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PAMM不影响人脂肪干细胞的成脂分化能力
被引量：
1
1
作者
张明萌
王颖
+8 位作者
梁杰
吴洪福
史玉仓
吴志远
饶敏腊
彭健愉
蒋智文
刘新光
孙雪荣
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期1305-1317,共13页
目的PAMM(peroxiredoxin-like 2 activated in M-CSF stimulated monocytes)是近年来发现的一种在脂肪组织中高表达的分泌因子,但其生物学功能尚不完全清楚。为了给PAMM功能研究提供新线索,本文探讨了PAMM在白色脂肪生成中的可能作用及P...
目的PAMM(peroxiredoxin-like 2 activated in M-CSF stimulated monocytes)是近年来发现的一种在脂肪组织中高表达的分泌因子,但其生物学功能尚不完全清楚。为了给PAMM功能研究提供新线索,本文探讨了PAMM在白色脂肪生成中的可能作用及PAMM调节的下游基因。方法利用成脂分化液或“成脂分化液+IL-1α”建立人脂肪干细胞(adipose-derived stem cells,ADSCs)的成脂分化和成脂抑制模型。用si RNA干扰和过表达质粒转染的方法抑制或上调PAMM表达水平。采用基因芯片、m RNA测序及定量RT-PCR检测基因的m RNA表达水平,采用蛋白质印迹法评价蛋白质表达水平,用油红O染色检测脂滴沉积。结果随着ADSCs向白色脂肪分化,PAMM表达水平明显上升,而随着成脂抑制,PAMM表达明显下降。在ADSCs中沉默或过表达PAMM后,再进行成脂分化。结果发现,上调或下调PAMM对脂滴形成及成脂相关基因的表达均无明显影响。类似地,在高度分化的脂肪细胞中敲低PAMM表达,对细胞形态及脂滴含量亦无明显影响。本文进一步利用si RNA干扰、m RNA测序及q RT-PCR,筛选和验证了一批受PAMM调节的下游基因及功能性基因集,包括SULF1、A2M基因及调节P53稳定性的基因集等。结论PAMM可作为白色成脂分化的标志基因,但其自身对白色脂肪细胞生成无明显影响,本研究筛选出来的PAMM下游基因及基因集,可为进一步研究PAMM的功能提供新线索。
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关键词
PAMM
脂肪细胞
成脂分化
干细胞
脂肪因子
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职称材料
多发性骨髓瘤患者中脂肪干细胞差异表达基因的生物信息学分析
2
作者
张森鹏
何子煜
+6 位作者
全明
叶尔柏
杨泽纯
李淇
周玉其
杜以宽(指导)
杨春(指导)
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第17期2129-2135,共7页
目的:通过生物信息学方法分析与骨髓瘤患者脂肪干细胞(MM-ASC)相关的关键基因和候选通路,为多发性骨髓瘤(MM)的诊断和治疗提供候选靶点。方法:在GEO数据库中获取GSE133346芯片数据,使用R语言筛选MM-ASC的差异基因(DEGs),并用DAVID数据库...
目的:通过生物信息学方法分析与骨髓瘤患者脂肪干细胞(MM-ASC)相关的关键基因和候选通路,为多发性骨髓瘤(MM)的诊断和治疗提供候选靶点。方法:在GEO数据库中获取GSE133346芯片数据,使用R语言筛选MM-ASC的差异基因(DEGs),并用DAVID数据库对DEGs进行生物学功能(GO)分析,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对基因进行生物通路富集分析,筛选靶基因所涉及的有意义的生物学功能和通路靶基因;采用String和Cytoscape软件进行靶基因蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选关键靶基因;进一步采用R语言筛选miRNAs,使用miRDB预测其靶基因,并使用Cytoscape软件构建miRNAs-mRNA调控关系网络。结果:①MM-ASC共筛选出123个DEGs,其中有36个上调基因和87个下调基因;②信号通路主要表现为胃酸分泌、NF-κB信号通路、胰高血糖素信号通路、钙信号通路、血管平滑肌收缩信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等;③其Hubgene为CXCL12、CD44和CDH2。Degree排在前10位的关键基因为CDH2、CD44、CXCL12、ACTA2、MYLK、S100A4、PLAU、NT5E、AXIN2、MYH10;④预测得到hsa-miR-30a-3p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30d-3p等10种重要的miRNAs。结论:MM-ASC中存在差异表达基因谱,且DEGs大多富集于NF-κB、钙信号通路等。CDH2、CD44、CXCL12在MM的发病中可能发挥关键基因作用。miR-30a-3p、miR-34a-5p等miRNAs可能干预MM的发病过程。
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关键词
多发性骨髓瘤
差异表达基因
脂肪干细胞
GEO数据库
生物信息学分析
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职称材料
题名
PAMM不影响人脂肪干细胞的成脂分化能力
被引量：
1
1
作者
张明萌
王颖
梁杰
吴洪福
史玉仓
吴志远
饶敏腊
彭健愉
蒋智文
刘新光
孙雪荣
机构
广东
医科
大学
广东
省医学分子诊断
重点
实验室
衰老研究所
青岛市市立医院集团输血医学科
广东
医科
大学
第二临床医学院
广东
医科
大学
附属医院整形外科
广东医科大学干细胞与再生组织工程重点实验室
广东
医科
大学
生物化学与分子生物学研究所
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期1305-1317,共13页
基金
国家自然科学基金(81971329)
广东省自然科学基金(2021A1515012236)
+4 种基金
广东省扬帆计划“引进紧缺拔尖人才”项目(4YF16001G)
东莞市科技特派员项目(20201800500042)
广东医科大学附属医院“临床医学+”科技合作项目(CLP2021B011)
广东医科大学重点培育项目(GDMUZ2020007)
湛江市科技发展专项资金竞争性分配项目(2020A01033)资助。
文摘
目的PAMM(peroxiredoxin-like 2 activated in M-CSF stimulated monocytes)是近年来发现的一种在脂肪组织中高表达的分泌因子,但其生物学功能尚不完全清楚。为了给PAMM功能研究提供新线索,本文探讨了PAMM在白色脂肪生成中的可能作用及PAMM调节的下游基因。方法利用成脂分化液或“成脂分化液+IL-1α”建立人脂肪干细胞(adipose-derived stem cells,ADSCs)的成脂分化和成脂抑制模型。用si RNA干扰和过表达质粒转染的方法抑制或上调PAMM表达水平。采用基因芯片、m RNA测序及定量RT-PCR检测基因的m RNA表达水平,采用蛋白质印迹法评价蛋白质表达水平,用油红O染色检测脂滴沉积。结果随着ADSCs向白色脂肪分化,PAMM表达水平明显上升,而随着成脂抑制,PAMM表达明显下降。在ADSCs中沉默或过表达PAMM后,再进行成脂分化。结果发现,上调或下调PAMM对脂滴形成及成脂相关基因的表达均无明显影响。类似地,在高度分化的脂肪细胞中敲低PAMM表达,对细胞形态及脂滴含量亦无明显影响。本文进一步利用si RNA干扰、m RNA测序及q RT-PCR,筛选和验证了一批受PAMM调节的下游基因及功能性基因集,包括SULF1、A2M基因及调节P53稳定性的基因集等。结论PAMM可作为白色成脂分化的标志基因,但其自身对白色脂肪细胞生成无明显影响,本研究筛选出来的PAMM下游基因及基因集,可为进一步研究PAMM的功能提供新线索。
关键词
PAMM
脂肪细胞
成脂分化
干细胞
脂肪因子
Keywords
PAMM
adipocytes
adipogenic differentiation
stem cells
adipokines
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
多发性骨髓瘤患者中脂肪干细胞差异表达基因的生物信息学分析
2
作者
张森鹏
何子煜
全明
叶尔柏
杨泽纯
李淇
周玉其
杜以宽(指导)
杨春(指导)
机构
广东医科大学干细胞与再生组织工程重点实验室
东莞市人民医院中心
实验室
出处
《中国免疫学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第17期2129-2135,共7页
基金
广东省自然科学基金项目(2020A1515010011,2021A1515011580,2021B1515140012)
东莞市社会发展科技项目(20211800905342)
+7 种基金
广东省中医药局面上项目(20211216,20202101)
广东省医学科学基金项目(A2020096,B2021330)
东莞市人民医院科研发展基金项目(k202005)
广东省科技创新战略专项资金(“攀登计划”专项资金)(pdjh2020a0255,pdjh2021b0224)
广东医科大学大学生创新实验项目(2019ZZDS007,2019ZZDS003,2020ZZDS002,2020ZYDS005,2021ZZDS006,2021ZCDS003)
广东医科大学大学生创新创业训练项目(GDMU2019003,GDMU2019041,GDMU2020010,GDMU2020078,GDMU2021003,GDMU2021049)
广东医科大学科研基金项目(GDMUZ2020009)资助
省级和国家级大学生创新创业训练计划项目(201910571063,202010571003,S202010571041,202110571010,S202110571078)。
文摘
目的:通过生物信息学方法分析与骨髓瘤患者脂肪干细胞(MM-ASC)相关的关键基因和候选通路,为多发性骨髓瘤(MM)的诊断和治疗提供候选靶点。方法:在GEO数据库中获取GSE133346芯片数据,使用R语言筛选MM-ASC的差异基因(DEGs),并用DAVID数据库对DEGs进行生物学功能(GO)分析,利用京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对基因进行生物通路富集分析,筛选靶基因所涉及的有意义的生物学功能和通路靶基因;采用String和Cytoscape软件进行靶基因蛋白相互作用(PPI)网络分析,筛选关键靶基因;进一步采用R语言筛选miRNAs,使用miRDB预测其靶基因,并使用Cytoscape软件构建miRNAs-mRNA调控关系网络。结果:①MM-ASC共筛选出123个DEGs,其中有36个上调基因和87个下调基因;②信号通路主要表现为胃酸分泌、NF-κB信号通路、胰高血糖素信号通路、钙信号通路、血管平滑肌收缩信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等;③其Hubgene为CXCL12、CD44和CDH2。Degree排在前10位的关键基因为CDH2、CD44、CXCL12、ACTA2、MYLK、S100A4、PLAU、NT5E、AXIN2、MYH10;④预测得到hsa-miR-30a-3p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30d-3p等10种重要的miRNAs。结论:MM-ASC中存在差异表达基因谱,且DEGs大多富集于NF-κB、钙信号通路等。CDH2、CD44、CXCL12在MM的发病中可能发挥关键基因作用。miR-30a-3p、miR-34a-5p等miRNAs可能干预MM的发病过程。
关键词
多发性骨髓瘤
差异表达基因
脂肪干细胞
GEO数据库
生物信息学分析
Keywords
Multiple myeloma
Differentially expressed genes
Adipose stem cells
GEO database
Bioinformatics analysis
分类号
R551.3 [医药卫生—血液循环系统疾病]
R733.3 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
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被引量
操作
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PAMM不影响人脂肪干细胞的成脂分化能力
张明萌
王颖
梁杰
吴洪福
史玉仓
吴志远
饶敏腊
彭健愉
蒋智文
刘新光
孙雪荣
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2022
1
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职称材料
2
多发性骨髓瘤患者中脂肪干细胞差异表达基因的生物信息学分析
张森鹏
何子煜
全明
叶尔柏
杨泽纯
李淇
周玉其
杜以宽(指导)
杨春(指导)
《中国免疫学杂志》
CAS
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