目的:明确青海汉族牙周病患者口腔微生物的多样性和种群分析。方法:纳入慢性牙周炎患者10例、正常人群5例,唾液样本共15例,用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S r RNA基因(V3-V4区)高通量测序,用Mothur软件分析微生物的群落结构和多样...目的:明确青海汉族牙周病患者口腔微生物的多样性和种群分析。方法:纳入慢性牙周炎患者10例、正常人群5例,唾液样本共15例,用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S r RNA基因(V3-V4区)高通量测序,用Mothur软件分析微生物的群落结构和多样性。结果:基于97%的相似性类聚获得牙周病组和正常组的物种注释OTU数目分别为为60和14。牙周病组的优势菌属依次是Enterobacteriaceae unclassified、Pseudomonas、Acinetobacter、Bacillus、Aeromonadaceae unclassified、Neisseria、Haemophilus、Fusobacterium、Staphylococcus、Lactococcus。结论:青海汉族牙周病组的唾液微生物多样性与丰度明显高于正常组,可能与相关疾病的发生存在相关性。展开更多
通过探究小柴旦盐湖微生物群落结构与多样性,为盐湖微生物资源的开发利用和生态保护提供重要的理论参考依据。利用Illumina Mi Seq测序平台对小柴旦盐湖细菌和古菌的16S rRNA基因(V3~V5区)进行高通量测序,获得细菌和古菌的物种注释OTU(O...通过探究小柴旦盐湖微生物群落结构与多样性,为盐湖微生物资源的开发利用和生态保护提供重要的理论参考依据。利用Illumina Mi Seq测序平台对小柴旦盐湖细菌和古菌的16S rRNA基因(V3~V5区)进行高通量测序,获得细菌和古菌的物种注释OTU(Operational Taxonomic Units)数目分别为870和410,其中分类地位明确的细菌有18门、24纲、135属,古菌2门、4纲、22属。细菌优势类群依次是厚壁菌门(Firmicutes,34.05%)、变形菌门(Proteobacteria,32.91%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18.01%)和蓝细菌门(Cyanobacteria,8.46%);优势种群依次是芽孢杆菌属(Bacillus,21.53%)、Chloroplast-norank(6.65%)和海杆菌属(Marinobacter,4.05%)。古菌的优势类群和优势种群主要是未确定分类地位的沃斯古菌门(Woesearchaeota DHVEG-6,80.84%),相关的系统分类学尚需深入研究。小柴旦盐湖微生物的种群结构复杂、类群丰富,细菌Shannon多样性指数(4.77±0.45)显著高于古菌(2.79±0.45),且存在大量的新种资源。展开更多
以青藏高原极端盐湖为研究对象,采用16S r RNA基因(V3~V4区)高通量测序方法分析盐湖细菌的群落结构差异和超盐环境因子的制约相关性.结果显示,超盐环境样本中细菌的群落结构组成相对稳定,进化趋同,且复杂度和多样性指数显著低于非超盐环...以青藏高原极端盐湖为研究对象,采用16S r RNA基因(V3~V4区)高通量测序方法分析盐湖细菌的群落结构差异和超盐环境因子的制约相关性.结果显示,超盐环境样本中细菌的群落结构组成相对稳定,进化趋同,且复杂度和多样性指数显著低于非超盐环境.青藏高原超盐环境中细菌的优势类群是厚壁菌门Firmicutes(74.04%~81.04%)、次为变形菌门Proteobacteria(15.51%~20.06%)、拟杆菌门Bacteroidetes(2.68%~4.84%)和放线菌门Actinobacteria(0.71%~2.45%).比较分析其它类型超盐环境,青藏高原超盐环境具有高丰度的特色属群芽孢杆菌属Bacillus(50.63%~58.35%)、乳球杆菌属Lactococcus(9.28%~11.81%)和海洋芽孢杆菌属Oceanobacillus(8.41%~10.52%).基于典范对应CCA分析,表明优势属群(Bacillus、Lactococcus、Pseudomonas、Oceanobacillus、Stenotrophomonas、Psychrobacter、Myroides、Brochothrix和Arthrobacter)和超盐样本的聚集,与环境因子(总盐度、Cl^-、K^+、Mg^(2+)和CO_3^(2-)浓度)呈明显的正相关.展开更多
文摘目的:通过高通量测序的方法明确青海土族、回族和藏族人群牙周病可疑致病菌的多样性和差异。方法:纳入青海慢性牙周炎患者28例唾液样本,其中互助县土族8例、平安县回族10例和玉树藏族10例。健康对照组12例,利用Illumina平台进行细菌16S r RNA基因(V3-V4区)高通量测序,后利用Mothur软件分析牙周病可疑致病菌的群落结构和多样性。结果:基于97%的相似性类聚获得牙周病组土、回、藏族患者和对照组物种注释(operational taxonomic unit,OTU)数目分别为181、210、38和14,土族类群11门19纲87属,回族13门21纲113属,藏族2门4纲21属;对照组有4门5纲12属。土族和回族共有的已知致病菌为梭杆菌属、普氏菌属和卟啉单胞菌属;土族中仅有的为消化链球菌;回族中仅有密螺旋体;同时检出大量的可疑致病菌。结论:该研究的发现对青海地区口腔疾病的治疗和防控具有参考意义。
文摘以青藏高原极端盐湖为研究对象,采用16S r RNA基因(V3~V4区)高通量测序方法分析盐湖细菌的群落结构差异和超盐环境因子的制约相关性.结果显示,超盐环境样本中细菌的群落结构组成相对稳定,进化趋同,且复杂度和多样性指数显著低于非超盐环境.青藏高原超盐环境中细菌的优势类群是厚壁菌门Firmicutes(74.04%~81.04%)、次为变形菌门Proteobacteria(15.51%~20.06%)、拟杆菌门Bacteroidetes(2.68%~4.84%)和放线菌门Actinobacteria(0.71%~2.45%).比较分析其它类型超盐环境,青藏高原超盐环境具有高丰度的特色属群芽孢杆菌属Bacillus(50.63%~58.35%)、乳球杆菌属Lactococcus(9.28%~11.81%)和海洋芽孢杆菌属Oceanobacillus(8.41%~10.52%).基于典范对应CCA分析,表明优势属群(Bacillus、Lactococcus、Pseudomonas、Oceanobacillus、Stenotrophomonas、Psychrobacter、Myroides、Brochothrix和Arthrobacter)和超盐样本的聚集,与环境因子(总盐度、Cl^-、K^+、Mg^(2+)和CO_3^(2-)浓度)呈明显的正相关.
