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目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展
被引量：
3
1
作者
冯晓东
马洁
+3 位作者
常乘
白明泽
朱云平
舒坤贤
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期661-672,共12页
基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的...
基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法.本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望.
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关键词
串联质谱
蛋白质鉴定
目标-诱饵
质量控制
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职称材料
DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法
被引量：
5
2
作者
魏国辉
杨春德
谭军
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第15期234-235,258,共3页
提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的理论,证...
提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的理论,证明算法是有效且可行的。
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关键词
DNA计算机
图
深度优先搜索
遍历
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职称材料
题名
目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展
被引量：
3
1
作者
冯晓东
马洁
常乘
白明泽
朱云平
舒坤贤
机构
重庆邮电大学生物信息学研究所
军事医学科学院放射与辐射医学
研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第7期661-672,共12页
基金
国际合作计划(2014DFB30010)
国家重点基础研究发展计划(973)(2013CB910800)
+1 种基金
国家自然科学基金(21475150,21105121,61501071)资助项目
重庆市研究生科研创新项目(CYS14154)资助
文摘
基于串联质谱的蛋白质组研究会产生海量的质谱数据,这些数据通常使用数据库搜索引擎进行鉴定分析,并根据肽段谱图匹配(PSM)反推真实的样品蛋白质.对于高通量蛋白质组数据的处理,其鉴定结果的可信是后续分析应用的前提,因此对鉴定结果的质量控制尤为重要,而基于目标-诱饵库(target-decoy)搜索策略的质量控制是目前应用最为广泛的方法.本文首先介绍了基于目标-诱饵库搜索策略搜库和质量控制的实施流程,然后综述了基于目标-诱饵库搜索策略的质量控制工具,并提出了目标-诱饵库搜索策略的不足及改善方法,最后对目标-诱饵库搜索策略进行了总结与展望.
关键词
串联质谱
蛋白质鉴定
目标-诱饵
质量控制
Keywords
tandem mass spectrum
protein identification
target-decoy
quality control
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法
被引量：
5
2
作者
魏国辉
杨春德
谭军
机构
重庆邮电大学
计算机学院
重庆邮电大学生物信息学研究所
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第15期234-235,258,共3页
基金
国家自然科学基金资助项目(30600329)
文摘
提出DNA计算机中图数据结构的一种设计方法,给出具体的存储结构以及深度优先搜索遍历的算法。该算法实现了在DNA计算机下图元素的遍历。为证明其可行性,给出一个具体的算法实例,描述了DNA计算机上的运行机制。依据分子生物学的理论,证明算法是有效且可行的。
关键词
DNA计算机
图
深度优先搜索
遍历
Keywords
DNA computer
graph
breadth_first search
traversing
分类号
TP384 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
目标-诱饵库搜索策略在蛋白质组质谱鉴定和质控中的应用及研究进展
冯晓东
马洁
常乘
白明泽
朱云平
舒坤贤
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016
3
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职称材料
2
DNA计算机中图的深度优先搜索遍历算法
魏国辉
杨春德
谭军
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2008
5
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职称材料
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