计算解析异常代谢对乳腺癌微环境重塑的调控机制 被引量：3

1

作者 万羽鑫 朱欣雨 +3 位作者 赵宇 孙娜 江天彤妃 徐娟 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2024年第10期871-885,共15页

肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中T细胞亚群的组成和肿瘤特异的T细胞互作促进了乳腺癌异质性的形成。此外,肿瘤的异常代谢通常与T细胞的抗肿瘤免疫功能失调关联密切,识别影响免疫细胞互作的关键代谢基因能够为乳腺癌治疗提供... 肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中T细胞亚群的组成和肿瘤特异的T细胞互作促进了乳腺癌异质性的形成。此外,肿瘤的异常代谢通常与T细胞的抗肿瘤免疫功能失调关联密切,识别影响免疫细胞互作的关键代谢基因能够为乳腺癌治疗提供潜在靶点。本研究利用乳腺癌单细胞转录组数据,重点研究了乳腺癌发展过程中肿瘤特异性T细胞亚群及其互作子网,进一步评估肿瘤特异性激活的T细胞亚群的代谢通路活性。结果显示,肠促胰岛素的合成、分泌和失活的代谢通路以及果糖分解代谢通路显著影响了多个T细胞亚群的互作。整合肿瘤中T细胞显著上调以及影响互作的代谢通路,依此筛选出核心T细胞互作相关的异常代谢基因,并进一步构建乳腺癌风险评估模型。利用异常代谢显著相关预后基因表达谱与药物IC50值预测靶向药物,最终获得潜在靶向药物GSK-J4、PX-12等。本研究整合分析乳腺癌微环境中T细胞互作的重塑与代谢通路异常在癌症恶性进展中的作用,为新型乳腺癌抗癌疗法提供线索。 展开更多

关键词 乳腺癌 微环境重塑 异常代谢 T细胞互作

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基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因 被引量：7

2

作者 赵研 陈丽娜 +4 位作者 张良才 王倩 尚玉奎 王宏 李琬 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期781-786,共6页

基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并... 基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因.预测出了51个新的冠心病致病基因,分析发现大部分基因参与了冠心病的致病过程.为疾病基因的挖掘提出一个新的思路,从而有助于复杂疾病致病机理的研究. 展开更多

关键词 网络拓扑性质 共定位特性 功能富集分析 功能一致性

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基于表达及网络拓扑结构挖掘动脉粥样硬化风险疾病基因 被引量：5

3

作者 王宏 曲晓莉 +2 位作者 赵研 张静 陈丽娜 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第8期916-922,共7页

基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法,利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因,为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角.经过差异表达分析,支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选,... 基于功能基因组信息、网络拓扑结构信息整合分析方法,利用基因表达谱数据和蛋白质互作数据挖掘动脉粥样硬化(AS)风险疾病基因,为从基因组层面研究动脉粥样硬化提供了新的视角.经过差异表达分析,支持向量机(SVM)的机器学习方法双重筛选,可以鉴别出可信度水平较高的风险疾病基因,对于研究动脉粥样硬化疾病基因在网络中的拓扑性质,建立基因与疾病发生发展过程的联系,提供了新的思路.得到了巨噬细胞样本中59个风险疾病基因,泡沫细胞中61个风险疾病基因.这些风险基因与已知疾病基因共享大部分动脉粥样硬化病变相关生物学过程及信号通路.并应用到对其他复杂疾病致病机理的研究中。 展开更多

关键词 动脉粥样硬化 差异表达 网络拓扑特征 支持向量机

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人类蛋白质结构互作网络--结构域对网络拓扑与蛋白质功能的影响 被引量：6

4

作者 陈丽娜 王倩 +8 位作者 尚玉奎 张良才 孙钊 何伟明 赵研 李琬 王宏 何月涵 李霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第5期517-526,共10页

高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现,使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络,进一步揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能.蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能单元.然而... 高通量的蛋白质互作数据与结构域互作数据的出现,使得在蛋白质组学领域内研究人类蛋白质结构互作网络,进一步揭示蛋白质结构与功能间的潜在关系成为可能.蛋白质上广泛分布的结构域被认为是蛋白质结构、功能以及进化的基本功能单元.然而,结合蛋白质的结构信息(例如蛋白质结构域数目、长度和覆盖率等)来研究这些表象后的内部机制仍然面临着挑战.将蛋白质分为单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,并进一步结合蛋白质互作信息与结构域互作信息构建了人类蛋白质结构互作网络;通过与人类蛋白质互作网络进行比较,研究了人类蛋白质结构互作网络的特殊结构特征;对于单结构域蛋白质与多结构域蛋白质,分别进行了功能富集分析、功能离散度分析以及功能一致性分析等.结果发现,将结构域互作信息综合考虑进来后,人类蛋白质结构互作网络可以提供更多的单纯的蛋白质互作网络无法提供的细节信息,揭示蛋白质互作网络的复杂性. 展开更多

关键词 结构域 蛋白质结构互作网络 蛋白质功能

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谱聚类集成的淋巴结超声图像分割算法 被引量：4

5

作者 朱长明 李晶 +3 位作者 顾国昌 宫滨生 刘海波 沈晶 《计算机辅助设计与图形学学报》 EI CSCD 北大核心 2009年第10期1480-1486,1494,共8页

为了对低信噪比的超声图像进行有效分割,提出一种谱聚类集成的超声图像分割算法.首先用改进的全变差去噪模型对超声图像进行有效的去噪;然后用聚类集成的方法对去噪后的图像进行图像分割,基聚类器采用K均值算法,集成采用改进的谱聚类算... 为了对低信噪比的超声图像进行有效分割,提出一种谱聚类集成的超声图像分割算法.首先用改进的全变差去噪模型对超声图像进行有效的去噪;然后用聚类集成的方法对去噪后的图像进行图像分割,基聚类器采用K均值算法,集成采用改进的谱聚类算法;最后用K均值算法对谱聚类集成的结果进行再次聚类,得到最终的集成聚类分割结果.实验结果表明,与现有的方法相比较,该算法分割效果更好. 展开更多

关键词 谱聚类 聚类集成 K均值 图像分割 全变差

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基于共进化基因功能模块发现候选癌基因 被引量：1

6

作者 朱晶 沈晓沛 +3 位作者 肖会 张杨 王靖 郭政 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期694-700,共7页

癌基因组的体细胞突变扫查数据为研究人员发现新的癌基因提供了大量的信息。已有的通过基因突变频率寻找候选癌基因的方法倾向于发现突变频率较高的癌基因,但是部分低频率突变的基因也可能在癌症发生过程中发挥重要作用。具有相似系统... 癌基因组的体细胞突变扫查数据为研究人员发现新的癌基因提供了大量的信息。已有的通过基因突变频率寻找候选癌基因的方法倾向于发现突变频率较高的癌基因,但是部分低频率突变的基因也可能在癌症发生过程中发挥重要作用。具有相似系统发生谱并且具有蛋白互作关系的基因可能具有相似的功能,它们的损伤可能会导致相同或相似的疾病表型。基于这一假设,文章提出了一种发现候选癌基因的新方法。首先,寻找具有相似系统发生谱的蛋白质互作子网,定义为共进化基因模块;然后,在癌基因组中发生至少一次非同义体细胞突变的基因中,筛选出与已知癌基因在同一共进化模块并具有直接相互作用的基因,预测为候选癌基因。据此,文章共预测了15个候选癌基因,其中只有2个基因在以往的工作中通过基于高突变频率的方法被识别为癌基因。因此,该方法可以有效地发现突变频率低的候选癌基因。 展开更多

关键词 候选癌基因 功能模块 预测 癌突变谱

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卷积神经网络在核小体定位识别中的应用 被引量：1

7

作者 崔颖 施丹丹 +2 位作者 徐泽龙 张兆功 李建中 《哈尔滨工程大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第5期751-758,共8页

为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行... 为更准确识别核小体定位,本文提出一种基于Z曲线理论(Z-Curve)的卷积神经网络(CNN)方法,称为ZCN方法。ZCN方法以Z曲线三维坐标矩阵表示核小体序列特征,通过十倍交叉验证,进行卷积神经网络方法进行模型训练和验证,使用标准评估指标进行性能评价。结果表明:ZCN方法在酵母中具有良好的识别效能,敏感性Sn、准确性Sp、ROC曲线面积分别为92.4%、90.2%和0.9704,可推广到人类、线虫和果蝇的核小体定位识别中,其ROC曲线面积分别为0.796、0.940和0.772,与其他方法比较,进一步证实ZCN方法具有较好的识别效能和可推广性。在酵母全基因组进行核小体定位预测,发现16条染色体的预测准确率均值为78.83%,在基因GAL和GAL10中进行核小体定位预测,研究了降低假阳性的方法,给出了预测核小体定位的图谱。ZCN方法为研究核小体定位识别、预测及功能分析提供了有价值的方法和指导。 展开更多

关键词 计算生物学 卷积神经网络 Z曲线理论 核小体 DNA序列 连接区

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联合CGGA-TCGA数据库挖掘胶质瘤显著生存相关基因 被引量：1

8

作者 吕俊杰 张一骅 +4 位作者 邓贵 刘佳欣 吕正禹 任付宾 陈丽娜 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期18-22,共5页

利用CGGA与TCGA数据库,挖掘胶质瘤预后标志相关基因,结合差异分析、生存分析、共表达分析、临床相关性分析和ROC曲线评估预测能力,并通过TCGA验证,得到PLAT、IGFBP2、BCAT1和SERPINH1等4个可以作为独立预后标志因子的基因。分析表明,这... 利用CGGA与TCGA数据库,挖掘胶质瘤预后标志相关基因,结合差异分析、生存分析、共表达分析、临床相关性分析和ROC曲线评估预测能力,并通过TCGA验证,得到PLAT、IGFBP2、BCAT1和SERPINH1等4个可以作为独立预后标志因子的基因。分析表明,这4个基因不仅是独立的预后因子,还在不同人群中都具有较好的预后预测能力,说明找到的预后基因具有潜在的应用价值。对SERPINH1剪接事件进行分析,揭示可变剪接事件是影响患者预后的重要因素,这为进一步理解胶质瘤预后基因的特征提供了依据。 展开更多

关键词 胶质瘤 生存分析 预后因子 选择性剪接

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脑胶质瘤可变剪接调控机制研究进展 被引量：1

9

作者 吕俊杰 王科俊 +3 位作者 熊新炎 袁翠玲 汤秀丽 任付宾 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期80-83,共4页

可变剪接现象广泛存在于哺乳动物中。最新的研究数据表明,人类基因约95%的外显子都能够产生可变剪接,随着高通量测序技术和生物信息学技术的不断发展,人们对可变剪接的研究逐步从单个基因深入到组学层面,高通量组学数据的不断涌现,各组... 可变剪接现象广泛存在于哺乳动物中。最新的研究数据表明,人类基因约95%的外显子都能够产生可变剪接,随着高通量测序技术和生物信息学技术的不断发展,人们对可变剪接的研究逐步从单个基因深入到组学层面,高通量组学数据的不断涌现,各组学数据之间的相互整合,使得系统性、全面性研究可变剪接调控机制成为可能。可变剪接调控机制的异常可能会导致癌症,脑胶质瘤是脑恶性肿瘤之一,致死率非常高,术后存活率极低,综述了近年来脑胶质瘤可变剪接调控机制研究的进展,并对剪接层面的临床治疗进行了展望。 展开更多

关键词 可变剪接 脑胶质瘤 多组学数据

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基于不同标准化假设分析癌基因组甲基化谱

10

作者 王栋 吴瑞红 +5 位作者 程立新 李朋飞 王明月 李宾 王晨光 郭政 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期706-711,共6页

在处理甲基化谱时,通常采用标准化方法,强制所有样本的信号值服从同一种分布或至少具有相同的中值。然而,有研究者认为这些标准化方法可能会移除甲基化谱中的生物学信号,有必要全面评估不同的处理方法对后续分析的影响。通过配对秩和检... 在处理甲基化谱时,通常采用标准化方法,强制所有样本的信号值服从同一种分布或至少具有相同的中值。然而,有研究者认为这些标准化方法可能会移除甲基化谱中的生物学信号,有必要全面评估不同的处理方法对后续分析的影响。通过配对秩和检验,分析关于4种癌型的8套甲基化谱。结果显示,并未发现癌与正常样本中的原始信号值的中值存在显著差异(P>0.05);采用分位数标准化数据后可以多筛选出12%～28%的差异甲基化基因,而且额外找到的差异甲基化基因的改变方向可以在关于同种癌型的独立数据集中显著一致地呈现(P<0.001),表明它们是有效的生物学信号。但是,在经过分位数标准化后筛选出的差异甲基化基因中,约有1%基因的甲基化状态与原始信号的改变方向相反。建议采用分位数标准化方法处理甲基化谱数据,但需要去除改变方向不一致的基因。 展开更多

关键词 DNA甲基化 微阵列 数据标准化 癌基因组 差异甲基化

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利用决策森林构建复杂疾病驱动的基因网络

11

作者 姜伟 吴超 +2 位作者 徐建凯 杨月莹 李霞 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期263-269,共7页

目前,癌症、糖尿病、心脏病、高血压等复杂疾病严重危害着人类的生命和健康,这些疾病并不是由孤立的单个基因发生改变所致,而是多基因联合作用的结果。从系统生物学的角度出发,针对以往基因网络重构算法非疾病驱动的问题,提出了一种利... 目前,癌症、糖尿病、心脏病、高血压等复杂疾病严重危害着人类的生命和健康,这些疾病并不是由孤立的单个基因发生改变所致,而是多基因联合作用的结果。从系统生物学的角度出发,针对以往基因网络重构算法非疾病驱动的问题,提出了一种利用决策森林构建复杂疾病驱动的基因网络的算法,着重关注基因间的协同作用与复杂疾病发病机理的关系。通过对结肠癌基因芯片数据的分析,识别出66个与结肠癌显著关联的基因互作,其中大部分互作关系参与细胞增殖、细胞凋亡、细胞分化、有丝分裂和免疫等与癌症密切相关的生物过程中。该方法从基因互作和通路的角度为系统研究疾病的遗传复杂性提供了一个崭新的思路。 展开更多

关键词 复杂疾病 基因网络 决策森林 系统生物学

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三臂非劣效性设计生存时间数据的半参数统计推断方法

12

作者 李轶群 吴莹 侯艳 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2013年第4期476-479,483,共5页

目的推荐并改进一种用于新药临床试验中生存分析三臂非劣效性设计的半参数统计推断方法。方法采用Cox比例风险模型建立用于生存时间数据的三臂非劣效检验方法,通过模拟试验验证该方法的有效性,并给出样本含量估计的R语言程序。结果模拟... 目的推荐并改进一种用于新药临床试验中生存分析三臂非劣效性设计的半参数统计推断方法。方法采用Cox比例风险模型建立用于生存时间数据的三臂非劣效检验方法,通过模拟试验验证该方法的有效性,并给出样本含量估计的R语言程序。结果模拟试验结果证实,在样本删失风险率维持在一定水平时,三臂Cox模型能有效地控制I类错误发生概率,并保证较高的检验效能,实际应用简单有效。结论本文推荐的方法,可以有效地应用于三臂生存时间数据的非劣效性研究。 展开更多

关键词 临床试验 三臂非劣效 生存分析 COX模型

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WMN中拜占庭容错网络结构及算法 被引量：5

13

作者 王吉喆 赵蕴龙 吴静 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2011年第20期83-86,共4页

为提高无线Mesh网络(WMN)的可靠性,以可信计算领域中的拜占庭容错原理为基础,引入拜占庭单元概念,构建一个WMN拜占庭容错网络结构,并提出一种拜占庭算法,用以改进现有WMN路由协议。仿真结果表明,改进的路由协议能对异常节点信息进行容... 为提高无线Mesh网络(WMN)的可靠性,以可信计算领域中的拜占庭容错原理为基础,引入拜占庭单元概念,构建一个WMN拜占庭容错网络结构,并提出一种拜占庭算法,用以改进现有WMN路由协议。仿真结果表明,改进的路由协议能对异常节点信息进行容错处理,获得正确的节点信息,增强网络的容错能力,达到提升WMN可靠性的目的。 展开更多

关键词 无线MESH网络 网络可靠性 拜占庭单元 容错网络结构 拜占庭算法

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针对不同特征基因挖掘方法的特征基因功能一致性分析 被引量：3

14

作者 邹晶 高磊 +2 位作者 李晋 戴静珠 李霞 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期212-219,共8页

挖掘特征基因是分析基因表达谱的一项基础工作,但众多的特征基因挖掘方法所挖掘的特征基因集合并不完全一致。本研究试图从生物功能和样本分类能力两个方面,分析比较不同方法所挖掘的特征基因的功能一致性,并对RankGene中的八种不同特... 挖掘特征基因是分析基因表达谱的一项基础工作,但众多的特征基因挖掘方法所挖掘的特征基因集合并不完全一致。本研究试图从生物功能和样本分类能力两个方面,分析比较不同方法所挖掘的特征基因的功能一致性,并对RankGene中的八种不同特征基因挖掘方法以及基于八种方法的集成法进行了功能一致性分析。结果显示:无论是生物功能分析还是样本分类能力分析,二分规则、Gini指数、方差总和三种方法的一致性较高;样本分类能力分析中,各方法所挖掘的特征基因对样本的分类准确率均较高,但不能明确区分方法间样本分类能力的优劣。 展开更多

关键词 RankGene 生物功能 样本分类能力 基因表达谱

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基于全局角度网络策略的复杂疾病风险通路识别 被引量：2

15

作者 邓莉莉 许艳军 +3 位作者 张春龙 姚茜岚 冯丽 李春权 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2015年第3期286-296,共11页

复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组... 复杂疾病的发生发展与机体内生物学通路的功能紊乱有密切联系,从高通量数据出发,利用计算机辅助方法来研究疾病与通路间的关系具有重要意义.本文提出了一个新的基于网络的全局性通路识别方法.该方法利用蛋白质互作信息和通路的基因集组成信息构建复杂的蛋白质-通路网.然后,基于表达谱数据,通过随机游走算法从全局层面优化疾病风险通路.最终,通过扰动方式识别统计学显著的风险通路.将该网络运用于结肠直肠癌风险通路识别,识别出15个与结肠直肠癌发生与发展过程显著相关的通路.通过与其他通路识别方法(超几何检验,SPIA)相比较,该方法能够更有效识别出疾病相关的风险通路. 展开更多

关键词 风险通路 蛋白质-通路网 蛋白质互作 随机游走

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基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用分析方法 被引量：4

16

作者 冯伟兴 王科俊 +1 位作者 贺波 李霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期177-184,共8页

基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用是一种有效的基因转录调控机制.尽管基因启动子甲基化水平已经可以通过实验测量,但仍未有有效的方法利用这些数据定量分析甲基化对转录因子结合的影响.设计一个通用模型来描述基因启动子甲基... 基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用是一种有效的基因转录调控机制.尽管基因启动子甲基化水平已经可以通过实验测量,但仍未有有效的方法利用这些数据定量分析甲基化对转录因子结合的影响.设计一个通用模型来描述基因启动子甲基化对转录因子结合的抑制作用.在特定细胞环境下,通过基因表达与转录因子在基因启动子上结合值之间的相关性分析,实现模型参数求取,并基于该模型进行甲基化对转录因子结合的抑制作用分析.神经细胞生物实验数据测试证明了该方法的有效性. 展开更多

关键词 基因启动子 转录因子 DNA甲基化 分析方法

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SVM与主动学习方法相结合的蛋白质相互作用预测 被引量：2

17

作者 史文丽 郭茂祖 +1 位作者 李晋 刘晓燕 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2014年第2期82-86,共5页

提出了基于SVM的主动学习算法,用来解决蛋白质相互作用的预测问题。细胞中的生物过程是通过蛋白质相互作用实现的。但是通过实验验证蛋白质之间是否具有相互作用的代价非常大,而且数据很难获取。为了在有限的阳性样本情况下更加快速准... 提出了基于SVM的主动学习算法,用来解决蛋白质相互作用的预测问题。细胞中的生物过程是通过蛋白质相互作用实现的。但是通过实验验证蛋白质之间是否具有相互作用的代价非常大,而且数据很难获取。为了在有限的阳性样本情况下更加快速准确地预测蛋白质之间是否具有相互作用,引入了主动学习方法。主动学习算法可以用来构造有效训练集,其目标是通过迭代抽样,每次寻找最富有信息量的数据点,找到最有利于提升分类效果的样本,进而减小分类训练集的大小。比较了5种不同的主动学习算法,以寻找在有限资源前提下提高分类算法效率的最佳途径。实验表明,主动学习方法与SVM算法相结合,能够在保证SVM分类性能的前提下,有效减少学习所需的样本数量。 展开更多

关键词 支持向量机 主动学习 蛋白质相互作用

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基于基因表达变异性的通路富集方法研究 被引量：1

18

作者 贾晓东 陈秀杰 +5 位作者 吴欣 徐建凯 谭福建 刘香琼 刘磊 杨瑞智 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1256-1264,共9页

当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同... 当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角. 展开更多

关键词 变异性 通路 富集分析 预处理方法

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表观调控rDNA转录的研究进展 被引量：1

19

作者 程香荣 魏艳军 +4 位作者 黄星卫 王楠 姜琦 刘惠 雷蕾 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2018年第5期485-493,共9页

rDNA是控制细胞核糖体生物合成的串联重复基因,影响着整体蛋白质的翻译水平,与细胞生长代谢息息相关.由于rDNA序列具有多拷贝的重复特征,其转录除了受一般转录机制的调节外,还受多重表观调控机制的调节,精细调控着rDNA的转录状态.一般认... rDNA是控制细胞核糖体生物合成的串联重复基因,影响着整体蛋白质的翻译水平,与细胞生长代谢息息相关.由于rDNA序列具有多拷贝的重复特征,其转录除了受一般转录机制的调节外,还受多重表观调控机制的调节,精细调控着rDNA的转录状态.一般认为rDNA分为活跃和沉默两种状态,分别与活跃染色质标记和异染色质标记相关.近些年来,发现一种平衡态rDNA的存在,更加丰富了rDNA表观机制的研究.H3.3是一种H3组蛋白变体,是近些年来的研究热点,已有报道H3.3可能在分子伴侣HIRA的介导下整合进入活跃rDNA,然而沉默rDNA的维持是否也与H3.3的作用相关需要更多的探索.CTCF是rDNA重复单元间的绝缘子成分,与H3.3相关但并不清楚是否也调控着rDNA的转录.该综述讨论了几种调控rDNA表观状态的机制,并对可能参与该过程的新机制提出了设想. 展开更多

关键词 RDNA 表观遗传调控 H3.3 分子伴侣 CTCF

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浅谈有机肥料中磷含量的两种不同测定方法 被引量：4

20

作者 王春丽 王迎迎 杨磊 《农业与技术》 2018年第2期8-8,65,共2页

探讨采用ICP-OES法与钒钼酸铵分光光度法分析有机肥中磷含量。称取适量风干试样,加入消解液在适当条件下进行消煮,直至消解完全,转移,定容,过滤。然后上机进行测定,进行样品空白和标准曲线的测定。采用ICPOES法与钒钼酸铵分光光度法分... 探讨采用ICP-OES法与钒钼酸铵分光光度法分析有机肥中磷含量。称取适量风干试样,加入消解液在适当条件下进行消煮,直至消解完全,转移,定容,过滤。然后上机进行测定,进行样品空白和标准曲线的测定。采用ICPOES法与钒钼酸铵分光光度法分析有机肥,其中的磷测定结果在允差范围内。与传统国标NY525-2012有机肥料中磷含量测定采用的钒钼酸铵分光光度法比较,ICP-OES法更便捷,更快速、更实用。 展开更多

关键词 ICP-OES 钒钼酸铵分光光度法 磷 测定

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