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芜菁花粉发育相关基因Bc MF2r的分子克隆及其生物信息学分析
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作者 张弢 向珣 +2 位作者 叶纨芝 余小林 曹家树 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期598-605,共8页
根据白菜花粉特异的多聚半乳糖醛酸酶基因BcMF2的全长序列设计引物,通过PCR直接扩增的方法从温州盘菜芜菁(Brassica campestrisL.spp.rapiferacv.Wenzhoupancai)中克隆到了BcMF2的同源基因,命名为BcMF2 r.经与白菜BcMF2基因序列比较,DN... 根据白菜花粉特异的多聚半乳糖醛酸酶基因BcMF2的全长序列设计引物,通过PCR直接扩增的方法从温州盘菜芜菁(Brassica campestrisL.spp.rapiferacv.Wenzhoupancai)中克隆到了BcMF2的同源基因,命名为BcMF2 r.经与白菜BcMF2基因序列比较,DNA全长序列相似性高达90%.Blast搜索结果表明,BcMF2 r与拟南芥外切多聚半乳糖醛酸酶在氨基酸水平的的相似性为87%,推测BcMF2 r属于多聚半乳糖醛酸酶基因.BcMF2 r基因最大开放阅读框为1263 bp,编码420个氨基酸序列,编码的蛋白质分子量为43.8 kDa,等电点为8.108;碱性氨基酸(K,R)36个;酸性氨基酸(D,E)32个;疏水氨基酸(A,I,L,F,W,V)152个;极性氨基酸(N,C,Q,S,T,Y)113个.推导的氨基酸序列通过Prosite数据库查询,发现该序列包括3个N-糖基化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,6个酪蛋白激酶II磷酸化位点,12个N-豆蔻酰化位点,1个多聚半乳糖醛酸酶活性位点(257RVTCGPGHGLSVGS)等.通过PROFsec预测BcMF2r蛋白质的二级结构,表明该蛋白含7.86%helix,46.90%sheet和45.24%loop.将BcMF2 r基因氨基酸序列与数据库中的其他植物PG序列进行同源序列比对,构建系统进化树,发现该基因具有所有PG基因特有的4个保守结构域,并且与花粉中特异表达的PG基因聚为一类,进一步证明了该基因可能是与花粉发育相关的多聚半乳糖醛酸酶基因,在花粉萌发和花粉管伸长中起作用. 展开更多
关键词 芜菁 BcMF2r 花粉发育 克隆 生物信息学
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辣椒不同品种与不同分化批次的再生植株对其基因转化频率的影响 被引量:8
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作者 余小林 李乃坚 +2 位作者 李颖 黄自然 曹家树 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CSCD 北大核心 2000年第4期437-440,共4页
在建立了高效辣椒子叶离体培养植株再生体系的基础上,通过含有 pCDB Ⅱ双价重组转化质粒的农杆菌LBA4 40 4将抗菌肽B,D基因导入四个辣椒品种,并对各品种同一外植体的三个分化批次转基因再生植株的基因转化频率进行调查统计。结果显示,... 在建立了高效辣椒子叶离体培养植株再生体系的基础上,通过含有 pCDB Ⅱ双价重组转化质粒的农杆菌LBA4 40 4将抗菌肽B,D基因导入四个辣椒品种,并对各品种同一外植体的三个分化批次转基因再生植株的基因转化频率进行调查统计。结果显示,辣椒品种间在PCR检测水平上呈显著差异,分化批次间无显著差异; 展开更多
关键词 辣椒 品种 基因转化频率 分化批次 再生植株
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胞质雄性不育白菜叶绿体ndhJ-trnF区域序列发生变异
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作者 蒋明 曹家树 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第5期497-502,共6页
以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列... 以来自Polima胞质甘蓝型油菜雄性不育源转育获得的不育白菜'Bpol97-05A'和其回交亲本即保持系'Bajh97-01B'为材料,利用cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP)技术获得一条长约330bp的特异片段P1708,RT-PCR验证确认该序列为不育白菜材料所特有,经测序和BLAST比对,发现该片段除54bp的插入序列外,其余部分与大白菜和甘蓝叶绿体ndhJ-trnF基因之间的一段序列完全一致.根据基因区域两端的保守部位设计引物,以Polima不育白菜DNA和可育甘蓝型油菜的DNA为模板,分别获得了长约1900bp的序列,比较序列发现:不育白菜与可育白菜、甘蓝型油菜的DNA序列存在一定差异,'Bpol97-05A'中除多个位点发生变异外,另有108bp的插入序列,该插入由2个长度为54bp的重复序列组成,重复序列中除5′端3个碱基CTT外,其余部分均与trnF基因3′端51bp完全相同. 展开更多
关键词 白菜 cDNA扩增片段长度多态性(cDNA-AFLP) ndhJ-trnF区域 序列变异 细胞质雄性不育 叶绿体基因
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