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人肝癌细胞系的糖蛋白质组学研究 被引量:5
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作者 周海君 刘银坤 +5 位作者 崔杰峰 金红 魏黎明 樊惠芝 郭坤 杨芃原 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第1期59-64,共6页
糖基化是最重要的蛋白质翻译后形式之一,糖基化蛋白的糖链部分影响着蛋白质的折叠和稳定性以及其生物学功能.许多恶性肿瘤组织与正常组织相比已显示出蛋白质糖基化的差异.采用蛋白质组学分析方法结合先进的糖蛋白荧光染色技术,研究了正... 糖基化是最重要的蛋白质翻译后形式之一,糖基化蛋白的糖链部分影响着蛋白质的折叠和稳定性以及其生物学功能.许多恶性肿瘤组织与正常组织相比已显示出蛋白质糖基化的差异.采用蛋白质组学分析方法结合先进的糖蛋白荧光染色技术,研究了正常人肝细胞系(ChangLiver)和人肝癌细胞系(Hep3B)糖蛋白糖基化的差异.首先用细胞裂解法提取细胞总蛋白质,进行双向电泳(2-DE),然后用pro-QEmerald488糖蛋白荧光染料进行糖蛋白染色,得到两种细胞系糖基化蛋白表达谱,经2-DE分析软件Dymension分析2-DE图像,比较糖蛋白的糖基化程度,并对糖基化蛋白进行质谱鉴定.结果显示正常人肝细胞表达(74±2)个(n=3),而人肝癌细胞系表达(78±3)个糖蛋白(n=3).两者匹配的糖蛋白质点31个,Hep3B表达而ChangLiver不表达的糖蛋白质点47个,ChangLiver表达而Hep3B不表达的糖蛋白质点43个.两种细胞系糖基化程度存在明显差异,与正常人肝细胞相比,肝癌细胞发生糖基化改变的糖蛋白有25个,其中糖基化水平上调的有10个,下调的有15个,质谱鉴定出12个发生糖基化改变的糖蛋白.这些结果显示蛋白质糖基化改变可能在肝癌的发生和发展中起一定作用. 展开更多
关键词 肝癌细胞 糖基化蛋白 糖蛋白染色 双向电泳
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离线2D-LC-MS系统的建立及其用于人肝蛋白质组学的研究 被引量:3
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作者 王静 许雪姣 +2 位作者 于雁灵 刘银坤 杨原 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2004年第12期2247-2249,共3页
A lab-made off line 2D-LC-MS system was developed for protein analysis. In case the off line 2D-LC was utilized for peptide separation, and the working conditions for strong cation exchange(SCX) chromatography and the... A lab-made off line 2D-LC-MS system was developed for protein analysis. In case the off line 2D-LC was utilized for peptide separation, and the working conditions for strong cation exchange(SCX) chromatography and the succeeding reversed phase(RP) chromatography can be individually optimized, contrasted to the on-line system. The experimental results show that the mass fractions of acetonitrile for the SCX separation can be increased form 5% as references reported up to 20% so that the separation of peptides has been substantially improved. The off line system has been applied to the analysis of proteins extracted from the cancer tissue of nude mice inoculated by a human-hepatocellular-carcinoma cell-line D20. Some extreme basic proteins(pI>10) and larger proteins(M w>200 000), which are difficult to be isolated by the traditional 2D-PAGE method, have been identified in D20 sample. 展开更多
关键词 多维色谱-质谱联用仪 离线2D-LC-MS 水溶性蛋白
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肝癌转移相关的核心岩藻糖基化蛋白质表达谱的研究 被引量:5
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作者 代智 刘银坤 +8 位作者 崔杰峰 冯钜涛 宋海燕 陈洁 孙瑞霞 李娜 申华莉 张予 杨芃原 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第5期442-448,共7页
通过比较研究不同转移潜能肝癌细胞系中核心岩藻糖基化蛋白质表达谱的差别,筛查与转移相关的重要糖蛋白.用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)、双向电泳(2-DE)和凝集素印迹技术联合基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱(MALDI-TOF-MS/MS)分... 通过比较研究不同转移潜能肝癌细胞系中核心岩藻糖基化蛋白质表达谱的差别,筛查与转移相关的重要糖蛋白.用SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)、双向电泳(2-DE)和凝集素印迹技术联合基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱(MALDI-TOF-MS/MS)分析,建立3种不同转移潜能人肝癌细胞系Hep3B、MHCC97L和MHCC97H的核心岩藻糖基化蛋白质表达图谱.比较研究发现,不同转移潜能肝癌细胞呈现不同的SDS-PAGE/LCA凝集素印迹图谱,MHCC-97H和MHCC-97L在35~45 ku和45~60 ku间出现了Hep3B未见的条带.在核心岩藻糖基化蛋白质表达图谱中,Hep3B、MHCC97L和MHCC97H分别平均检测到(55±7)个蛋白质点(n=3),(60±6)个蛋白质点(n=3),(61±4)个蛋白质点(n=3);以各自双向电泳图谱为参考胶,Hep3B、MHCC97L和MHCC97H分别与其匹配的平均匹配点数为(25±3)个(n=3),(30±4)个(n=3),(28±3)个(n=3).该图谱中,与Hep3B相比,MHCC97L有13个点未匹配,其中9个点为Hep3B(-)/MHCC97L(+);MHCC97H有9个点未匹配,其中6个点为Hep3B(-)/MHCC97H(+),MALDI-TOF-MS/MS可鉴定出Annexin1、Keratin 8等12种差异蛋白质.这些结果证实了不同转移潜能的肝癌细胞有明显的核心岩藻基化糖蛋白差异性表达.提示肝癌转移可能与这些差异糖蛋白及其核心岩藻糖基化有关. 展开更多
关键词 肝癌细胞 核心岩藻糖蛋白 基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱 扁豆凝集素 糖蛋白质组学
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应用8标iTRAQ技术结合2D LC-MS/MS分析大鼠再生肝的差异蛋白质组 被引量:5
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作者 张一甫 秦兆宇 +2 位作者 刘晓慧 林成招 贺福初 《分析测试学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期421-429,共9页
首次应用8标iTRAQ(Isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术结合2D LC-MS/MS(Two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry),以部分肝切除的大鼠为模型,全面分析了再生早期(6、12 h)、中期(24、... 首次应用8标iTRAQ(Isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术结合2D LC-MS/MS(Two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry),以部分肝切除的大鼠为模型,全面分析了再生早期(6、12 h)、中期(24、48 h)和晚期(72、120 h)肝脏蛋白质的表达差异。共鉴定357种蛋白质,6个时间点共有60种蛋白质的表达量与对照组(手术切下的正常肝组织)有显著差异。其中,ADH1(Alcohol dehy-drogenase 1)和PRDX1(Peroxiredoxin 1)等的表达变化趋势与已有报道相同,GO(Gene ontology)的蛋白质功能注释提示ADH1、CAT(Catalase)、ENO1(Enolase 1)和APOA1(Apolipoprotein A-Ⅰ)等可能通过影响细胞凋亡和能量供给等方式参与肝再生调控。聚类分析表明,术后12 h和24 h蛋白质的整体表达模式相似,6 h与此二者相近,48 h和72 h相似,而120 h与这些时间点相差最远。该研究验证了8标iTRAQ是并行处理多组样本的有效技术,适合于生理和病理过程多时间点蛋白质组的定量差异分析,可以监控关键分子的动态变化,更易发掘重要的调控靶点分子。该文为进一步探讨肝再生机理提供了有价值的线索。 展开更多
关键词 ITRAQ 2D LC-MS/MS 肝脏再生 差异蛋白质组
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健康人肝组织麦胚凝集素亲和型糖蛋白表达谱分析 被引量:3
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作者 卢雯静 刘银坤 +5 位作者 孙强玲 周海军 周新文 郭坤 陆豪杰 杨芃原 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期29-36,共8页
目的分析健康人肝组织麦胚凝集素(wheatgermagglutinin,WGA)亲和型糖蛋白表达谱。方法从30例健康人肝组织混合样本的总蛋白中用WGA凝集素亲和层析分离纯化糖蛋白,再利用双向电泳结合SYPRO Ruby荧光染色进一步分离WGA亲和型糖蛋白。目的... 目的分析健康人肝组织麦胚凝集素(wheatgermagglutinin,WGA)亲和型糖蛋白表达谱。方法从30例健康人肝组织混合样本的总蛋白中用WGA凝集素亲和层析分离纯化糖蛋白,再利用双向电泳结合SYPRO Ruby荧光染色进一步分离WGA亲和型糖蛋白。目的蛋白质点经质谱鉴定后对其进行生物信息学分析及功能分类。结果初步建立WGA亲和型糖蛋白的双向电泳图谱,图谱均点数为(650±50)个,质谱鉴定并去冗余共获116个蛋白。经生物信息学分析104个蛋白具有不同程度的N糖基化位点,最后按Gene Ontology的分类原则进行功能分类。结论凝集素亲和层析结合双向电泳荧光染色、质谱鉴定是一种高通量的检测方法,WGA亲和型糖蛋白表达谱的初步构建为后续研究奠定了基础。 展开更多
关键词 凝集素亲和层析 双向电泳 SYPRO Ruby荧光染色 质谱 生物信息学
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CK8寡糖链结构及翻译水平改变与人肝癌细胞转移相关性研究 被引量:5
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作者 代智 刘银坤 +3 位作者 郭坤 孙强玲 卢雯静 杨芃原 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第2期196-202,共7页
糖组学方法筛查人肝癌细胞转移过程中发挥重要作用的核心岩藻糖基化蛋白质分子,解析比较筛出的差异蛋白——细胞角蛋白8(CK8)翻译及糖基化修饰改变与人肝癌细胞转移潜能的关系.应用双向电泳(2-DE)、凝集素亲和印迹、凝集素亲和沉淀联合... 糖组学方法筛查人肝癌细胞转移过程中发挥重要作用的核心岩藻糖基化蛋白质分子,解析比较筛出的差异蛋白——细胞角蛋白8(CK8)翻译及糖基化修饰改变与人肝癌细胞转移潜能的关系.应用双向电泳(2-DE)、凝集素亲和印迹、凝集素亲和沉淀联合质谱分析技术,筛查并验证与肝癌转移相关的核心岩藻糖基化蛋白;应用细胞免疫荧光和蛋白质免疫印迹检测CK8的蛋白质表达情况;应用免疫沉淀结合多种凝集素亲和印迹,推测其与肝癌转移相关的寡糖链结构改变.研究发现,3种不同转移潜能人肝癌细胞Hep3B、MHCC97-L和MHCC97-H的扁豆凝集素(LCA)亲和印迹表达谱中,分子质量55~60ku、等电点4~6区域处有核心岩藻糖基化蛋白呈差异表达,质谱鉴定为CK8.LCA亲和沉淀及蛋白质印迹进一步验证CK8异常核心岩藻糖基化与肝癌转移相关;研究发现,CK8分布于细胞浆内,在MHCC97-L和MHCC97-H细胞中蛋白质表达水平较Hep3B高,在MHCC97-H中与LCA和蓖麻凝集素(RCA-1)的亲和力较Hep3B强.以上结果提示,2-DE和凝集素印迹技术联合MALDI-TOF-MS/MS分析可用于筛查疾病过程相关的异常糖基化蛋白质分子,CK8蛋白水平、核心岩藻糖基化及β-1,4末端半乳糖基化的增加均与肝癌细胞转移潜能相关. 展开更多
关键词 肝癌细胞 肿瘤转移 CK8 扁豆凝集素 核心岩藻糖基化
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以两性化合物作为探针分子电喷雾电离质谱法研究细胞色素C的结构
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作者 陆豪杰 徐国宾 +1 位作者 郭寅龙 杨芃原 《质谱学报》 EI CAS CSCD 2004年第B10期129-130,共2页
A kind of protein complexes of cytochrome C with L-Arg was observed. Using L-Arg a strategy for probing the structural information of cytochrome C and protein complexes was established. At low pH solution multiply L-A... A kind of protein complexes of cytochrome C with L-Arg was observed. Using L-Arg a strategy for probing the structural information of cytochrome C and protein complexes was established. At low pH solution multiply L-Arg adducts were produced and the number of binding ligand was depended on the charge state. While in neutral solution only these complexes binding with single L-Arg ligand were produced. 展开更多
关键词 两性化合物 探针分子 电喷雾电离质谱法 细胞色素C 结构 蛋白质
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双向电泳-质谱技术筛选肝癌血清标记物 被引量:15
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作者 冯钜涛 刘银坤 +5 位作者 MOHAMAD RADWAN ALMOFTI 代智 周海君 宋海燕 陆豪杰 汤钊猷 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第7期673-677,共5页
采用双向电泳-质谱技术筛选肝癌特异的血清蛋白标记物,以利于肝癌的早期诊断和治疗.肝癌、肝炎和正常三组各20例血清先采用超声、高丰度蛋白去除、脱盐预处理以优化双向电泳,图像分析三组血清图谱寻找差异点,基质辅助激光解吸飞行时间... 采用双向电泳-质谱技术筛选肝癌特异的血清蛋白标记物,以利于肝癌的早期诊断和治疗.肝癌、肝炎和正常三组各20例血清先采用超声、高丰度蛋白去除、脱盐预处理以优化双向电泳,图像分析三组血清图谱寻找差异点,基质辅助激光解吸飞行时间质谱对差异点进行鉴定.结果显示,通过样品预处理,血清上样体积平均增加3~4倍,参考胶点数由218个增至332个,白蛋白和免疫球蛋白明显减弱,水平条带明显减少.图谱比较所得37个差异点,经鉴定为7种蛋白.与正常组比较,转铁蛋白、甲状腺素运载蛋白在肝炎和肝癌组低表达,α-1抗胰蛋白酶、凝聚素、铜蓝蛋白、触珠蛋白在肝炎和肝癌组均高表达.α-1抗胰蛋白酶在肝癌组较肝炎组高表达,而热休克蛋白27只在肝癌组表达.上述结果提示,双向电泳-质谱技术可发现肝癌发生发展过程中血清蛋白表达谱质或量的变化,从而为肝癌的早期诊断及治疗奠定基础. 展开更多
关键词 肝癌 蛋白质组学 急性反应蛋白 热休克蛋白
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trap基因表达在表皮葡萄球菌生物膜形成及附属基因调节(agr)系统活化中的作用 被引量:1
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作者 朱于莉 杨晓梅 +7 位作者 李娜 江娟 陈洁敏 秦智强 李敏 吕元 魏武 瞿涤 《复旦学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期580-586,共7页
目的研究表皮葡萄球菌trap基因表达与生物膜形成的相关性及其对agr系统的活化作用。方法采用微量板半定量法检测表皮葡萄球菌生物膜表型,二维电泳和高灵敏度的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱分析比较表皮葡萄球菌标准株蛋白质表达谱,... 目的研究表皮葡萄球菌trap基因表达与生物膜形成的相关性及其对agr系统的活化作用。方法采用微量板半定量法检测表皮葡萄球菌生物膜表型,二维电泳和高灵敏度的基质辅助激光解吸附飞行时间质谱分析比较表皮葡萄球菌标准株蛋白质表达谱,实时定量逆转录PCR检测trap基因和RNAⅢ的转录水平,CLUSTAL X对表皮葡萄球菌trap基因与金黄色葡萄球菌序列进行分析,Mega软件构建进化树。结果比较分析形成生物膜的表皮葡萄球菌ATCC 35984株与不形成生物膜的ATCC 12228株生长中期的蛋白质组,发现ATCC 35984株的TRAP蛋白量明显高于ATCC 12228株。转录水平的检测显示ATCC 12228株和生物膜阳性临床SE1457、SE671株的trap基因均低转录,但RNAⅢ的转录水平未降低。SE1457株agr系统突变后,RNAⅢ的转录明显降低,trap基因的转录无变化。RNAⅢ的转录随细菌生长变化而增加,trap基因转录保持不变。trap序列分析显示其在表皮葡萄球菌与金黄色葡萄球菌中较为保守,但存在明显的进化距离。结论在本论文所研究的表皮葡萄球菌菌株中,trap基因的转录和翻译与细菌生物膜的形成不存在直接的调控相关性;并提示TRAP蛋白不是表皮葡萄球菌agr系统活化所必需的细菌产物;表皮葡萄球菌trap基因序列与金黄色葡萄球菌之间存在差异,可能与其功能差异相关。 展开更多
关键词 表皮葡萄球菌 trap基因 附属基因调节系统 RNAⅢ 生物膜
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