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定量蛋白质组学无标记定量方法的研究进展 被引量:13
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作者 武鹏 贺福初 姜颖 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第3期281-292,共12页
依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无... 依靠质谱技术的蛋白质组学快速发展,寻求速度快、重复性好以及准确度高的定量方法是该领域的一项艰巨任务,定量蛋白质组学分支领域应运而生.其中,无标记定量方法以其样品制备简单、耗材费用低廉以及结果数据分析便捷等优点渐露锋芒.无标记定量方法通常分为信号强度法和谱图计数法两大类.本文在这两种无标记定量方法计算原理的基础上,针对各种常用的无标记定量方法及最新进展做一个较为全面的介绍,并将详细讨论两类方法的异同点,以及目前蛋白质组学中无标记定量方法所面临的主要挑战,希望能为这一领域的研究人员在选择无标记定量方法时提供一个合理的参考. 展开更多
关键词 定量蛋白质组学 生物信息学 无标记定量 信号强度 谱图计数 共享肽段
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新型鳞片状聚合物修饰硅胶填料固定化酶的制备及其在蛋白质组鉴定中的应用 被引量:7
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作者 宋子凤 张庆林 +2 位作者 张养军 秦伟捷 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期549-554,共6页
利用原子转移自由基聚合法制备了鳞片状聚合物修饰的硅胶填料,将其作为一种新型的固定化酶载体,实现了蛋白酶的高密度固定,从而明显缩短了复杂蛋白质样品的酶解时间。使用标准蛋白质对固定化酶的酶解效率进行了考察,结果表明:鳞片状聚... 利用原子转移自由基聚合法制备了鳞片状聚合物修饰的硅胶填料,将其作为一种新型的固定化酶载体,实现了蛋白酶的高密度固定,从而明显缩短了复杂蛋白质样品的酶解时间。使用标准蛋白质对固定化酶的酶解效率进行了考察,结果表明:鳞片状聚合物修饰的新型固定化酶硅胶填料具有较高的酶解效率,酶解标准蛋白质1 min后,鉴定到肽段的氨基酸序列覆盖率可达95%以上。将该固定化酶硅胶填料成功应用于大肠杆菌全蛋白质的酶解,从2 min酶解肽段的混合物中鉴定到的蛋白质数量超过同样条件下溶液酶解12 h的结果。另外,该固定化酶硅胶填料可以重复使用,其酶解效率具有良好的稳定性和重现性;该固定化酶具有较好的样品回收率,因而可以应用于蛋白质组学研究中。 展开更多
关键词 原子转移自由基聚合反应 鳞片状聚合物修饰硅胶 制备 胰蛋白酶固定 蛋白质组学
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原子转移自由基聚合修饰银丝固定化酶反应器的制备及在蛋白质组鉴定中的应用
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作者 周廉淇 张姣 +2 位作者 田芳 张养军 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期355-361,共7页
针对传统溶液酶解存在的酶解时间较长、酶自切物干扰以及蛋白酶不能重复使用等缺陷,通过电子转移生成催化剂的原子转移自由基聚合法修饰银丝,并以其为载体制备了一种新型的固定化酶反应器。用质谱考察了银丝固定化酶反应器(SW-Trypsin)... 针对传统溶液酶解存在的酶解时间较长、酶自切物干扰以及蛋白酶不能重复使用等缺陷,通过电子转移生成催化剂的原子转移自由基聚合法修饰银丝,并以其为载体制备了一种新型的固定化酶反应器。用质谱考察了银丝固定化酶反应器(SW-Trypsin)的酶解效率、重复性和回收率。结果表明:绒毛状聚合物修饰的SW-Trypsin的酶解效率较高,酶解标准蛋白牛血清白蛋白(BSA)20 min后,肽段的氨基酸序列覆盖率可达93%,高于传统溶液酶解方法酶解16 h所得79%的覆盖率。使用该固定化酶反应器于一个月内8次酶解BSA所得的氨基酸序列覆盖率在89%到97%之间,平均覆盖率为94%,显示出良好的稳定性。另外,该固定化酶反应器酶解马心肌红蛋白(MYO)的回收率为87.67%。最后,用SW-Trypsin酶解腾冲嗜热菌全蛋白20 min,所鉴定到的氨基酸序列覆盖率和蛋白数量与同样条件下溶液酶解16 h的结果接近,且零漏切位点肽段的比例更高。加之容易分离的优点,SW-Trypsin在蛋白质组学的应用中具有良好的前景。 展开更多
关键词 原子转移自由基聚合反应 蛋白质组学 质谱 固定化酶反应器 银丝
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金属标记结合高效液相色谱-选择离子监测质谱的蛋白质绝对定量新方法 被引量:1
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作者 李佳斌 周廉淇 +4 位作者 颜辉 李楠楠 郝斐然 田芳 张养军 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期361-368,共8页
建立了金属标记结合高效液相色谱-选择性离子监测质谱(SIM)的蛋白质绝对定量新方法。实验考察了金属标记效率、金属标记的稳定性、标记后肽段的色谱保留和质谱行为、新定量方法的线性范围和准确度。实验结果表明金属标记具有标记效率... 建立了金属标记结合高效液相色谱-选择性离子监测质谱(SIM)的蛋白质绝对定量新方法。实验考察了金属标记效率、金属标记的稳定性、标记后肽段的色谱保留和质谱行为、新定量方法的线性范围和准确度。实验结果表明金属标记具有标记效率高,稳定性好,色谱保留行为一致等优点。另外,金属标记-选择离子监测质谱绝对定量方法灵敏度高,其定量限低至1 fmol,线性范围为1-500 fmol,线性范围内 R2值大于0.99,具有良好的线性关系;经过测量,标准肽段的回收率为117.01%,说明该方法具有较高的准确度。将该方法应用于腾冲嗜热菌中烯醇酶蛋白的定量分析,相对标准偏差为5.47%,表明该方法的精密度高。以上结果表明该方法可以用于生物样本中的蛋白质的绝对定量分析,为比较简单的生物样本中蛋白质的绝对定量方法提供了一种新的选择。 展开更多
关键词 金属标记 高效液相色谱 选择离子监测质谱 蛋白质 绝对定量
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金属有机框架材料的研究进展 被引量:54
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作者 翟睿 焦丰龙 +8 位作者 林虹君 郝斐然 李佳斌 颜辉 李楠楠 王欢欢 金祖耀 张养军 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期107-116,共10页
金属有机框架(metal-organic frameworks,MOFs)材料是一类由有机配体与金属中心经过自组装形成的具有可调节孔径的材料。与传统无机多孔材料相比,MOFs材料具有更大的比表面积,更高的孔隙率,结构及功能更加多样,因而已经被广泛应用于气... 金属有机框架(metal-organic frameworks,MOFs)材料是一类由有机配体与金属中心经过自组装形成的具有可调节孔径的材料。与传统无机多孔材料相比,MOFs材料具有更大的比表面积,更高的孔隙率,结构及功能更加多样,因而已经被广泛应用于气体吸附与分离、传感器、药物缓释、催化反应等领域中。新兴材料的出现极大地促进了各个学科间的相互发展,本文综述了近年来MOFs材料的研究发展,包括MOFs材料自身的特点、国内外发展现状、应用领域以及复合MOFs材料的研究热点,并对今后的发展进行了展望。 展开更多
关键词 金属有机框架 配位聚合物 多孔材料
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MicroRNA对脓毒症调控机制的研究进展
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作者 王志富 贺福初 周钢桥 《中国医学前沿杂志(电子版)》 2012年第9期37-43,共7页
脓毒症是由感染引起的全身性炎性反应综合征,是创伤、烧伤、术后感染和危重病的常见并发症,具有发病急、病死率高的特点。microRNA是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码RNA,其作用的靶基因十分广泛,可以精细调节免疫、代谢、分化、... 脓毒症是由感染引起的全身性炎性反应综合征,是创伤、烧伤、术后感染和危重病的常见并发症,具有发病急、病死率高的特点。microRNA是一类长度约为22个核苷酸的内源性非编码RNA,其作用的靶基因十分广泛,可以精细调节免疫、代谢、分化、增殖和癌变等多种生物学过程。研究显示,它与脓毒症密切相关,本文综述了microRNA在脓毒症的发生、发展和临床转归等病理生理过程中的调控机制。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 MICRORNA 脓毒症
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基于强阳离子交换色谱分离的磷酸化肽段富集策略 被引量:5
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作者 隋少卉 王京兰 +4 位作者 卢庄 蔡耘 张养军 蔚文峰 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期195-199,共5页
为了在短时间内获得相对含量高的磷酸化肽段,以标准磷酸化蛋白质为模型对强阳离子交换色谱(SCX)分离磷酸化肽段体系的缓冲溶液和梯度设置进行了研究,并用酵母酶切肽段混合物考察了该路线在较复杂的样品中的应用。实验结果表明优化后的... 为了在短时间内获得相对含量高的磷酸化肽段,以标准磷酸化蛋白质为模型对强阳离子交换色谱(SCX)分离磷酸化肽段体系的缓冲溶液和梯度设置进行了研究,并用酵母酶切肽段混合物考察了该路线在较复杂的样品中的应用。实验结果表明优化后的体系能够在30min内分离出磷酸肽段,而且非磷酸化肽段的干扰很少,这样便相对提高了磷酸化肽段在质谱仪中的响应强度,重要的是该体系可以对复杂样品进行很好的分离。这说明SCX用于规模化磷酸化肽段富集的策略是可行的。本研究为磷酸化蛋白质组学规模化分析提供了实用技术。 展开更多
关键词 磷酸化 位点 强阳离子交换色谱 富集 蛋白质组学
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一种基于KEGG数据库重构代谢网络的新方法 被引量:6
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作者 周婷婷 容健锋 +3 位作者 王正华 董蕴源 王勇献 朱云平 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2010年第8期104-107,111,共5页
从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步。针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上... 从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步。针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法。与以前的方法相比,本方法的优点在于:使用KEGG的Web服务获取数据,以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/PATHWAY库的数据选择机制选取数据,以保证构建网络的数据无冗余;整个方法基于Java实现,保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL本地数据库将远程数据本地化,大大降低数据读取的时耗。评估结果显示,该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新,而且有效地提高了多物种多次重构情况下的网络重构效率。 展开更多
关键词 代谢网络 网络构建 KEGG数据库 WEB服务 MYSQL
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烯脂酰辅酶A水解酶单克隆抗体的制备与鉴定 被引量:2
9
作者 刘蓉 鞠艳芳 +5 位作者 杨金菊 杜雪梅 陈勇 刘莹 高建恩 孙启鸿 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期387-388,392,共3页
目的:制备小鼠抗人烯脂酰辅酶A水解酶(enoyl CoA hydratase,ECHS1)的单克隆抗体(mAb)并进行初步鉴定。方法:将正常成人肝组织匀浆离心并分离线粒体,用线粒体总蛋白免疫BALB/c小鼠,采用杂交瘤技术制备mAb,并通过间接ELISA、Western blot... 目的:制备小鼠抗人烯脂酰辅酶A水解酶(enoyl CoA hydratase,ECHS1)的单克隆抗体(mAb)并进行初步鉴定。方法:将正常成人肝组织匀浆离心并分离线粒体,用线粒体总蛋白免疫BALB/c小鼠,采用杂交瘤技术制备mAb,并通过间接ELISA、Western blot、免疫沉淀、免疫组化和间接免疫荧光等方法对mAb进行特异性鉴定,通过Uni-ZAP XR正常成人肝脏cDNA表达文库筛选鉴定抗原。结果:获得1株可稳定分泌抗人ECHS1 mAb的杂交瘤细胞株BGB095。该mAb的Ig亚类(型)为IgG1(κ),可用于ELISA检测、Western blot、免疫沉淀、免疫组化等实验。结论:成功制备了抗人ECHS1的mAb,为代谢疾病和肿瘤的研究提供了有力的工具。 展开更多
关键词 ECHS1 单克隆抗体 线粒体
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一种新的度量生物复杂网络模块性的方法
10
作者 刘齐军 王正华 +3 位作者 郭昊 孙汉昌 刘万霖 朱云平 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2010年第8期112-116,148,共6页
在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种... 在生命科学领域,生物网络的概念也被大量引入,用以系统地表示复杂的生物过程。模块性是很多复杂网络都具有的特征,因此生物网络模块性的研究成为系统生物学一个重要的研究方向。为了更加深入地了解生物系统的组成和机理,本文提出了一种度量网络模块性的新方法,并将该序列指标应用于酵母转录因子调控网络和多个物种的代谢网络,结果发现酵母转录因子调控网络并不具有模块性而代谢网络具有显著的模块性。在应用中,代谢网络的功能模块度与平均聚类系数的相关性还说明我们的指标比平均聚类系数更适合刻画网络的功能模块性。另外,该指标的提出使得各种不同物种网络模块性的比较或者各种不同模块划分(或识别)方法的评价成为可能。 展开更多
关键词 复杂网络 生物网络 模块性 内聚性 耦合性
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依赖色谱保留时间的智能化选择反应监测质谱方法的建立及其初步应用 被引量:2
11
作者 毛心丽 卫军营 +6 位作者 牛明 周廉淇 王雪颖 佟巍 秦伟捷 张养军 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期170-177,共8页
建立了依赖色谱保留时间的智能化选择反应监测质谱方法,并与非依赖色谱保留时间的智能化选择反应监测质谱分析方法对不同体系(牛血清白蛋白酶切物、6种标准蛋白质混合物酶切物、腾冲嗜热菌蛋白提取液酶切物)的分析结果进行了系统比较。... 建立了依赖色谱保留时间的智能化选择反应监测质谱方法,并与非依赖色谱保留时间的智能化选择反应监测质谱分析方法对不同体系(牛血清白蛋白酶切物、6种标准蛋白质混合物酶切物、腾冲嗜热菌蛋白提取液酶切物)的分析结果进行了系统比较。结果表明,引入色谱保留时间后的智能化选择反应监测质谱方法能够显著提高肽段及蛋白质的鉴定量,并且在复杂体系(如腾冲嗜热菌蛋白提取液酶切物)中效果尤为明显,鉴定到的肽段及蛋白质的覆盖率可分别达到目标肽段和蛋白质数量的89.62%和92.41%,并且灵敏度高、重复性好,能够实现对质荷比相同但保留时间有差异的肽段的准确鉴定。该方法将在复杂生物样本目标蛋白质组高通量、高灵敏度的鉴定、验证和确认中发挥独特作用。 展开更多
关键词 液相色谱 保留时间 智能化选择反应监测 质谱 目标蛋白质组学 腾冲嗜热菌
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离线pH梯度-强阳离子交换色谱法分离肽段混合物 被引量:1
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作者 郑兆彬 应万涛 +2 位作者 蔡耘 田中民 钱小红 《色谱》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期804-808,共5页
复杂肽段混合物的有效分离是高覆盖率地鉴定蛋白质混合物的前提。Shotgun蛋白质组学研究通常采用二维液相色谱(强阳离子交换色谱-反相色谱)分离后接串联质谱检测的方法。但由于离子交换色谱体系中含有高浓度的盐,使得在线分析的难度较大... 复杂肽段混合物的有效分离是高覆盖率地鉴定蛋白质混合物的前提。Shotgun蛋白质组学研究通常采用二维液相色谱(强阳离子交换色谱-反相色谱)分离后接串联质谱检测的方法。但由于离子交换色谱体系中含有高浓度的盐,使得在线分析的难度较大;而在离线分析时,也常因需要对高盐组分进行脱盐处理而易引起样品损失。因此,该文尝试用pH梯度替代盐梯度,实现pH梯度-强阳离子交换色谱方法应用于复杂肽段混合物的分离。通过对缓冲体系pH值的计算,优化了乙酸-乙酸铵体系线性pH梯度配合盐梯度的离子交换色谱方法,以及柠檬酸-氨水体系线性pH梯度的离子交换色谱方法。将这两种方法应用于牛血清白蛋白酶切产物的分离取得了与常规强阳离子交换色谱相似的分离效果。乙酸-乙酸铵体系采用的是低浓度的可挥发性铵盐,采用真空冻干的方法可以有效除盐,基质辅助激光解吸质谱靶上自然挥发也可以达到较好的脱盐效果,简化了常规方法繁琐费时的脱盐步骤及避免了由此造成的样品损失。柠檬酸-氨水体系采用pH梯度洗脱替代盐梯度洗脱,大大降低了体系中的盐浓度。这两种方法在复杂体系蛋白质组研究的样本预分离中具有较好的应用前景。 展开更多
关键词 离子交换色谱 缓冲体系 pH梯度 肽段分离
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