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血浆游离DNA检测对非小细胞肺癌靶向治疗相关基因筛选及患者预后预测的研究
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作者 邓绮玲 宋迪 +3 位作者 奚可欣 谢晓婷 吴小延 赵卫 《中国癌症杂志》 北大核心 2025年第4期355-364,共10页
背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系... 背景与目的:肿瘤患者血浆游离DNA(cell-free DNA,cfDNA)高通量检测广泛用于肿瘤靶向治疗相关基因的筛选。本研究探讨cfDNA中Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗相关基因变异类型及数量与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患癌预后的关系。方法:收集2021年—2023年在中山大学肿瘤防治中心进行血浆cfDNA高通量测序项目的NSCLC患者的测序结果及临床资料,并对入组患者从2021年6月1日采集血浆当天开始截至2024年5月27日进行生存随访,并使用GraphPad Prism 8.0及SPSS Statistics 25.0对患者生存期与临床资料及测序结果中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因类型及数目进行单因素及多因素统计学分析(伦理批号:B2024-359-01)。结果:313例NSCLC患者中确诊时分期Ⅰ期25例(7.98%)、Ⅱ期20例(6.39%)、Ⅲ期38例(12.14%)和Ⅳ期230例(73.48%);组内NSCLC分型包含腺癌(90.10%),鳞癌(5.11%),大细胞癌(2.87%)及其他分型(1.92%);入组的NSCLC患者血浆cfDNA中Ⅰ类与Ⅱ类靶向治疗相关基因数及占比分别为:0个(25.24%)、1个(17.57%)、2个(19.17%)、3个(14.38%)、4个(8.31%)、5个及以上(15.34%)。患者血浆cfDNA高通量测序检测结果中,突变频率最高的3个基因分别为EGFR、TP53、ERBB2基因,其中EGFR基因突变频率为36.04%,TP53基因突变频率为30.63%,ERBB2基因突变频率为4.95%。患者生存期不仅与热点靶向基因表达情况相关,与血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数也呈正相关。经过治疗后无靶向治疗相关基因的位点变异比有靶向治疗相关基因的位点变异的患者的生存期长,死亡风险可降低63.2%。而单纯一个基因位点变异比多个驱动基因位点变异的患者的生存期长,死亡风险更低,所测得的Ⅰ类及Ⅱ类靶向治疗药物在3个基因数以内,基因数目越少,患者的生存期越长。结论:血浆cfDNA高通量测序中Ⅰ类和Ⅱ类靶向相关位点基因变异个数对经过治疗后的NSCLC患者的生存期有影响。血浆cfDNA高通量测序检测可作为患者预后的评估指标。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 血浆游离dna 高通量测序 基因突变位点 靶向治疗药物筛选 生存分析
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食管癌高发区人食管癌组织中DNA聚合酶β基因突变检测 被引量:6
2
作者 赵国强 赵勤 +4 位作者 刘栋 杨洪艳 郑乃刚 章茜 董子明 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2003年第4期493-495,共3页
目的 :研究林州市食管癌高发区病例的食管癌组织中DNA聚合酶 β基因 (polβ)的突变情况。 方法 :利用PT PCR、SSCP和序列分析对食管癌高发区 5 0例食管癌及癌旁组织标本中polβ基因进行检测。 结果 :5 0例食管癌标本中有 2 2例 polβ发... 目的 :研究林州市食管癌高发区病例的食管癌组织中DNA聚合酶 β基因 (polβ)的突变情况。 方法 :利用PT PCR、SSCP和序列分析对食管癌高发区 5 0例食管癌及癌旁组织标本中polβ基因进行检测。 结果 :5 0例食管癌标本中有 2 2例 polβ发生变异 ,突变率为 4 4 % (2 2 /5 0 ) ;而癌旁组织仅 2例异常 ,突变率为 4 % (2 /5 0 )。突变形式有 :5 8bp(177位到 2 34位 )的基因片段缺失 ;375位A→G(Ile→Val) ,4 5 4位T→C(Phe→Ser) ,4 6 2位G→T(Glu→终止码 ) ,4 6 6位G→A(Gly→Glu) ,6 13位A→T(Lys→Ile) ,6 4 8位G→C(Gly→Arg) ,6 6 0位A→G(Arg→Gly)。结论 :食管癌高发区食管癌组织存在 polβ基因突变 ,且突变率较高 ;该酶基因突变可能与食管癌的发生。 展开更多
关键词 食管癌 高发区 癌组织 dna聚合酶Β 基因突变 检测
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非综合征性耳聋儿童GJB2 235delC及线粒体DNA 12S rRNA A1555G突变分析 被引量:5
3
作者 王冰 姚红兵 +2 位作者 徐洁 周媛 汪武 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第15期1450-1452,共3页
目的对耳聋患儿进行GJB2基因、线粒体DNA A1555G位点突变检测,为遗传性耳聋提供诊断依据。方法对195例耳聋患儿进行遗传性耳聋问卷调查、全面的体格检查、耳鼻咽喉专科检查以及听力学评估(包括纯音测听、脑干诱发电位和耳声发射)。对19... 目的对耳聋患儿进行GJB2基因、线粒体DNA A1555G位点突变检测,为遗传性耳聋提供诊断依据。方法对195例耳聋患儿进行遗传性耳聋问卷调查、全面的体格检查、耳鼻咽喉专科检查以及听力学评估(包括纯音测听、脑干诱发电位和耳声发射)。对195例非综合征性感音神经性耳聋患儿及100例健康对照个体分别进行GJB2基因235delC突变、线粒体DNA12S rRNA基因A1555G点突变的限制性内切酶分析。结果195例患儿者中发现GJB2基因235delC纯合突变、235delC与176-191del16复合及235delC与299-300delAT复合突变等共46例耳聋患儿与GJB2基因突变有关,占23.58%。病患组235delC等位基因频率为18.44%,对照组为2.00%(P<0.01)。同时在患儿组还发现了7例线粒体DNA A1555G突变,对照组未发现线粒体DNA A1555G突变。结论重庆市非综合征型耳聋患儿存在较高的GJB2基因235delC和线粒体DNA12S rRNA基因A1555G突变发生率,高于全国平均水平。耳聋基因诊断技术可以应用在地区性耳聋病因调查中有重要的意义。对基因型-表现型相关性的研究对遗传性耳聋的治疗及预期疗效判断、遗传咨询、产前诊断等具有重要意义。 展开更多
关键词 耳聋 GJB2基因 线粒体dna 突变分析
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脑胶质瘤组织中DNA聚合酶β基因突变检测 被引量:5
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作者 高丽 赵国强 +2 位作者 史锡文 何炜 董子明 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2005年第4期605-608,共4页
目的:研究人脑胶质瘤组织中DNA聚合酶β基因(polβ)的突变情况。方法:应用RT-PCR及SSCP检测22例脑胶质瘤、4例脑膜瘤、3例垂体瘤及1例肺部转移性鳞癌标本中polβ的表达,利用DNASIS、OMIGA软件及Chou&Fasman算法对扩增产物进行序列... 目的:研究人脑胶质瘤组织中DNA聚合酶β基因(polβ)的突变情况。方法:应用RT-PCR及SSCP检测22例脑胶质瘤、4例脑膜瘤、3例垂体瘤及1例肺部转移性鳞癌标本中polβ的表达,利用DNASIS、OMIGA软件及Chou&Fasman算法对扩增产物进行序列分析及蛋白质二、三级结构分析。结果:脑胶质瘤组织中DNApolβ突变率为6/22,共8个突变位点,2例发生504位A→G(131位Lys→Glu)、748位A→G(212位His→Arg)突变,2者蛋白质二级结构亦明显改变;598位T→C(162位Val→Ala)突变2例,但2者蛋白质二级结构无明显改变;2例Ⅲ级星形细胞瘤分别有2个和3个突变位点,但其各有1个相应的氨基酸未发生变异。Ⅱ级以下脑胶质瘤及脑膜瘤、垂体瘤等良性脑肿瘤组织均未发现DNApolβ基因突变。1例肺癌脑部转移性鳞状细胞癌DNApolβ基因出现5个突变位点,737位A→C(208位Pro未变异)、744位T→G(211位Lue→Val)、830位C→G(239位Cys→Trp)、866位A→C(251位Pro未变异)、870位A→C(253位Arg未变异),但蛋白质二级结构未改变。蛋白质三维结构图显示脑胶质瘤组织中6个氨基酸变异位点中,5个位于掌部,1个位于拇指部。结论:脑胶质瘤细胞中存在DNApolβ基因突变,且这些突变位点均为DNApolβ基因(尤其是掌部)活化结构域。提示脑胶质瘤的发生和发展可能与DNApolβ基因突变有关。 展开更多
关键词 dna聚合酶Β 脯肿瘤 胶质瘤 基因突变 序列测定
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产品族设计DNA可遗传因子提取 被引量:20
5
作者 周小舟 薛澄岐 +4 位作者 王海燕 张晶 徐方芳 张杏 牛亚峰 《东南大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1192-1197,共6页
综合应用多种感性工学研究方法从国电南自现有平台产品族设计中来推导出可用产品族DNA.首先,依照企业专家组意见从现有产品族中选取代表性样本,在进行态度倾向预测试的基础上选取了42名研究生进行主观评分测试,运用多种统计方法来推导... 综合应用多种感性工学研究方法从国电南自现有平台产品族设计中来推导出可用产品族DNA.首先,依照企业专家组意见从现有产品族中选取代表性样本,在进行态度倾向预测试的基础上选取了42名研究生进行主观评分测试,运用多种统计方法来推导遗传因子.然后,在微观视角中应用FSA法和Delphi法归纳出产品族显性DNA遗传因子,在宏观视角下应用SD法推导出产品族隐性DNA遗传因子.最后,将归纳出的显性及隐形遗传因子在新一代平台产品设计实践中应用和检验,为新平台产品族设计提供了可行性指导.该方法具有通用性,可推广应用到一般性软、硬件控制界面的产品识别设计中. 展开更多
关键词 FSA法 SD法 感性工学 产品族dna 可遗传因子
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前列腺癌及良性增生组织中DNA聚合酶β基因突变检测 被引量:4
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作者 王明臣 唐琳 +2 位作者 赵国强 赵勤 董子明 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2005年第4期611-613,共3页
目的:研究前列腺癌(Pca)及良性前列腺增生(BPH)组织中DNA聚合酶β基因(polβ)的突变情况.方法:采用RT-PCR、DNA序列分析技术对12例Pca及20例BPH组织中的polβ进行检测,并利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据.结果:Pca组织中polβ突变率... 目的:研究前列腺癌(Pca)及良性前列腺增生(BPH)组织中DNA聚合酶β基因(polβ)的突变情况.方法:采用RT-PCR、DNA序列分析技术对12例Pca及20例BPH组织中的polβ进行检测,并利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据.结果:Pca组织中polβ突变率为4/12,BPH组织中polβ突变率为1/20.突变形式如下:①点突变:325位A→G转换(71位Glu→Gly),721位A→G转换(203位Glu→Gly),768位C-→T转换(219位Gln→终止码),801位A→G转换(230位Lys→Glu),853位A→G转换(247位Glu→Gly),1071位A→G转换(320位Phe→Leu),177.188位CT→AA(22位Leu→Asn).②58 bp片段缺失(181~238位),导致移码及提前终止.结论:Pca组织中polβ的突变以点突变A→G转换为主要突变形式.181~238位的58 bp的大片段缺失系国内外首次发现的突变形式.DNA polβ突变可能与Pca的发生、发展密切相关. 展开更多
关键词 dna聚合酶Β 前列腺癌 良性前列腺增生 基因突变 序列分析
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线粒体脑肌病患者线粒体DNA突变分析 被引量:5
7
作者 张炳峰 王震 牛琦 《医学研究生学报》 CAS 2005年第11期989-991,998,i0009,共5页
目的:分析线粒体脑肌病患者骨骼肌细胞线粒体DNA的突变情况,为疾病诊断提供依据。方法:用常规苏木精-伊红(H-E)、酶组织化学染色和电镜检查等方法对线粒体脑肌病进行诊断,用聚合酶链反应(PCR)/限制性内切酶酶切方法对线粒体脑肌病伴高... 目的:分析线粒体脑肌病患者骨骼肌细胞线粒体DNA的突变情况,为疾病诊断提供依据。方法:用常规苏木精-伊红(H-E)、酶组织化学染色和电镜检查等方法对线粒体脑肌病进行诊断,用聚合酶链反应(PCR)/限制性内切酶酶切方法对线粒体脑肌病伴高乳酸血症和卒中样发作综合征(MELAS)和肌阵挛性癫痫伴肌红纤维断裂综合征(MERRF)的患者进行线粒体基因分析。结果:3例患者均被确诊为线粒体脑肌病,其中例1和例2tRNAleu基因发生A3243G杂合突变,例3发生A8344G杂合突变。结论:线粒体DNA中的tRNA基因突变,是线粒体脑肌病的重要病因之一。 展开更多
关键词 线粒体脑肌病 线粒体dna 突变分析 限制性内切酶
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流式细胞术检测DNA倍体数对鉴别良恶性肿瘤价值的Meta分析 被引量:9
8
作者 胡艳芬 陈龙 +1 位作者 荆超 谢贤和 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期136-142,共7页
目的探讨流式细胞术(FCM)检测DNA倍体数在良恶性肿瘤鉴别中的应用价值,为临床恶性肿瘤诊断手段的选择提供理论依据。方法由2位研究者独立完成文献筛选,并依据纳入和排除标准,对检索到的所有文献进行二次筛选。使用Meta DiSc1.4对... 目的探讨流式细胞术(FCM)检测DNA倍体数在良恶性肿瘤鉴别中的应用价值,为临床恶性肿瘤诊断手段的选择提供理论依据。方法由2位研究者独立完成文献筛选,并依据纳入和排除标准,对检索到的所有文献进行二次筛选。使用Meta DiSc1.4对纳入研究的文献数据进行分析,包括异质性检验、敏感度、特异度、诊断比值比(DOR)及受试者工作特征曲线(SROC)等。结果经初筛、补充及二次筛选,共12篇文献纳入研究,包括1340例研究对象,其中恶性肿瘤组516例,良性对照组824例。异质性检验结果显示:灵敏度对数与(1-特异度)对数的Spearman相关系数为-0.343,P=0.275,不存在阈值效应。DOR曲线提示:Cochran.Q=26.49,P=0.0055,表明存在非阈值效应引起的异质性。采用随机效应模型计算合并统计量:敏感度为0.72(95%CI:0.68-0.76,I^2=50.1%);特异度为0.84(95%CI:0.81~0.86,I^2=65.5%)。绘制DNA倍体数检测良恶性肿瘤的SROC曲线,结果显示:AUC=0.8453,Q*=0.7768。结论FCM检测DNA异倍体对诊断恶性肿瘤具有较高的准确性,可作为临床良恶性肿瘤鉴别的一项重要辅助手段。 展开更多
关键词 恶性肿瘤 流式细胞术 dna倍体 META分析
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Rett综合征患儿一例多种组织的线粒体DNA突变分析 被引量:2
9
作者 唐炬 包新华 +1 位作者 戚豫 吴希如 《北京医科大学学报》 CSCD 1997年第6期535-538,共4页
探讨线粒体DNA在Rett综合征发病中的作用。方法:利用Southern杂交、聚合酶链式反应(PCR)-单链构象多态性(SSCP)分析及DNA直接测序等方法.对一例Rett综合征患儿的外周血白细胞、死后的脑、骨骼肌组织及其母亲外周血白细胞的线粒体... 探讨线粒体DNA在Rett综合征发病中的作用。方法:利用Southern杂交、聚合酶链式反应(PCR)-单链构象多态性(SSCP)分析及DNA直接测序等方法.对一例Rett综合征患儿的外周血白细胞、死后的脑、骨骼肌组织及其母亲外周血白细胞的线粒体DNA的部分片段进行分析。结果:患儿3种组织及其母亲外周血白细胞的线粒体DNA上编码16SrRNA的2650~3000区域的DNA存在突变,进一步测序证实患儿3种组织均存在2706位点A→G的点突变。结论:提示线粒体DNA在Rett综合征的发病中起一定作用。 展开更多
关键词 RETT综合征 线粒体 dna 突变分析 儿童 遗传学
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沉香DNA提取方法及种质资源聚类分析研究 被引量:6
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作者 钟志敏 吴文如 +2 位作者 赖小平 张桂芳 黄松 《世界科学技术-中医药现代化》 2016年第10期1631-1639,共9页
目的:分别建立适用于提取不同类型沉香样品(叶片、干燥枝条、药材)DNA的方法,通过ITS2序列对沉香药材进行种质资源聚类分析。方法:根据沉香叶片、干燥枝条、药材的组织差异,分别采用试剂盒法和优化的CTAB法提取DNA;利用紫外分光光度仪... 目的:分别建立适用于提取不同类型沉香样品(叶片、干燥枝条、药材)DNA的方法,通过ITS2序列对沉香药材进行种质资源聚类分析。方法:根据沉香叶片、干燥枝条、药材的组织差异,分别采用试剂盒法和优化的CTAB法提取DNA;利用紫外分光光度仪、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增及ITS2序列测定来检测DNA的纯度、浓度及可用性,以比较不同DNA提取方法的效率;将样品测序结果与从Gen Bank下载的沉香属(Aquilaria spp.)、拟沉香属(Gyrinops spp.),及沉香药材常见混伪品的ITS2序列,进行聚类分析。结果:优化的CTAB法提取得到的DNA纯度比试剂盒法稍低,但浓度更高。两种方法所提沉香总DNA进行ITS2序列的PCR扩增成功率和测序成功率均为100%。ITS2序列能准确鉴别出4个沉香混伪品和2个拟沉香物种,且15个沉香样品ITS2序列与Aquilaria subintegra(泰国)、Aquilaria sinensis(中国)、Aquilaria crassna(柬埔寨、泰国)三个沉香物种均100%相似。结论:本研究中的两种DNA提取方法均可用于沉香DNA条形码研究;优化CTAB法比试剂盒法更适用于药材DNA的提取,该方法为有关中药材DNA的提取提供了参考;ITS2序列可为沉香种质资源的鉴定和系统发育分析提供必要的实验依据。 展开更多
关键词 CTAB法 试剂盒法 dna条形码 ITS2 聚类分析
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杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段的研究 被引量:2
11
作者 张咸宁 何新辉 李继承 《浙江大学学报(医学版)》 CAS CSCD 2005年第5期417-420,共4页
目的:验证杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段。方法:采用PCR、PAGE电泳和变性高效液相色谱分析的方法,对中国人表皮松解性掌跖角化症致病基因KRT9第1外显子的杂合的碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)进行实验验证。结果:KRT9基因... 目的:验证杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段。方法:采用PCR、PAGE电泳和变性高效液相色谱分析的方法,对中国人表皮松解性掌跖角化症致病基因KRT9第1外显子的杂合的碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)进行实验验证。结果:KRT9基因第1外显子碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)杂合子的PCR产物,本身包含2种异源双链DNA片段和2种同源双链DNA片段,不需要经过额外的变性、退火处理。结论:在用DGGE、TGGE、DHPLC和HA等需要形成杂合双链体的基因突变检测技术进行突变检测时,如果突变为杂合子,则PCR产物可以直接进行突变检测,不需要预先加热/冷却等预处理以形成异源双链DNA分子。 展开更多
关键词 聚合酶链反应 突变 色谱法 高效液相 变性高效液相色谱 dna突变分析
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桃树不同材料DNA提取的探讨 被引量:3
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作者 何建 何桥 +3 位作者 张连峰 李伟 梁国鲁 刘绍杰 《西南农业大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2006年第1期139-140,144,共3页
利用改良CTAB法,以桃树的冬芽、半木质化韧皮部、老枝韧皮部、嫩叶和成熟叶片为材料提取总DNA。结果表明:5种不同的材料都能提取出DNA,但纯度和产量不同,除成熟叶片和老枝韧皮部外,其他材料的A260/A280值都在1.8以上,DNA的产量... 利用改良CTAB法,以桃树的冬芽、半木质化韧皮部、老枝韧皮部、嫩叶和成熟叶片为材料提取总DNA。结果表明:5种不同的材料都能提取出DNA,但纯度和产量不同,除成熟叶片和老枝韧皮部外,其他材料的A260/A280值都在1.8以上,DNA的产量在60~160μg/g之间。清晰明亮的PCR产物电泳结果也表明所提取的DNA完全满足ISSR分析的要求。 展开更多
关键词 桃树 dna提取 改良CTAB法 ISSR分析
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胃癌组织中DNA聚合酶β基因突变检测 被引量:1
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作者 赵国强 何炜 +3 位作者 赵勤 朱涵 赵洁 董子明 《郑州大学学报(医学版)》 CAS 北大核心 2005年第4期598-600,共3页
目的:了解胃癌组织中DNA聚合酶β(polβ)基因的突变情况。方法:利用RT-PCR、单链构象多态性(SSCP)和序列分析对38例胃癌组织及其相应癌旁正常组织标本polβ基因进行检测。利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据,Chou&Fasman算法推测... 目的:了解胃癌组织中DNA聚合酶β(polβ)基因的突变情况。方法:利用RT-PCR、单链构象多态性(SSCP)和序列分析对38例胃癌组织及其相应癌旁正常组织标本polβ基因进行检测。利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据,Chou&Fasman算法推测polβ氨基酸序列二级结构。结果:38例胃癌组织标本中SSCP异常9例(23.7%);而对应的癌旁正常组织均未见异常。polβ在低分化胃癌中的突变率达57.1%(8/14),而在中、高度分化胃癌中的突变率为4.2%(1/24),差异有统计学意义(P<0.05)。突变分别为196位A→G(28位Asn→Ser),268位A→G(52位Lys→Arg),790位A→T(226位Asp→Val)。其中196位A→G突变可导致polβ酶蛋白的二级结构明显改变。结果:胃癌组织中的polβ基因突变可能与胃癌的发生、发展有关。 展开更多
关键词 dna聚合酶Β 胃癌 基因突变 序列分析
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人DNA修复基因hR24L参与细胞周期检定点调控 被引量:12
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作者 朱应葆 韩云 《北京医科大学学报》 CSCD 1999年第3期269-273,共5页
目的:研究酵母RAD24L基因功能,克隆人类同源物。方法:分离RAD24基因区域rad24L突变株,以人的cDNA表达文库转化突变株,筛选回复表型;大剂量X线照射观察细胞周期。结果:rad24L对紫外线敏感,从转化文... 目的:研究酵母RAD24L基因功能,克隆人类同源物。方法:分离RAD24基因区域rad24L突变株,以人的cDNA表达文库转化突变株,筛选回复表型;大剂量X线照射观察细胞周期。结果:rad24L对紫外线敏感,从转化文库后的回复表型中克隆出人类hR24L全长cDNA。结论:克隆的人类DNA修复基因hR24L,它能校正rad24L的突变表型,参与细胞周期检定点调控。 展开更多
关键词 酵母菌 调控 dna修复基因 突变分析 细胞周期
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基于Box-Behnken响应面法的烤后烟叶品种分子鉴定技术构建
15
作者 田震 李媛 +6 位作者 毛静静 任民 熊党安 张兴伟 殷瑜东 李少鹏 刘国祥 《中国烟草科学》 北大核心 2025年第3期1-11,共11页
为解决烤后烟叶DNA降解严重、难以满足后续分子鉴定要求的问题,综合考虑分子标记所需DNA的浓度、质量以及提取效率、成本和安全等因素,本文基于SLS法,以加样量、离心时间、水浴时间为处理,以DNA浓度和A_(260)/A_(280)为响应值,采用单因... 为解决烤后烟叶DNA降解严重、难以满足后续分子鉴定要求的问题,综合考虑分子标记所需DNA的浓度、质量以及提取效率、成本和安全等因素,本文基于SLS法,以加样量、离心时间、水浴时间为处理,以DNA浓度和A_(260)/A_(280)为响应值,采用单因素试验及Box-Behnken响应面模型确定烤后烟叶基因组DNA的最佳提取方法。结果表明,烤后烟叶基因组DNA提取的最佳条件为加样量20 mg、离心时间10 min、水浴时间15 min,按照该方法提取的DNA浓度为588.16±27.09 ng/μL、A_(260)/A_(280)为1.75±0.03,与Design Expert 11软件预测结果相近,优化方法可靠。分子标记适用性检测结果表明,与优化前相比,以优化后SLS方法提取的DNA为模板,分别利用SSR、KASP引物进行PCR扩增后,毛细管电泳的目标片段出峰更明显,且KASP标记检测可得到明显的分型图,可用于不同品种烤后烟叶的SSR和KASP分子标记检测。优化后的SLS法及筛选出的13对SSR引物构建的烤后烟叶分子鉴定技术体系,可将供试的烤后烟叶品种进行有效区分,适用于烤后烟叶的品种鉴定。 展开更多
关键词 烤后烟叶 基因组dna提取方法 响应面分析法 SSR KASP 分子鉴定技术
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不同方法提取天麻DNA的研究 被引量:2
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作者 王晓玲 王晓多 +1 位作者 常楚瑞 王晓丽 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第31期17389-17390,共2页
[目的]探索适合于天麻DNA的提取方法。[方法]采用3种方法提取天麻DNA,测定提取的天麻DNA纯度与产量,并对其扩增产物进行电泳分析。[结果]改进的CTAB法提取的天麻DNA产量和纯度均较高,扩增产物的电泳条带也较明显。[结论]改进的CTAB法较... [目的]探索适合于天麻DNA的提取方法。[方法]采用3种方法提取天麻DNA,测定提取的天麻DNA纯度与产量,并对其扩增产物进行电泳分析。[结果]改进的CTAB法提取的天麻DNA产量和纯度均较高,扩增产物的电泳条带也较明显。[结论]改进的CTAB法较适合用于天麻DNA的提取。 展开更多
关键词 天麻 dna提取方法 PCR分析
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长期直接冻存猪肉样中基因组DNA提取方法的改进与PCR分析 被引量:4
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作者 王存芳 苑存忠 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2003年第2期43-46,共4页
以新鲜猪耳组织作为对照 ,比较了用经典方法从新鲜猪耳组织和长期直接冻存猪肉样中提取的DNA ,提出了从长期直接冻存肉样中提取高质量DNA的改进方法。结果表明 ,采用改进方法可得到大量的、较完整的基因组DNA ,即对于基因组DNA降解较严... 以新鲜猪耳组织作为对照 ,比较了用经典方法从新鲜猪耳组织和长期直接冻存猪肉样中提取的DNA ,提出了从长期直接冻存肉样中提取高质量DNA的改进方法。结果表明 ,采用改进方法可得到大量的、较完整的基因组DNA ,即对于基因组DNA降解较严重的样品是行之有效的方法。对提取到的DNA进行扩增 ,并分析了影响PCR反应的因素。 展开更多
关键词 基因组dna 提取方法 长期冻存肉样 改进方法 PCR分析
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不同碱裂解法快速提取甜菜大群体DNA的研究 被引量:10
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作者 吴则东 王华忠 倪洪涛 《中国糖料》 2013年第3期32-34,共3页
尝试使用一种新的方法提取甜菜干种子DNA,该方法不需要使用CTAB、SDS及其它提取DNA中需要使用的常规药剂,该方法仅需要使用NaOH一种试剂,提取几十份DNA只需要10几分钟的时间,并且提取的DNA完整性很好,完全可以满足甜菜SSR扩增的需要,为... 尝试使用一种新的方法提取甜菜干种子DNA,该方法不需要使用CTAB、SDS及其它提取DNA中需要使用的常规药剂,该方法仅需要使用NaOH一种试剂,提取几十份DNA只需要10几分钟的时间,并且提取的DNA完整性很好,完全可以满足甜菜SSR扩增的需要,为将来快速鉴定甜菜品种纯度和真伪性等工作奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 甜菜 碱裂解法 dna提取 大群体 SSR分析
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β-葡萄糖苷酶Bgl3热稳定性有益突变的鉴定与结构基础分析
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作者 许本宏 蒋奕文 +5 位作者 罗敬时 杨向鹏 李广 袁珊 刘玉焕 曹立创 《食品与发酵工业》 北大核心 2025年第15期1-8,共8页
DNA shuffling是蛋白质定向进化的一种常用策略,其优点是可以快速积累多突变效果,但同时由于突变数较多,其中真正发挥作用的突变及其结构基础往往不清楚。β-葡萄糖苷酶是纤维素高效降解的限速酶,良好的热稳定性是影响其实际催化效率的... DNA shuffling是蛋白质定向进化的一种常用策略,其优点是可以快速积累多突变效果,但同时由于突变数较多,其中真正发挥作用的突变及其结构基础往往不清楚。β-葡萄糖苷酶是纤维素高效降解的限速酶,良好的热稳定性是影响其实际催化效率的关键因素。该研究以DNA shuffling策略产生的热稳定性β-葡萄糖苷酶突变体Bgl3-6511(含60个突变,T_(50)值比野生型提高4.6℃)为研究对象,通过序列比对、定点突变和热稳定性测定,对其中的有益突变进行鉴定。结果显示,6个单点突变Y50F、R52H、R56K、V65I、T67A和P143A分别将该酶的T_(50)值提高2.9、4.2、1.5、2.8、3.2、1.2℃。同时,鉴定到5个有害突变将该酶的T_(50)值降低1.0~3.4℃。将获得单点有益突变进行组合,获得T_(50)值提高13.4℃的M6(Y50F/R52H/R56K/V65I/T67A/P143A),说明DNA shuffling策略积累的有害突变确实损害了性能优化。结构分析和分子动力学模拟显示,有益突变主要是通过增强分子内氢键、π-π键和稳定二级结构发挥作用。该研究对Bgl3-6511中的单点有益突变进行鉴定,对其结构基础进行了分析,并获得了热稳定性更加优良的突变酶,相关信息可为其他酶的分子改造提供有益借鉴。 展开更多
关键词 Β-葡萄糖苷酶 热稳定性 dna shuffling 有益突变 定点突变 结构分析
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不同处理方法对榆属植物叶片总DNA提取效果的影响 被引量:2
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作者 张文林 左力辉 +3 位作者 任亚超 刘红梅 杨敏生 王进茂 《河北林果研究》 2015年第4期325-330,共6页
为探明榆属植物基因组DNA的有效提取方法,以春榆无性系、白榆无性系、金叶榆无性系1号和2号的不同成熟度叶片为材料,并对其做不同预处理,然后采用CTAB法提取榆树基因组DNA,结果表明:嫩叶提取的DNA得率是老叶的1.4-3.0倍,嫩叶的A260/A28... 为探明榆属植物基因组DNA的有效提取方法,以春榆无性系、白榆无性系、金叶榆无性系1号和2号的不同成熟度叶片为材料,并对其做不同预处理,然后采用CTAB法提取榆树基因组DNA,结果表明:嫩叶提取的DNA得率是老叶的1.4-3.0倍,嫩叶的A260/A280值在1.82-1.87之间,老叶的A260/A280值大于1.90;鲜叶片提取的DNA得率是干叶片的1.0-2.0倍,鲜叶片的A260/A280值在1.86-1.94之间,干叶片的A260/A280值在1.90-1.98之间;用低浓度的乙醇(50%-75%)浸泡新鲜嫩叶12-24h可以有效减少DNA的降解,得率在498.62-1 295.97ng/μL,A260/A280值在1.84-1.94之间;预处理液中加入3g的PVP具有较好除酚去多糖的效果,所提取的DNA得率在862.51-1 791.44ng/μL,A260/A280值在1.92-1.98之间。 展开更多
关键词 榆树 dna提取 PVP 乙醇 方差分析
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