检索结果-维普期刊中文期刊服务平台

目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展被引量：3: 1; 作者冯晓东马洁 +3 位作者常乘白明泽朱云平舒坤贤《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第7期661-672,共12页; 基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的... 展开更多; 关键词串联质谱蛋白质鉴定目标-诱饵质量控制; 在线阅读下载PDF 职称材料

螺吡喃光控转变的半经验动力学研究: 2; 作者雷依波吴少美 +2 位作者韩慧仙豆育升文振翼《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期44-48,共5页; 采用半经典的电子-辐射-离子动力学模拟(SERID)研究了螺吡喃分子开环反应的非绝热动力学过程.采用简化模型的螺吡喃(mSP)简化计算.开环过程中mSP分子首先经过一个圆锥相交点后变为顺式-反式-顺式-模型部花青(CTC-mMC)继而又变为顺式-反... 展开更多; 关键词激光诱导光化学反应半经典电子-辐射-离子动力学模拟螺吡喃开环反应; 在线阅读下载PDF 职称材料

π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶体系激发态电荷转移和无辐射失活的半经典动力学模拟被引量：2: 3; 作者张文英马静 +2 位作者袁帅舒坤贤豆育升《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1676-1682,共7页; 采用半经典电子-辐射-离子动力学(SERID)模型模拟了π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶(A-T)体系激发态的光物理失活过程.设置激光脉冲仅作用于T,模拟发现电子由A转移到T,形成(A+T-)*激基缔合物(exciplex).当分子间距缩短至0.300nm时,由于轨道离... 展开更多; 关键词 DNA碱基堆积效应激基缔合物电荷转移无辐射失活; 在线阅读下载PDF 职称材料

5-甲基胞嘧啶及胞嘧啶无辐射失活的半经典动力学模拟和CASSCF计算被引量：1: 4; 作者袁帅马静 +2 位作者张文英舒坤贤豆育升《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2803-2808,共6页; 采用半经典动力学方法模拟了5-甲基胞嘧啶(5m-Cyt)和胞嘧啶(Cyt)在267nm紫外光辐射下的光物理失活过程.模拟发现,5m-Cyt和Cyt的激发态通过C5-C6键的扭曲以及甲基(或H5)和H6原子平面外振动失活.失活时,甲基(或H5)和H6原子几乎与环面垂直... 展开更多; 关键词 5-甲基胞嘧啶胞嘧啶半经典动力学模拟 CASSCF 激发态寿命; 在线阅读下载PDF 职称材料

分子动力学模拟飞秒激光对C_(60)光裂解反应机理的影响被引量：1: 5; 作者李鸿健李安阳 +1 位作者唐红豆育升《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第9期2072-2078,共7页; 基于半经典分子动力学方法模拟超快激光诱导的C60光裂解反应.选择能量为2.0eV,半峰全宽(FWHM)分别为40和500fs的激光作用于C60分子,调节脉冲强度使其发生裂解反应,比较长短脉宽飞秒激光对C60裂解反应机理的影响.通过分析产物分布、原子... 展开更多; 关键词激光诱导化学反应 C60 光裂解半经典分子动力学; 在线阅读下载PDF 职称材料

DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法被引量：5: 6; 作者魏国辉杨春德谭军《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2008年第15期234-235,258,共3页; 提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的理论,证... 展开更多; 关键词 DNA计算机图深度优先搜索遍历; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展被引量：3: 1; 作者冯晓东马洁常乘白明泽朱云平舒坤贤; 机构重庆邮电大学生物信息学研究所军事医学科学院放射与辐射医学研究所; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第7期661-672,共12页; 基金国际合作计划(2014DFB30010) 国家重点基础研究发展计划(973)(2013CB910800) +1 种基金重庆市研究生科研创新项目(CYS14154)资助; 文摘基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法.本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望.; 关键词串联质谱蛋白质鉴定目标-诱饵质量控制; Keywords tandem mass spectrum protein identification target-decoy quality control; 分类号 Q51 [生物学—生物化学] Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名螺吡喃光控转变的半经验动力学研究: 2; 作者雷依波吴少美韩慧仙豆育升文振翼; 机构合成与天然功能分子化学教育部重点实验室西北大学物理学系重庆邮电大学生物信息研究所; 出处《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期44-48,共5页; 基金国家自然科学基金资助项目(201003100 21033001 +1 种基金 21103136 21173166); 文摘采用半经典的电子-辐射-离子动力学模拟(SERID)研究了螺吡喃分子开环反应的非绝热动力学过程.采用简化模型的螺吡喃(mSP)简化计算.开环过程中mSP分子首先经过一个圆锥相交点后变为顺式-反式-顺式-模型部花青(CTC-mMC)继而又变为顺式-反式-反式-模型部花青(CTT-mMC).这与实验中螺吡喃分子开环后由于第一个异构体顺式-顺式-顺式-模型部花青(CCC-mMC)不稳定而在很短时间内转变为CTC-mMC基本一致.模拟过程中亦发现CTC-mMC不如CTT-mMC稳定,体系经CTT-mMC后回到能量较低的CTT-mMC构型.mSP的3个C—C—C—C二面角随时间扭转的实时动力学过程验证了以前理论推测的反应机理,模拟得到的激发态寿命与实验值基本一致.; 关键词激光诱导光化学反应半经典电子-辐射-离子动力学模拟螺吡喃开环反应; Keywords laser induced photochemical reaction SERID spiropyran ring opening reaction; 分类号 O641 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶体系激发态电荷转移和无辐射失活的半经典动力学模拟被引量：2: 3; 作者张文英马静袁帅舒坤贤豆育升; 机构重庆邮电大学生物信息研究所; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1676-1682,共7页; 基金国家自然科学基金(21073242) 重庆市自然科学基金(cstc2011jjA00009) 重庆市教委科学技术项目(KJ120516)资助~~; 文摘采用半经典电子-辐射-离子动力学(SERID)模型模拟了π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶(A-T)体系激发态的光物理失活过程.设置激光脉冲仅作用于T,模拟发现电子由A转移到T,形成(A+T-)*激基缔合物(exciplex).当分子间距缩短至0.300nm时,由于轨道离域效应产生电荷重组,体系恢复电中性;当A分子的C4-C5扭曲程度最大时,体系通过避免交叉点衰减至基态.Exciplex的失活途径由分子间距离和A分子的变形程序两个因素决定.由于A分子的C4、C5原子位阻较大,难以达到失活所必需的强烈扭曲,因此(A-T)*的寿命比胸腺嘧啶堆积体系(T-T)*显著增长.; 关键词 DNA碱基堆积效应激基缔合物电荷转移无辐射失活; Keywords DNAbase Stacked effect Exciplex Charge transfer Radiationless deactivation; 分类号 O631.3 [理学—高分子化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名5-甲基胞嘧啶及胞嘧啶无辐射失活的半经典动力学模拟和CASSCF计算被引量：1: 4; 作者袁帅马静张文英舒坤贤豆育升; 机构重庆邮电大学生物信息研究所; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第12期2803-2808,共6页; 基金国家自然科学基金(21073242) 重庆市自然科学基金(CSTC2011jjA00009 +1 种基金 CSTC2009BB5419) 重庆市教委科学技术项目(KJ120516)资助~~; 文摘采用半经典动力学方法模拟了5-甲基胞嘧啶(5m-Cyt)和胞嘧啶(Cyt)在267nm紫外光辐射下的光物理失活过程.模拟发现,5m-Cyt和Cyt的激发态通过C5-C6键的扭曲以及甲基(或H5)和H6原子平面外振动失活.失活时,甲基(或H5)和H6原子几乎与环面垂直并指向不同方向,形成"双自由基态".由于甲基的体积比H原子的大,振动频率较小,使得C5原子的变形受到抑制,导致5m-Cyt的激发态寿命比胞嘧啶更长.完全活性空间自洽场(CASSCF)计算显示,5m-Cyt的圆锥交叉(CI)点能量比Cyt高0.3eV,这也证明5m-Cyt演化至CI需要克服更大的能垒,因此激发态寿命长于胞嘧啶.; 关键词 5-甲基胞嘧啶胞嘧啶半经典动力学模拟 CASSCF 激发态寿命; Keywords 5-Methylcytosine Cytosine Semiclassical dynamic simulation CASSCF Lifetime ofexcited state; 分类号 O643.12 [理学—物理化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名分子动力学模拟飞秒激光对C_(60)光裂解反应机理的影响被引量：1: 5; 作者李鸿健李安阳唐红豆育升; 机构重庆邮电大学生物信息研究所; 出处《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第9期2072-2078,共7页; 基金国家自然科学基金(21073242)资助项目~~; 文摘基于半经典分子动力学方法模拟超快激光诱导的C60光裂解反应.选择能量为2.0eV,半峰全宽(FWHM)分别为40和500fs的激光作用于C60分子,调节脉冲强度使其发生裂解反应,比较长短脉宽飞秒激光对C60裂解反应机理的影响.通过分析产物分布、原子平衡指数、温度以及吸收能量(包括动能、势能和电子能量),证实飞秒激光脉冲下C60的光裂解主要由电子激发态控制,非热力学效应在该反应中起重要作用.激光场的作用时间和强度均影响光裂解反应过程,而电子吸收能量饱和后光场强度的作用则变得不明显.; 关键词激光诱导化学反应 C60 光裂解半经典分子动力学; Keywords Laser induced chemical reaction Fullerene Photofragmentation Semiclassica molecular dynamics; 分类号 O613.71 [理学—无机化学] TN249 [电子电信—物理电子学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法被引量：5: 6; 作者魏国辉杨春德谭军; 机构重庆邮电大学计算机学院重庆邮电大学生物信息学研究所; 出处《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2008年第15期234-235,258,共3页; 基金国家自然科学基金资助项目(30600329); 文摘提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的理论,证明算法是有效且可行的。; 关键词 DNA计算机图深度优先搜索遍历; Keywords DNA computer graph breadth_first search traversing; 分类号 TP384 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展	冯晓东马洁常乘白明泽朱云平舒坤贤	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2016	3	在线阅读下载PDF 职称材料
2	螺吡喃光控转变的半经验动力学研究	雷依波吴少美韩慧仙豆育升文振翼	《陕西师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2013	0	在线阅读下载PDF 职称材料
3	π堆积的腺嘌呤-胸腺嘧啶体系激发态电荷转移和无辐射失活的半经典动力学模拟	张文英马静袁帅舒坤贤豆育升	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2012	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	5-甲基胞嘧啶及胞嘧啶无辐射失活的半经典动力学模拟和CASSCF计算	袁帅马静张文英舒坤贤豆育升	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2012	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	分子动力学模拟飞秒激光对C_(60)光裂解反应机理的影响	李鸿健李安阳唐红豆育升	《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2011	1	在线阅读下载PDF 职称材料
6	DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法	魏国辉杨春德谭军	《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心	2008	5	在线阅读下载PDF 职称材料