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深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用进展被引量：1: 1; 作者朱景勇李钧翔 +2 位作者李旭辉张瑾毋文静《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期88-106,共19页; 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞信号转导、基因表达和代谢调控等生物过程中发挥重要作用,鉴定蛋白质间的相互作用对于理解复杂生物过程至关重要。预测蛋白质间的相互作用可以为药物发现、蛋白质功能研究和设计等领域提供帮助。近年来,随... 展开更多; 关键词蛋白质互作深度学习人工智能序列编码神经网络; 在线阅读下载PDF 职称材料

青钱柳中α-葡萄糖苷酶抑制剂的研究被引量：8: 2; 作者沈兵赵巍 +3 位作者欧文斌周盛梅刘俊孟凡国《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期275-280,共6页; 利用Sephadex LH-20柱层析和半制备液相色谱从青钱柳叶水提取物中分离得到一种易溶于水的白色粉末状化合物,得率约为0.03‰。紫外光谱和高分辨质谱表明该化合物具有多糖特性。该化合物对α-葡萄糖苷酶有很高的亲和性,反应时间小于0.5mi... 展开更多; 关键词青钱柳 Α-葡萄糖苷酶抑制剂分离酶抑制动力学; 在线阅读下载PDF 职称材料

合浦珠母贝丝氨酸蛋白酶抑制因子基因pfser1克隆与表达被引量：1: 3; 作者陈爽梁健张荣庆《广东海洋大学学报》 CAS 2020年第1期1-7,共7页; 【目的】克隆合浦珠母贝(Pinctada fucata)丝氨酸蛋白酶抑制因子pfser1基因,探讨该基因的组织表达及其在天然免疫过程中的作用,以及与生物矿化过程的关系。【方法】通过RACE技术获得pfser1基因的全长,通过生物信息学分析其序列结构特征... 展开更多; 关键词合浦珠母贝丝氨酸蛋白酶抑制因子基因克隆基因表达天然免疫; 在线阅读下载PDF 职称材料

响应面法优化螺旋藻多糖提取及脱色工艺被引量：4: 4; 作者吴世林陈冉 +4 位作者陈静芸杨宁李坤章真张荣庆《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第7期201-209,共9页; 研究螺旋藻多糖热碱液的提取、过氧化氢法脱色的条件并进行工艺优化。在单因素实验结果的基础上,分别以多糖得率和多糖脱色率为指标,通过响应面法优化热碱法提取螺旋藻多糖和过氧化氢法脱色的工艺条件,并分别得到热碱液提取螺旋藻多糖... 展开更多; 关键词螺旋藻多糖热碱法提取过氧化氢脱色; 在线阅读下载PDF 职称材料

紫球藻多糖涂膜处理对南湖菱的保鲜作用被引量：1: 5; 作者杨宁李坤 +6 位作者章真陈静芸吴世林陈冉姚丽萍刘晓军张荣庆《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第24期123-132,共10页; 为探究紫球藻多糖涂膜对南湖菱贮藏期间的保鲜效果,该文以南湖菱果实为试材,采用5 mg/mL和10 mg/mL的紫球藻多糖进行涂膜处理,并对其在不同贮藏时期的11个品质及生理指标进行详细测定和分析。结果表明,紫球藻多糖涂膜能降低南湖菱果实... 展开更多; 关键词南湖菱紫球藻多糖涂膜保鲜主成分分析; 在线阅读下载PDF 职称材料

一种高效稳定的磷酸钙转染HEK293T细胞的方法被引量：4: 6; 作者况野房有荣 +6 位作者刘丽王蓉严子琴李海龙孟凡国盛清欧文斌《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期407-413,共7页; 为了克服磷酸钙转染法在真核细胞中转染效率低和不稳定性等缺点,适用于体外在哺乳细胞中高效表达外源蛋白,将绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)表达质粒通过常规的磷酸钙转染法导入到HEK293T细胞中,对影响质粒转染效率的条... 展开更多; 关键词磷酸钙转染 HEK293T细胞转染促进剂甘油丁酸钠氯喹; 在线阅读下载PDF 职称材料

肿瘤SDH基因突变的研究进展被引量：5: 7; 作者曹智发陈伟才 +2 位作者杨佩佩周海梦欧文斌《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第1期31-43,共13页; 线粒体琥珀酸脱氢酶(succinate dehydrogenase,SDH)是三羧酸循环和有氧电子传递呼吸链中的关键酶之一,包含A、B、C、D 4个亚基.4个亚基分别由4个基因编码,即SDHA、SDHB、SDHC和SDHD,4个基因突变可以诱发癌症,包括副神经节瘤(paraganglio... 展开更多; 关键词琥珀酸脱氢酶 SDH突变副神经节瘤嗜铬细胞瘤肾细胞癌胃肠道间质瘤; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用进展被引量：1: 1; 作者朱景勇李钧翔李旭辉张瑾毋文静; 机构浙江理工大学生命科学与医药学院嘉兴学院生物与化学工程学院浙江清华长三角研究院禾美生物科技(浙江)有限公司浙江清华长三角研究院; 出处《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期88-106,共19页; 基金国家自然科学基金(32172708,32102506) 浙江省自然科学基金重点项目(LZ23C170002)。; 文摘蛋白质-蛋白质相互作用在细胞信号转导、基因表达和代谢调控等生物过程中发挥重要作用,鉴定蛋白质间的相互作用对于理解复杂生物过程至关重要。预测蛋白质间的相互作用可以为药物发现、蛋白质功能研究和设计等领域提供帮助。近年来,随着人工智能技术的蓬勃发展,深度学习技术在预测蛋白质互作领域做出巨大贡献,其中基于序列的深度学习模型通过学习蛋白质序列信息的深层特征进行互作预测。本文综述了深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用,按照算法框架和时间线对该领域进展进行分类归纳,介绍了数据处理、序列编码方法、算法架构以及模型的评估指标等内容,并分析了当前面临的问题以及未来的发展方向。随着深度学习技术的发展,预测蛋白质互作的效率大幅提高,未来需要发展泛化能力更强的预测模型,助力蛋白质互作的预测。; 关键词蛋白质互作深度学习人工智能序列编码神经网络; Keywords protein interactions deep learning artificial intelligence sequence encoding neural network; 分类号 Q816 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名青钱柳中α-葡萄糖苷酶抑制剂的研究被引量：8: 2; 作者沈兵赵巍欧文斌周盛梅刘俊孟凡国; 机构浙江大学生命科学学院嘉兴出入境检验检疫局浙江工业大学生物与环境工程学院浙江清华长三角研究院浙江省应用酶学重点实验室嘉兴学院生物与化学工程学院; 出处《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期275-280,共6页; 基金浙江省重大科技专项资助项目(2012C03007-4) 浙江省应用酶学创新团队资助项目(2010R50019); 文摘利用Sephadex LH-20柱层析和半制备液相色谱从青钱柳叶水提取物中分离得到一种易溶于水的白色粉末状化合物,得率约为0.03‰。紫外光谱和高分辨质谱表明该化合物具有多糖特性。该化合物对α-葡萄糖苷酶有很高的亲和性,反应时间小于0.5min。该化合物对α-葡萄糖苷酶有很强的抑制作用,半抑制质量浓度(IC50)为3.13μg/mL,抑制作用类型属于混合非竞争性抑制。; 关键词青钱柳 Α-葡萄糖苷酶抑制剂分离酶抑制动力学; Keywords Cyclocarya paliurus a-glucosidase inhibitor separation enzyme kinetics; 分类号 Q946.3 [生物学—植物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名合浦珠母贝丝氨酸蛋白酶抑制因子基因pfser1克隆与表达被引量：1: 3; 作者陈爽梁健张荣庆; 机构蛋白质科学教育部重点实验室浙江省应用酶学重点实验室嘉兴大学生物化学科学与工程学院; 出处《广东海洋大学学报》 CAS 2020年第1期1-7,共7页; 基金国家自然科学基金(31872543,31572594); 文摘【目的】克隆合浦珠母贝(Pinctada fucata)丝氨酸蛋白酶抑制因子pfser1基因,探讨该基因的组织表达及其在天然免疫过程中的作用,以及与生物矿化过程的关系。【方法】通过RACE技术获得pfser1基因的全长,通过生物信息学分析其序列结构特征,利用实时荧光定量PCR方法检测pfser1基因在不同组织中的表达,检测健康合浦珠母贝在被大肠杆菌(Escherichia coli)MG1655刺激后和在贝壳损伤修复实验中pfser1基因表达量的变化。【结果】合浦珠母贝pfser1基因cDNA全长为1240 bp,包含1035 bp的开放阅读框(ORF),编码344个氨基酸,氨基酸序列的功能结构域含有丝氨酸蛋白酶抑制因子Serpin家族保守结构域。pfser1基因在合浦珠母贝各个组织中均有表达,在外套膜边缘膜中表达量最高;大肠杆菌MG1655刺激后,该基因表达量显著升高;在贝壳损伤修复过程中,pfser1基因表达先升高后受到抑制。【结论】pfser1基因所表达的蛋白参与了合浦珠母贝的天然免疫应答过程,并与生物矿化过程有一定关系。; 关键词合浦珠母贝丝氨酸蛋白酶抑制因子基因克隆基因表达天然免疫; Keywords Pinctada fucata serine proteinase inhibitor gene cloning innate immunity; 分类号 Q78 [生物学—分子生物学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名响应面法优化螺旋藻多糖提取及脱色工艺被引量：4: 4; 作者吴世林陈冉陈静芸杨宁李坤章真张荣庆; 机构上海海洋大学水产与生命学院浙江清华长三角研究院浙江省应用酶学重点实验室; 出处《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第7期201-209,共9页; 基金浙江省基础公益研究计划项目(LGN22C190010)。; 文摘研究螺旋藻多糖热碱液的提取、过氧化氢法脱色的条件并进行工艺优化。在单因素实验结果的基础上,分别以多糖得率和多糖脱色率为指标,通过响应面法优化热碱法提取螺旋藻多糖和过氧化氢法脱色的工艺条件,并分别得到热碱液提取螺旋藻多糖的最优提取工艺条件和过氧化氢法最优脱色条件。结果表明,热碱液提取法最优条件:NaOH质量分数1.5%、提取温度为90℃、提取时间4 h及料液比1:20 g/mL,在此条件下,得到螺旋藻多糖得率为5.18%±0.23%;过氧化氢法的最佳脱色条件:过氧化氢溶液添加量为17%、脱色时间为55 min、脱色温度为50℃,在此条件下得到的实际脱色率为82.54%±0.03%,多糖保留率为83.45%±0.13%。本研究所得结果对于螺旋藻多糖的开发利用具有一定参考价值。; 关键词螺旋藻多糖热碱法提取过氧化氢脱色; Keywords Spirulina platensis polysaccharide hot alkali extraction extraction hydrogen peroxide decolorization; 分类号 TS254.1 [轻工技术与工程—水产品加工及贮藏工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名紫球藻多糖涂膜处理对南湖菱的保鲜作用被引量：1: 5; 作者杨宁李坤章真陈静芸吴世林陈冉姚丽萍刘晓军张荣庆; 机构上海海洋大学水产与生命学院浙江清华长三角研究院; 出处《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第24期123-132,共10页; 基金浙江省基础公益研究计划项目(LGN22C190010) 浙江清华长三角研究院青年业务骨干教育培养基金(ZJY-2020-A-NS-08)。; 文摘为探究紫球藻多糖涂膜对南湖菱贮藏期间的保鲜效果,该文以南湖菱果实为试材,采用5 mg/mL和10 mg/mL的紫球藻多糖进行涂膜处理,并对其在不同贮藏时期的11个品质及生理指标进行详细测定和分析。结果表明,紫球藻多糖涂膜能降低南湖菱果实的失重率,延缓了果实内可溶性糖、可溶性蛋白、总酚和维生素C等关键成分含量的下降趋势,维持了较高可滴定酸含量,并抑制了果实贮藏期间的丙二醛和抗氧化物酶活性的积累。采用主成分分析法将各种指标简化为2个主成分,累积方差贡献率为86.364%,建立综合评价模型,结果显示,可溶性糖含量、多酚氧化酶活力、过氧化物酶活力、丙二醛含量和失重率指标之间有较强的相关性;5 mg/mL的多糖涂膜组的综合得分最佳,有利于南湖菱果实的贮藏保鲜。该研究为紫球藻多糖在食品贮藏保鲜中的应用提供了数据和理论支持,为南湖菱的运输和产业化奠定了理论依据。; 关键词南湖菱紫球藻多糖涂膜保鲜主成分分析; Keywords Trapa acornis Nakano Porphyridium cruentum polysaccharide coating preservation principal component analysis; 分类号 TS254.58 [轻工技术与工程—水产品加工及贮藏工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名一种高效稳定的磷酸钙转染HEK293T细胞的方法被引量：4: 6; 作者况野房有荣刘丽王蓉严子琴李海龙孟凡国盛清欧文斌; 机构浙江理工大学生命科学学院浙江清华长三角研究院; 出处《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期407-413,共7页; 基金浙江省重大科技专项(2012C03007-4) 浙江省公益技术应用研究计划项目(2014C33234) +1 种基金浙江省高校生物学重中之重一级学科:浙江理工大学科研启动基金(14042107-Y); 文摘为了克服磷酸钙转染法在真核细胞中转染效率低和不稳定性等缺点,适用于体外在哺乳细胞中高效表达外源蛋白,将绿色荧光蛋白(green fluorescent protein,GFP)表达质粒通过常规的磷酸钙转染法导入到HEK293T细胞中,对影响质粒转染效率的条件逐步予以优化,具体包括:在制备磷酸钙-DNA沉淀复合物时,对DNA质粒的用量和涡旋混匀时间的优化;磷酸钙-DNA沉淀形成后对转染促进剂(甘油、丁酸钠和氯喹)的浓度、作用时间及其组合进行优化和筛选。结果表明:GFP转染6孔板培养的HEK293T细胞的DNA质粒最适用量为3μg/孔,其转染效率较1和2μg/孔的平均转染效率提高了50%,较4和5μg/孔的平均转染效率提高了70%以上;涡旋混匀时间最佳为10s,比涡旋混匀5s时的转染效率提高了80%;在上述优化条件基础上加入不同的转染促进剂,其中单独使用15%甘油处理细胞6.5min时,所得转染效率较2.5、4.5、8.5和10.5min有明显提高,15%甘油+5mmol/L丁酸钠联用或者单独用500μmol/L氯喹处理细胞后,转染效率较常规方法分别提高了80%和75%,且荧光表达强度有所增强。总之,该文通过对磷酸钙转染时和转染后的条件进行优化,使其转染效率较常规方法有了显著提高,相对于脂质体转染法更加安全可靠,且价格低廉,因此可适用于大规模蛋白表达质粒转染或者病毒包装,尤其适用于各种糖基化蛋白如肿瘤诊断标志物在体外的高通量表达与制备。; 关键词磷酸钙转染 HEK293T细胞转染促进剂甘油丁酸钠氯喹; Keywords calcium phosphate-transfection HEK293T cell transfection enhancer glycerol sodium butyrate chloroquine; 分类号 Q2 [生物学—细胞生物学] Q812 [生物学—生物工程]; 在线阅读下载PDF 职称材料

题名肿瘤SDH基因突变的研究进展被引量：5: 7; 作者曹智发陈伟才杨佩佩周海梦欧文斌; 机构浙江理工大学生命科学学院浙江省家蚕生物反应器和生物医药重点实验室浙江清华长三角研究院浙江省应用酶学重点实验室; 出处《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2017年第1期31-43,共13页; 基金浙江省重大科技专项(2012C03007-4) 浙江省嘉兴市科技计划项目(2014AY21021) 浙江省高校生物学重中之重一级学科浙江理工大学科研启动基金(14042107-Y)资助~~; 文摘线粒体琥珀酸脱氢酶(succinate dehydrogenase,SDH)是三羧酸循环和有氧电子传递呼吸链中的关键酶之一,包含A、B、C、D 4个亚基.4个亚基分别由4个基因编码,即SDHA、SDHB、SDHC和SDHD,4个基因突变可以诱发癌症,包括副神经节瘤(paraganglioma,PGL)、嗜铬细胞瘤(pheochromocytoma,PHEO)、肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)、胃肠道间质瘤(gastrointestinal stromal tumors,GIST)、Leigh综合症等.近年来,突变的SDH已经被证实是一种重要的诊断与预后的生物标志物和治疗分子标靶.本文就SDH存在的各种突变以及在肿瘤发生、发展与转移的作用机理研究的进展进行全面的论述.; 关键词琥珀酸脱氢酶 SDH突变副神经节瘤嗜铬细胞瘤肾细胞癌胃肠道间质瘤; Keywords SDH SDH mutation PGL PHEO RCC GIST; 分类号 Q5 [生物学—生物化学]; 在线阅读下载PDF 职称材料

	题名	作者	出处	发文年	被引量	操作
1	深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用进展	朱景勇李钧翔李旭辉张瑾毋文静	《合成生物学》 CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
2	青钱柳中α-葡萄糖苷酶抑制剂的研究	沈兵赵巍欧文斌周盛梅刘俊孟凡国	《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2014	8	在线阅读下载PDF 职称材料
3	合浦珠母贝丝氨酸蛋白酶抑制因子基因pfser1克隆与表达	陈爽梁健张荣庆	《广东海洋大学学报》 CAS	2020	1	在线阅读下载PDF 职称材料
4	响应面法优化螺旋藻多糖提取及脱色工艺	吴世林陈冉陈静芸杨宁李坤章真张荣庆	《食品工业科技》 CAS 北大核心	2024	4	在线阅读下载PDF 职称材料
5	紫球藻多糖涂膜处理对南湖菱的保鲜作用	杨宁李坤章真陈静芸吴世林陈冉姚丽萍刘晓军张荣庆	《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心	2024	1	在线阅读下载PDF 职称材料
6	一种高效稳定的磷酸钙转染HEK293T细胞的方法	况野房有荣刘丽王蓉严子琴李海龙孟凡国盛清欧文斌	《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心	2015	4	在线阅读下载PDF 职称材料
7	肿瘤SDH基因突变的研究进展	曹智发陈伟才杨佩佩周海梦欧文斌	《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心	2017	5	在线阅读下载PDF 职称材料