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单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用: 1; 作者王飞王军辉 +6 位作者张耀丹姚程程王少丽夏永秀李艺柔张蔷李少锋《温带林业研究》 2024年第4期85-88,共4页; 细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基... 展开更多; 关键词单细胞转录组测序单细胞染色质可及性测序细胞异质性; 在线阅读下载PDF 职称材料

偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析被引量：3: 2; 作者李俊宁许琪 +1 位作者沈岩季梁《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期403-406,共4页; 精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分... 展开更多; 关键词偏执型精神分裂症儿茶酚氧位甲基转移酶基因多基因座关联分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

在全基因组范围内筛选酵母中砷抗性相关基因被引量：2: 3; 作者杜丽张新宇 +4 位作者虞甬陈静思刘艳夏永静刘湘军《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1072-1079,共8页; 砷化物是广泛应用的抗癌药物,特别是对白血病有显著疗效.然而,治疗过程中病人会因对砷化物具有耐药性而影响治疗效果,而目前对于砷抗性机制尚缺全面深入的研究.利用酵母作为模式生物,使用不同浓度的砷对由4757个酵母缺失型突变体组成的... 展开更多; 关键词砷化物筛选酵母表型抗性; 在线阅读下载PDF 职称材料

通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文): 4; 作者李雯李文婷 +4 位作者曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第2期177-187,共11页; 转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白... 展开更多; 关键词表观遗传组转录因子系统生物学整合方法; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）: 5; 作者严章明王瑶 +2 位作者刘珂向书念孙之荣《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第8期768-777,共10页; 二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串... 展开更多; 关键词二代测序短串联重复序列长度变异运动神经元疾病; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用: 1; 作者王飞王军辉张耀丹姚程程王少丽夏永秀李艺柔张蔷李少锋; 机构林木遗传育种全国重点实验室中国林业科学研究院华北林业实验中心北京九龙山暖温带国家森林长期科研基地中国林业科学研究院林业研究所国家林业和草原局林木培育重点实验室国家林木种质资源平台林木遗传育种全国重点实验室中国林业科学研究院清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室; 出处《温带林业研究》 2024年第4期85-88,共4页; 基金中国林业科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(CAFYBB2020QD001) 国家自然科学基金项目(31770705、31400570) 农业生物育种重大专项“西北地区抗虫高产杨树新品种设计与培育”(2022ZD0401503)。; 文摘细胞异质性是生物组织的普遍特征,单细胞测序技术兴起能解决传统测序不能解决的细胞异质性带来的基因组、转录组、蛋白质组水平差异。非编码水平的染色质动态调控对基因转录调节具有重要作用,染色质可及性测序技术为科研人员提供了全基因组范围的染色质开放区域信息。单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)技术首先被应用在动物、人体组织研究,近五年scRNA-seq、scATAC-seq技术开始应用在植物研究中。单细胞水平的高通量测序技术为分析植物细胞异质性图谱提供有力手段。染色质可及性测序是分析染色质开放、关闭区域的重要手段。近年来,上述技术在植物中的应用文献报道呈明显的上升趋势。本文深入探讨了这些新兴技术的原理和方法,以及它们的应用和对植物科学研究的贡献,并对单细胞转录组测序(scRNA-seq)、染色质可及性测序(scATAC-seq)及其联合运用在阐明植物细胞异质性和基因调控复杂机制方面进行全面概述。; 关键词单细胞转录组测序单细胞染色质可及性测序细胞异质性; Keywords single-cell RNA sequencing assay for transposase-accessible chromatin using sequencing cellular heterogeneity; 分类号 Q503 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析被引量：3: 2; 作者李俊宁许琪沈岩季梁; 机构清华大学生物信息学教育部重点实验室清华大学自动化系中国医学科学院基础医学研究所中国协和医科大学基础医学院医学分子生物学国家重点实验室; 出处《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期403-406,共4页; 基金国家自然科学基金(编号:30400263)~~; 文摘精神分裂症是由多基因相互作用导致的复杂疾病。对其易感基因,儿茶酚氧位甲基转移酶基因(COMT)的众多报道充满了矛盾。在对偏执型精神分裂症研究中,我们用多基因座关联分析法研究了4个涉及神经递质多巴胺代谢的基因之间的相互作用。分析结果支持如下假说:COMT-136-BclⅠ对Val108/158Met有调控作用。当前者的基因型是CC时,后者的易感等位基因型是Met(A);而当前者的基因型是GG时,后者的易感等位基因型是Val(G)。这一新的假说可以解释此前单基因座分析对Val108/158Met(COMT)的截然相反的报道,同时也显示了多基因座分析对复杂疾病研究的必要性。; 关键词偏执型精神分裂症儿茶酚氧位甲基转移酶基因多基因座关联分析; Keywords paranoid schizophrenia catechol-O-methyltransferase multilocus association study; 分类号 R749.3 [医药卫生—神经病学与精神病学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名在全基因组范围内筛选酵母中砷抗性相关基因被引量：2: 3; 作者杜丽张新宇虞甬陈静思刘艳夏永静刘湘军; 机构清华大学医学院清华大学生物科学与技术系清华大学生物信息学教育部重点实验室; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1072-1079,共8页; 基金国家教育部重点项目(104232) 国家教育部跨世纪人才基金清华裕元医学科学基金资助项目.~~; 文摘砷化物是广泛应用的抗癌药物,特别是对白血病有显著疗效.然而,治疗过程中病人会因对砷化物具有耐药性而影响治疗效果,而目前对于砷抗性机制尚缺全面深入的研究.利用酵母作为模式生物,使用不同浓度的砷对由4757个酵母缺失型突变体组成的菌株库进行筛查.共鉴定出104个基因/开放阅读框(ORF),其缺失导致酵母对砷的抗性增加.生物信息学分析结果提示,这些基因与mRNA分解代谢、应激反应、组蛋白乙酰化和蛋白质合成及分解代谢等功能有关.同时这些基因中多于半数具有哺乳动物同源类似物.所以,进一步研究这些基因有望为人类砷化物的耐药性及毒性机制研究提供富有价值的新线索.; 关键词砷化物筛选酵母表型抗性; Keywords arsenic, screen, yeast, phenotype, resistance; 分类号 Q75 [生物学—分子生物学] R73 [医药卫生—肿瘤]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文): 4; 作者李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣; 机构清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室生物膜与膜工程国家重点实验室; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第2期177-187,共11页; 基金 This work was supported by grants from National Basic Research Program of China(2009CB918801) The National Natural Science Foundation of China(31171274)~~; 文摘转录因子对顺势调控元件的选择性结合,在哺乳动物细胞类型特异的基因表达中扮演重要的角色.这个过程受到染色质表观遗传状态的潜在调控.近期,染色质免疫共沉淀结合测序的研究提供了大量泛基因组水平的数据,阐述转录因子结合以及组蛋白修饰的位点,这为系统地研究转录因子和表观遗传标记之间的空间及调控关系提供了基础.该研究对公共数据库中的染色质免疫共沉淀结合测序数据进行整合分析,涉及5个细胞系中的85种转录因子、9种组蛋白修饰,目的是研究转录因子结合位点与组蛋白修饰模式以及基因表达在泛基因组水平上的关联.作者发现,不同转录因子与组蛋白修饰的共定位模式高度一致,并且组蛋白修饰在距离转录因子结合位点约500碱基对的位置富集.作者还发现,转录因子结合位点的占有率与活性组蛋白修饰的水平和双峰模式正相关,并且启动子区域组蛋白修饰的双峰和共定位模式和基因的高转录水平相一致.组蛋白修饰模式、转录因子结合位点的占有率与基因转录之间的关联暗示了细胞可能利用的基因表达调控机制.; 关键词表观遗传组转录因子系统生物学整合方法; Keywords epigenomics transcription factor systems biology integrative approach; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）: 5; 作者严章明王瑶刘珂向书念孙之荣; 机构清华大学生命科学学院生物信息学教育部重点实验室南昌大学第一附属医院 Department of Statistics; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第8期768-777,共10页; 基金 supported by grants from The National Natural Science Foundation of China(31171274) National Basic Research Program of China(2012C B725203)~~; 文摘二代测序技术的涌现推动了基因组学研究,特别是在疾病相关的遗传变异研究中发挥了重要作用.虽然大多数遗传变异类型都可以借助于各种二代测序分析工具进行检测,但是仍然存在局限性,比如短串联重复序列的长度变异.许多遗传疾病是由短串联重复序列的长度扩张导致的,尤其是亨廷顿病等多种神经系统疾病.然而,现在几乎没有工具能够利用二代测序检测长度大于测序读长的短串联重复序列变异.为了突破这一限制,我们开发了一个全新的方法,该方法基于双末端二代测序辨识短串联重复序列长度变异,并可估计其扩张长度,将其应用于一项基于全外显子组测序的运动神经元疾病临床研究中,成功地鉴定出致病的短串联重复序列长度扩张.该方法首次原创性地利用测序读长覆盖深度特征来解决短串联重复序列变异检测问题,在人类遗传疾病研究中具有广泛的应用价值,并且对于其他二代测序分析方法的开发具有启发性意义.; 关键词二代测序短串联重复序列长度变异运动神经元疾病; Keywords next generation sequencing short tandem repeats length variation motor neuron disease; 分类号 R857.3 [医药卫生—航空、航天与航海医学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	单细胞转录组测序和染色质可及性测序技术概述及应用	王飞王军辉张耀丹姚程程王少丽夏永秀李艺柔张蔷李少锋	《温带林业研究》	2024	0	在线阅读下载PDF 职称材料
2	偏执型精神分裂症与4个涉及多巴胺代谢的基因之间的关联分析	李俊宁许琪沈岩季梁	《遗传》 CAS CSCD 北大核心	2006	3	在线阅读下载PDF 职称材料
3	在全基因组范围内筛选酵母中砷抗性相关基因	杜丽张新宇虞甬陈静思刘艳夏永静刘湘军	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2007	2	在线阅读下载PDF 职称材料
4	通过系统分析揭示组蛋白修饰模式与转录因子结合之间的关联(英文)	李雯李文婷曹书娟余文祥李文杰戴俊彪孙之荣	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2013	0	在线阅读下载PDF 职称材料
5	一种基于二代测序辨识短串联重复序列长度变异的新方法及其在人类遗传疾病研究中的应用（英文）	严章明王瑶刘珂向书念孙之荣	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2016	0	在线阅读下载PDF 职称材料