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胰腺癌hsa-miR-194的生物信息学分析及靶基因预测
被引量：
2
1
作者
杨丽
吴雪虎
+3 位作者
郭晓
殷彩桥
张孟贤
方呈祥
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期275-280,285,共7页
目的分析胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)中的差异表达miRNA,预测hsa-miR-194的靶基因并进行功能富集分析,探讨其参与恶性肿瘤的分子机制。方法检索TCGA数据库中有关PAAD的miRNA-seq转录本数据,通过Perl程序语言、R软件筛选出P...
目的分析胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)中的差异表达miRNA,预测hsa-miR-194的靶基因并进行功能富集分析,探讨其参与恶性肿瘤的分子机制。方法检索TCGA数据库中有关PAAD的miRNA-seq转录本数据,通过Perl程序语言、R软件筛选出PAAD与正常组织间显著差异表达的miRNA;通过miRbase查看miR-194的碱基序列及物种保守性,并基于miRGator数据库检索hsa-miR-194在不同疾病中的表达情况;使用MethHC数据库分析hsa-miR-194在PAAD中的DNA甲基化水平;采用TargetScan v7.0、miRanda和DIANA-microT-CDS数据库预测hsa-miR-194的靶基因,同时结合miRTarBase数据库进行验证;最后,利用DAVID网络在线富集工具对证实的靶基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果hsa-miR-194在PAAD等多种癌症中表达上调(P<0.05),其序列在多种物种中高度保守,且在PAAD中的DNA甲基化水平显著降低(P<0.05);Targetscan等数据库预测的15个靶基因主要富集于细胞粘附、胚期后发育、蛋白结合等生物学过程,主要参与了细胞周期调控、JAK-STAT、TGF-beta、Ras等信号通路以及多种癌症发生相关信号转录通路的调控。结论hsa-miR-194可能参与了胰腺癌等恶性肿瘤的发生发展,其靶基因所富集的功能与通路为后续实验研究奠定了理论基础。
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关键词
胰腺癌
hsa-miR-194
靶基因
生物信息学
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职称材料
miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭
被引量：
2
2
作者
殷彩桥
方呈祥
+5 位作者
陈婷
黄慧
郑轶
谭家武
张继乔
张辉
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期441-448,共8页
背景与目的:生物信息学分析提示GATA6是miR-203a-3p的潜在靶基因,明确miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭。方法:采用LipofectamineTMRNAiMAX对培养的KYSE-70和KYSE-180细胞瞬时转染。采用实时荧光定量聚合酶链...
背景与目的:生物信息学分析提示GATA6是miR-203a-3p的潜在靶基因,明确miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭。方法:采用LipofectamineTMRNAiMAX对培养的KYSE-70和KYSE-180细胞瞬时转染。采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)检测miR-203a-3p和GATA6的表达水平。采用蛋白质印迹法(Western blot)检测GATA6蛋白的水平。质粒联合转染后检测相对萤光素酶活性。对食管鳞癌患者标本进行恶性肿瘤与异型增生组织miR-203a-3p和GATA6的表达检测。结果:RTFQ-PCR及Western blot检测结果显示,与对照组比较,GATA6基因和蛋白的表达在miR-203a-3p转染组中降低,在miR-203a-3p inhibitor组却升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。与对照组比较,miR-203a-3p转染组KYSE-70细胞增殖能力下降,miR-203a-3p inhibitor组中却升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。在KYSE-180中虽然差异无统计学意义,但其趋势却与KYSE-70一致。与对照组比较,在KYSE-70和KYSE-180细胞系中,侵袭细胞数值/视野在miR-203a-3p转染组中均明显下降(P<0.01),在miR-203a-3p inhibitor组中却明显升高(P<0.05)。与miR-203a-3p掠夺型+GATA6野生型组和miR-203a-3p野生型+GATA6突变型组比较,相对萤光素酶活性在miR-203a-3p野生型+GATA6野生型组中降低,差异有统计学意义(P<0.05)。与异型增生组织相比较,100%(10/10)食管鳞癌患者miR-203a-3p在恶性肿瘤组织的表达下调,而GATA6表达水平上调。结论:miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭能力。
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关键词
食管鳞状细胞癌
miR-203a-3p
GATA6
增殖
侵袭
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职称材料
题名
胰腺癌hsa-miR-194的生物信息学分析及靶基因预测
被引量：
2
1
作者
杨丽
吴雪虎
郭晓
殷彩桥
张孟贤
方呈祥
机构
湖北民族大学附属民大医院肿瘤科
湖北
民族大学
附属
民
大医院
消化内科
华中科技
大学
同济医学院
附属
同济
医院
肿瘤
中心
出处
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期275-280,285,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(No.81772680)。
文摘
目的分析胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)中的差异表达miRNA,预测hsa-miR-194的靶基因并进行功能富集分析,探讨其参与恶性肿瘤的分子机制。方法检索TCGA数据库中有关PAAD的miRNA-seq转录本数据,通过Perl程序语言、R软件筛选出PAAD与正常组织间显著差异表达的miRNA;通过miRbase查看miR-194的碱基序列及物种保守性,并基于miRGator数据库检索hsa-miR-194在不同疾病中的表达情况;使用MethHC数据库分析hsa-miR-194在PAAD中的DNA甲基化水平;采用TargetScan v7.0、miRanda和DIANA-microT-CDS数据库预测hsa-miR-194的靶基因,同时结合miRTarBase数据库进行验证;最后,利用DAVID网络在线富集工具对证实的靶基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果hsa-miR-194在PAAD等多种癌症中表达上调(P<0.05),其序列在多种物种中高度保守,且在PAAD中的DNA甲基化水平显著降低(P<0.05);Targetscan等数据库预测的15个靶基因主要富集于细胞粘附、胚期后发育、蛋白结合等生物学过程,主要参与了细胞周期调控、JAK-STAT、TGF-beta、Ras等信号通路以及多种癌症发生相关信号转录通路的调控。结论hsa-miR-194可能参与了胰腺癌等恶性肿瘤的发生发展,其靶基因所富集的功能与通路为后续实验研究奠定了理论基础。
关键词
胰腺癌
hsa-miR-194
靶基因
生物信息学
Keywords
pancreatic adenocarcinoma
hsa-miR-194
target genes
bioinformatics
分类号
R735.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭
被引量：
2
2
作者
殷彩桥
方呈祥
陈婷
黄慧
郑轶
谭家武
张继乔
张辉
机构
湖北
民族大学
附属
民
大医院
消化内科
湖北民族大学附属民大医院肿瘤科
出处
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期441-448,共8页
基金
中国国家留学基金管理委员会2016年地方合作项目(留金法[2016]5113号,201608420206)
湖北民族学院博士启动基金项目(鄂民院科技字[2014]8号,MY2014B021)。
文摘
背景与目的:生物信息学分析提示GATA6是miR-203a-3p的潜在靶基因,明确miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭。方法:采用LipofectamineTMRNAiMAX对培养的KYSE-70和KYSE-180细胞瞬时转染。采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)检测miR-203a-3p和GATA6的表达水平。采用蛋白质印迹法(Western blot)检测GATA6蛋白的水平。质粒联合转染后检测相对萤光素酶活性。对食管鳞癌患者标本进行恶性肿瘤与异型增生组织miR-203a-3p和GATA6的表达检测。结果:RTFQ-PCR及Western blot检测结果显示,与对照组比较,GATA6基因和蛋白的表达在miR-203a-3p转染组中降低,在miR-203a-3p inhibitor组却升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。与对照组比较,miR-203a-3p转染组KYSE-70细胞增殖能力下降,miR-203a-3p inhibitor组中却升高,差异均有统计学意义(P<0.05)。在KYSE-180中虽然差异无统计学意义,但其趋势却与KYSE-70一致。与对照组比较,在KYSE-70和KYSE-180细胞系中,侵袭细胞数值/视野在miR-203a-3p转染组中均明显下降(P<0.01),在miR-203a-3p inhibitor组中却明显升高(P<0.05)。与miR-203a-3p掠夺型+GATA6野生型组和miR-203a-3p野生型+GATA6突变型组比较,相对萤光素酶活性在miR-203a-3p野生型+GATA6野生型组中降低,差异有统计学意义(P<0.05)。与异型增生组织相比较,100%(10/10)食管鳞癌患者miR-203a-3p在恶性肿瘤组织的表达下调,而GATA6表达水平上调。结论:miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭能力。
关键词
食管鳞状细胞癌
miR-203a-3p
GATA6
增殖
侵袭
Keywords
Esophageal squamous cell carcinoma
miR-203a-3p
GATA6
Proliferation
Invasion
分类号
R735.1 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
胰腺癌hsa-miR-194的生物信息学分析及靶基因预测
杨丽
吴雪虎
郭晓
殷彩桥
张孟贤
方呈祥
《华中科技大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
miR-203a-3p通过靶向调控GATA6抑制食管鳞癌细胞的增殖和侵袭
殷彩桥
方呈祥
陈婷
黄慧
郑轶
谭家武
张继乔
张辉
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
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