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细胞穿膜肽的穿膜活性与序列特征的关系
被引量：
2
1
作者
曹赞霞
董川
+1 位作者
赵立岭
王吉华
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第1期75-82,共8页
细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有...
细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有不同穿膜活性的CPPs进行研究,试图找出影响CPPs穿膜活性的因素,以及不同活性CPPs与非穿膜肽(Non CPPs)序列上的差异,并引入一种分析生物序列的方法.我们基于CPPsite数据库和不同的文献获取CPPs和Non CPPs序列,并进一步从CPPs序列中提取具有高、中、低穿膜活性的穿膜肽(HCPPs、MCPPs、LCPPs)用于构建数据集.基于这些数据集,开展了以下研究:首先,利用方差分析的方法,对不同活性的CPPs以及Non CPPs的氨基酸及二级结构组成进行分析,发现氨基酸的静电与疏水相互作用对CPPs的穿膜活性起到了重要影响,同时螺旋结构和无规卷曲也会影响CPPs的穿膜活性;其次,使用理化性质与长度将不同活性的CPPs展示在二维平面上,发现在某些特殊的性质下不同活性的CPPs与Non CPPs可以产生聚簇现象,HCPPs、MCPPs以及LCPPs和Non CPPs被分成了三簇,这种现象显示了它们之间的差异;最后,本文引入了生物序列理化质心的概念,将组成序列的残基看作质点,进而把序列抽象成质点系进行研究,并将此方法应用到CPPs的分析中,通过PCA方法将不同活性的CPPs投射到三维平面上,结果发现绝大部分CPPs聚在一起,部分LCPPs与Non CPPs聚在一起.此工作对于CPPs的设计,以及理解不同活性CPPs序列上的差异具有一定的意义.另外,本文引入的生物序列理化质心的分析方法也可以用于其他生物问题的分析,同时它们可以作为某些生物分类问题的输入参数,在模式识别中起到一定的作用.
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关键词
细胞穿膜肽(CPPs)
穿膜活性
序列差异
理化质心
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职称材料
基于共进化基因功能模块发现候选癌基因
被引量：
1
2
作者
朱晶
沈晓沛
+3 位作者
肖会
张杨
王靖
郭政
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第7期694-700,共7页
癌基因组的体细胞突变扫查数据为研究人员发现新的癌基因提供了大量的信息。已有的通过基因突变频率寻找候选癌基因的方法倾向于发现突变频率较高的癌基因,但是部分低频率突变的基因也可能在癌症发生过程中发挥重要作用。具有相似系统...
癌基因组的体细胞突变扫查数据为研究人员发现新的癌基因提供了大量的信息。已有的通过基因突变频率寻找候选癌基因的方法倾向于发现突变频率较高的癌基因,但是部分低频率突变的基因也可能在癌症发生过程中发挥重要作用。具有相似系统发生谱并且具有蛋白互作关系的基因可能具有相似的功能,它们的损伤可能会导致相同或相似的疾病表型。基于这一假设,文章提出了一种发现候选癌基因的新方法。首先,寻找具有相似系统发生谱的蛋白质互作子网,定义为共进化基因模块;然后,在癌基因组中发生至少一次非同义体细胞突变的基因中,筛选出与已知癌基因在同一共进化模块并具有直接相互作用的基因,预测为候选癌基因。据此,文章共预测了15个候选癌基因,其中只有2个基因在以往的工作中通过基于高突变频率的方法被识别为癌基因。因此,该方法可以有效地发现突变频率低的候选癌基因。
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关键词
候选癌基因
功能模块
预测
癌突变谱
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职称材料
cDNA芯片重复探针检测值的一致性分析
3
作者
于梁梁
王栋
+5 位作者
吕莹丽
肖会
杨强
王晨光
郭政
李霞
《高技术通讯》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期95-98,共4页
通过SOURCE数据库对4套cDNA数据的探针进行了注释,分析了对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性。采用两种常规方法处理了重复检测值,比较了这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响。结果显示:Unigene的重复...
通过SOURCE数据库对4套cDNA数据的探针进行了注释,分析了对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性。采用两种常规方法处理了重复检测值,比较了这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响。结果显示:Unigene的重复检测值之间存在一定比例的负相关;更新探针注释数据后的重复检测值之间的低相关比例减少,高相关比例显著提高;重复点样探针之间的相关性高于其它重复检测值,但是仍有很多低相关;两种处理重复检测值方法对于用基因表达差异显著性分析方法(SAM)与T检验方法筛选差异表达基因影响不大。
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关键词
cDNA基因芯片
差异表达基因
相关系数
探针
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职称材料
题名
细胞穿膜肽的穿膜活性与序列特征的关系
被引量：
2
1
作者
曹赞霞
董川
赵立岭
王吉华
机构
德州
学院
山东省
生物
物理重点实验室
德州
学院
物理与
电子
信息
学院
电子科技大学
生命科学
与技术
学院
生物
信息
学
中心
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016年第1期75-82,共8页
基金
国家自然科学基金(31000324
61271378
+4 种基金
11447004)
山东省自然科学基金(ZR2012CL09
ZR2014AL014
ZR2014JL006)
山东省泰山学者资助项目~~
文摘
细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有不同穿膜活性的CPPs进行研究,试图找出影响CPPs穿膜活性的因素,以及不同活性CPPs与非穿膜肽(Non CPPs)序列上的差异,并引入一种分析生物序列的方法.我们基于CPPsite数据库和不同的文献获取CPPs和Non CPPs序列,并进一步从CPPs序列中提取具有高、中、低穿膜活性的穿膜肽(HCPPs、MCPPs、LCPPs)用于构建数据集.基于这些数据集,开展了以下研究:首先,利用方差分析的方法,对不同活性的CPPs以及Non CPPs的氨基酸及二级结构组成进行分析,发现氨基酸的静电与疏水相互作用对CPPs的穿膜活性起到了重要影响,同时螺旋结构和无规卷曲也会影响CPPs的穿膜活性;其次,使用理化性质与长度将不同活性的CPPs展示在二维平面上,发现在某些特殊的性质下不同活性的CPPs与Non CPPs可以产生聚簇现象,HCPPs、MCPPs以及LCPPs和Non CPPs被分成了三簇,这种现象显示了它们之间的差异;最后,本文引入了生物序列理化质心的概念,将组成序列的残基看作质点,进而把序列抽象成质点系进行研究,并将此方法应用到CPPs的分析中,通过PCA方法将不同活性的CPPs投射到三维平面上,结果发现绝大部分CPPs聚在一起,部分LCPPs与Non CPPs聚在一起.此工作对于CPPs的设计,以及理解不同活性CPPs序列上的差异具有一定的意义.另外,本文引入的生物序列理化质心的分析方法也可以用于其他生物问题的分析,同时它们可以作为某些生物分类问题的输入参数,在模式识别中起到一定的作用.
关键词
细胞穿膜肽(CPPs)
穿膜活性
序列差异
理化质心
Keywords
cell penetrating peptides （CPPs）, penetrating activities, sequence differences, physico-chemical mass center
分类号
Q615 [生物学—生物物理学]
Q7 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
基于共进化基因功能模块发现候选癌基因
被引量：
1
2
作者
朱晶
沈晓沛
肖会
张杨
王靖
郭政
机构
电子科技大学生命科学与技术学院生物信息中心
哈尔滨医科
大学
生物
信息
科学与
技术
学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第7期694-700,共7页
基金
国家自然科学基金项目(编号:30170515
30370388
30571034)资助
文摘
癌基因组的体细胞突变扫查数据为研究人员发现新的癌基因提供了大量的信息。已有的通过基因突变频率寻找候选癌基因的方法倾向于发现突变频率较高的癌基因,但是部分低频率突变的基因也可能在癌症发生过程中发挥重要作用。具有相似系统发生谱并且具有蛋白互作关系的基因可能具有相似的功能,它们的损伤可能会导致相同或相似的疾病表型。基于这一假设,文章提出了一种发现候选癌基因的新方法。首先,寻找具有相似系统发生谱的蛋白质互作子网,定义为共进化基因模块;然后,在癌基因组中发生至少一次非同义体细胞突变的基因中,筛选出与已知癌基因在同一共进化模块并具有直接相互作用的基因,预测为候选癌基因。据此,文章共预测了15个候选癌基因,其中只有2个基因在以往的工作中通过基于高突变频率的方法被识别为癌基因。因此,该方法可以有效地发现突变频率低的候选癌基因。
关键词
候选癌基因
功能模块
预测
癌突变谱
Keywords
candidate cancer genes
functional module
prediction
cancer mutation profiles
分类号
R730.2 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
cDNA芯片重复探针检测值的一致性分析
3
作者
于梁梁
王栋
吕莹丽
肖会
杨强
王晨光
郭政
李霞
机构
哈尔滨医科
大学
生物
信息
学系
电子科技大学
生命科学
与技术
学院
生物
信息
学
中心
出处
《高技术通讯》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第1期95-98,共4页
基金
国家自然科学基金(30370388,30670539,30770558)资助项目
文摘
通过SOURCE数据库对4套cDNA数据的探针进行了注释,分析了对应同一条Unigene的多个探针的检测值(即重复检测值)之间的相关性。采用两种常规方法处理了重复检测值,比较了这两种处理方法对筛选差异表达基因的影响。结果显示:Unigene的重复检测值之间存在一定比例的负相关;更新探针注释数据后的重复检测值之间的低相关比例减少,高相关比例显著提高;重复点样探针之间的相关性高于其它重复检测值,但是仍有很多低相关;两种处理重复检测值方法对于用基因表达差异显著性分析方法(SAM)与T检验方法筛选差异表达基因影响不大。
关键词
cDNA基因芯片
差异表达基因
相关系数
探针
Keywords
cDNA gene chip, differentially expressed genes, correlation coefficient, probe
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
细胞穿膜肽的穿膜活性与序列特征的关系
曹赞霞
董川
赵立岭
王吉华
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于共进化基因功能模块发现候选癌基因
朱晶
沈晓沛
肖会
张杨
王靖
郭政
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
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职称材料
3
cDNA芯片重复探针检测值的一致性分析
于梁梁
王栋
吕莹丽
肖会
杨强
王晨光
郭政
李霞
《高技术通讯》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
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