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基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测被引量：4: 1; 作者刘亚文张红燕 +1 位作者曹丹李兰芝《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2423-2439,共17页; 基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫... 展开更多; 关键词水稻多平台干旱胁迫盐胁迫 WGCNA-MIC; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于通路分析剖析水稻农艺性状配合力和杂种优势被引量：2: 2; 作者向丽媛徐凯 +6 位作者苏静吴超袁雄郑兴飞刁英胡中立李兰芝《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1319-1326,I0030-I0056,共35页; 按照NCII 遗传交配设计构建测交群体,考察包括产量性状在内的9个农艺性状,对水稻农艺性状表型、配合力和杂种优势进行通路分析,以期为水稻品种的培育和改良提供理论基础。结果表明,主穗实粒数与生物调控、千粒重与半胱氨酸和蛋氨酸代谢... 展开更多; 关键词杂交水稻 GWAS 通路分析配合力杂种优势; 在线阅读下载PDF 职称材料

莲ARF基因家族全基因组鉴定和表达分析被引量：3: 3; 作者苏静王柯阳 +2 位作者董臣周江波李兰芝《南方农机》 2020年第15期9-13,共5页; 生长素反应因子(auxin response factor,ARF)是调节生长素表达的转录因子响应基因,与植物生长发育和信号转导等多个过程密切相关。本研究对莲ARF基因家族进行鉴定,从莲的全基因组中共鉴定到30个ARF基因家族成员。分析其理化性质发现它... 展开更多; 关键词莲 ARF基因家族基因表达生物信息分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于最大信息系数与冗余分摊的特征选择方法被引量：1: 4; 作者袁哲明杨晶晶陈渊《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期101-105,共5页; 特征选择是机器学习的关键环节,通常采用最小冗余最大相关法进行特征选择,但该方法存在相关性测度与冗余性测度不可比、特征引入无法自动终止等问题。为此,提出一种基于最大信息系数(MIC)与冗余分摊策略的特征选择方法(MIC-share)。以MI... 展开更多; 关键词特征选择最大信息系数冗余分摊分类支持向量机回归; 在线阅读下载PDF 职称材料

临沂基地不同食药用菌中6种金属元素的ICP-MS检测被引量：3: 5; 作者谢玲马湘豫 +2 位作者高楚倩李兰芝夏志兰《食药用菌》 2021年第3期222-231,共10页; 为探究同一基地不同食药用菌子实体及同一食药用菌不同部位的金属元素富集情况,以为食药用菌栽培品种选择、安全性评价及富硒(锌)产品开发提供科学依据,采用电感耦合等离子体质谱分析结合微波消解法,检测临沂某基地的包括灵芝、茯苓、... 展开更多; 关键词食药用菌品种电感耦合等离子质谱分析限量重金属综合污染指数富集系数; 在线阅读下载PDF 职称材料

基于统计差表与加权投票的高精度剪接位点预测: 6; 作者曾莹陈渊袁哲明《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第5期496-503,共8页; 基于机器学习的高精度剪接位点识别是真核生物基因组注释的关键.本文采用卡方测验确定序列窗口长度,构建卡方统计差表提取位置特征,并结合碱基二联体频次表征序列;针对剪接位点正负样本高度不均衡这一情形,构建10个正负样本均衡的支持... 展开更多; 关键词剪接位点位置特征卡方统计差表加权投票支持向量机; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测被引量：4: 1; 作者刘亚文张红燕曹丹李兰芝; 机构湖南农业大学信息与智能科学技术学院湖南农业大学/湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心; 出处《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2423-2439,共17页; 基金湖南省教育厅科学研究重点项目(18A105) 长沙市工业科技特派员项目(201845) 湖南农业大学“双一流”建设项目(SYL2019075)资助。; 文摘基于多平台基因表达数据挖掘水稻胁迫相关基因,可增加关键基因预测的可靠性,获得更具普适意义的结果。本研究从NCBI数据库中收集了与水稻非生物胁迫相关的94份affymetrix基因芯片数据和42份RNA-seq转录组数据。首先对同一类型同一胁迫相关的多个数据集以数据转换法融合,得到干旱胁迫相关的affymetrix数据集D_affy和RNA-seq数据集D_rnaseq,盐胁迫相关的affymetrix数据集S_affy和RNA-seq数据集S_rnaseq;接着对4个数据集分别基于Pearson线性相关系数的经典WGCNA法和基于MIC非线性相关系数的改进WGCNA法进行基因共表达网络分析,共获取胁迫相关的8个Hub基因集;进一步,对同一胁迫相关的Hub基因进行整合分析,得到最终的水稻干旱胁迫相关Hub基因1936个、盐胁迫相关的Hub基因1504个。最后,从预测性能、富集分析、文献报道、STRING在线互作分析和Cytoscape可视化分析等多角度解析Hub基因的生物学意义。结果显示:Hub基因整体预测性能较优,且大多富集到了与干旱/盐胁迫相关的通路上,其中有文献已报道的干旱胁迫响应基因31个和盐胁迫响应基因22个。此外,通过对Hub基因的互作分析,预测得到11个干旱胁迫候选基因和5个盐胁迫候选基因。本研究为“高维度、小样本”的农作物基因测序数据的有效分析提供了新思路,实验结果为抗逆水稻品种研究提供了参考。; 关键词水稻多平台干旱胁迫盐胁迫 WGCNA-MIC; Keywords rice multi-platform drought stress salt stress WGCNA-MIC; 分类号 S511 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于通路分析剖析水稻农艺性状配合力和杂种优势被引量：2: 2; 作者向丽媛徐凯苏静吴超袁雄郑兴飞刁英胡中立李兰芝; 机构湖南农业大学/湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心武汉大学/杂交水稻国家重点实验室; 出处《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1319-1326,I0030-I0056,共35页; 基金国家重点研发计划项目(2016YFD0100101) 湖南省自然科学基金项目(2016JJ3070) 湖南农大作物种质创新与资源利用国家重点实验室培育基地开放课题(16KFXM03)资助~~; 文摘按照NCII 遗传交配设计构建测交群体,考察包括产量性状在内的9个农艺性状,对水稻农艺性状表型、配合力和杂种优势进行通路分析,以期为水稻品种的培育和改良提供理论基础。结果表明,主穗实粒数与生物调控、千粒重与半胱氨酸和蛋氨酸代谢、主穗长与SNARE 相关囊泡运动、主穗一/二次枝梗与依赖DNA 的转录、株高与大分子代谢过程、主穗颖花数与花粉识别、有效穗数与水解酶活性、单株实粒重与嘌呤核苷结合等通路相关。为获得优良性状,高配合力,杂种优势可以从某一性状的相关通路进行研究,找到调控该通路的相关基因,以期为改良水稻一般配合力和获得杂种优势提供一定帮助。; 关键词杂交水稻 GWAS 通路分析配合力杂种优势; Keywords hybrid rice GWAS pathway analysis combining ability heterosis; 分类号 S511 [农业科学—作物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名莲ARF基因家族全基因组鉴定和表达分析被引量：3: 3; 作者苏静王柯阳董臣周江波李兰芝; 机构湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心河南工业大学生物工程学院贵州省凯里学院大健康学院; 出处《南方农机》 2020年第15期9-13,共5页; 基金湖南省教育厅科学研究项目“基于全基因组关联和全基因组选择的稻米品质遗传基础剖析”(19A244) 河南省科技攻关项目“莲藕质地性状相关的候选基因发掘及分子标记开发”(192102110120) 贵州省教育厅自然科学基金(重点)项目“凯里云谷田园台湾水果小番茄引种气候适应性综合鉴评”(黔教合KY字[2015]381)。; 文摘生长素反应因子(auxin response factor,ARF)是调节生长素表达的转录因子响应基因,与植物生长发育和信号转导等多个过程密切相关。本研究对莲ARF基因家族进行鉴定,从莲的全基因组中共鉴定到30个ARF基因家族成员。分析其理化性质发现它们的氨基酸数介于86aa^988aa,等电点范围为4.61~9.05,大部分表现为酸性且都为亲水蛋白。利用生物信息学软件分析莲的ARF蛋白序列的保守结构域和保守基序,结果显示莲中不是所有的ARF蛋白都含有B3结构域、Auxin_resp结构域、AUX_IAA结构域,但至少具备其中一种结构域,ARF基因家族中预测含有15个保守基序,对莲ARF保守域蛋白序列进行进化树分析,莲中ARF蛋白可以被划分为四组,基因结构进化高度保守。研究结果为后续深入研究莲ARF基因家族的功能奠定了基础。; 关键词莲 ARF基因家族基因表达生物信息分析; 分类号 Q946.885 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于最大信息系数与冗余分摊的特征选择方法被引量：1: 4; 作者袁哲明杨晶晶陈渊; 机构湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心; 出处《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期101-105,共5页; 基金国家自然科学基金(61701177) 湖南省自然科学基金(2018JJ3225) 湖南省作物种质创新与资源利用国家重点实验室培育基地开放课题(18KFXM08)。; 文摘特征选择是机器学习的关键环节,通常采用最小冗余最大相关法进行特征选择,但该方法存在相关性测度与冗余性测度不可比、特征引入无法自动终止等问题。为此,提出一种基于最大信息系数(MIC)与冗余分摊策略的特征选择方法(MIC-share)。以MIC度量相关性测度与冗余性测度,采用冗余分摊策略获取新的特征得分,自动终止特征引入过程,减少最优子集确定所需时间。仿真结果表明,与PLSR、MIFS、KNN-FABC等特征选择方法相比,MIC-share方法得到的回归数据均方根误差更小,分类数据错误率更低。; 关键词特征选择最大信息系数冗余分摊分类支持向量机回归; Keywords feature selection Maximum Information Coefficient(MIC) redundancy sharing classification Support Vector Machine(SVM) regression; 分类号 TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名临沂基地不同食药用菌中6种金属元素的ICP-MS检测被引量：3: 5; 作者谢玲马湘豫高楚倩李兰芝夏志兰; 机构湖南农业大学园艺学院中药系湖南省蔬菜重点实验室湖南省食用菌工程技术研究中心湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心; 出处《食药用菌》 2021年第3期222-231,共10页; 基金湖南省自然科学基金项目(2018JJ2166) 湖南省财政厅科学研究项目“不同药用真菌种类镉富集的安全性评价”项目。; 文摘为探究同一基地不同食药用菌子实体及同一食药用菌不同部位的金属元素富集情况,以为食药用菌栽培品种选择、安全性评价及富硒(锌)产品开发提供科学依据,采用电感耦合等离子体质谱分析结合微波消解法,检测临沂某基地的包括灵芝、茯苓、蛹虫草在内的10种食药用菌新鲜子实体及其栽培基质中6种金属元素含量及富集系数。As、Cd、Pb、Cu 4种限量重金属的综合污染指数结果显示,该基地存在一定重金属污染的品种有香菇、凤尾菇、姬松茸和蛹虫草;10个品种中,对As富集系数最高值出现在凤尾菇组(BCF=33.7652),姬松茸则表现出对Cd有较强富集能力(BCF=10.0312),蛹虫草对Pb的BCF值达11.9324,而姬松茸对Cu的BCF值为6.0090。子实体中Zn含量最高值出现在蛹虫草组(145.722±2.574 mg/kg),而Se最高值出现在猴头菇组(0.420±0.021 mg/kg);猴头菇组对Zn的BCF值最高,为3.6535,而对Se富集能力最强的是蛹虫草。灵芝中3种限量重金属含量分布规律均为菌柄>菌盖皮>菌肉层(As除外,菌肉层>菌柄>菌盖皮),茯苓皮中4种限量重金属含量均显著高于茯苓块(P<0.05),凤尾菇中5种重金属含量分布规律均为菌盖>菌柄。表明不同种类或同一子实体不同部位中,金属含量和富集系数都存在较大差异。; 关键词食药用菌品种电感耦合等离子质谱分析限量重金属综合污染指数富集系数; Keywords edible&medicinal mushrooms inductively coupled plasma mass spectrometry(ICP-MS) limited heavy metal composite pollution index bio-enrichment coefficients(BCF); 分类号 S646 [农业科学—蔬菜学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名基于统计差表与加权投票的高精度剪接位点预测: 6; 作者曾莹陈渊袁哲明; 机构湖南农业大学湖南省农业大数据分析与决策工程技术研究中心湖南农业大学东方科技学院; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第5期496-503,共8页; 基金国家自然科学基金(61701177) 湖南省自然科学基金(2018JJ3225) 湖南省教育厅科学研究项目(17A096)资助~~; 文摘基于机器学习的高精度剪接位点识别是真核生物基因组注释的关键.本文采用卡方测验确定序列窗口长度,构建卡方统计差表提取位置特征,并结合碱基二联体频次表征序列;针对剪接位点正负样本高度不均衡这一情形,构建10个正负样本均衡的支持向量机分类器,进行加权投票决策,有效解决了不平衡模式分类问题. HS^3D数据集上的独立测试结果显示,供体、受体位点预测准确率分别达到93.39%、90.46%,明显高于参比方法.基于卡方统计差表的位置特征能有效表征DNA序列,在分子序列信号位点识别中具有应用前景.; 关键词剪接位点位置特征卡方统计差表加权投票支持向量机; Keywords plice site positional features chi-square statistical difference table weighted voting support vector machine(SVM); 分类号 Q811.4 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	基于多平台基因表达数据的水稻干旱和盐胁迫相关基因预测	刘亚文张红燕曹丹李兰芝	《作物学报》 CAS CSCD 北大核心	2021	4	在线阅读下载PDF 职称材料
2	基于通路分析剖析水稻农艺性状配合力和杂种优势	向丽媛徐凯苏静吴超袁雄郑兴飞刁英胡中立李兰芝	《作物学报》 CAS CSCD 北大核心	2019	2	在线阅读下载PDF 职称材料
3	莲ARF基因家族全基因组鉴定和表达分析	苏静王柯阳董臣周江波李兰芝	《南方农机》	2020	3	在线阅读下载PDF 职称材料
4	基于最大信息系数与冗余分摊的特征选择方法	袁哲明杨晶晶陈渊	《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心	2020	1	在线阅读下载PDF 职称材料
5	临沂基地不同食药用菌中6种金属元素的ICP-MS检测	谢玲马湘豫高楚倩李兰芝夏志兰	《食药用菌》	2021	3	在线阅读下载PDF 职称材料
6	基于统计差表与加权投票的高精度剪接位点预测	曾莹陈渊袁哲明	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2019	0	在线阅读下载PDF 职称材料