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利用全基因组重测序分析雅安奶山羊遗传多样性和遗传结构
1
作者 郭家中 张一菲 +3 位作者 武国 孙学良 杨舒慧 张红平 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第2期444-451,共8页
【目的】旨在利用全基因组测序技术探究雅安奶山羊群体遗传多样性和遗传结构,为该品种的保护与利用提供参考。【方法】对20只雅安奶山羊开展全基因组测序,并使用关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的测序数据,在全基因组内检... 【目的】旨在利用全基因组测序技术探究雅安奶山羊群体遗传多样性和遗传结构,为该品种的保护与利用提供参考。【方法】对20只雅安奶山羊开展全基因组测序,并使用关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的测序数据,在全基因组内检测SNPs,开展遗传多样性、基因组近交系数、主成分分析(PCA)、遗传结构和群体分化指数(FST)等分析。【结果】结果显示,在雅安奶山羊常染色体基因组中共检测到14875627个双等位基因SNPs,位于基因间区和内含子区的SNPs占比为89.67%。全基因组单位点的观测杂合度、期望杂合度和核酸多样性的平均值分别为0.265、0.300和0.308。每只雅安奶山羊基因组中平均含有1235个ROH,个体ROH总长度平均值为327.04 Mb。基于F_(ROH)、F_(IS)、F_(VR1)、F_(VR2)和F_(UNI),雅安奶山羊基因组近交系数中位数分别为0.120、0.106、0.125、0.112和0.103。PCA结果表明,在PC1上奶山羊与非奶山羊群体可清晰地分成两大类群;群体结构分析(K=4)和系统发育树进一步显示雅安奶山羊与关中奶山羊遗传关系更近。雅安奶山羊与关中奶山羊、萨能奶山羊、川中黑山羊和成都麻羊的全基因组25-kb滑窗FST平均值分别为0.054、0.062、0.189和0.240。【结论】雅安奶山羊遗传多样性较高,但部分个体近交严重且与关中奶山羊、萨能奶山羊无实质遗传分化,引种改良不会显著改变其种质特性。 展开更多
关键词 奶山羊 全基因组测序 遗传多样性 基因组近交系数 遗传结构
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牛科物种MC_(1)R基因的进化与分析
2
作者 吴旻鸿 武顺 +2 位作者 崔晓瀌 于璇璇 仲涛 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期716-723,共8页
【目的】旨在探讨MC1R基因在牛科物种中的演化历史及其调控毛色表型变化的功能,为牛科物种的遗传改良和保护提供理论依据,同时为理解动物适应环境的能力提供参考。【方法】对263条牛科物种MC1R基因的CDS序列进行了遗传多样性分析、连锁... 【目的】旨在探讨MC1R基因在牛科物种中的演化历史及其调控毛色表型变化的功能,为牛科物种的遗传改良和保护提供理论依据,同时为理解动物适应环境的能力提供参考。【方法】对263条牛科物种MC1R基因的CDS序列进行了遗传多样性分析、连锁不平衡(LD)分析、选择压力分析以及系统发育树的构建。【结果】遗传多样性分析显示,牛科山羊属中吐根堡山羊和简州大耳羊群体具有较高的单倍型多样性(Hd=0.639,0.661),表现出丰富的遗传变异,而营山黑山羊和南江黄羊群体的遗传变异相对较小(Hd=0.157,0.165)。LD分析显示,山羊群体中SNP位点之间的关联性较弱,绵羊群体在c.578T>C与c.600T>G、c.735C>T与c.788T>C位点间表现出较强的关联性。山羊和绵羊群体在遗传结构上形成了独特的分支,澳大利亚黑牛则沿独立的进化路径演化,各群体中的MC1R基因受到了不同程度的纯化选择。【结论】牛科物种MC1R基因在不同属种间表现出不同程度的遗传差异,反映了各群体在适应环境和进化过程中所承受的选择压力,为理解物种间的遗传关系、适应性演化及其生态适应机制提供了重要的信息,进一步揭示了牛科物种的遗传多样性及其在进化历程中的复杂性,从而为探索动物毛色与适应性演化的关系奠定了基础。 展开更多
关键词 牛科物种 MC_(1)R基因 遗传多样性 连锁不平衡(LD) 选择压力
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基于重测序技术解析凉山黑绵羊毛色形成的主效基因
3
作者 于璇璇 侯沌樱 +2 位作者 吴旻鸿 林涛 仲涛 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第3期724-731,743,共9页
【目的】通过对凉山黑绵羊和湖羊全基因组重测序,解析凉山黑绵羊毛色形成的主效基因,为凉山黑绵羊种质资源评价和开发利用提供理论基础。【方法】19个凉山黑绵羊和28个湖羊的DNA样本经BGISEQ DNBSEQ-T7platform平台进行测序,整合NCBI数... 【目的】通过对凉山黑绵羊和湖羊全基因组重测序,解析凉山黑绵羊毛色形成的主效基因,为凉山黑绵羊种质资源评价和开发利用提供理论基础。【方法】19个凉山黑绵羊和28个湖羊的DNA样本经BGISEQ DNBSEQ-T7platform平台进行测序,整合NCBI数据库中的巴美肉羊和无角陶赛特羊的测序数据进行PCA、选择信号和KEGG等分析。【结果】PCA结果显示凉山黑绵羊独立聚类,通过F_(ST)和θπ分析在凉山黑绵羊与湖羊、巴美肉羊、无角陶赛特羊中筛选出了U6、JAZF1和SLC26A1等受选择基因。基因型可视化分析揭示,凉山黑绵羊的KIT基因野生型频率显著高于白色绵羊品种;另外,凉山黑绵羊的TRPM1、TMEM18、MC1R和ASIP基因的纯合突变频率均显著高于白色绵羊品种。【结论】KIT、MC1R、ASIP、TMEM18和TRPM1基因是凉山黑绵羊毛色形成的关键基因,研究结果为深入理解其毛色遗传分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 凉山黑绵羊 毛色 重测序技术 选择信号 连锁不平衡
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亚精胺对鼠免疫器官指数及炎症因子表达的影响 被引量：6
4
作者 徐麒麟 康波 +4 位作者 姜冬梅 魏春叶 贾医林 易治鑫 陈咨余 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期200-205,共6页
为阐明亚精胺对鼠免疫器官指数、胸腺和脾脏组织炎症因子表达的影响,采用0、0.05、0.10和0.15mg·g-1(体质量)亚精胺腹腔注射6周龄昆明小白鼠,测定鼠胸腺和脾脏指数,并定量检测胸腺和脾脏组织TNF-α、IL-1β、IL-6和IFN-γ表达量。... 为阐明亚精胺对鼠免疫器官指数、胸腺和脾脏组织炎症因子表达的影响,采用0、0.05、0.10和0.15mg·g-1(体质量)亚精胺腹腔注射6周龄昆明小白鼠,测定鼠胸腺和脾脏指数,并定量检测胸腺和脾脏组织TNF-α、IL-1β、IL-6和IFN-γ表达量。结果表明:注射0.15 mg·g-1亚精胺组鼠胸腺指数和脾脏指数显著(P<0.05)低于对照组;0.10 mg·g-1亚精胺组胸腺组织IFN-γ表达量显著(P<0.05)高于对照组;0.05 mg·g-1亚精胺组鼠脾脏组织TNF-α和IL-1β表达量显著(P<0.05)低于对照组,0.10 mg·g-1亚精胺组脾脏组织IL-6和IFN-γ表达量均显著(P<0.05)高于对照组,0.15 mg·g-1组脾脏组织TNF-α表达量显著(P<0.05)低于对照组。由此可见,亚精胺对炎症因子表达具有组织特异性和剂量依赖性。低浓度亚精胺能抑制炎症因子表达发挥抗炎作用,随着亚精胺浓度增加则表现为诱导炎症。 展开更多
关键词 亚精胺 胸腺指数 脾脏指数 炎症因子
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腹腔注射亚精胺对小鼠卵巢组织多胺含量及代谢相关基因表达的影响 被引量：3
5
作者 陈咨余 姜冬梅 +4 位作者 康波 管成 龙诗韵 易治鑫 徐麒麟 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期52-56,共5页
【目的】研究腹腔注射亚精胺对鼠卵巢组织多胺代谢的影响。【方法】给鼠腹腔注射不同剂量亚精胺[0(对照组、0.05、0.10和0.15 mg·g^(-1)],应用实时荧光定量PCR检测多胺代谢关键基因表达量,应用高效液相色谱检测鼠卵巢组织中多胺含... 【目的】研究腹腔注射亚精胺对鼠卵巢组织多胺代谢的影响。【方法】给鼠腹腔注射不同剂量亚精胺[0(对照组、0.05、0.10和0.15 mg·g^(-1)],应用实时荧光定量PCR检测多胺代谢关键基因表达量,应用高效液相色谱检测鼠卵巢组织中多胺含量。【结果】注射0.15 mg·g^(-1)亚精胺时,卵巢组织ODC、OAZ1、SPMS、SSAT、PAOX和SMOX基因表达量显著高于其他3组;注射亚精胺组鼠卵巢组织SPDS表达量均显著低于对照组;注射0.10 mg·g-1亚精胺组鼠卵巢组织中腐胺和亚精胺含量均显著高于对照组,而注射亚精胺对卵巢中精胺含量无显著影响。【结论】外源性亚精胺的腹腔注射可导致鼠卵巢组织中多胺含量以及多胺代谢相关基因表达量发生变化,且具有剂量依赖性,提示外源性亚精胺可通过介导卵巢组织的多胺代谢来参与调控卵巢功能。 展开更多
关键词 亚精胺 鼠 卵巢 多胺代谢 繁殖 基因表达 腹腔注射
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染料木素对高脂诱导肥胖小鼠肝脏炎症及脂联素信号通路的影响 被引量：3
6
作者 王书杰 甘麦邻 +4 位作者 沈林園 杨东丽 唐国庆 张顺华 朱砺 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期319-325,339,共8页
【目的】探讨染料木素对高脂饮食导致肥胖小鼠肝脏的治疗作用及其潜在机制。【方法】30只ICR雌性肥胖小鼠随机分为对照组(ND)、高脂组(HFD)和高脂染料木素组(HFD-G),每组各10只。对照组饲以普通饲料,高脂组饲以高脂饲料,高脂染料木素组... 【目的】探讨染料木素对高脂饮食导致肥胖小鼠肝脏的治疗作用及其潜在机制。【方法】30只ICR雌性肥胖小鼠随机分为对照组(ND)、高脂组(HFD)和高脂染料木素组(HFD-G),每组各10只。对照组饲以普通饲料,高脂组饲以高脂饲料,高脂染料木素组饲以高脂-染料木素预混料。干预14周后测量小鼠肝脏重量、葡萄糖耐受情况,通过甘油三酯、总胆固醇测定试剂盒检测小鼠血清中甘油三酯(triglyceride,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TC)含量;通过油红O染色观察肝脏的组织形态和脂滴沉积情况;qRT-PCR检测肝脏组织中炎症因子肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、脂联素(adiponectin,ADPN)、脂联素受体-1(adiponectin receptor 1,AdipoR1)以及脂联素受体-2(adiponectin receptor 2,AdipoR2)mRNA表达水平;ELISA法检测血清中TNF-α和IL-6的表达。【结果】饲喂14周后,高脂组体重、肝重显著高于对照组(P<0.05),血清中的TG、TC含量极显著高于对照组(P<0.01),ADPN、AdipoR1及AdipoR2的mRNA表达水平显著低于对照组(P<0.05),炎症因子TNF-α、IL-6的mRNA表达水平以及ELISA结果显著高于对照组(P<0.05),油红O染色结果显示,高脂组较对照组肝脏的脂质沉积情况显著加重(P<0.05);高脂染料木素组体重、肝重显著低于高脂组(P<0.05),血清中的TG、TC含量极显著低于高脂组(P<0.01),ADPN、AdipoR1及AdipoR2的m RNA表达水平显著高于高脂组(P<0.05),炎症因子TNF-α、IL-6的mRNA表达水平以及细胞因子分泌水平显著低于高脂组(P<0.05),油红O染色结果显示,高脂染料木素组较高脂组肝脏的脂质沉积情况显著减轻(P<0.05)。【结论】染料木素能够显著缓解由高脂饮食引起的肝脏病变,其机制可能是通过提高脂联素表达水平同时抑制肝脏中的炎性因子来实现的。 展开更多
关键词 染料木素 肥胖 肝脏 炎症 脂联素
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外源性亚精胺对鼠卵巢生殖激素受体基因表达的影响 被引量：1
7
作者 龙诗韵 姜冬梅 +3 位作者 陈咨余 管成 易治鑫 康波 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期247-252,共6页
为探讨外源性亚精胺对鼠卵巢生殖激素受体基因表达的影响,采用不同质量分数(0.05、0.10和0.15 mg/g)亚精胺腹腔注射6周龄昆明鼠,24 h后采集卵巢组织样品,应用实时荧光定量聚合酶链式反应检测卵巢组织中促卵泡激素受体、促黄体生成素受... 为探讨外源性亚精胺对鼠卵巢生殖激素受体基因表达的影响,采用不同质量分数(0.05、0.10和0.15 mg/g)亚精胺腹腔注射6周龄昆明鼠,24 h后采集卵巢组织样品,应用实时荧光定量聚合酶链式反应检测卵巢组织中促卵泡激素受体、促黄体生成素受体、雌激素受体1、雌激素受体2和雄激素受体基因表达量。结果显示:与对照组相比,0.05 mg/g亚精胺处理组卵巢促黄体生成素受体表达量显著高于对照组(P<0.05),0.15 mg/g组促黄体生成素受体表达量显著低于对照组(P<0.05);随亚精胺处理量的增加,卵巢组织中促卵泡激素受体、雌激素受体1、雌激素受体2和雄激素受体表达量均呈逐渐增加的趋势,且均在0.15 mg/g处理组中的表达量显著高于对照组(P<0.05)。综上表明,亚精胺可通过介导鼠卵巢组织生殖激素受体基因表达来参与调控鼠卵巢功能。 展开更多
关键词 亚精胺 卵巢 激素受体 基因表达
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miR-199a-5p对鹅颗粒细胞凋亡的影响及其机制 被引量：1
8
作者 刘雅丽 荣玉静 +7 位作者 胡深强 李亮 刘贺贺 何桦 夏露 胡继伟 胡博 王继文 《江苏农业科学》 2020年第23期60-65,共6页
为了揭示miR-199a-5p在鹅卵泡颗粒细胞凋亡中的作用及调控机制,本研究分离培养鹅等级卵泡颗粒细胞并转染miR-199a-5p相似物(mimic)和抑制物(inhibitor),采用qPCR法检测细胞凋亡相关基因的mRNA表达量;为进一步探究其作用机制,结合RNAhyb... 为了揭示miR-199a-5p在鹅卵泡颗粒细胞凋亡中的作用及调控机制,本研究分离培养鹅等级卵泡颗粒细胞并转染miR-199a-5p相似物(mimic)和抑制物(inhibitor),采用qPCR法检测细胞凋亡相关基因的mRNA表达量;为进一步探究其作用机制,结合RNAhybrid和Targetscan 7.0预测miR-199a-5p靶基因,然后在中国仓鼠卵巢细胞系(CHO)中采用双荧光素酶报告系统检测miR-199a-5p对血管生成因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)3′UTR荧光素酶活性的影响,最后采用qPCR检测miR-199a-5p对鹅颗粒细胞VEGFA表达量的影响。结果显示,过表达miR-199a-5p能显著升高BCL2/BAX比值(P<0.05),显著下调Caspase3 mRNA表达量(P<0.05);抑制miR-199a-5p则显著下调BCL2/BAX值(P<0.05),对Caspase3 mRNA表达量无影响(P>0.05)。双荧光素酶报告载体系统发现,miR-199a-5p能极显著抑制VEGFA-WT报告载体荧光素酶活性(P<0.01),但对VEGFA mRNA表达量无显著性影响(P>0.05)。上述试验结果表明,miR-199a-5p可能通过抑制BAX和Caspase3表达量来抑制鹅颗粒细胞凋亡,但在鹅颗粒细胞中miR-199a-5p是否通过VEGFA调控细胞凋亡需要进一步研究。 展开更多
关键词 miR-199a-5p VEGFA 颗粒细胞凋亡 鹅 MIMIC INHIBITOR
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山羊EDNRA基因编码区克隆与组织表达规律分析
9
作者 王梦 周靖宣 +4 位作者 占思远 王林杰 李利 张红平 仲涛 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期852-859,共8页
【目的】旨在探究EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中的表达情况。【方法】采用克隆、测序的方法得到山羊EDNRA基因CDS全长的碱基序列,用生物信息学软件进行序列分析、亲水性/疏水性分析、潜在的信号肽位点分... 【目的】旨在探究EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中的表达情况。【方法】采用克隆、测序的方法得到山羊EDNRA基因CDS全长的碱基序列,用生物信息学软件进行序列分析、亲水性/疏水性分析、潜在的信号肽位点分析、亚细胞定位分析、蛋白质的二级结构和三级结构预测及系统进化树分析,最后采用实时荧光定量PCR(qPCR)测定EDNRA基因在山羊心脏、肝、脾、肺、肾、大脑、网膜脂肪组织中mRNA的表达量。【结果】成功克隆了EDNRA的CDS序列,得到山羊EDNRA基因包含一个1 284 bp的最长开放阅读框。该序列编码427个氨基酸,含信号肽序列(第1到第20位氨基酸)以及7型跨膜受体同系物结构域。基因编码产物具有疏水性,属分泌蛋白,有35个磷酸化修饰位点。二级结构主要为α-螺旋。系统进化树分析表明,山羊EDNRA基因和绵羊、牛以及野牛的亲缘关系较近。qPCR结果表明,山羊EDNRA基因在心脏中的表达量最高,在肝、脾、肾、大脑、网膜组织中的表达量较低,而在肺中表达最少。【结论】EDNRA可能在心脏行使功能过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 EDNRA基因 CDS区序列分析 蛋白结构预测 组织表达规律 山羊
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天府肉鹅母系不同阶段颗粒细胞内参基因的选择
10
作者 莫远亮 王郁石 王继文 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期376-384,共9页
为筛选出鹅卵泡不同阶段颗粒细胞稳定表达的内参基因,以产蛋期天府肉鹅母系卵泡颗粒层细胞为材料,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, RT- qPCR)技术分别对GAPDH、ACTB、... 为筛选出鹅卵泡不同阶段颗粒细胞稳定表达的内参基因,以产蛋期天府肉鹅母系卵泡颗粒层细胞为材料,利用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time fluorescence quantitative polymerase chain reaction, RT- qPCR)技术分别对GAPDH、ACTB、TUB、UBC、HMBS、SDH、18S、28S、TBP和HPRT1等10个候选内参基因的相对表达量进行测定,采用ΔCT法、qbase+、NormFinder、BestKeeper等4种评价方法对9个不同阶段卵泡颗粒细胞的表达稳定性进行评定。RT- qPCR熔解曲线和PCR扩增显示,10个候选内参基因的引物特异性良好;通过构建标准曲线,表明各内参基因在系列稀释的浓度梯度内具有良好的线性关系;综合4种方法的评价结果,发现在不同阶段颗粒细胞中,最稳定的3个内参基因依次为SDH、HMBS和18S,稳定性最差的3个内参基因依次为UBC、GAPDH和TUB。在不同阶段颗粒细胞中最稳定的内参基因为SDH和HMBS,以最稳定的2个内参基因的几何平均数作为标准化校正因子可得到更加准确的结果。 展开更多
关键词 鹅 颗粒细胞 内参基因 稳定性 选择
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