光学成像观测大鼠局灶性脑缺血的动态过程 被引量：5

1

作者 冯哲 陈尚宾 +2 位作者 李鹏程 曾绍群 骆清铭 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第9期871-875,共5页

采用550nm内源信号光学成像(opticalintrinsicsignalimaging,OISI)监测左侧大脑中动脉栓塞(middlecerebralarteryocclusion,MCAO)局灶性脑缺血大鼠顶叶皮层.MCAO后4h内,观测到一系列自发扩散性抑制(spreadingdepression,SD)波(10.3±... 采用550nm内源信号光学成像(opticalintrinsicsignalimaging,OISI)监测左侧大脑中动脉栓塞(middlecerebralarteryocclusion,MCAO)局灶性脑缺血大鼠顶叶皮层.MCAO后4h内,观测到一系列自发扩散性抑制(spreadingdepression,SD)波(10.3±4.6)次.前2h内的SD波通常会侵袭整个左侧顶叶皮层,但光信号有明显的区域差异.后2h内的SD波局限于顶叶皮层中央区域,且传播面积逐次减少;旁侧区域光强基线逐步升高,4h时,反射光强升高(8.4±1.2)%.随后TTC染色证明上述旁侧区域已经梗死.实验表明光学成像为确定缺血半暗带并监测其动态发展提供了一种有效方法. 展开更多

关键词 大脑中动脉栓塞 局灶性脑缺血 内源信号光学成像 扩散性抑制

在线阅读 下载PDF 职称材料

光学成像技术在体研究肿瘤的光动力效应 被引量：4

2

作者 周斯博 张智红 +2 位作者 刘谦 曾绍群 骆清铭 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第10期969-974,共6页

光动力疗法(PDT)已发展成为一种较成熟的肿瘤治疗方法,PDT诱导的血管损伤是杀死肿瘤的重要机制之一.为了在活体肿瘤模型上实时监测PDT导致的血管损伤效应,使用稳定高表达绿色荧光蛋白(GFP)的人涎腺腺样囊性癌细胞株(ACC-M-GFP),建立了... 光动力疗法(PDT)已发展成为一种较成熟的肿瘤治疗方法,PDT诱导的血管损伤是杀死肿瘤的重要机制之一.为了在活体肿瘤模型上实时监测PDT导致的血管损伤效应,使用稳定高表达绿色荧光蛋白(GFP)的人涎腺腺样囊性癌细胞株(ACC-M-GFP),建立了基于鸡胚尿囊膜(CAM)的肿瘤模型.应用荧光成像技术对肿瘤的生长位置、大小,以及治疗区域进行方便精确的定位;利用激光散斑成像技术,实时监测CAM上肿瘤周围血管的血液动力学参数.发现不同光动力剂量所导致的血管损伤有显著不同.结果表明,荧光标记的鸡胚尿囊膜肿瘤模型为研究PDT导致的血管损伤效应提供了良好的实验模型,激光散斑成像技术适用于实时监测PDT过程中血管结构、血流速度的变化,由此得出血液灌注率可用以评估PDT对肿瘤周围血管的损伤效应. 展开更多

关键词 光动力疗法 荧光成像 激光散斑衬比成像 鸡胚尿囊膜 血管损伤

在线阅读 下载PDF 职称材料

构建高分辨率中国数字人男性数据集 被引量：15

3

作者 唐雷 李泽宇 +7 位作者 刘畅 吴坤成 夏寅 刘谦 谢叻 王兴海 洪辉文 钟世镇 《医用生物力学》 EI CAS CSCD 2006年第3期179-182,共4页

目的构建高分辨率中国男性数字人0.2mm断层间距图像数据集。方法取捐献健康男性遗体,经颈动脉红色灌注、低温冷冻定型、专用包埋模具垂直包埋、一次装夹连续等间距铣削、PhaseOneH25数码相机采集连续断层数据以构建数据集。结果共获得9... 目的构建高分辨率中国男性数字人0.2mm断层间距图像数据集。方法取捐献健康男性遗体,经颈动脉红色灌注、低温冷冻定型、专用包埋模具垂直包埋、一次装夹连续等间距铣削、PhaseOneH25数码相机采集连续断层数据以构建数据集。结果共获得9320个RAW格式断层图像数据,分辨率为4080×5440象素,RAW格式单层数据量为27.5M,RAW格式总数据量为260G。结论高分辨率中国数字人男性数据集由于采用了2200万象素的高分辩率数码相机,断层上如血管、脂肪、软骨和骨骼等组织的边界清晰。并可用随机软件对图像的色彩、曝光量以及断层感兴趣区域进行重新处理。 展开更多

关键词 中国数字人 高分辨 男性 断层切削 数据集

在线阅读 下载PDF 职称材料

“虚拟中国人男性一号”高精度骨骼系统的三维建模 被引量：39

4

作者 李安安 刘谦 +3 位作者 龚辉 唐雷 钟世镇 骆清铭 《中国临床解剖学杂志》 CSCD 北大核心 2006年第3期292-294,307,共4页

目的:建立人体整体骨骼系统的高精度三维模型,为解剖教学、生理模拟等应用提供三维数据集。方法:采用虚拟中国人男性一号(VirtualChineseHumanMaleNo.1)的2000万像素的高分辨率切片数据,使用半自动交互方法对全身骨组织进行分割和标识,... 目的:建立人体整体骨骼系统的高精度三维模型,为解剖教学、生理模拟等应用提供三维数据集。方法:采用虚拟中国人男性一号(VirtualChineseHumanMaleNo.1)的2000万像素的高分辨率切片数据,使用半自动交互方法对全身骨组织进行分割和标识,使用并行三维重建算法对海量的全身骨骼数据进行快速的三维建模。结果:建立了高质量的全身骨骼三维模型;通过初步的细分,实现了单块骨骼的单独与任意组合显示。结论:在高分辨率的切片数据基础上,通过精细分割,建立了高精度的骨骼系统三维模型。 展开更多

关键词 虚拟中国人 骨骼 三维建模

在线阅读 下载PDF 职称材料

数字虚拟中国人男性一号循环系统的三维建模 被引量：12

5

作者 王文嘉 刘谦 +3 位作者 龚辉 唐雷 钟世镇 骆清铭 《医用生物力学》 EI CAS CSCD 2006年第3期198-202,共5页

目的建立虚拟中国人男性一号血管灌注循环系统的三维模型,为解剖教学以及临床虚拟手术研究提供三维数据模型。方法对数字虚拟中国人男性一号样本进行血管灌注,对获取的彩色断层图片进行空间配准和半自动交互分割,对分割后的数据通过并... 目的建立虚拟中国人男性一号血管灌注循环系统的三维模型,为解剖教学以及临床虚拟手术研究提供三维数据模型。方法对数字虚拟中国人男性一号样本进行血管灌注,对获取的彩色断层图片进行空间配准和半自动交互分割,对分割后的数据通过并行算法进行快速三维重建处理。结果对灌注后的动静脉血管和心脏建立了三维模型;通过组合动脉和静脉以及心脏模型获得了全身循环系统的三维模型,弥补了数字化虚拟人体血管模型的空白。结论经过样本的动脉灌注处理之后,在获取高分辨率的切片数据的基础上,建立了精确、完整的血管模型。 展开更多

关键词 数字虚拟中国人 动脉灌注 图像处理 三维重建

在线阅读 下载PDF 职称材料

上海生命科学数据中心的设计与实现 被引量：4

6

作者 许庆炜 曹顺良 +3 位作者 李荣 张国庆 骆清铭 李亦学 《计算机应用与软件》 CSCD 北大核心 2008年第4期37-39,共3页

上海生命科学数据中心通过整合实验数据、分析工具、相关文献,为研究人员提供一个具有中国特色、地方特点,以知识为导向、技术前瞻的生命科学数据共享、服务支撑平台。平台针对生命科学数据自身的特点,运用最新技术手段,在海量数据的管... 上海生命科学数据中心通过整合实验数据、分析工具、相关文献,为研究人员提供一个具有中国特色、地方特点,以知识为导向、技术前瞻的生命科学数据共享、服务支撑平台。平台针对生命科学数据自身的特点,运用最新技术手段,在海量数据的管理、异构数据的整合、分布式数据访问,以及数据安全性管理方面进行了积极、有益的探索。目前,平台一期工作已经完成,并开始对外提供服务(http://lifecenter.sgst.cn/)。 展开更多

关键词 生命科学 数据整合 ORACLE数据库 分布式管理

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于构件的生命科学主题数据库构建方法 被引量：2

7

作者 张国庆 曹顺良 +2 位作者 方焯 许庆炜 骆清铭 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2007年第6期12-14,17,共4页

提出了一种生命科学主题数据库的快速构建方法。使用管理表和数据表共同管理生命科学数据,通过查询模板灵活控制对数据库的访问,采用构件化方法设计和构造数据库应用程序,从而快速构建主题数据库。基于该方法构建的主题数据库能够快速... 提出了一种生命科学主题数据库的快速构建方法。使用管理表和数据表共同管理生命科学数据,通过查询模板灵活控制对数据库的访问,采用构件化方法设计和构造数据库应用程序,从而快速构建主题数据库。基于该方法构建的主题数据库能够快速增删主题数据的类型,具有高度的灵活性。 展开更多

关键词 生命科学 主题数据库 查询模板 构件

在线阅读 下载PDF 职称材料

数字大鼠整体断层解剖数据集的制备技术 被引量：1

8

作者 余雳 刘谦 +3 位作者 白雪岭 廖银萍 骆清铭 龚辉 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期399-402,共4页

从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像... 从实验动物的选择以及样本的冷冻固定、样本的包埋与冷冻、实验数据的采集等方面探索了大鼠整体数据集的制备技术,并在此基础上获得了一套大鼠全身的高精度数字断层解剖数据集,该数据集包含高质量的二维横断面解剖图像9475张,单张图像的分辨率为4600×2580×24-bit,像素尺寸为0.020 mm×0.020 mm,切片厚度为0.020 mm,数据集总容量达314.68 GByte.断面图像的分析表明数据集的制备质量达到了较高的水平.该制备方法可为今后在整体层次上开展数字大鼠研究提供技术支撑. 展开更多

关键词 大鼠 整体 数字断层解剖数据集 制备技术

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具

9

作者 许庆炜 鲁强 +2 位作者 曹顺良 骆清铭 李亦学 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2007年第11期1169-1173,共5页

GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组... GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组组成,涵盖了18个生物学数据库所提供的基因和基因产物注释信息,并通过引入3个相关本体丰富了不同来源数据间的语义联系。 展开更多

关键词 语义网 基因本体(GO) 语义描述框架(RDF) Oracle 生命科学标识(LSID)

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于Java的基因本体工具包

10

作者 张国庆 骆清铭 +1 位作者 鲁强 李亦学 《高技术通讯》 CAS CSCD 北大核心 2006年第7期735-739,共5页

针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块... 针对基因本体的需求,利用Java技术,以模块化设计的方式实现了基因本体工具包GO4J.该系统包括4个模块.解析器模块把GO载入到内存中;图数据结构模块记录了所有的GO条目之间的关系;语义相似性模块评估两个GO条目之间的相似程度;可视化模块直观展示GO条目和根节点之间的路径.GO4J把这4个模块整合到本体浏览器中,可以结合GO注释的生物数据来对具体的生物数据进行分析. 展开更多

关键词 基因本体 解析器 图模型 语义相似性

在线阅读 下载PDF 职称材料

利用相似显著性序列特征预测白血病疾病基因

11

作者 袁芳 周艳红 何光源 《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期461-467,共7页

研究发现新的白血病致病基因对揭示白血病机理,寻求有效治疗方法有重要意义.选取了mRNA和protein序列的330个物化特征,发现某些特征在五类白血病(T-ALL、ALL、AML、APL和JML)的已知疾病基因中表现出相似的显著性差异.基于这个特点设计... 研究发现新的白血病致病基因对揭示白血病机理,寻求有效治疗方法有重要意义.选取了mRNA和protein序列的330个物化特征,发现某些特征在五类白血病(T-ALL、ALL、AML、APL和JML)的已知疾病基因中表现出相似的显著性差异.基于这个特点设计了一种新的白血病疾病基因预测方法.测试结果表明该方法能够有效地从众多候选基因中预测出真实的白血病基因,效果明显优于其他预测方法. 展开更多

关键词 白血病 序列特征 疾病基因预测

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于Web的代谢网络仿真环境

12

作者 张升蓉 罗若愚 +2 位作者 刘谦 李亦学 骆清铭 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第36期97-99,共3页

针对实时服务的需求和大规模代谢网络的大计算量,构建了一个基于集群系统的多层体系结构的代谢网络仿真环境,主要采用Applet技术、系统生物学描述语言(SBML)、Servlet与Applet之间的通信技术、线程池技术和负载平衡机制来实现。基于这... 针对实时服务的需求和大规模代谢网络的大计算量,构建了一个基于集群系统的多层体系结构的代谢网络仿真环境,主要采用Applet技术、系统生物学描述语言(SBML)、Servlet与Applet之间的通信技术、线程池技术和负载平衡机制来实现。基于这个仿真环境,结合已有的代谢网络仿真技术,提供了一个远程在线的代谢网络的仿真服务。该仿真环境不仅便于升级和维护,而且具有平台无关性、强大的计算性能和对重负荷的支持能力。 展开更多

关键词 多层体系结构 APPLET SERVLET SBML 线程池 负载平衡机制

在线阅读 下载PDF 职称材料

基于集群的代谢网络计算平台研究

13

作者 贾璐 罗若愚 +2 位作者 刘谦 李亦学 骆清铭 《计算机应用与软件》 CSCD 北大核心 2008年第2期45-46,51,共3页

在生物代谢网络研究中,为提供面向多用户的高性能计算服务,开发了基于Linux计算机集群的代谢网络模拟W eb计算平台。该平台以集群为密集计算后台,以重建心肌细胞能量代谢网络为算例,采用集中式任务调度模型、加权结合轮询法的负载平衡... 在生物代谢网络研究中,为提供面向多用户的高性能计算服务,开发了基于Linux计算机集群的代谢网络模拟W eb计算平台。该平台以集群为密集计算后台,以重建心肌细胞能量代谢网络为算例,采用集中式任务调度模型、加权结合轮询法的负载平衡技术以及消息传递接口并行编程模型,实现了对多用户并发任务的处理。通过实例应用和调度监控,验证了该平台在代谢网络模拟中的可用性,以及集群服务器并行处理多任务的有效性。 展开更多

关键词 LINUX集群 并行计算 负载平衡 消息传递接口

在线阅读 下载PDF 职称材料

黑腹果蝇miRNA前体的预测

14

作者 马闯 胡星驰 +1 位作者 童潘 黄慧艳 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期127-131,共5页

MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后... MicroRNA(miRNA)是一类长度约23 nt的内源性单链小分子RNA,它通过与靶标结合位点区域的碱基互补结合来调控靶标基因的表达。通过寻找潜在的miRNA结合位点预测miRNA前体,首先在黑腹果蝇mRNA的3’UTR区域中搜寻潜在的miRNA结合位点,然后根据碱基配对原则以及miRNA前体的结构序列特征来预测可能存在的miRNA前体。在黑腹果蝇全基因组范围内对其miRNA的预测结果证实了该方法的有效性。该方法还可应用到其他物种的miRNA发现研究中。 展开更多

关键词 生命科学与技术 黑腹果蝇 MIRNA 靶标基因 结合位点

在线阅读 下载PDF 职称材料