基于图编码与改进流注意力的编码sORFs预测方法DeepsORF

1

作者 谢冬梅 边昕烨 +4 位作者 于连飞 刘文博 王子灵 曲志坚 于家峰 《计算机应用》 北大核心 2025年第2期546-555,共10页

小开放阅读框(sORFs)在多种生物学过程中发挥着关键作用,且准确识别编码sORFs和非编码sORFs是基因组学中一项重要且有挑战性的任务。针对目前大多数编码sORFs预测算法严重依赖基于先验生物知识的手工特征且缺乏通用性的问题以及原始sORF... 小开放阅读框(sORFs)在多种生物学过程中发挥着关键作用,且准确识别编码sORFs和非编码sORFs是基因组学中一项重要且有挑战性的任务。针对目前大多数编码sORFs预测算法严重依赖基于先验生物知识的手工特征且缺乏通用性的问题以及原始sORFs的序列长度长短不一而无法直接输入预测模型的问题,提出一种基于sORF-Graph图编码方式的端到端的深度学习框架DeepsORF预测编码sORFs。首先,通过sORF-Graph将所有sORFs序列编码成对应的图,并将序列信息编码成图元素特征,从而对输入序列进行标准化处理;其次,引入基于卷积与残差的流注意力机制捕获sORFs中碱基远距离之间的相互作用,以更有效地表达sORFs的特征,并提高模型的预测精度。实验结果证明,DeepsORF框架在6个独立测试集上的性能均得到提升,与csORF-finder方法相比,DeepsORF在D.melanogaster nonCDS-sORFs测试集上的准确率、马修斯相关系数(MCC)以及精确率分别提升了9.97、19.49与13.07个百分点,验证了DeepsORF模型在识别编码sORFs和非编码sORFs任务中的有效性以及良好泛化能力。 展开更多

关键词 小开放阅读框 编码sORFs 端到端 图编码 流注意力

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碱胁迫对叶片延迟发光的实验研究 被引量：2

2

作者 王红梅 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2011年第10期52-55,共4页

选用绿宝石喜林芧叶片为材料,用BPCL型微弱发光测量仪测量了叶片经高浓度NaOH溶液处理后的延迟发光情况。结果发现:同一个叶片随着处理时间的延长,其延迟发光最初值和最后100s的光子数都先有一个小幅度的上升,然后又迅速下降;不同的叶... 选用绿宝石喜林芧叶片为材料,用BPCL型微弱发光测量仪测量了叶片经高浓度NaOH溶液处理后的延迟发光情况。结果发现:同一个叶片随着处理时间的延长,其延迟发光最初值和最后100s的光子数都先有一个小幅度的上升,然后又迅速下降;不同的叶片在相同的处理时间下,随着NaOH质量分数的增加,延迟发光最初值和最后100s的光子数都呈现上升的趋势,NaOH质量分数越大,上升得越快,随着处理时间的延长,上升的趋势变得越来越缓,最后各曲线越来越接近,且趋于平稳。整个实验表明,延迟发光可以规律性地反应碱胁迫对叶片的伤害程度,这为生物物理方法测量外界胁迫对叶片的影响提供了参考。 展开更多

关键词 叶片 延迟发光 碱胁迫 衰减参数

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磁场对绿豆芽长及超氧化物歧化酶的实验研究 被引量：2

3

作者 王红梅 《实验技术与管理》 CAS 北大核心 2011年第3期63-65,72,共4页

用恒定强度的磁场(1T)对绿豆进行不同时间的处理,得出了不同磁场处理时间和培养时间对绿豆芽长和超氧化物歧化酶(SOD)活性的影响。实验结果表明:恒定磁场强度下不同处理时间对绿豆的芽长和SOD活性是有影响的,磁场强度为1T时,在6个处理... 用恒定强度的磁场(1T)对绿豆进行不同时间的处理,得出了不同磁场处理时间和培养时间对绿豆芽长和超氧化物歧化酶(SOD)活性的影响。实验结果表明:恒定磁场强度下不同处理时间对绿豆的芽长和SOD活性是有影响的,磁场强度为1T时,在6个处理时间中,30 min处理组在每次测量时芽最长。对绿豆的SOD测定表明:经过磁场处理后的绿豆SOD含量产生了明显的差异,培养时间为7 h的实验组在各磁场处理时间下的SOD活性均高于对照组,在培养21 h后差异最大;磁处理具有滞后效应,磁处理短期内并不产生明显的效果;豆芽SOD含量和芽长并不成对应关系。 展开更多

关键词 磁生物学 绿豆芽 超氧化物歧化酶 磁场胁迫

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镉胁迫下硒对蚓体镉富集、亚细胞分布和抗氧化指标的影响

4

作者 杨慕源 周升志 +5 位作者 杨莹 姜珊 周子涵 符晓雯 王瑞萍 岳士忠 《生态毒理学报》 北大核心 2025年第1期383-396,共14页

为了解硒(Se)对重金属镉(Cd)污染土壤中蚯蚓所受胁迫的调节作用与机制,本研究以赤子爱胜蚓(Eisenia foetida)为研究对象,通过在Cd污染人工土壤中(150 mg·kg^(-1)和300 mg·kg^(-1))添加外源Se(5 mg·kg^(-1)和10 mg·k... 为了解硒(Se)对重金属镉(Cd)污染土壤中蚯蚓所受胁迫的调节作用与机制,本研究以赤子爱胜蚓(Eisenia foetida)为研究对象,通过在Cd污染人工土壤中(150 mg·kg^(-1)和300 mg·kg^(-1))添加外源Se(5 mg·kg^(-1)和10 mg·kg^(-1))探究7 d和14 d其对蚯蚓生长、蚓体Cd累积与亚细胞分布和抗氧化指标的影响。结果表明:Cd能抑制蚯蚓生长且呈剂量-效应,Se在一定程度上缓解了Cd胁迫对生物量的抑制。7 d时Se有效抑制了暴露于污染土壤中的蚓体Cd累积和富集系数(BAF_(Cd)),而14 d时无显著影响,说明Se抑制蚓体Cd富集受暴露时间影响较大,短时间内抑制作用较好,且短时间共同暴露条件下Se能减弱蚯蚓对Cd的富集能力;基质Cd浓度对蚯蚓Se富集有抑制作用,且浓度越大抑制作用越强。Cd在蚯蚓亚细胞中的分布为细胞溶质S1>细胞碎片S2>固体颗粒S3,且Cd在不同亚细胞中的比例随土壤Cd、Se浓度和暴露时间延长而有所差异;14 d时,高Cd基质添加Se处理组蚓体S1中Cd占比均在85%以上,较7 d时有所增加,说明14 d暴露可能促进了Se对Cd的解毒。此外,适量Se(5 mg·kg^(-1))添加提高了蚯蚓超氧化物歧化酶和过氧化氢酶活性、促进了谷胱甘肽合成、抑制了丙二醛产生,有助于提高Cd污染胁迫下蚯蚓的抗氧化免疫。综上,Se通过促进Cd在蚯蚓细胞溶质中的分布解毒和增强抗氧化防御降低了蚯蚓所受污染胁迫压力,本研究为缓解土壤生物所受污染胁迫提供了新的研究思路与方法。 展开更多

关键词 镉胁迫 硒 蚯蚓 亚细胞分布 抗氧化

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抗苗勒氏管激素(AMH)的生物学作用及其在马属动物中的应用

5

作者 于雪 卢丽婷 +2 位作者 郝金娟 吕延飞 夏冬 《山东畜牧兽医》 2021年第10期62-65,共4页

抗苗勒氏管激素(AMH)在睾丸间质细胞、卵母细胞发育方面具有重要的生物学作用。在临床应用上,作为马属动物隐睾、卵母细胞和胚胎质量的可靠内分泌标记物,可用于评估成年马生殖寿命和卵巢卵泡储备的情况,以及在对马属动物纳入胚胎生产计... 抗苗勒氏管激素(AMH)在睾丸间质细胞、卵母细胞发育方面具有重要的生物学作用。在临床应用上,作为马属动物隐睾、卵母细胞和胚胎质量的可靠内分泌标记物,可用于评估成年马生殖寿命和卵巢卵泡储备的情况,以及在对马属动物纳入胚胎生产计划之前作为可靠的标记之一来选择优秀的供体,这些方面的应用将对马属动物的生产将产生较大的应用价值。 展开更多

关键词 抗苗勒氏管激素 马 隐睾 卵巢储备 颗粒细胞

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德州地区野生黄伞菌种分离及发酵条件的初步研究 被引量：7

6

作者 沈亮 邢建新 +2 位作者 曾强成 郑世英 王吉华 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期303-306,共4页

首次在德州发现野生黄伞,并成功分离、保种,得到菌种命名为DZS1。通过单因素试验对其液体发酵培养条件初步优化,确定了DZS1摇瓶发酵的最适摇瓶发酵工艺条件:起始pH值6.0,培养温度24℃,摇床转速165 r/min,摇瓶装量100 mL(250 mL摇瓶)。... 首次在德州发现野生黄伞,并成功分离、保种,得到菌种命名为DZS1。通过单因素试验对其液体发酵培养条件初步优化,确定了DZS1摇瓶发酵的最适摇瓶发酵工艺条件:起始pH值6.0,培养温度24℃,摇床转速165 r/min,摇瓶装量100 mL(250 mL摇瓶)。在此工艺基础上测定了DZS1的生长曲线。 展开更多

关键词 德州野生黄伞 菌种分离 发酵

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细胞穿膜肽的穿膜活性与序列特征的关系 被引量：2

7

作者 曹赞霞 董川 +1 位作者 赵立岭 王吉华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第1期75-82,共8页

细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有... 细胞穿膜肽(cell penetrating peptides,CPPs)是一种小分子多肽,能够容易地穿过细胞膜.这类分子,尤其是具有靶向功能的CPPs为高效率投送药物到靶细胞带来希望.因此,对其展开研究对于生物医学有着一定的意义.本工作主要从序列水平对具有不同穿膜活性的CPPs进行研究,试图找出影响CPPs穿膜活性的因素,以及不同活性CPPs与非穿膜肽(Non CPPs)序列上的差异,并引入一种分析生物序列的方法.我们基于CPPsite数据库和不同的文献获取CPPs和Non CPPs序列,并进一步从CPPs序列中提取具有高、中、低穿膜活性的穿膜肽(HCPPs、MCPPs、LCPPs)用于构建数据集.基于这些数据集,开展了以下研究:首先,利用方差分析的方法,对不同活性的CPPs以及Non CPPs的氨基酸及二级结构组成进行分析,发现氨基酸的静电与疏水相互作用对CPPs的穿膜活性起到了重要影响,同时螺旋结构和无规卷曲也会影响CPPs的穿膜活性;其次,使用理化性质与长度将不同活性的CPPs展示在二维平面上,发现在某些特殊的性质下不同活性的CPPs与Non CPPs可以产生聚簇现象,HCPPs、MCPPs以及LCPPs和Non CPPs被分成了三簇,这种现象显示了它们之间的差异;最后,本文引入了生物序列理化质心的概念,将组成序列的残基看作质点,进而把序列抽象成质点系进行研究,并将此方法应用到CPPs的分析中,通过PCA方法将不同活性的CPPs投射到三维平面上,结果发现绝大部分CPPs聚在一起,部分LCPPs与Non CPPs聚在一起.此工作对于CPPs的设计,以及理解不同活性CPPs序列上的差异具有一定的意义.另外,本文引入的生物序列理化质心的分析方法也可以用于其他生物问题的分析,同时它们可以作为某些生物分类问题的输入参数,在模式识别中起到一定的作用. 展开更多

关键词 细胞穿膜肽(CPPs) 穿膜活性 序列差异 理化质心

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组蛋白H1序列固有无序特性分析 被引量：2

8

作者 王春玲 于家峰 +1 位作者 王红梅 王吉华 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1082-1086,共5页

组蛋白H1对于高阶染色质结构的形成和基因表达调控具有重要作用.为了揭示组蛋白H1在染色质结构形成中的生物学机制,本文对组蛋白H1三个结构域C-terminal domain(CTD)、N-terminal domain(NTD)和Globular domain(GD)及各区域连接位点对... 组蛋白H1对于高阶染色质结构的形成和基因表达调控具有重要作用.为了揭示组蛋白H1在染色质结构形成中的生物学机制,本文对组蛋白H1三个结构域C-terminal domain(CTD)、N-terminal domain(NTD)和Globular domain(GD)及各区域连接位点对应序列氨基酸偏好、复杂度等序列特征进行了系统对比研究,并对各区域进行了固有无序蛋白有序区/无序区预测分析.结果表明,组蛋白H1三个结构中,中间的球状结构域(GD)中的氨基酸序列是非常保守的,NTD富含疏水氨基酸,CTD末端富含碱性氨基酸.进一步的研究表明,CTD和NTD两个结构域普遍具有固有无序特性,因此这些区域具有较大的柔性结构,对其在染色质形成中行使的重要生物学功能具有重要意义. 展开更多

关键词 组蛋白H1 固有无序蛋白 序列分析

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基于温度副本交换分子动力学模拟方法研究温度致H1小肽结构变化特征 被引量：2

9

作者 曹赞霞 王吉华 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第3期319-325,共7页

采用GROMOS43A1力场,用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1小肽在4个不同温度下的结构特征.选择H1小肽的初始构象分别为α螺旋和β折叠片,完成了两组独立的36个温度副本交换的分子动力学模拟,一组从α螺旋出发的模拟用来对... 采用GROMOS43A1力场,用温度副本交换分子动力学模拟方法研究水溶液中H1小肽在4个不同温度下的结构特征.选择H1小肽的初始构象分别为α螺旋和β折叠片,完成了两组独立的36个温度副本交换的分子动力学模拟,一组从α螺旋出发的模拟用来对该小肽的结构特征进行研究,另一组从β折叠片出发的模拟用于验证构象采样的收敛性,每个副本的模拟时间为300ns,共计模拟时间长达21.6μs.在此基础上,研究了H1小肽在温度300K、330K、350K和370K下的结构特征,分析了其主链二面角分布、天然氢键数、β转角的形成概率以及不同温度下偏好采样构象的变化特征等.模拟结果表明,在4个不同温度下,均能够采样到同β折叠片结构的Cα原子均方根偏差最小为0.05nm的构象类,该构象类在4个不同温度300K、330K、350K和370K下分别包含了全部构象的39%、23%、13%和11%.GROMOS43A1力场在刻画小肽的结构方面具有一定的精度,但是在描述氢键方面仍需要加强,H1小肽在不同温度下结构特征的比较能够为分子力场的优化提供重要的帮助. 展开更多

关键词 H1小肽 副本交换 分子力场 分子动力学模拟

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磁场处理对绿豆芽鲜重和芽长的影响 被引量：11

10

作者 王红梅 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期575-579,共5页

以绿豆为试验材料,研究不同磁场强度和切割速度对绿豆芽鲜重和芽长的影响。结果表明,磁场处理对绿豆芽的生长有显著促进作用,在磁场强度1.2T、切割速度0.7m/s时促进作用最明显;但这种促进作用并不随磁场强度及切割速度的增加而增加,当... 以绿豆为试验材料,研究不同磁场强度和切割速度对绿豆芽鲜重和芽长的影响。结果表明,磁场处理对绿豆芽的生长有显著促进作用,在磁场强度1.2T、切割速度0.7m/s时促进作用最明显;但这种促进作用并不随磁场强度及切割速度的增加而增加,当磁场强度超过1.2T,切割速度超过0.7m/s时,磁场对绿豆芽的鲜重和芽长的促进作用随磁场强度和切割速度的增加而降低。利用磁场处理可以促进绿豆芽生长,是一项操作简便、促进增产的有效方法, 展开更多

关键词 绿豆芽 磁场处理 鲜重 芽长

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Bell态原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用的纠缠特性 被引量：6

11

作者 邹艳 《量子电子学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期69-75,共7页

运用全量子理论和数值计算的方法,借助于Negativity研究了Bell态原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用系统中两个全同二能级原子之间的纠缠演化特性。分析了光场强度、光场纠缠度及原子间相互作用强度对纠缠的影响。结果表明:原子初态处... 运用全量子理论和数值计算的方法,借助于Negativity研究了Bell态原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用系统中两个全同二能级原子之间的纠缠演化特性。分析了光场强度、光场纠缠度及原子间相互作用强度对纠缠的影响。结果表明:原子初态处于|β_(11)〉时,两原子始终处于最大纠缠态;原子初态处于|β_(00)〉时,两原子始终较长时间处于退纠缠状态;原子处在|β_(10)〉时,增大双模光场的平均光子数可以明显增大两原子之间的纠缠度并保持较大的纠缠状态;原子初态处在|β_(01)〉时,原子间的相互作用强度对双原子间纠缠度有较显著的非线性调制作用。 展开更多

关键词 量子光学 量子纠缠 NEGATIVITY BELL态 双模奇偶纠缠相干光场

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两纠缠原子与光场相互作用系统原子的纠缠特性 被引量：1

12

作者 邹艳 李永平 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1511-1516,共6页

研究了两纠缠原子与单模相干态光场相互作用系统中原子纠缠度的时间演化特性,运用全量子理论和数值计算的方法,应用Concurrence纠缠度量标准,讨论了原子初始时刻的纠缠状态和光场强度对两原子纠缠度的影响.结果表明:双原子系统初始纠缠... 研究了两纠缠原子与单模相干态光场相互作用系统中原子纠缠度的时间演化特性,运用全量子理论和数值计算的方法,应用Concurrence纠缠度量标准,讨论了原子初始时刻的纠缠状态和光场强度对两原子纠缠度的影响.结果表明:双原子系统初始纠缠度越大,两原子间的纠缠在演化过程中的峰值也越大;随着光场强度的增加,两原子纠缠度的振荡曲线逐渐表现出崩塌-回复现象,周期性也越来越明显. 展开更多

关键词 量子光学 CONCURRENCE 纠缠原子 单模相干场

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Kerr介质中V型三能级原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用的纠缠特性 被引量：3

13

作者 邹艳 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期1079-1085,共7页

运用量子约化熵研究了Kerr介质中V型三能级原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用系统中场熵的演化特性.分析了Kerr介质、失谐量和光场的初始平均光子数对场熵的影响.结果表明:Kerr介质与光场的耦合系数对场熵的振荡特性有调制作用,增大... 运用量子约化熵研究了Kerr介质中V型三能级原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用系统中场熵的演化特性.分析了Kerr介质、失谐量和光场的初始平均光子数对场熵的影响.结果表明:Kerr介质与光场的耦合系数对场熵的振荡特性有调制作用,增大失谐量,场熵的最大值减小,振荡频率增大,由初始时刻的零值增大到最大值所需的时间也增大;光场的平均光子数太大或太小都不利于原子与光场之间的纠缠. 展开更多

关键词 量子光学 KERR介质 V型三能级原子 双模奇偶纠缠相干光场 量子约化熵 量子纠缠

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V型三能级原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用的量子态保真度 被引量：2

14

作者 邹艳 《量子电子学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期320-326,共7页

研究了Ⅴ型三能级原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用系统的量子态保真度,运用数值计算的方法讨论了失谐量、双模光场的强度和原子分布角对量子信息保真度的影响。结果表明:原子的量子态保真度优于系统的或光场的量子态保真度,原子初... 研究了Ⅴ型三能级原子与双模奇偶纠缠相干光场相互作用系统的量子态保真度,运用数值计算的方法讨论了失谐量、双模光场的强度和原子分布角对量子信息保真度的影响。结果表明:原子的量子态保真度优于系统的或光场的量子态保真度,原子初始处于基态时,原子的保真度好于激发态或叠加态的情况;原子的保真度随着失谐量或双模光场强度的增大而增大;系统的和光场的保真度时间演化特性是相似的。失谐量、双模光场的强度和原子的分布角都对量子态保真度的时间演化曲线的频率有影响。 展开更多

关键词 量子光学 量子态保真度 V型三能级原子 双模奇偶纠缠相干光场

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X射线和荧光照射对三叶草叶片超微弱发光的影响比较研究

15

作者 于凌春 刘贵忠 张乃琴 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第17期7074-7076,共3页

[目的]比较X射线和荧光对三叶草叶片超微弱发光的影响。[方法]以长势基本相同的三叶草叶片为材料,测定自身发光,然后分别用X射线和荧光照射,测定延迟发光曲线,比较延迟发光曲线和总光子数与自身发光的差别。[结果]X射线照射后,三叶草叶... [目的]比较X射线和荧光对三叶草叶片超微弱发光的影响。[方法]以长势基本相同的三叶草叶片为材料,测定自身发光,然后分别用X射线和荧光照射,测定延迟发光曲线,比较延迟发光曲线和总光子数与自身发光的差别。[结果]X射线照射后,三叶草叶片的总光子数减少,且拟合曲线近似直线。X射线照射后叶片延迟发光明显受到抑制,抑制作用与照射时间呈正相关。荧光照射10～30s后,叶片延迟发光的光子数明显增多,延迟发光曲线快速升高,然后呈指数衰减,在很短时间内恢复稳定。[结论]三叶草叶片经X射线照射后延迟发光受到明显抑制,经荧光照射后延迟发光有很大幅度增强,延迟发光曲线随时间呈指数衰减。 展开更多

关键词 X射线 荧光 三叶草叶片 超微弱发光

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磁场对银杏叶叶绿素紫外可见吸收光谱的影响

16

作者 刘贵忠 于凌春 于家峰 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2008年第8期3059-3061,共3页

[目的]探求磁场激励对银杏叶叶绿素紫外/可见吸收光谱的影响。[方法]采用可控变量试验法,对提纯的银杏叶叶绿素的吸收光谱进行测量和综合分析。[结果]磁场激励对叶绿体在中心离子谱带的影响表现为特征吸收峰的位置随磁场强度增大,有向... [目的]探求磁场激励对银杏叶叶绿素紫外/可见吸收光谱的影响。[方法]采用可控变量试验法,对提纯的银杏叶叶绿素的吸收光谱进行测量和综合分析。[结果]磁场激励对叶绿体在中心离子谱带的影响表现为特征吸收峰的位置随磁场强度增大,有向短波方向移动的趋势;磁场对电荷转移谱带总体呈抑制趋势;磁场激励影响了中心色素分子P680和P700及电子传递体的生物学功能;磁场对叶绿素吸收光谱的影响与磁感应强度有关。发现了磁致发光现象。[结论]磁场激励对叶绿素的紫外/可见吸收光谱有明显影响,且与磁场强度有关。叶绿素具有磁致发光现象。 展开更多

关键词 银杏叶 叶绿素 磁场 紫外吸收光谱

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基因芯片的技术原理及在动植物研究上的应用 被引量：2

17

作者 杨东英 《河北农业科学》 2008年第9期53-54,共2页

基因芯片是常见的生物芯片之一。综述了基因芯片的作用原理及其在动植物研究方面的应用。

关键词 基因芯片 寡核苷酸探针 生物信息

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Bell态原子与双模纠缠相干光场相互作用的场熵演化特性

18

作者 邹艳 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期138-144,共7页

运用全量子理论研究了初始处于Bell态β_)或β_)的两原子与双模纠缠相干光场相互作用系统中场熵的演化特性.分析了光场强度、光场纠缠度及原子间相互作用强度对场熵演化特性的影响.结果表明:原子初态处于β_(11)>时,场熵始终为零;原... 运用全量子理论研究了初始处于Bell态β_)或β_)的两原子与双模纠缠相干光场相互作用系统中场熵的演化特性.分析了光场强度、光场纠缠度及原子间相互作用强度对场熵演化特性的影响.结果表明:原子初态处于β_(11)>时,场熵始终为零;原子初态处在β_(01))时,增大光场强度场熵的时间演化曲线逐渐变成较规则的振荡曲线,原子间的相互作用强度对双原子间纠缠度有显著的非线性调制作用. 展开更多

关键词 量子光学 BELL态 双模纠缠相干光场 量子纠缠 场熵演化

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在高压诱导蛋白质变性过程中水产生的压缩对它的影响 被引量：3

19

作者 于家峰 王吉华 窦相华 《原子与分子物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期833-837,共5页

实验表明水的压缩系数随着压强的改变会发生变化,这种改变将对高压致蛋白质变性的充分含水动力学模拟结果产生直接影响,然而很多高压变性的分子动力学模拟并没有考虑这一点.在温度为300 K,压强为200 MPa、1000 MPa时,利用GROMACS软件包... 实验表明水的压缩系数随着压强的改变会发生变化,这种改变将对高压致蛋白质变性的充分含水动力学模拟结果产生直接影响,然而很多高压变性的分子动力学模拟并没有考虑这一点.在温度为300 K,压强为200 MPa、1000 MPa时,利用GROMACS软件包对两种小蛋白Chignolin和Trpcage进行了总计300ns的分子动力学模拟,模拟中考虑了水的压缩系数随压强的改变情况,然后将模拟结果与压缩系数维持在0.1 MPa时的情况进行了比较.结果发现,压缩系数对蛋白质高压变性的影响很大,依据实验数据对不同压强的压缩系数进行调整后,小蛋白Chignolin在高压变性中出现完全去折叠.这为分子动力学模拟研究蛋白质高压变性提供了正确的途径和理论依据. 展开更多

关键词 高压 压缩系数 分子动力学模拟 去折叠 小蛋白

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DNA/RNA提取及处理方法对评价沉积物中纤毛虫分子多样性的影响 被引量：1

20

作者 李龙召 黄平平 +1 位作者 徐奎栋 赵峰 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期52-60,共9页

环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期... 环境DNA(eDNA)技术结合高通量测序已广泛应用于评价微型生物多样性与群落构成。相较于eDNA,RNA在环境中易降解,环境RNA(eRNA)可更准确地反映群落近期生命活性状态。理论上,基于eRNA检获的生物多样性要低于eDNA检获的总体多样性。但前期已发表研究显示同一站点eDNA获得的多样性低于eRNA检获量,推测可能原因包括:1)样本量不同;2)RNA中存在DNA污染。为验证假设,本研究以陆架区2个站位沉积物中的纤毛虫为实验对象,系统性比较4种DNA/RNA提取方法:DNA直接提取(0.9 g沉积物),大样本量DNA直接提取(2 g),DNA洗脱法(2 g),RNA直接提取法(2 g);以及3种RNA提取后的处理方法:无DNA酶反转录,含DNA酶反转录,先纯化RNA再反转录。研究结果表明,大样本量(2 g)DNA直接提取法所检获的可操作分类单元(OTUs)约为小样本量(0.9 g)的2倍。相同样本量下,DNA洗脱法检获的OTUs最多,而DNA直接提取检获的OTUs低于有/无DNA酶反转检获的数量,先纯化再反转录所获得OTUs最少。就群落构成而言,DNA洗脱法和RNA纯化可有效降低浮游类群比例,可更真实展现底栖群落的构成。综上,建议使用DNA洗脱法评价沉积物中微型生物的总体多样性;采用eRNA研究具有生命活性的生物群落时,反转录之前可纯化RNA,以获得更加准确的具有生命活性的群落信息。 展开更多

关键词 EDNA eRNA DNA/RNA提取 纤毛虫 分子多样性

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