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题名特色黎药牛耳枫转录组学研究
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作者
崔文浩
田建平
刘伟锐
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机构
热带药物创新与转化教育部工程研究中心/人机智能协同肿瘤精准诊疗国际联合研究中心/海南省热带药用植物研发重点实验室
海南医科大学药学院
海口市制药厂有限公司
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出处
《热带农业科学》
2025年第4期70-77,共8页
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基金
国家自然科学基金项目(No.81660714)。
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文摘
为研究海南特色黎药牛耳枫的转录组学特点,以其幼嫩叶片为实验材料,通过真核无参转录组测序技术对其进行测序。结果表明,测序数据平均为6.29G,组装获得175128条Unigene。通过功能注释和分类,NR数据库共注释106 769条Unigene,注释的近缘物种基因序列相似性最高的是葡萄;NT数据库共注释83 022条Unigene;GO数据库共注释47885条Unigene到生物过程、分子功能和细胞组分3种类别中;94658条Unigene被注释到KOG数据库25个组别中,仅一般功能预测(R)注释最多;48 965条Unigene被注释到KEGG数据库中,主要有5个level 1级代谢通路及75个level 2级代谢通路。7 624条Unigene参与牛耳枫的TF分类。SSR分析表明,共61 222条Unigene含SSR,22 784条Unigene至少含1个SSR位点,涉及化合物形成中存在的SSR位点12 529个。此次研究对牛耳枫叶片的转录组进行测序和分析,可深入了解牛耳枫基因表达的情况,为进一步研究其功能基因提供了数据支持。
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关键词
特色黎药
牛耳枫
转录组
功能注释
SSR
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Keywords
Li medicine
Daphniphyllum calycinum
transcriptome
functional annotation
SSR
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分类号
S533
[农业科学—作物学]
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