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微流控芯片电泳及其法医学应用
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作者 韩俊萍 孙敬 +7 位作者 庄斌 刘鹏 赵兴春 李万水 季安全 叶健 刘耀 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1128-1135,共8页
在光学性能良好的Brofloat玻璃电泳芯片上,利用自行搭建的共聚焦激光诱导荧光检测系统,通过对芯片管道表面修饰、筛分介质、分离电场强度、进样方式、电泳温度、进样时间等条件的优化,对含15个STR基因座的法医DNA样品进行电泳分离测试实... 在光学性能良好的Brofloat玻璃电泳芯片上,利用自行搭建的共聚焦激光诱导荧光检测系统,通过对芯片管道表面修饰、筛分介质、分离电场强度、进样方式、电泳温度、进样时间等条件的优化,对含15个STR基因座的法医DNA样品进行电泳分离测试实验.通过对芯片电泳条件优化获得了本电泳系统的最佳条件,成功实现8 min内完成DNA样品片段的分离,表明该微流控芯片电泳系统在法医DNA快速分析方面具有良好的应用前景. 展开更多
关键词 微流控芯片电泳 法医DNA分型 快速分析
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一种检测小鼠转录因子活性的微阵列芯片的构建及应用 被引量:2
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作者 孙义民 曾令琴 +4 位作者 张岩 魏丽 K R MITCHELSON 张亮 程京 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第2期244-253,共10页
转录因子是一类具有序列特异性的双链DNA结合蛋白.在哺乳动物细胞中,一个转录因子可以调控多个靶基因,一个基因也同时受到多个转录因子的调控,从而形成复杂的基因表达网络调控机制.在蛋白质水平检测特定状态下组织或细胞中的转录因子活... 转录因子是一类具有序列特异性的双链DNA结合蛋白.在哺乳动物细胞中,一个转录因子可以调控多个靶基因,一个基因也同时受到多个转录因子的调控,从而形成复杂的基因表达网络调控机制.在蛋白质水平检测特定状态下组织或细胞中的转录因子活性对深入研究基因表达调控的分子机制具有重要的意义.针对TRANSFAC数据库提供的226个小鼠转录因子的PSSM,设计了240个转录因子结合探针,构建了可以在蛋白质水平同时检测约200个小鼠转录因子的微阵列芯片,实验结果显示:a.针对含有不同DNA结合结构域的7个转录因子,进行依赖于抗体的转录因子活性检测,结果证明该芯片具有良好的特异性;b.针对NFκB转录因子纯品,芯片的检测灵敏度可以达到0.5nmol/L,线性范围为0.5~20nmol/L,表明芯片具有较高的灵敏度和良好的定量能力;c.针对经典的IKK,JNK信号通路和JAK/STAT信号通路,该芯片可以检测到其关键转录因子的活性变化,证明芯片的可靠性;d.针对小鼠前脂肪细胞系3T3-L1的分化,该转录因子活性芯片不但检测到了已经报道的活性发生变化的转录因子,如PPAR家族和C/EBP家族外,还发现了以前没有报道过的SRF等,充分显示了芯片技术的高通量优势和发现新数据的能力. 展开更多
关键词 基因表达调控 转录因子 微阵列芯片 TF—ELISA
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15重快速STR复合扩增体系的构建 被引量:2
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作者 韩俊萍 孙敬 +7 位作者 欧元 刘鹏 叶健 赵雯雯 王雪倩 张译文 刘耀 李彩霞 《法医学杂志》 CAS CSCD 2016年第1期49-53,共5页
目的建立一套15重快速STR复合扩增体系。方法选择14个常染色体基因座以及1个性别基因座,采用Fast Start Taq DNA聚合酶系统,以DNA标准品9947A为模板,通过筛选扩增条件、选择热启动酶用量、调整引物平衡、优化快速扩增程序、筛选反应缓... 目的建立一套15重快速STR复合扩增体系。方法选择14个常染色体基因座以及1个性别基因座,采用Fast Start Taq DNA聚合酶系统,以DNA标准品9947A为模板,通过筛选扩增条件、选择热启动酶用量、调整引物平衡、优化快速扩增程序、筛选反应缓冲液、选择反应体系以及筛选添加剂等一系列复合扩增实验,比较各条件下等位基因丢失和非特异性扩增情况。结果在以1 ng DNA为模板、0.4μL聚合酶及10×Fast Start高保真反应缓冲液构成10μL快速体系的条件下,32 min即可获得标准DNA全部15个STR基因座的完整分型,无等位基因丢失和非特异性扩增现象,等位基因均衡性良好。同时,5%甘油、0.01%明胶、0.05%明胶和5 mmol/L硫酸铵可作为PCR扩增过程中拟加入的反应添加剂。结论本研究建立的15重快速STR复合扩增体系可以明显缩短反应时间,提高样品检测效率。 展开更多
关键词 法医遗传学 短串联重复序列 聚合酶链反应 体系建立
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基于低成本聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)电泳芯片的微型DNA分析仪 被引量:3
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作者 杨茜 熊强 +6 位作者 姜成涛 李彩霞 孙爱梅 KEITH MITCHELSON 邢婉丽 叶健 程京 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第4期506-511,共6页
在低成本的聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)电泳芯片上,利用双通道共聚焦激光诱导荧光检测系统实现了单链DNA快速高效的分离检测.选用0.8mm厚度的PMMA薄片加工微管道,一方面降低了检测限,另一方面提高了散热性能.通过线性聚丙烯酰胺筛分胶液以... 在低成本的聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)电泳芯片上,利用双通道共聚焦激光诱导荧光检测系统实现了单链DNA快速高效的分离检测.选用0.8mm厚度的PMMA薄片加工微管道,一方面降低了检测限,另一方面提高了散热性能.通过线性聚丙烯酰胺筛分胶液以及使用纤维素衍生物对微管道表面进行动态修饰等条件的优化,芯片完成了高分辨率、高重现性的短串联重复序列(STR)等位基因的快速分型检测.两个STR位点D13S317和CSF1PO的等位基因分型标准物(allelicladder)和实际样本的PCR扩增产物均在3min内达到了基线分离,表明低成本的PMMA电泳芯片在法医学及临床医学领域的基因分析方面具有良好的发展潜能. 展开更多
关键词 聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA)芯片 双通道共聚焦激光诱导荧光检测 背景荧光 短串联重复序列(STR)分析
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