【目的】调查广西西番莲产区东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)发生情况,分析病毒种群遗传结构特征,为明确该病毒在田间的流行规律及制定防控策略提供参考依据。【方法】从广西13个市的西番莲主产区采集187份疑似被EAP...【目的】调查广西西番莲产区东亚西番莲病毒(East Asian passiflora virus,EAPV)发生情况,分析病毒种群遗传结构特征,为明确该病毒在田间的流行规律及制定防控策略提供参考依据。【方法】从广西13个市的西番莲主产区采集187份疑似被EAPV感染的西番莲样品,利用RT-PCR和核苷酸序列比对分析对样品进行鉴定。选取具有地域代表性的EAPV阳性样本,基于完整的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列,分析其序列相似性、遗传多样性、遗传变异、种群结构等特征。【结果】经RT-PCR验证,共有132份西番莲样品为EAPV阳性,检出率为70.6%。从EAPV阳性样品中测序获得23株EAPV CP基因序列,上传至GenBank获得登录号。23株EAPV分离株的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列相似性分别为80.9%~100.0%和83.4%~100.0%。系统发育进化树分析表明,23株EAPV分离株分别属于AO株系(8个分离株)和IB株系(15个分离株)。IB株系CP蛋白编码区第87~95位核苷酸比AO株系多9个核苷酸。遗传差异分析结果显示,EAPV两个株系间遗传分化显著。基因交流结果显示,2个株系间基因交流频率低,株系间易发生遗传漂变。遗传多样性分析结果表明,AO株系和IB株系的基因进化主要受负选择压力,2个株系处于扩张趋势。【结论】EAPV在广西西番莲主产区发生普遍。本研究获得的23个EAPV分离株包含AO株系和IB株系。遗传漂变和负选择压力是影响EAPV遗传变异的重要机制。展开更多
