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中国荷斯坦牛TLR2基因SNPs的快速筛查及等位基因频率的估算 被引量:8

SNP screening and protein function prediction of TLR2 gene in Chinese Holstein cattle
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摘要 为了快速筛查Toll样受体2基因的SNPs,采用DNA池和直接测序法确定了荷斯坦牛TLR2基因的多个SNP突变方式,估算了各SNP的等位基因频率,并利用生物信息学方法预测突变对TLR2 m RNA和蛋白的影响。结果显示,在荷斯坦牛TLR2基因内共发现6个核苷酸突变位点,分别为T602A、G10900C、G11047C、A11076T、C12077T、T10634G,其中T10634G为错义突变,导致第64位氨基酸由原来的谷氨酸(Gly)替换为天冬氨酸(Asp)。研究结果可为中国荷斯坦牛的抗病育种提供实验依据。 In order to rapidly screen the Toll-like receptor 2 gene SNPs,DNA pooling and direct sequencing method were used to identify SNP mutation patterns of TLR2 gene in Chinese Holstein cattle in this study. The allele frequencies of each SNP were estimated and the effects of mutation on the TLR2 m RNA and protein were predicted by bioinformatics. The results showed that there were 6 nucleotide mutation sites in the coding region,T602 A,G10900 C,G11047 C,A11076 T,C12077 T,T10634 G,respectively. Among them T10634 G was a missense mutation,resulting in the substitution of 64 amino acids from glutamic acid(Gly) to aspartic acid(Asp). The results can provide experimental basis on Chinese Holstein cattle breeding for disease resistance.
作者 杨永江 吴恩芸 任稳稳 马博妍 高成宏 李宏旭 刘丽霞 曹忻 臧荣鑫 杨具田 张丽 YANG Yongjiang;WU Enyun;REN Wenwen;MA Boyan;GAO Chenghong;LI Hongxu;LIU Lixia;CAO Xin;ZANG Rongxin;YANG Jutian;ZHANG Li(College of Life Scienxe and Engineering,Northwest Minzu University,Lanzhou 730030,Chin)
出处 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1321-1327,共7页 Acta Agriculturae Zhejiangensis
基金 西北民族大学引进人才科研项目(xbmuyjrc201316) 西北民族大学中央高校基本科研业务费(Y18089) 西北民族大学中央高校基本科研业务费专项(31920170029)
关键词 中国荷斯坦牛 TLR2基因 DNA池 等位基因频率 Chinese Holstein cattle TLR2 gene DNA pooling allele frequency
作者简介 杨水江(1997-),男,安徽阜阳人,动物科学专业本科生。E-mail:15101306081@163.com;通信作者,张丽,E-mail:zhangli2008@aliyun.com
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