目的通过绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(high-grade intraepithelial neoplasia,HGIN)组织中组蛋白H3K27ac修饰标记的增强子图谱,探究表观调控对HGIN发生发展的影响。方法收集2022年6月至2023年6月来自陆军特色医学中心消化内科的14例正...目的通过绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(high-grade intraepithelial neoplasia,HGIN)组织中组蛋白H3K27ac修饰标记的增强子图谱,探究表观调控对HGIN发生发展的影响。方法收集2022年6月至2023年6月来自陆军特色医学中心消化内科的14例正常胃黏膜组织(Nor组)、31例胃黏膜高级别上皮内瘤变组织(HGIN组)和17例胃癌(gastric cancer,GC)组织(GC组),利用染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)技术捕获组蛋白H3K27ac修饰的增强子区域;联合多组学分析筛选HGIN组织特异的活性增强子及其潜在调控的基因;采用免疫组化染色观察目的基因在不同类型临床样本中的表达差异,并通过CRISPR-dCas9基因编辑技术沉默活性增强子,观察目的基因的表达水平,并验证潜在调控关系。结果表观多组学测序数据质量较好,3组样本组间H3K27ac修饰的全基因组分布特征无显著差异,但H3K27ac增强子在HGIN、GC组织中发生明显重塑(P<0.05)。联合转录组数据分析发现,增强子重塑可能上调HGIN组织增殖相关靶基因CD24表达;抑制增强子活性,则CD24表达水平显著降低(P<0.05)。免疫组化结果显示,CD24表达与Ki-67呈正相关(P<0.001)。结论H3K27ac标记的增强子重塑是HGIN的重要表观遗传学特征,H3K27ac标记的活性增强子上调CD24表达,可能促进HGIN增殖。展开更多
目的绘制肠型胃癌的超级增强子重塑图谱,揭示超级增强子的肿瘤生物学功能及可能激活的下游靶基因。方法收集陆军特色医学中心消化内科2022年1-12月收治行内镜检查、治疗的患者的31例正常胃黏膜组织、23例肠型胃癌组织及9例肠型胃癌类器...目的绘制肠型胃癌的超级增强子重塑图谱,揭示超级增强子的肿瘤生物学功能及可能激活的下游靶基因。方法收集陆军特色医学中心消化内科2022年1-12月收治行内镜检查、治疗的患者的31例正常胃黏膜组织、23例肠型胃癌组织及9例肠型胃癌类器官进行靶向组蛋白H3K27ac修饰的染色质靶向捕获(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序,基于生物信息学工具描绘肠型胃癌的超级增强子重塑特征并鉴定关键靶基因;利用CRISPRi技术干预超级增强子,Western blot检测靶基因的表达,并采用CCK-8法和Transwell迁移、侵袭实验检测对照组细胞及干预组细胞的增殖、迁移、侵袭能力。结果肠型胃癌组织与正常胃黏膜组织超级增强子信号差异明显(P<0.05),癌组织中的活性超级增强子可能参与免疫系统的负向调节、细胞黏附等生物学过程;在肿瘤细胞中表达上调的细胞迁移诱导蛋白(cell migration-inducing protein,CEMIP)受到超级增强子的调控,干预超级增强子后肿瘤细胞CEMIP蛋白表达量下降(P<0.05),细胞增殖率、相对迁移面积和相对侵袭面积也随之下降(P<0.05)。结论肠型胃癌发生了超级增强子重塑,其下游靶基因CEMIP可促进癌细胞生长、迁移和侵袭。展开更多
多重单细胞蛋白组技术已成为生物医学研究的热点,其中质谱流式成像(imaging mass cytometry,IMC)彻底解决了荧光基团间严重的串色问题,并弥补了单细胞测序技术缺失的组织空间信息。该技术能够在单张组织切片上同时标记数十种靶标,并在...多重单细胞蛋白组技术已成为生物医学研究的热点,其中质谱流式成像(imaging mass cytometry,IMC)彻底解决了荧光基团间严重的串色问题,并弥补了单细胞测序技术缺失的组织空间信息。该技术能够在单张组织切片上同时标记数十种靶标,并在单细胞层面获得它们的表达水平及细胞定位,进行深度的细胞表型原位分析并从时间和空间水平直观描绘出单细胞蛋白组图谱,因其独特的技术优势逐渐成为肿瘤研究领域新兴的强有力工具。本文将详细介绍IMC的技术原理,并通过分析近期应用案例阐述其在细胞表型鉴定、生物标志物检测、肿瘤免疫调节判定、肿瘤异质性区分、临床预后指导及反应预测等肿瘤研究方面的应用进展,推动肿瘤空间组学与现有技术的进一步结合。展开更多
目的研究组蛋白H3K27ac修饰在肠型胃癌的全基因组分布情况,探讨其增强子及相关调控组重塑特征,建立临床预后评估模型。方法收集于2022年1-12月在我院消化内科就诊患者的15例肠型胃癌组织与18例正常胃黏膜组织进行靶向H3K27ac修饰的染色...目的研究组蛋白H3K27ac修饰在肠型胃癌的全基因组分布情况,探讨其增强子及相关调控组重塑特征,建立临床预后评估模型。方法收集于2022年1-12月在我院消化内科就诊患者的15例肠型胃癌组织与18例正常胃黏膜组织进行靶向H3K27ac修饰的染色质靶向捕获(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序,采用生物信息学分析,比较两种组织H3K27ac修饰在基因组的分布差异;基于H3K27ac修饰分布特征,鉴定增强子元件,探讨增强子及相关调控组的重塑特征;采用单因素Cox和多因素Cox等回归分析方法,构建增强子相关靶基因的预后预测模型。结果两种组织的H3K27ac修饰的基因组分布特征无明显差异,主要位于增强子区域;与正常胃黏膜相比,肠型胃癌增强子H3K27ac修饰的整体水平更高;共鉴定出8847个在肠型胃癌中活性增加的增强子(获得性增强子),占所有增强子的8.3%,其可能促进胃癌细胞增殖、黏附等恶性行为;联合6个获得性增强子相关靶基因(BHLHE41、CEP97、CHI3L2、NR6A1、SUPT3H和TOMM20)构建的预测模型,能够较好地推测患者总体生存期。结论增强子重塑是肠型胃癌显著的表观遗传学特征之一,增强子可能通过上调MYC、E2F3等基因表达促进癌细胞恶性增殖与黏附行为,并基于增强子靶基因构建预后模型。展开更多
文摘目的通过绘制胃黏膜高级别上皮内瘤变(high-grade intraepithelial neoplasia,HGIN)组织中组蛋白H3K27ac修饰标记的增强子图谱,探究表观调控对HGIN发生发展的影响。方法收集2022年6月至2023年6月来自陆军特色医学中心消化内科的14例正常胃黏膜组织(Nor组)、31例胃黏膜高级别上皮内瘤变组织(HGIN组)和17例胃癌(gastric cancer,GC)组织(GC组),利用染色质靶向捕获测序(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)技术捕获组蛋白H3K27ac修饰的增强子区域;联合多组学分析筛选HGIN组织特异的活性增强子及其潜在调控的基因;采用免疫组化染色观察目的基因在不同类型临床样本中的表达差异,并通过CRISPR-dCas9基因编辑技术沉默活性增强子,观察目的基因的表达水平,并验证潜在调控关系。结果表观多组学测序数据质量较好,3组样本组间H3K27ac修饰的全基因组分布特征无显著差异,但H3K27ac增强子在HGIN、GC组织中发生明显重塑(P<0.05)。联合转录组数据分析发现,增强子重塑可能上调HGIN组织增殖相关靶基因CD24表达;抑制增强子活性,则CD24表达水平显著降低(P<0.05)。免疫组化结果显示,CD24表达与Ki-67呈正相关(P<0.001)。结论H3K27ac标记的增强子重塑是HGIN的重要表观遗传学特征,H3K27ac标记的活性增强子上调CD24表达,可能促进HGIN增殖。
文摘目的绘制肠型胃癌的超级增强子重塑图谱,揭示超级增强子的肿瘤生物学功能及可能激活的下游靶基因。方法收集陆军特色医学中心消化内科2022年1-12月收治行内镜检查、治疗的患者的31例正常胃黏膜组织、23例肠型胃癌组织及9例肠型胃癌类器官进行靶向组蛋白H3K27ac修饰的染色质靶向捕获(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序,基于生物信息学工具描绘肠型胃癌的超级增强子重塑特征并鉴定关键靶基因;利用CRISPRi技术干预超级增强子,Western blot检测靶基因的表达,并采用CCK-8法和Transwell迁移、侵袭实验检测对照组细胞及干预组细胞的增殖、迁移、侵袭能力。结果肠型胃癌组织与正常胃黏膜组织超级增强子信号差异明显(P<0.05),癌组织中的活性超级增强子可能参与免疫系统的负向调节、细胞黏附等生物学过程;在肿瘤细胞中表达上调的细胞迁移诱导蛋白(cell migration-inducing protein,CEMIP)受到超级增强子的调控,干预超级增强子后肿瘤细胞CEMIP蛋白表达量下降(P<0.05),细胞增殖率、相对迁移面积和相对侵袭面积也随之下降(P<0.05)。结论肠型胃癌发生了超级增强子重塑,其下游靶基因CEMIP可促进癌细胞生长、迁移和侵袭。
文摘多重单细胞蛋白组技术已成为生物医学研究的热点,其中质谱流式成像(imaging mass cytometry,IMC)彻底解决了荧光基团间严重的串色问题,并弥补了单细胞测序技术缺失的组织空间信息。该技术能够在单张组织切片上同时标记数十种靶标,并在单细胞层面获得它们的表达水平及细胞定位,进行深度的细胞表型原位分析并从时间和空间水平直观描绘出单细胞蛋白组图谱,因其独特的技术优势逐渐成为肿瘤研究领域新兴的强有力工具。本文将详细介绍IMC的技术原理,并通过分析近期应用案例阐述其在细胞表型鉴定、生物标志物检测、肿瘤免疫调节判定、肿瘤异质性区分、临床预后指导及反应预测等肿瘤研究方面的应用进展,推动肿瘤空间组学与现有技术的进一步结合。
文摘目的研究组蛋白H3K27ac修饰在肠型胃癌的全基因组分布情况,探讨其增强子及相关调控组重塑特征,建立临床预后评估模型。方法收集于2022年1-12月在我院消化内科就诊患者的15例肠型胃癌组织与18例正常胃黏膜组织进行靶向H3K27ac修饰的染色质靶向捕获(cleavage under targets and tagmentation,CUT&Tag)测序,采用生物信息学分析,比较两种组织H3K27ac修饰在基因组的分布差异;基于H3K27ac修饰分布特征,鉴定增强子元件,探讨增强子及相关调控组的重塑特征;采用单因素Cox和多因素Cox等回归分析方法,构建增强子相关靶基因的预后预测模型。结果两种组织的H3K27ac修饰的基因组分布特征无明显差异,主要位于增强子区域;与正常胃黏膜相比,肠型胃癌增强子H3K27ac修饰的整体水平更高;共鉴定出8847个在肠型胃癌中活性增加的增强子(获得性增强子),占所有增强子的8.3%,其可能促进胃癌细胞增殖、黏附等恶性行为;联合6个获得性增强子相关靶基因(BHLHE41、CEP97、CHI3L2、NR6A1、SUPT3H和TOMM20)构建的预测模型,能够较好地推测患者总体生存期。结论增强子重塑是肠型胃癌显著的表观遗传学特征之一,增强子可能通过上调MYC、E2F3等基因表达促进癌细胞恶性增殖与黏附行为,并基于增强子靶基因构建预后模型。
文摘目的探讨潜能未定的克隆性造血(clonal hematopoiesis of indeterminate potential,CHIP)与肾功能不全的冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary heart disease,CHD)患者冠状动脉狭窄程度的关联。方法采用病例-对照研究设计方案,纳入2023年12月至2024年7月在重庆市急救医疗中心(重庆大学附属中心医院)和重庆医科大学附属第一医院心血管内科就诊的肾功能不全的CHD患者70例,根据Gensini评分中位数水平分为Gensini评分<44分组(34例)和Gensini评分≥44分组(36例),根据是否携带CHIP突变分为CHIP组(23例)、非CHIP组(47例),分别比较组间临床资料的差异。采用二元Logistic回归分析评估CHIP状态与冠脉病变程度的关系。结果与Gensini评分<44分组比较,Gensini评分≥44分组具有更高的CHIP携带率(17.6%vs 47.2%,P=0.008)以及NT-proBNP水平(767 vs 3480 ng/L,P=0.039)。二元Logistic回归分析显示,在校正NT-proBNP后,CHIP携带仍与较高的Gensini评分相关(OR=3.935,95%CI:1.153~13.435,P=0.029)。进一步按CHIP分组结果提示,与非CHIP组患者比较,CHIP组患者具有较高的Gensini评分(48 vs 38,P=0.004)、更高的冠脉3支血管病变比例(52.2%vs 25.5%,P=0.040)和较低的左心室射血分数(55.0%vs 58.0%,P=0.042)。结论CHIP是肾功能不全CHD患者严重冠脉病变的独立危险因素。
