线粒体转录延伸因子:调控线粒体DNA复制与转录转换的分子开关 被引量：2

1

作者 李素芬 余敏 熊伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期504-511,共8页

线粒体转录延伸因子(TEFM)最早是基于其氨基酸序列与真核细胞核转录因子Spt6具有同源性而被鉴定,其包括两个串联重复的螺旋-发夹-螺旋结构域(Helix-Hairpin-Helix,(HhH)2)和一个RNase H折叠。TEFM二聚化对于TEFM与线粒体RNA聚合酶的结... 线粒体转录延伸因子(TEFM)最早是基于其氨基酸序列与真核细胞核转录因子Spt6具有同源性而被鉴定,其包括两个串联重复的螺旋-发夹-螺旋结构域(Helix-Hairpin-Helix,(HhH)2)和一个RNase H折叠。TEFM二聚化对于TEFM与线粒体RNA聚合酶的结合至关重要。近年的研究发现,TEFM是调控线粒体DNA(mtDNA)复制与转录相互转换的关键分子开关,参与人类线粒体基因转录延伸过程及其表达调控。本文首先介绍了TEFM蛋白的序列同源性、蛋白质结构特征,为后续功能研究奠定结构基础。其次,阐明了TEFM在线粒体转录延伸过程中的作用和抗转录终止功能,以及线粒体转录延伸复合体的功能。TEFM避免了mtDNA转录和复制过程发生冲突,使线粒体转录延伸复合体具有更高的稳定性和持续合成能力,体内和体外都能增强mtDNA转录延伸活性,在mtDNA的复制和转录调控中发挥重要作用。最后,阐述了TEFM参与线粒体RNA加工,以及在线粒体能量代谢和线粒体相关疾病的发生发展中的作用。TEFM的缺失严重损害氧化呼吸链,证明mtDNA转录延伸对于维持线粒体氧化磷酸化功能是必需的。1型神经纤维瘤、胰腺癌、脑胶质瘤等疾病的发生机制可能与TEFM基因缺失或表达异常有关,因此,本文进一步探讨和展望了TEFM对人类线粒体相关疾病研究的应用前景。 展开更多

关键词 线粒体转录延伸因子 线粒体基因组 线粒体RNA聚合酶 分子开关

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长链非编码RNA LOXL1-AS1在人类恶性肿瘤中的作用及其分子调控机制 被引量：1

2

作者 普元倩 李彬 +2 位作者 自加吉 余敏 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2023年第1期79-83,共5页

长链非编码RNA(lncRNA)广泛参与生物体的各种生理与病理过程。lncRNA作为肿瘤致癌因子或抑癌因子参与恶性肿瘤的多种生物过程,与恶性肿瘤的发生、发展密切相关。赖氨酰氧化酶样蛋白1-反义RNA1(LOXL1-AS1)是近年来发现的一种lncRNA,其在... 长链非编码RNA(lncRNA)广泛参与生物体的各种生理与病理过程。lncRNA作为肿瘤致癌因子或抑癌因子参与恶性肿瘤的多种生物过程,与恶性肿瘤的发生、发展密切相关。赖氨酰氧化酶样蛋白1-反义RNA1(LOXL1-AS1)是近年来发现的一种lncRNA,其在多种恶性肿瘤中表达上调,并与肿瘤大小、TNM分期、淋巴结转移、患者预后等病理特征相关。LOXL1-AS1通过与多种微小RNA竞争性结合,调节下游靶基因的表达及调控相关信号通路发挥促癌作用。该文通过总结LOXL1-AS1参与多种人类恶性肿瘤的生物学过程,不同的分子调控机制影响肿瘤细胞增殖、转移、侵袭和凋亡等恶性生物学行为,探讨潜在的临床意义和应用前景,以期为恶性肿瘤的临床诊断、治疗和筛选预后标志物提供理论基础和参考依据。 展开更多

关键词 肿瘤 长链非编码RNA 微小核糖核酸 LOXL1-AS1 文献综述

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自噬相关基因5在人恶性胸膜间皮瘤中的表达及其意义

3

作者 刘如爱 王播勇 +3 位作者 李锦松 普元倩 余敏 熊伟 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第8期673-679,共7页

目的探讨自噬相关基因5(ATG5)在人恶性胸膜间皮瘤(MPM)细胞和组织中的表达情况,分析ATG5与MPM患者临床病理参数和预后的相关性。方法实时定量PCR(RT-qPCR)和Western blotting检测正常人胸膜间皮细胞和MPM细胞、非MPM胸膜间皮组织和MPM... 目的探讨自噬相关基因5(ATG5)在人恶性胸膜间皮瘤(MPM)细胞和组织中的表达情况,分析ATG5与MPM患者临床病理参数和预后的相关性。方法实时定量PCR(RT-qPCR)和Western blotting检测正常人胸膜间皮细胞和MPM细胞、非MPM胸膜间皮组织和MPM组织中ATG5的表达差异。应用TCGA数据库分析ATG5与MPM患者临床病理特征和预后的相关性。构建Cox回归模型,分析影响MPM患者预后的因素。GEPIA数据库评估ATG5与MPM肿瘤标志物和新型血清标志物的相关性。TIMER数据库分析ATG5与MPM免疫细胞浸润和关键免疫调节基因的相关性。结果ATG5在MPM细胞和组织中显著高表达,且与MPM患者的肿瘤分期呈正相关(P<0.05)。生存分析显示,ATG5高表达组MPM患者的预后更差,肿瘤病理类型可能是患者预后不良的危险因素(P<0.05)。ATG5与多种MPM肿瘤标志物(MTAP、SETD2、NF2、FIB3)和新型血清标志物(HMGB1、SMPR、THBS2、KRAS)显著相关(P<0.05)。ATG5表达与MPM中免疫细胞浸润(B细胞、CD4^(+)T细胞和巨噬细胞)和免疫相关基因(CD28、CUL48B、CD166、MMP14)呈显著正相关(P<0.05)。结论ATG5在MPM中表达上调,且与患者不良预后和免疫浸润水平相关,有望成为MPM早期筛查、诊断和预后评估的重要生物标志物。 展开更多

关键词 恶性胸膜间皮瘤 自噬相关基因5 自噬 预后 免疫浸润

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人线粒体单链DNA结合蛋白1在恶性肿瘤发生、发展中的作用及研究进展

4

作者 林亚茹 王心萌 +4 位作者 普元倩 刘如爱 自加吉 余敏 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2024年第7期744-747,共4页

人线粒体单链DNA结合蛋白1(mitochondrial single-strand DNA-binding protein 1, mtSSBP1)是定位于线粒体中的单链DNA结合蛋白,参与线粒体DNA(mtDNA)的复制、转录和修复,在维持线粒体基因组的稳定性和功能等发挥重要作用。mtSSBP1与肿... 人线粒体单链DNA结合蛋白1(mitochondrial single-strand DNA-binding protein 1, mtSSBP1)是定位于线粒体中的单链DNA结合蛋白,参与线粒体DNA(mtDNA)的复制、转录和修复,在维持线粒体基因组的稳定性和功能等发挥重要作用。mtSSBP1与肿瘤细胞增殖、转移和侵袭等恶性生物学行为相关,在多种人类恶性肿瘤中表达上调,其与肿瘤组织浸润加深、分化能力减弱、肿瘤增大和临床分期增加均相关。该文现对mtSSBP1的结构、功能及其在不同类型恶性肿瘤中的作用机制进行阐述,旨在为mtSSBP1与肿瘤的基础研究和临床应用提供参考。 展开更多

关键词 恶性肿瘤 线粒体单链DNA结合蛋白1 生物学标志物 预后 文献综述

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人线粒体转录终止因子3在胃癌组织中的表达及其意义 被引量：14

5

作者 自加吉 杨勇琴 +4 位作者 孙美涛 梅雯 于成和 张晓娟 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期84-87,共4页

目的分析hMTERF3 mRNA和蛋白质在胃癌组织及正常组织中的表达,探讨其与胃癌发生、发展的关系。方法分别采用半定量RT-PCR和免疫组化SP法,检测61例胃癌组织及正常组织中hMTERF3 mRNA和蛋白质表达水平,分析hMTERF3表达与胃癌临床分期、病... 目的分析hMTERF3 mRNA和蛋白质在胃癌组织及正常组织中的表达,探讨其与胃癌发生、发展的关系。方法分别采用半定量RT-PCR和免疫组化SP法,检测61例胃癌组织及正常组织中hMTERF3 mRNA和蛋白质表达水平,分析hMTERF3表达与胃癌临床分期、病理分级、肌层浸润和淋巴结转移的关系。结果 hMTERF3 mRNA和蛋白质在胃癌组织中的表达水平显著高于正常胃组织。hMTERF3蛋白在正常胃组织阳性率为24.6%(15/61),胃癌组织中的阳性率为86.9%(53/61),差异具有统计学意义。hMTERF3蛋白的表达与胃癌临床分期、病理分级、肌层浸润和淋巴结转移有关。结论 hMTERF3蛋白的表达异常可能是胃癌发生、发展的分子机制之一,可为预测胃癌的发生提供可能的生物学标志物,也可为胃癌基因诊断和基因治疗提供潜在的靶标。 展开更多

关键词 胃肿瘤 人线粒体转录终止因子3 RT-PCR 免疫组织化学

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肝细胞性肝癌中线粒体转录延伸因子的表达及意义 被引量：2

6

作者 李素芬 李彬 +5 位作者 普元倩 杨娜 王唯斯 自加吉 余敏 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期911-916,共6页

目的探讨线粒体转录延伸因子(mitochondrial transcription elongation factor,TEFM)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和临床意义。方法采用Western blot法检测人正常肝细胞(THLE-2)和6种HCC细胞中TEFM蛋白的表达... 目的探讨线粒体转录延伸因子(mitochondrial transcription elongation factor,TEFM)在肝细胞性肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达和临床意义。方法采用Western blot法检测人正常肝细胞(THLE-2)和6种HCC细胞中TEFM蛋白的表达差异。对HCC组织芯片进行免疫组化检测,在70例HCC组织和对应的癌旁组织中检测TEFM表达量和细胞阳性率的差异,分析TEFM表达与临床病理学特征及预后的关系。结果TEFM蛋白在6种HCC细胞与人正常肝细胞(THLE-2)相比,其TEFM蛋白均显著上调[(1.803±0.275)倍](P<0.05);HCC组与对应的癌旁组织相比,TEFM蛋白表达量增高,其细胞阳性率也增高(P<0.05)。TEFM蛋白在HCC组织中的表达量与患者AFP含量有相关性(P=0.002),而与患者年龄、性别、肿瘤分期、淋巴结转移、分化程度、HBV感染、肝硬化、血管侵犯、肿瘤数量、肿瘤大小、肿瘤包膜完整性和肿瘤复发无相关性(P均>0.05)。TEFM蛋白表达量与HCC患者总生存期(overall survival,OS)和无瘤生存期(disease-free survival,DFS)无相关性。结论TEFM蛋白在HCC细胞和组织中的表达增高,且与HCC患者的血清AFP含量呈正相关。TEFM蛋白表达量与HCC患者预后无关。 展开更多

关键词 肝肿瘤 线粒体转录延伸因子 组织芯片 免疫组织化学

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LOXL1和LOXL2基因在恶性胸膜间皮瘤中的表达及临床意义 被引量：5

7

作者 李彬 杨娜 +5 位作者 李素芬 普元倩 张态 自加吉 李正亮 熊伟 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2022年第2期154-160,共7页

目的 赖氨酰氧化酶样蛋白1(LOXL1)和赖氨酰氧化酶样蛋白2(LOXL2)在恶性胸膜间皮瘤(MPM)的表达差异及其预后价值尚不明确。文中旨在探讨LOXL1和LOXL2基因mRNA在MPM组织中的表达及其临床意义。方法 回顾性收集2017年6月至2019年12月大理... 目的 赖氨酰氧化酶样蛋白1(LOXL1)和赖氨酰氧化酶样蛋白2(LOXL2)在恶性胸膜间皮瘤(MPM)的表达差异及其预后价值尚不明确。文中旨在探讨LOXL1和LOXL2基因mRNA在MPM组织中的表达及其临床意义。方法 回顾性收集2017年6月至2019年12月大理大学第一附属医院胸外科12例MPM患者的癌组织和配对相邻正常胸膜组织。采用RT-qPCR检测MPM组织及配对正常胸膜组织中LOXL1和LOXL2基因mRNA表达量。通过Oncomine数据库对非瘤组织与MPM组织中LOXL1和LOXL2基因的表达差异进行分析。通过R4.0.2软件对TCGA数据库中LOXL1和LOXL2基因mRNA表达量与MPM临床病理特征的相关性进行分析。构建Kaplan-Meier模型分别探讨LOXL1和LOXL2基因mRNA表达量对MPM患者预后的影响。采用基因表达谱动态分析(GEPIA)分别对LOXL1和LOXL2与MPM肿瘤标志物基因和LOX家族其他成员基因表达的相关性进行分析。结果 RT-qPCR检测显示,与正常胸膜组织比较,MPM组织中LOXL1和LOXL2基因mRNA的表达量显著增加(P<0.01)。LOXL1基因和LOXL2基因的高表达是导致MPM患者预后不良的影响因素,上皮样型MPM预示着MPM患者预后良好(P<0.05)。LOXL1基因表达与EFEMP1(r=-0.25,P=0.021)、MSLN(r=-0.35,P<0.001)、CALB2(r=-0.36,P<0.001)、THBS2(r=0.32,P=0.003)和CDH11基因(r=0.25,P=0.018)表达具有显著相关性。LOXL1基因表达与LOXL2(r=0.22,P=0.041)、LOXL4(r=0.3,P=0.004)基因具有显著正相关;LOXL2基因表达与LOX(r=0.65,P<0.001)、LOXL1(r=0.22,P=0.041)和LOXL4(r=0.37,P<0.001)基因表达具有显著正相关。结论 LOXL1和LOXL2基因在MPM组织中均呈现显著高表达,其基因表达量是评估MPM患者预后的有效指标。 展开更多

关键词 赖氨酰氧化酶样蛋白1 赖氨酰氧化酶样蛋白2 RT-QPCR 恶性胸膜间皮瘤 数据挖掘 临床意义

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恶性胸膜间皮瘤中LOX基因的表达及其预后意义 被引量：6

8

作者 自加吉 李彬 +5 位作者 杨娜 普元倩 李素芬 王唯斯 张态 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期699-706,共8页

目的探讨赖氨酰氧化酶(lysyl oxidase,LOX)基因在恶性胸膜间皮瘤(malignant pleural mesothelioma,MPM)细胞和组织中的表达及预后意义。方法采用RT-qPCR和Western blot法分析人胸膜间皮细胞系MeT-5A和MPM细胞系NCI-H28、NCI-H2052、NCI-... 目的探讨赖氨酰氧化酶(lysyl oxidase,LOX)基因在恶性胸膜间皮瘤(malignant pleural mesothelioma,MPM)细胞和组织中的表达及预后意义。方法采用RT-qPCR和Western blot法分析人胸膜间皮细胞系MeT-5A和MPM细胞系NCI-H28、NCI-H2052、NCI-H2452中LOX mRNA和蛋白表达水平;采用RT-qPCR检测9例MPM组织及配对正常胸膜组织中LOX基因mRNA表达量;通过Oncomine数据库对非肿瘤组织与MPM组织中LOX基因的表达差异进行分析;通过R 3.6.3对TCGA数据库中LOX mRNA表达量与MPM临床病理特征的相关性进行分析;采用基因表达谱动态分析(GEPIA)构建Kaplan-Meier模型探究LOX mRNA表达量对MPM患者预后的影响,并分别对LOX基因与MPM肿瘤标志物基因和赖氨酰氧化酶样蛋白1~4(LOXL1~4)基因表达的相关性进行分析。结果与MeT-5A细胞相比,3种人MPM细胞中LOX mRNA和蛋白的表达水平均提高(P<0.05)。RT-qPCR检测发现,与正常胸膜组织相比,MPM组织中LOX mRNA的表达量增加(P<0.05)。LOX基因表达量与MPM患者T分期相关(P<0.05)。LOX基因高表达者的总生存率和无瘤生存率均低于LOX基因低表达者(P<0.05)。MPM肿瘤标志物间皮素(MSLN)、钙结合蛋白2(CALB2)基因与LOX基因表达呈负相关(P<0.05),而血小板反应蛋白2(THBS2)基因与LOX基因的表达呈正相关(P<0.05)。LOXL2和LOXL4基因与LOX基因表达呈正相关(P<0.05)。结论LOX基因在MPM细胞和组织中高表达,LOX基因高表达提示MPM患者预后不良。 展开更多

关键词 恶性胸膜间皮瘤 LOX 数据挖掘 预后意义

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赖氨酰氧化酶样蛋白4在人类恶性肿瘤发生与发展中的作用 被引量：5

9

作者 普元倩 余敏 熊伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第9期1164-1173,共10页

赖氨酰氧化酶样蛋白4(lysyl oxidase like 4,LOXL4)是一种属于赖氨酰氧化酶(lysyl oxidase,LOX)蛋白质家族的分泌型铜依赖性胺氧化酶,参与细胞外基质(extracellular matrix,ECM)的组装和维持。LOXL4蛋白在人类肝癌、胃癌、乳腺癌、宫颈... 赖氨酰氧化酶样蛋白4(lysyl oxidase like 4,LOXL4)是一种属于赖氨酰氧化酶(lysyl oxidase,LOX)蛋白质家族的分泌型铜依赖性胺氧化酶,参与细胞外基质(extracellular matrix,ECM)的组装和维持。LOXL4蛋白在人类肝癌、胃癌、乳腺癌、宫颈癌、头颈鳞癌、食管癌和结直肠癌中表达上调,而在人类膀胱癌和肺癌中表达下调并抑制肿瘤的生长,表明LOXL4蛋白在不同类型的人类恶性肿瘤中具有促癌或抑癌的双向作用。肿瘤细胞外泌体中的LOXL4蛋白通过催化作用产生过氧化氢,后者直接激活FAK/Src信号通路,并促进细胞基质粘附和细胞迁移。外泌体介导的LOXL4还可以通过激活PI3K/Akt信号通路来促进肿瘤细胞的增殖和免疫逃逸。肿瘤细胞中的LOXL4可以经外泌体转运至巨噬细胞,进一步通过STAT1和STAT3介导的信号通路激活细胞免疫抑制功能和激活程序性死亡配体1(programmed death ligand 1,PD-L1)表达,触发巨噬细胞的免疫抑制功能,促进肿瘤细胞的免疫逃逸。此外,LOXL4蛋白还能通过激活p53蛋白和抑制Ras/ERK信号转导通路发挥抑癌功能。本文主要总结了LOXL4蛋白的结构、功能及其在人类恶性肿瘤发生发展的作用机制,进一步探讨LOXL4蛋白在恶性肿瘤研究中的应用前景,为恶性肿瘤的临床诊断、治疗和筛选预后标志物提供理论基础和参考依据。 展开更多

关键词 赖氨酰氧化酶样蛋白4 细胞外基质 恶性肿瘤 转移 侵袭

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shRNA沉默TXNDC12抑制脑胶质瘤细胞的增殖和迁移

10

作者 张路瑶 袁红平 +5 位作者 王晓旋 李晓全 李泽艳 王雨晴 来明名 马雪艳 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2023年第5期519-524,共6页

目的探讨TXNDC12(thioredoxin domain-containing 12)在脑胶质瘤发生中的作用机制。方法采用生物信息学分析TXNDC12基因在脑胶质瘤中mRNA的表达及其与预后的相关性,并通过Western blot检测TXNDC12在脑胶质瘤组织和正常脑组织中蛋白表达... 目的探讨TXNDC12(thioredoxin domain-containing 12)在脑胶质瘤发生中的作用机制。方法采用生物信息学分析TXNDC12基因在脑胶质瘤中mRNA的表达及其与预后的相关性,并通过Western blot检测TXNDC12在脑胶质瘤组织和正常脑组织中蛋白表达;构建沉默TXNDC12基因的shRNA慢病毒表达质粒,建立沉默TXNDC12的U251稳转细胞株。采用qRT-PCR和Western blot实验分别检测稳转细胞株中TXNDC12的mRNA及蛋白表达;用CCK-8实验、Transwell和划痕实验检测沉默TXNDC12对U251细胞增殖和迁移能力的影响。结果生物学信息分析显示TXNDC12在脑胶质瘤组织(1.885±0.902)中的蛋白表达比正常脑组织(1.0±0.545,P<0.05)高,且与不良预后相关(高表达组51.5%vs低表达组70.7%,P<0.0001);沉默TXNDC12后U251细胞增殖能力和迁移能力明显下降(P<0.05)。结论TXNDC12在脑胶质瘤中可能发挥促癌基因的作用,其高表达可能促进脑胶质瘤细胞的增殖和迁移,有望成为脑胶质瘤患者治疗及预后的重要生物学标志物。 展开更多

关键词 脑胶质瘤 TXNDC12 U251细胞 增殖 迁移

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赖氨酰氧化酶样蛋白3在人类恶性肿瘤发生、发展中的研究进展 被引量：3

11

作者 李彬 朱泓 +2 位作者 黄照能 余敏 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第8期966-970,共5页

赖氨酰氧化酶样蛋白3 (lysyl oxidase like 3,LOXL3)属于LOX蛋白家族成员之一,是一种铜依赖性胺氧化酶,负责细胞外基质中胶原蛋白和弹性蛋白的交联。LOX蛋白家族还包括LOX、LOXL1、LOXL2和LOXL4。LOXL3基因存在两种转录本变体,分别为LOX... 赖氨酰氧化酶样蛋白3 (lysyl oxidase like 3,LOXL3)属于LOX蛋白家族成员之一,是一种铜依赖性胺氧化酶,负责细胞外基质中胶原蛋白和弹性蛋白的交联。LOX蛋白家族还包括LOX、LOXL1、LOXL2和LOXL4。LOXL3基因存在两种转录本变体,分别为LOXL3-sv1和LOXL3-sv2,在人体正常组织中差异表达。LOXL3定位于胃癌细胞胞核,与胃癌的侵袭和预后不良相关。LOXL3蛋白在恶性肿瘤发生、发展中通过诱导上皮-间充质转化,促进肿瘤侵袭和转移;LOXL3与维持DNA稳定性和有丝分裂的蛋白质相互作用,促进肿瘤进展和持续增殖。该文现就LOXL3蛋白的结构、功能及其在人类恶性肿瘤发生、发展中的作用进行综述,以期为恶性肿瘤的临床诊断、治疗和筛选预后标志物,提供理论基础和参考依据。 展开更多

关键词 恶性肿瘤 胶原蛋白 LOXL3蛋白 赖氨酰氧化酶

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肺癌中赖氨酰氧化酶样蛋白2的研究进展 被引量：2

12

作者 普元倩 李彬 +1 位作者 余敏 熊伟 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期323-327,共5页

赖氨酰氧化酶样蛋白2(lysyl oxidase-like protein-2,LOXL2)是一种铜依赖性胺氧化酶,其过表达可导致肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移。大量研究表明LOXL2在肺癌中的高表达与上皮-间质转化、转移、肿瘤进展和预后不良有关。该文主要对LOXL2... 赖氨酰氧化酶样蛋白2(lysyl oxidase-like protein-2,LOXL2)是一种铜依赖性胺氧化酶,其过表达可导致肿瘤细胞的增殖、侵袭和转移。大量研究表明LOXL2在肺癌中的高表达与上皮-间质转化、转移、肿瘤进展和预后不良有关。该文主要对LOXL2蛋白的结构、生物学作用、在肺癌中的表达与预后价值进行综述,并进一步探讨LOXL2单克隆抗体和小分子抑制剂在肺癌中的应用前景,以期为肺癌患者筛选预后标志物及相关临床治疗靶点提供理论基础和参考依据。 展开更多

关键词 肺肿瘤 上皮-间质转化 赖氨酰氧化酶样蛋白-2 文献综述

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基于m^(7)G相关lncRNA识别胃癌的预后及免疫特征 被引量：1

13

作者 王振 张乐 +1 位作者 刘虹汝 张钰哲 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第9期828-835,842,共9页

目的探讨N7-甲基鸟苷(m^(7)G)修饰相关长链非编码RNA(lncRNA)与胃癌的预后及免疫特征间的关系。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌和癌旁组织的转录组数据和临床数据。采用皮尔森相关分析识别m^(7)G相关的lncRNA。通过单因素... 目的探讨N7-甲基鸟苷(m^(7)G)修饰相关长链非编码RNA(lncRNA)与胃癌的预后及免疫特征间的关系。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌和癌旁组织的转录组数据和临床数据。采用皮尔森相关分析识别m^(7)G相关的lncRNA。通过单因素Cox回归、最小绝对收缩和运算符选择(LASSO)回归算法和多因素Cox回归构建m^(7)G相关lncRNA的风险预测模型,并通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者操作特征(ROC)曲线验证。构建列线图用于预测胃癌患者的预后。通过基因本体(GO)、京都基因和基因组数据库(KEGG)和免疫功能分析m^(7)G高、低风险组生物功能的差异。通过肿瘤免疫逃逸(TIE)、免疫治疗药物敏感性和肿瘤突变负荷(TMB)评估免疫治疗反应。结果由6个m^(7)G相关lncRNA(AC090425.3,AC004817.3,AC023590.1,C3orf36,AC012055.1,LINC01854)构建的预后模型被证明具有良好的预测能力。GO和KEGG富集分析表明,肌肉相关生物学功能与m^(7)G相关lncRNA显著相关。m^(7)G低评分患者TMB高,肿瘤免疫功能障碍和排除评分低,化疗药物敏感性高。结论m^(7)G相关lncRNA可能与肌肉减少症和免疫反应有关,是m^(7)G高风险患者预后较差的原因之一。 展开更多

关键词 胃癌 N7-甲基鸟苷 长链非编码RNA 预后 肿瘤突变负荷 免疫检查点阻断

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m^(6)A RNA甲基化调节因子与前列腺癌预后的关系 被引量：1

14

作者 刘虹汝 宁静华 +3 位作者 张鑫 赵严红 屈润 张钰哲 《中国医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第12期1098-1105,共8页

目的探索N6-甲基腺嘌呤(m^(6)A)RNA甲基化调节因子(以下简称m^(6)A调节因子)与前列腺癌预后的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载416例前列腺癌样本和80例癌旁样本的临床病理数据及其mRNA相关数据,获取METTL3、METTL14、WTAP、... 目的探索N6-甲基腺嘌呤(m^(6)A)RNA甲基化调节因子(以下简称m^(6)A调节因子)与前列腺癌预后的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载416例前列腺癌样本和80例癌旁样本的临床病理数据及其mRNA相关数据,获取METTL3、METTL14、WTAP、RBM15、ZC3H13、YTHDC1、YTHDC2、YTHDF1、YTHDF2、HNRNPC、FTO和ALKBH5共12种m^(6)A调节因子。筛选出前列腺癌样本差异表达的m^(6)A调节因子。对前列腺癌组织样本进行无监督聚类分组,并比较其总体生存率的差异。进行多因素Cox回归分析,根据风险评分分为高风险组和低风险组,比较2组生存率。对临床病理因素进行风险评分,构建多因素Cox回归模型,评估预后预测价值。采用免疫组织化学染色方法检测前列腺癌组织中METTL14和FTO的表达。结果从12个m^(6)A调节因子中筛选出8个差异表达的调节因子。通过无监督聚类分析将前列腺癌样本分成3组,分别为Cluster 1、Cluster 2和Cluster 3,3组的生存时间存在显著差异。多因素Cox回归分析发现,METTL14和FTO与前列腺癌患者的预后密切相关。构建Cox回归模型,对前列腺癌患者进行风险评分,发现高、低风险组总生存率有统计学差异,且风险评分可作为独立预后指标。前列腺癌组织中METTL14和FTO蛋白阳性表达率明显高于癌旁组织(P<0.05)。结论本研究构建了基于m^(6)A调节因子的前列腺癌预后预测模型,其中风险评分可作为独立的预后指标,METTL14和FTO可作为诊断前列腺癌的分子标志物和治疗的潜在靶点。 展开更多

关键词 m^(6)A RNA甲基化调节因子 前列腺癌 预后

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哺乳动物线粒体蛋白质翻译及其调控机制

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作者 杨娜 余敏 熊伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期879-887,共9页

线粒体是真核细胞内参与能量生成和物质代谢的重要细胞器。线粒体核糖体(mitochondrial ribosome, MR)作为细胞器中的翻译机器,用于表达线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)编码的基因。近年来,随着研究的不断深入,人们对参与哺乳动物... 线粒体是真核细胞内参与能量生成和物质代谢的重要细胞器。线粒体核糖体(mitochondrial ribosome, MR)作为细胞器中的翻译机器,用于表达线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)编码的基因。近年来,随着研究的不断深入,人们对参与哺乳动物线粒体蛋白质翻译的蛋白质因子及其翻译的基本过程有了越来越清晰的认识,这对阐明线粒体蛋白质翻译的调控机制及研究人类线粒体疾病等方面具有重要的意义。线粒体蛋白质的翻译过程分为起始、延伸、终止和回收四个阶段。本文综述哺乳动物线粒体核糖体的结构与功能,以及线粒体蛋白质翻译因子的性质与功能,并进一步探讨翻译激活因子、微小RNA、线粒体COX翻译调控组装中间体(mt-translation regulation assembly intermediate of COX, MITRAC)以及核糖体的翻译后修饰对线粒体蛋白质翻译的调控及其机制,展望其对人类线粒体相关疾病研究的应用前景。 展开更多

关键词 哺乳动物线粒体 线粒体蛋白质 核糖体 翻译 调控机制

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线粒体RNA转录后加工和修饰及其与人类线粒体疾病的关联

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作者 杨娜 余敏 熊伟 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期37-46,共10页

线粒体是真核细胞内参与能量生成和物质代谢的重要细胞器,拥有自身的基因组DNA。线粒体基因的表达调控对线粒体功能的维持至关重要。根据分子生物学中心法则,遗传信息是从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质。线粒体DNA(mtDNA)编码13个信... 线粒体是真核细胞内参与能量生成和物质代谢的重要细胞器,拥有自身的基因组DNA。线粒体基因的表达调控对线粒体功能的维持至关重要。根据分子生物学中心法则,遗传信息是从DNA传递给RNA,再从RNA传递给蛋白质。线粒体DNA(mtDNA)编码13个信使RNA(mRNA)、2个核糖体RNA(rRNA)和22个转运RNA(tRNA)。在转录过程中,合成的各种前体RNA通常还要经历后续的改变才能转变为有活性的成熟RNA分子,这被称为"转录后的加工和修饰"。本文主要综述哺乳动物线粒体基因组编码的3种RNA转录后加工过程及修饰的方式,总结和归纳线粒体RNA修饰位点与相应的修饰酶之间的关系,并进一步探讨哺乳动物线粒体RNA转录后修饰与线粒体疾病发生发展的关联,为人类线粒体相关疾病的诊疗研究提供新的思路。 展开更多

关键词 线粒体转录 RNA加工 RNA修饰 线粒体疾病

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LRPPRC蛋白与人类恶性肿瘤发生发展的关系

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作者 李素芬(综述) 李彬(综述) +1 位作者 余敏(综述) 熊伟(审校) 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2021年第1期80-85,共6页

富含亮氨酸的五肽重复序列(PPR)基序蛋白(LRPPRC)在人类肝癌细胞HepG2中被首次鉴定,其主要定位于细胞外核膜、内核膜、核质、内质网、细胞骨架和线粒体。LRPPRC是一种具有多功能的蛋白质,可以调节细胞能量代谢、参与核编码mRNA的成熟以... 富含亮氨酸的五肽重复序列(PPR)基序蛋白(LRPPRC)在人类肝癌细胞HepG2中被首次鉴定,其主要定位于细胞外核膜、内核膜、核质、内质网、细胞骨架和线粒体。LRPPRC是一种具有多功能的蛋白质,可以调节细胞能量代谢、参与核编码mRNA的成熟以及调控信号转导通路。LRPPRC蛋白的表达水平与多种人类恶性肿瘤的发生发展密切有关。文章主要综述LRPPRC蛋白的结构、功能及其与人类恶性肿瘤发生发展的关系,并进一步探讨LRPPRC蛋白在恶性肿瘤研究中的应用前景,为恶性肿瘤的临床诊断与治疗提供理论基础和参考依据。 展开更多

关键词 LRPPRC蛋白 蛋白结构 能量代谢 恶性肿瘤

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