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控制混杂因素的基于随机森林方法评价
被引量：
1
1
作者
梁君雅
赵杨
+3 位作者
段巍巍
何杰宇
魏永越
陈峰
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2022年第6期844-849,共6页
目的在高维组学研究中,混杂因素常常影响着随机森林筛选出与研究结局相关联的变量的能力,因此控制混杂因素具有非常重要的作用。方法通过模拟试验和实例验证,我们比较了以下四种方法在筛选与研究结局相关联的变量中控制混杂因素的效果:...
目的在高维组学研究中,混杂因素常常影响着随机森林筛选出与研究结局相关联的变量的能力,因此控制混杂因素具有非常重要的作用。方法通过模拟试验和实例验证,我们比较了以下四种方法在筛选与研究结局相关联的变量中控制混杂因素的效果:随机森林(random forest,RF);Ranger法;加权Ranger,给予每个混杂因素以100%的权重;残差法,将去除混杂因素的因变量和自变量作为新的因变量和自变量纳入Ranger分析。研究采用危险因素在重要性评分排序中排在第一位的比例作为评价指标。结果基于大量的模拟试验,我们发现残差法和加权Ranger法有效提高了危险因素在重要性评分排序中排在第一位的比例。GWAS实例证实,在使用这两种方法校正混杂因素之后,危险因素的排序有所提前。结论校正混杂因素对于筛选与研究结局相关联的变量十分必要,且残差法在混杂因素校正上表现优于加权Ranger法,RF和Ranger几乎无混杂校正作用。
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关键词
混杂
随机森林
RANGER
加权
重要性评分
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职称材料
染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析
2
作者
王琪
丁砚书
+1 位作者
耿宝宝
聂玉敏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期406-414,共9页
染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有...
染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.
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关键词
染色质互作
转录因子
FP-GROWTH
Hi-C
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职称材料
题名
控制混杂因素的基于随机森林方法评价
被引量：
1
1
作者
梁君雅
赵杨
段巍巍
何杰宇
魏永越
陈峰
机构
江苏省中医院
南京医科大学
公共卫生
学院
生物
统计学
系
南京医科大学生物医学工程与信息学院生物信息学系
昆明
医科大
学公共卫生
学院
出处
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2022年第6期844-849,共6页
基金
国家重点研发计划“战略性国际科技创新合作”重点专项项目(2016YFE0204900)
国家自然科学基金项目(81973142)
江苏省中医院院级创新发展基金专项课题(Y2019CX15)。
文摘
目的在高维组学研究中,混杂因素常常影响着随机森林筛选出与研究结局相关联的变量的能力,因此控制混杂因素具有非常重要的作用。方法通过模拟试验和实例验证,我们比较了以下四种方法在筛选与研究结局相关联的变量中控制混杂因素的效果:随机森林(random forest,RF);Ranger法;加权Ranger,给予每个混杂因素以100%的权重;残差法,将去除混杂因素的因变量和自变量作为新的因变量和自变量纳入Ranger分析。研究采用危险因素在重要性评分排序中排在第一位的比例作为评价指标。结果基于大量的模拟试验,我们发现残差法和加权Ranger法有效提高了危险因素在重要性评分排序中排在第一位的比例。GWAS实例证实,在使用这两种方法校正混杂因素之后,危险因素的排序有所提前。结论校正混杂因素对于筛选与研究结局相关联的变量十分必要,且残差法在混杂因素校正上表现优于加权Ranger法,RF和Ranger几乎无混杂校正作用。
关键词
混杂
随机森林
RANGER
加权
重要性评分
Keywords
Confounder
Random forest
Ranger
Weight
Variable importance measure
分类号
R195.1 [医药卫生—卫生统计学]
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职称材料
题名
染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析
2
作者
王琪
丁砚书
耿宝宝
聂玉敏
机构
南京医科大学生物医学工程与信息学院生物信息学系
出处
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期406-414,共9页
基金
江苏省自然科学基金青年基金项目(BK20161026)
江苏省高校自然科学研究面上项目(16KJB180022)
南京医科大学科技发展基金重点项目(2015NJMUZD003)资助~~
文摘
染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF (CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.
关键词
染色质互作
转录因子
FP-GROWTH
Hi-C
Keywords
chromatin interaction
transcription factors
FP-growth
Hi-C
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
控制混杂因素的基于随机森林方法评价
梁君雅
赵杨
段巍巍
何杰宇
魏永越
陈峰
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2022
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析
王琪
丁砚书
耿宝宝
聂玉敏
《生物化学与生物物理进展》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2019
0
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职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
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