenstedtia)与正丙醇产出呈正相关。 展开更多

关键词 白酒酒醅 高通量测序 正丙醇含量 理化指标 微生物群落 冗余分析

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基于镜检和高通量测序技术的铜锈环棱螺胃含物分析 被引量：4

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作者 张灿灿 张丹丹 +4 位作者 王志强 罗福广 文衍红 蒋明 李艳和 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2023年第2期84-93,共10页

以养殖的铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)为研究对象,采用镜检和高通量测序技术分析其胃含物情况。结果显示:铜锈环棱螺的摄食率为86.87%,其胃含物以浮游植物和碎屑为主,其中胃内主要的食物成分是小球藻(Chlorella)和裸藻(Euglena),后... 以养殖的铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)为研究对象,采用镜检和高通量测序技术分析其胃含物情况。结果显示:铜锈环棱螺的摄食率为86.87%,其胃含物以浮游植物和碎屑为主,其中胃内主要的食物成分是小球藻(Chlorella)和裸藻(Euglena),后肠中则以隐藻和颤藻为主;铜锈环棱螺胃内微生物菌群主要由变形菌门、放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门等23门和盐单胞菌属(Halomonas)、乳球菌属(Lactococcus)、肉杆菌属(Carnobacterium)等88属组成,其中真菌类群主要由子囊菌门、担子菌门等5门和马拉色氏霉菌属(Malassezia)、曲霉菌属(Aspergillus)、被孢霉属(Mortierella)等50属组成。研究结果可为铜锈环棱螺饵料生物学和生态食物网研究提供基础资料,为开展其人工养殖提供基础生物学基础。 展开更多

关键词 铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa) 胃含物 高通量测序 显微镜镜检

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