克隆合作猪神经营养因子3基因(Neurotrophin3,NTF3)的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能,并检测基因在不同组织中的表达量,构建组织表达谱。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使...克隆合作猪神经营养因子3基因(Neurotrophin3,NTF3)的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能,并检测基因在不同组织中的表达量,构建组织表达谱。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使用生物信息学方法分析其结构,并使用RT-qPCR技术检测其在不同组织中的表达水平。结果显示,合作猪NTF3基因CDS区长774 bp,编码257个氨基酸;等电点(pI)为9.46,属于碱性蛋白;合作猪与猪、牛亲缘关系较近;二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,三级结构主要由β-折叠、α-螺旋等组成;整条链中亲水性氨基酸残基数量多于疏水性氨基酸残基数量,是亲水性蛋白;无跨膜区域,是非跨膜蛋白;在37~58位氨基酸残基有一个线圈结构域、64~79位有一个低复杂度结构域和144~249位有一个神经生长因子结构域;存在信号肽,推测是分泌蛋白;NTF3基因在合作猪脾脏的表达量最高,回肠表达量最低。展开更多
采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪...采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.25<PIC<0.5),杜洛克为0.610 1,属于高度多态(PIC>0.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。展开更多
旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考。根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测...旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考。根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测序获得合作猪IFN-ε基因完整编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析。结果显示,合作猪IFN-ε基因编码区长582 bp,编码193个氨基酸。该基因编码区序列与杜洛克猪、人、小鼠、黑猩猩、狗、瘤牛、蒙古野马、山羊和绵羊的同源性分别为98.4%、77.7%、56.8%、78.2%、76.5%、87.0%、85.5%、85.0%和86.0%;系统进化树结果表明,合作猪与瘤牛、蒙古野马、绵羊、山羊亲缘关系较近。此外,在合作猪IFN-ε基因CDS上共发现3个碱基突变,均为错义突变。氨基酸序列分析表明,合作猪IFN-ε蛋白分子式为C 1027 H 1630 N 278 O 290 S 10,理论分子质量为22.83 ku,等电点(pI)为8.43,属于碱性蛋白;平均亲水系数为-0.240,属于亲水蛋白质;IFN-ε蛋白无跨膜结构,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;IFN-ε蛋白只包含1个超家族保守结构域,即IFab结构域。二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸链所占比例分别为61.66%、30.05%、3.11%和5.18%。展开更多
文摘克隆合作猪神经营养因子3基因(Neurotrophin3,NTF3)的编码区序列(Coding region sequence,CDS),预测分析其结构与功能,并检测基因在不同组织中的表达量,构建组织表达谱。通过PCR扩增、Sanger测序等方法获得合作猪NTF3基因CDS区序列,使用生物信息学方法分析其结构,并使用RT-qPCR技术检测其在不同组织中的表达水平。结果显示,合作猪NTF3基因CDS区长774 bp,编码257个氨基酸;等电点(pI)为9.46,属于碱性蛋白;合作猪与猪、牛亲缘关系较近;二级结构主要为α-螺旋和无规则卷曲,三级结构主要由β-折叠、α-螺旋等组成;整条链中亲水性氨基酸残基数量多于疏水性氨基酸残基数量,是亲水性蛋白;无跨膜区域,是非跨膜蛋白;在37~58位氨基酸残基有一个线圈结构域、64~79位有一个低复杂度结构域和144~249位有一个神经生长因子结构域;存在信号肽,推测是分泌蛋白;NTF3基因在合作猪脾脏的表达量最高,回肠表达量最低。
文摘采用PCR-SSCP及克隆测序技术对大白、长白、杜洛克共210头仔猪SLA-DQA基因第4外显子进行多态性检测,以探讨猪SLA-DQA基因的遗传特性。结果显示:共获得4种等位基因(A、B、C、D),6种基因型(AA、AB、CC、CD、BB、BC)。6种基因型在杜洛克猪中都被检测到,而在大白猪中只检测到AA、AB、CC 3种基因型,在长白猪中未检测到BC基因型。A等位基因和AA基因型的频率在3个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现3个核苷酸突变位点(5 126 bp A→G,5 158 bp A→T,5 233 bp G→A),其中,5126 bp处A→G导致氨基酸由异亮氨酸变为缬氨酸。经χ2适合性检验,3个猪品种在此位点上都偏离了Hardy-Wein-berg平衡状态(P<0.05)。群体遗传学分析发现:长白猪、大白猪多态信息含量(PIC)分别为0.3233,0.4548,属于中度多态(0.25<PIC<0.5),杜洛克为0.610 1,属于高度多态(PIC>0.5);各基因型在三品种中的分布差异显著。研究结果证实,猪SLA-DQA基因第4外显子具有丰富的遗传多态性。
文摘旨在克隆合作猪干扰素ε(Interferon epsilon,IFN-ε)基因,并对其结构和编码蛋白进行生物信息学分析,为进一步研究合作猪IFN-ε生物学功能提供参考。根据GenBank上公布的猪IFN-ε基因序列(登录号:NM_001105310.1)设计引物,PCR扩增及测序获得合作猪IFN-ε基因完整编码区序列(Coding sequence,CDS),并对其进行生物信息学分析。结果显示,合作猪IFN-ε基因编码区长582 bp,编码193个氨基酸。该基因编码区序列与杜洛克猪、人、小鼠、黑猩猩、狗、瘤牛、蒙古野马、山羊和绵羊的同源性分别为98.4%、77.7%、56.8%、78.2%、76.5%、87.0%、85.5%、85.0%和86.0%;系统进化树结果表明,合作猪与瘤牛、蒙古野马、绵羊、山羊亲缘关系较近。此外,在合作猪IFN-ε基因CDS上共发现3个碱基突变,均为错义突变。氨基酸序列分析表明,合作猪IFN-ε蛋白分子式为C 1027 H 1630 N 278 O 290 S 10,理论分子质量为22.83 ku,等电点(pI)为8.43,属于碱性蛋白;平均亲水系数为-0.240,属于亲水蛋白质;IFN-ε蛋白无跨膜结构,存在信号肽序列,属于分泌型蛋白;IFN-ε蛋白只包含1个超家族保守结构域,即IFab结构域。二级结构分析表明,该蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、β-转角和延伸链所占比例分别为61.66%、30.05%、3.11%和5.18%。
