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基于转录组与一代测序技术挖掘ADSL基因调控坝上长尾鸡肌苷酸含量
1
作者
何玲钰
乔贤
+1 位作者
王新越
李祥龙
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第12期2676-2686,共11页
为寻找与改良坝上长尾鸡肌肉肌苷酸(inosine monophosphate,IMP)含量的基因,试验选取河北省优质蛋肉兼用型品种坝上长尾鸡为对象,对60只进行解剖测得肌苷酸含量,以坝上长尾鸡肌苷酸含量高低为指标分组,利用转录组测序进行差异表达基因...
为寻找与改良坝上长尾鸡肌肉肌苷酸(inosine monophosphate,IMP)含量的基因,试验选取河北省优质蛋肉兼用型品种坝上长尾鸡为对象,对60只进行解剖测得肌苷酸含量,以坝上长尾鸡肌苷酸含量高低为指标分组,利用转录组测序进行差异表达基因分析和KEGG通路富集,并利用PCR扩增和测序技术,进行多态位点的筛查,使用SPSS中的单因素方差分析与肌苷酸含量进行关联分析。结果表明,转录组测序分析中差异显著表达基因中有251个上调基因、241个下调基因,另有18300个差异不显著,对差异基因进行KEGG通路富集分析,发现核苷酸代谢途径对肌苷酸的含量有着重要影响,ADSL基因参与该通路最终影响肌苷酸的合成。成功扩增ADSL基因第2、7、9、11外显子,筛查到g.3713G>A,g.3797C>T,g.8282C>G,g.10191C>T,g.12827C>A,其中外显子2(g.3797C>T)CT型IMP含量显著(P<0.05)高于CC型与TT型,外显子7(g.8282C>G)CG型IMP含量显著(P<0.05)高于GG型及CC型,说明坝上长尾鸡ADSL基因第2外显子g.3797C>T位点CT型及第7外显子g.8282C>G位点CG型为优势基因型,可作为IMP含量的分子标记用于育种实践。
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关键词
坝上长尾鸡
转录组测序
ADSL基因
多态位点
肌苷酸
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职称材料
转录组数据揭示PLA2G4A调控坝上长尾鸡肌肉组织中肌苷酸的特异性沉积
2
作者
何玲钰
乔贤
+1 位作者
王新越
李祥龙
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2024年第S1期329-336,共8页
旨在探究PLA2G4A基因对坝上长尾鸡腿肌肌肉组织中肌苷酸(IMP)的调控水平,为进一步探究坝上长尾鸡PLA2G4A基因的生物学功能奠定基础。以选取270日龄的坝上长尾鸡腿为试验材料,将坝上长尾鸡腿肌组织以肌苷酸含量高低进行分组,每组各5个样...
旨在探究PLA2G4A基因对坝上长尾鸡腿肌肌肉组织中肌苷酸(IMP)的调控水平,为进一步探究坝上长尾鸡PLA2G4A基因的生物学功能奠定基础。以选取270日龄的坝上长尾鸡腿为试验材料,将坝上长尾鸡腿肌组织以肌苷酸含量高低进行分组,每组各5个样本,从腿肌组织中提取总RNA,对其进行转录组测序分析,并进行KEGG富集分析GO功能注释和蛋白互作网络分析;利用RT-qPCR技术,分析差异基因在坝上长尾鸡腿肌组织中的mRNA表达水平;从测序结果中筛选参与甘油磷酸酯代谢通路的基因PLA2G4A。KEGG富集分析结果表明,与肌苷酸合成相关的信号通路包括甘油磷酸酯代谢、醚脂代谢、花生四烯酸代谢等。GO功能注释表明,PLA2G4A基因参与11个生物学过程,包括甘油磷酸酯代谢,醚脂代谢、花生四烯酸代谢、亚油酸代谢等。蛋白互作发现,PLA2G4A基因与花生四烯酸代谢和甘油磷酸酯代谢过程中的重要调控酶共享功能。RT-qPCR结果显示,坝上长尾鸡腿肌组织中PLA2G4A基因的表达量在样本中存在显著性差异。综上所述,PLA2G4A基因可能是影响鸡肉IMP沉积的主效基因。
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关键词
坝上长尾鸡
肌苷酸
转录组
PLA2G4A基因
MRNA
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职称材料
利用微卫星标记研究燕山红玉及亲本遗传结构及肉用性能标记
3
作者
何玲钰
王金帅
+3 位作者
祁钰杰
吕建国
史国翠
李祥龙
《北方牧业》
2022年第11期24-25,共2页
为了解燕山红玉鸡遗传结构及肉用性能,本研究利用PCR扩增技术,采用20颗微卫星标记对燕山红玉鸡遗传结构进行分析。结果表明:在所标记的20个微卫星位点中,共检测出191个等位基因,并且在这些位点上,每个位点上都均可检测到4~14个等位基因...
为了解燕山红玉鸡遗传结构及肉用性能,本研究利用PCR扩增技术,采用20颗微卫星标记对燕山红玉鸡遗传结构进行分析。结果表明:在所标记的20个微卫星位点中,共检测出191个等位基因,并且在这些位点上,每个位点上都均可检测到4~14个等位基因,平均等位基因数为9.6个。其中,位点MCW0034、MCW0104、MCW0206等位基因数最多(14个),位点MCW0067等位基因数最少(4个);说明群体遗传多样性比较丰富。5个群体20个微卫星位点的I范围在1.011~1.291,整体差异不大。平均观察杂合度与平均期望杂合度均大于0.5,属于高度多态,具有丰富的遗传变异。发现3个微卫星位点与性别存在显著相关,分别为MCW0123、MCW0034和MCW0295位点。通过分析遗传距离得知,燕山红玉母鸡和燕山红玉公鸡之间的遗传距离最小(0.040),遗传多样性低,B380白尾母鸡与安卡红公鸡及B380黑尾母鸡和安卡红公鸡之间的遗传距离最大(0.271),遗传多样性高。发现7个与屠宰性能存在显著相关的微卫星标记,分别MCW0330、ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206、MCW0248位点。
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关键词
燕山红玉
微卫星
遗传多样性
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职称材料
题名
基于转录组与一代测序技术挖掘ADSL基因调控坝上长尾鸡肌苷酸含量
1
作者
何玲钰
乔贤
王新越
李祥龙
机构
河北科技师范学院动物科技学院
河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室
出处
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2024年第12期2676-2686,共11页
基金
河北省鸡现代种业科技创新团队(21326303D)。
文摘
为寻找与改良坝上长尾鸡肌肉肌苷酸(inosine monophosphate,IMP)含量的基因,试验选取河北省优质蛋肉兼用型品种坝上长尾鸡为对象,对60只进行解剖测得肌苷酸含量,以坝上长尾鸡肌苷酸含量高低为指标分组,利用转录组测序进行差异表达基因分析和KEGG通路富集,并利用PCR扩增和测序技术,进行多态位点的筛查,使用SPSS中的单因素方差分析与肌苷酸含量进行关联分析。结果表明,转录组测序分析中差异显著表达基因中有251个上调基因、241个下调基因,另有18300个差异不显著,对差异基因进行KEGG通路富集分析,发现核苷酸代谢途径对肌苷酸的含量有着重要影响,ADSL基因参与该通路最终影响肌苷酸的合成。成功扩增ADSL基因第2、7、9、11外显子,筛查到g.3713G>A,g.3797C>T,g.8282C>G,g.10191C>T,g.12827C>A,其中外显子2(g.3797C>T)CT型IMP含量显著(P<0.05)高于CC型与TT型,外显子7(g.8282C>G)CG型IMP含量显著(P<0.05)高于GG型及CC型,说明坝上长尾鸡ADSL基因第2外显子g.3797C>T位点CT型及第7外显子g.8282C>G位点CG型为优势基因型,可作为IMP含量的分子标记用于育种实践。
关键词
坝上长尾鸡
转录组测序
ADSL基因
多态位点
肌苷酸
Keywords
Bashang long tail chicken
transcriptome sequencing
ADSL
polymorphic locus
inosine monophosphate
分类号
S831 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
转录组数据揭示PLA2G4A调控坝上长尾鸡肌肉组织中肌苷酸的特异性沉积
2
作者
何玲钰
乔贤
王新越
李祥龙
机构
河北科技师范学院动物科技学院
河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室
出处
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2024年第S1期329-336,共8页
基金
河北省鸡现代种业科技创新团队(21326303D)。
文摘
旨在探究PLA2G4A基因对坝上长尾鸡腿肌肌肉组织中肌苷酸(IMP)的调控水平,为进一步探究坝上长尾鸡PLA2G4A基因的生物学功能奠定基础。以选取270日龄的坝上长尾鸡腿为试验材料,将坝上长尾鸡腿肌组织以肌苷酸含量高低进行分组,每组各5个样本,从腿肌组织中提取总RNA,对其进行转录组测序分析,并进行KEGG富集分析GO功能注释和蛋白互作网络分析;利用RT-qPCR技术,分析差异基因在坝上长尾鸡腿肌组织中的mRNA表达水平;从测序结果中筛选参与甘油磷酸酯代谢通路的基因PLA2G4A。KEGG富集分析结果表明,与肌苷酸合成相关的信号通路包括甘油磷酸酯代谢、醚脂代谢、花生四烯酸代谢等。GO功能注释表明,PLA2G4A基因参与11个生物学过程,包括甘油磷酸酯代谢,醚脂代谢、花生四烯酸代谢、亚油酸代谢等。蛋白互作发现,PLA2G4A基因与花生四烯酸代谢和甘油磷酸酯代谢过程中的重要调控酶共享功能。RT-qPCR结果显示,坝上长尾鸡腿肌组织中PLA2G4A基因的表达量在样本中存在显著性差异。综上所述,PLA2G4A基因可能是影响鸡肉IMP沉积的主效基因。
关键词
坝上长尾鸡
肌苷酸
转录组
PLA2G4A基因
MRNA
Keywords
Bashang Long-tailed chicken
Transcriptome
IMP
PLA2G4A
mRNA
分类号
S831 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
利用微卫星标记研究燕山红玉及亲本遗传结构及肉用性能标记
3
作者
何玲钰
王金帅
祁钰杰
吕建国
史国翠
李祥龙
机构
河北科技师范学院动物科技学院
唐山市畜牧技术推广站
河北省特色动物种质资源挖掘与创新重点实验室
出处
《北方牧业》
2022年第11期24-25,共2页
文摘
为了解燕山红玉鸡遗传结构及肉用性能,本研究利用PCR扩增技术,采用20颗微卫星标记对燕山红玉鸡遗传结构进行分析。结果表明:在所标记的20个微卫星位点中,共检测出191个等位基因,并且在这些位点上,每个位点上都均可检测到4~14个等位基因,平均等位基因数为9.6个。其中,位点MCW0034、MCW0104、MCW0206等位基因数最多(14个),位点MCW0067等位基因数最少(4个);说明群体遗传多样性比较丰富。5个群体20个微卫星位点的I范围在1.011~1.291,整体差异不大。平均观察杂合度与平均期望杂合度均大于0.5,属于高度多态,具有丰富的遗传变异。发现3个微卫星位点与性别存在显著相关,分别为MCW0123、MCW0034和MCW0295位点。通过分析遗传距离得知,燕山红玉母鸡和燕山红玉公鸡之间的遗传距离最小(0.040),遗传多样性低,B380白尾母鸡与安卡红公鸡及B380黑尾母鸡和安卡红公鸡之间的遗传距离最大(0.271),遗传多样性高。发现7个与屠宰性能存在显著相关的微卫星标记,分别MCW0330、ADL0112、ADL0278、LEI0166、MCW0014、MCW0206、MCW0248位点。
关键词
燕山红玉
微卫星
遗传多样性
分类号
S83 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组与一代测序技术挖掘ADSL基因调控坝上长尾鸡肌苷酸含量
何玲钰
乔贤
王新越
李祥龙
《浙江农业学报》
CSCD
北大核心
2024
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
转录组数据揭示PLA2G4A调控坝上长尾鸡肌肉组织中肌苷酸的特异性沉积
何玲钰
乔贤
王新越
李祥龙
《华北农学报》
CSCD
北大核心
2024
0
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下载PDF
职称材料
3
利用微卫星标记研究燕山红玉及亲本遗传结构及肉用性能标记
何玲钰
王金帅
祁钰杰
吕建国
史国翠
李祥龙
《北方牧业》
2022
0
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职称材料
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